genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11625648--11625709	6	10.0	6	78	5	52	72	6	1	19	1.15
11625661--11625713	20	2.7	20	82	8	56	73	3	1	20	1.08
11627318--11627363	3	15.7	3	78	13	51	65	0	2	32	1.05
11627310--11627371	29	2.2	28	81	18	76	69	0	1	29	0.98
11627275--11627370	30	3.2	30	73	20	76	64	2	5	28	1.26
11627326--11627355	11	2.6	12	94	5	53	66	0	3	30	1.07
11627732--11627771	21	1.9	21	100	0	80	27	27	35	10	1.89
11628906--11629160	46	5.5	46	77	9	182	24	30	18	27	1.98
11637595--11637658	33	1.9	33	93	0	110	26	21	23	28	1.99
11637886--11637933	20	2.5	20	86	3	62	66	2	4	27	1.21
11640459--11640518	30	2.0	31	93	3	104	40	0	41	18	1.50
11648042--11648077	17	2.1	17	89	0	54	44	0	0	55	0.99
11648889--11648971	27	3.0	28	85	5	123	66	3	2	27	1.21
11649588--11649637	14	3.5	14	81	5	64	42	0	10	48	1.37
11650174--11650559	73	5.3	73	77	7	345	38	15	21	25	1.92
11650174--11650559	35	10.6	34	75	12	261	38	15	21	25	1.92
11650174--11650559	147	2.6	146	79	6	388	38	15	21	25	1.92
11650234--11650559	36	8.9	35	73	10	215	37	15	21	25	1.92
11650705--11650749	19	2.3	19	84	3	63	68	0	0	31	0.89
11650706--11650749	6	6.8	6	87	7	52	68	0	0	31	0.90
11653907--11653948	21	2.0	22	85	4	59	47	33	4	14	1.65
11654106--11654149	22	2.0	22	95	0	79	50	34	0	15	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11654111--11654160	22	2.3	22	89	6	75	52	28	0	20	1.47
11654107--11654191	37	2.3	38	84	8	104	54	29	0	16	1.43
11654122--11654199	37	2.1	37	83	4	95	52	30	0	16	1.44
11654494--11654994	132	3.8	132	92	0	799	33	25	15	25	1.95
11654894--11655085	91	2.1	91	86	1	260	33	25	14	26	1.94
11656688--11656720	16	2.1	16	94	0	57	33	0	30	36	1.58
11662104--11662171	17	3.7	17	81	13	73	70	0	26	2	1.01
11662134--11662174	16	2.5	16	92	4	64	78	0	21	0	0.76
11667542--11667682	72	2.0	72	88	2	212	33	18	25	22	1.97
11669556--11670766	297	4.1	298	88	5	1645	29	7	6	56	1.53
11670292--11670327	13	2.8	13	87	4	56	22	0	2	75	0.94
11670473--11670753	134	2.1	136	83	4	350	28	7	7	55	1.55
11671310--11671366	15	4.0	14	71	11	53	0	31	0	68	0.90
11671319--11671373	19	2.9	18	82	15	58	0	36	0	63	0.95
11671482--11671575	27	3.5	27	95	0	161	18	35	29	17	1.93
11671593--11671637	16	2.6	16	82	10	54	4	6	11	77	1.09
11674166--11674220	27	2.0	27	100	0	110	45	7	3	43	1.49
11676955--11676988	17	1.9	17	88	5	50	47	11	5	35	1.65
11680087--11680115	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
11686083--11686563	240	2.0	240	95	1	876	43	18	7	30	1.78
11689419--11689454	17	2.1	18	89	5	56	47	13	5	33	1.67
11695374--11695427	27	2.0	27	89	7	83	38	18	14	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11696793--11696844	25	2.0	28	85	11	74	50	5	19	25	1.69
11705856--11705916	30	2.0	30	100	0	122	42	0	16	40	1.48
11709934--11709999	28	2.3	29	82	14	77	39	1	1	57	1.17
11709934--11710002	29	2.5	27	82	15	79	39	1	1	57	1.16
11710480--11710615	26	5.2	26	91	0	209	35	5	21	37	1.78
11712235--11712321	27	3.2	27	87	4	106	17	22	22	36	1.94
11720697--11720904	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
11720819--11720879	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
11720737--11720879	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
11720931--11721119	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
11720958--11721158	66	3.2	64	68	19	183	41	2	6	49	1.44
11720920--11721217	120	2.5	120	93	1	508	42	2	5	50	1.37
11721045--11721096	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
11721161--11721195	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
11721360--11721450	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
11721431--11721499	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
11721431--11721499	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
11724162--11724236	15	5.3	15	72	18	56	50	2	1	45	1.24
