genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75388731--75388770	20	2.0	20	90	0	62	30	0	20	50	1.49
75392910--75393039	42	3.1	42	93	0	215	32	21	20	26	1.97
75399484--75399695	42	5.1	42	93	2	356	31	23	21	24	1.98
75401339--75401509	93	1.8	93	88	2	263	22	19	29	29	1.98
75401343--75401517	46	3.8	46	74	8	158	22	18	29	29	1.98
75409739--75409770	16	2.0	16	100	0	64	12	6	50	31	1.65
75418523--75418601	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
75418720--75419255	47	11.4	47	94	0	901	28	29	8	32	1.88
75424236--75424415	27	6.6	27	79	8	159	27	15	28	28	1.96
75424236--75424388	55	2.8	56	79	8	163	28	15	28	28	1.96
75431283--75431459	27	6.6	27	81	5	196	27	15	28	29	1.96
75431284--75431438	81	1.9	81	88	5	233	27	15	28	29	1.96
75431280--75431459	81	2.2	81	83	3	229	27	15	27	29	1.96
75442637--75442697	27	2.3	27	85	5	79	24	13	24	37	1.91
75458153--75458302	71	2.2	67	77	11	157	33	15	29	22	1.94
75462043--75462104	30	2.1	30	100	0	124	33	6	6	53	1.52
75462352--75462382	15	2.1	15	93	0	53	25	25	0	48	1.52
75469934--75470011	29	2.7	29	93	0	129	29	32	14	24	1.94
75469900--75470027	29	4.4	29	80	2	107	28	30	14	27	1.95
75469905--75470015	58	1.9	57	83	5	143	28	31	13	26	1.94
75470805--75470837	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
75486113--75486237	42	3.0	43	85	4	184	28	20	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75487859--75487910	27	1.9	27	84	7	70	30	21	17	30	1.96
75488011--75488053	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
75489477--75489658	27	6.8	27	85	6	127	32	20	9	37	1.84
75489477--75489590	54	2.1	53	83	4	149	29	19	10	40	1.85
75489488--75489617	53	2.4	55	89	3	194	27	20	10	42	1.83
75489515--75489644	53	2.4	53	81	2	143	30	20	9	39	1.84
75489595--75489841	27	9.2	27	77	6	214	40	21	7	30	1.81
75489595--75489954	54	6.6	54	73	7	237	38	20	9	31	1.84
75489609--75489869	81	3.2	80	82	6	305	40	21	8	29	1.81
75489880--75489931	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
75489985--75490076	27	3.4	27	87	3	123	34	19	26	19	1.96
75490692--75490739	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
75490765--75490821	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
75490871--75490992	52	2.4	51	94	2	219	26	22	23	27	2.00
75490871--75490992	26	4.8	26	90	1	185	26	22	23	27	2.00
75491139--75491230	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
75493370--75493394	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
75500628--75500653	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
75512724--75512805	24	3.4	24	88	5	112	28	23	19	29	1.98
75512855--75512911	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
75515906--75516066	24	6.6	24	70	7	110	32	29	12	26	1.92
75515906--75516037	50	2.7	48	72	9	122	32	29	12	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75523285--75523443	24	6.5	24	71	7	115	32	30	13	24	1.93
75523285--75523416	50	2.7	48	73	9	131	31	30	13	24	1.94
75527597--75527711	43	2.7	42	80	9	126	29	26	20	24	1.99
75527605--75527711	42	2.5	42	83	1	133	29	25	19	25	1.98
75535122--75535304	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
75535101--75535304	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
75537755--75537824	28	2.5	28	88	4	97	32	25	14	27	1.94
75544466--75544558	28	3.3	28	78	0	105	23	11	31	33	1.91
75548262--75548286	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
75549415--75549552	42	3.2	43	73	12	124	26	18	26	28	1.98
75549407--75549534	42	3.0	41	78	8	139	23	17	28	30	1.97
75555057--75555557	47	10.6	47	93	2	815	32	8	29	29	1.87
75555057--75555557	238	2.1	238	92	3	843	32	8	29	29	1.87
75555057--75555557	191	2.6	190	93	2	864	32	8	29	29	1.87
75559805--75559833	13	2.2	13	100	0	58	20	51	20	6	1.70
75561640--75562231	47	12.6	47	94	2	1008	29	29	8	32	1.87
75561640--75562231	189	3.1	187	94	2	1006	29	29	8	32	1.87
75561640--75562231	236	2.5	237	93	2	1025	29	29	8	32	1.87
75567868--75568001	43	3.1	43	86	4	173	34	26	13	26	1.93
75573966--75574122	43	3.7	42	77	13	126	26	17	24	31	1.97
75581791--75581975	40	4.7	40	80	6	198	24	21	27	25	1.99
75581844--75582008	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75587128--75587225	44	2.3	42	86	8	135	23	19	23	33	1.97
75587166--75587269	42	2.4	44	79	6	115	25	18	24	32	1.97
75598581--75598705	40	3.2	40	81	10	157	23	21	28	27	1.99
75599720--75599920	48	4.2	48	92	0	330	32	25	4	36	1.78
75601545--75601635	28	3.2	28	87	4	130	31	24	23	20	1.98
75601741--75601832	28	3.3	28	89	3	141	31	4	27	36	1.76
75609410--75609500	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
75609606--75609690	28	3.1	28	91	6	131	31	8	27	32	1.86
75611440--75611576	37	3.7	37	95	0	231	25	32	17	24	1.97
75611717--75612091	48	7.8	48	93	2	637	30	26	6	36	1.81
75622739--75622814	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
75622685--75623222	47	11.3	47	92	2	851	32	8	29	29	1.87
75622685--75623222	96	5.7	94	93	2	851	32	8	29	29	1.87
75622682--75623222	143	3.8	143	94	1	924	32	8	29	29	1.87
75626375--75626500	40	3.2	40	80	5	148	22	21	28	27	1.99
75626739--75626780	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
75630884--75630922	14	2.7	14	92	4	60	10	43	0	46	1.37
75631549--75631721	46	3.8	45	74	10	163	23	26	19	30	1.98
75631538--75631717	93	1.9	91	85	6	245	23	26	19	30	1.98
75632375--75632413	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
75647648--75647812	43	3.9	42	80	12	178	32	24	14	28	1.95
75650159--75650185	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75650274--75650300	14	1.9	14	100	0	54	40	0	51	7	1.30
75652839--75652917	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
75653036--75653341	47	6.5	47	96	0	540	28	30	8	32	1.87
75662006--75662046	20	2.2	19	86	8	57	56	17	24	2	1.53
75676456--75676496	21	2.0	22	90	9	68	63	0	24	12	1.28
75678599--75678702	41	2.5	41	83	7	129	30	26	17	25	1.97
75690964--75691082	43	2.8	42	80	2	139	30	13	26	30	1.94
75697591--75697623	14	2.4	14	100	0	66	87	0	0	12	0.53
75707904--75707944	12	3.7	12	75	18	52	51	19	19	9	1.74
75707898--75707952	21	2.6	21	100	0	110	54	18	20	