11724162--11724237	18	4.2	17	68	18	55	51	2	1	44	1.23
11725160--11725293	40	3.4	40	71	9	123	27	16	24	31	1.96
11729682--11729706	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
11730095--11730136	20	2.1	20	95	0	75	47	19	23	9	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11747190--11747220	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
11747233--11747288	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
11747349--11747395	24	2.0	23	83	4	58	55	0	0	44	0.99
11748522--11748580	26	2.3	26	100	0	118	23	25	18	32	1.97
11753539--11753619	40	2.0	40	95	0	144	48	6	16	29	1.70
11763176--11763245	36	1.9	36	94	0	122	30	28	11	30	1.92
11775489--11775522	18	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
11782824--11783034	84	2.5	83	85	3	269	20	16	40	22	1.91
11784274--11784308	17	2.0	18	94	5	63	22	20	0	57	1.41
11787102--11787137	19	2.0	17	89	10	54	25	0	0	75	0.81
11788388--11788460	27	2.7	27	86	0	101	24	21	27	26	2.00
11795173--11795291	60	2.0	60	91	3	195	52	12	0	35	1.40
11795458--11795497	17	2.4	17	84	12	55	0	25	0	75	0.81
11795461--11795519	21	2.8	23	80	14	65	0	28	0	71	0.87
11795461--11795519	24	2.7	21	76	19	57	0	28	0	71	0.87
11814199--11814350	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
11814199--11814350	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
11822204--11822355	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
11822204--11822355	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
11823894--11823933	18	2.2	18	100	0	80	42	10	30	17	1.82
11823894--11823941	18	2.7	18	93	3	71	47	10	25	16	1.78
11824053--11824136	26	3.2	26	94	0	150	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11825613--11825664	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
11831035--11831116	25	3.2	25	98	1	155	32	4	26	35	1.78
11832587--11832638	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
11843079--11843103	12	2.1	12	100	0	50	24	0	44	32	1.54
11844445--11844563	59	2.0	59	98	0	229	35	10	5	48	1.60
11847411--11847454	22	2.0	22	82	8	54	52	20	4	22	1.65
11848260--11848312	23	2.3	23	70	6	54	43	24	5	26	1.76
11848893--11849006	43	2.7	42	77	15	101	35	24	14	24	1.94
11853021--11853111	24	3.8	24	78	7	94	17	28	21	31	1.96
11853079--11853171	24	3.8	25	76	9	84	23	27	15	33	1.95
11854047--11854080	17	2.0	17	94	0	59	73	0	26	0	0.83
11854038--11854087	21	2.4	22	70	19	52	66	0	34	0	0.92
11855234--11855353	51	2.4	51	89	0	177	39	12	21	26	1.89
11860754--11860792	17	2.4	16	86	4	51	61	5	28	5	1.39
11861523--11861555	17	1.9	17	88	11	50	54	12	0	33	1.37
11865529--11865594	33	2.0	33	87	0	96	39	3	4	53	1.37
11869236--11869266	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
11872542--11872737	49	3.9	49	78	6	223	31	28	16	24	1.96
11872555--11872738	101	1.8	99	87	4	271	31	28	15	24	1.96
11872964--11873017	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
11878255--11878319	32	2.0	32	96	0	121	49	20	13	16	1.80
11878714--11878876	79	2.1	79	100	0	326	62	4	11	21	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11878855--11878894	12	3.2	12	85	3	53	80	0	7	12	0.91
11878837--11878887	6	8.5	6	84	0	57	76	0	9	13	1.02
11878842--11878894	24	2.2	25	86	3	72	77	0	9	13	0.99
11900319--11900494	67	2.6	66	79	7	178	30	16	30	22	1.96
11900342--11900467	64	1.9	64	85	4	171	27	17	31	23	1.97
11904590--11904663	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
11912953--11913026	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
11921363--11921474	55	2.0	55	84	3	145	19	26	29	24	1.98
11937048--11937098	27	2.0	25	84	7	66	60	1	13	23	1.43
11937954--11937993	16	2.5	16	100	0	80	70	10	7	12	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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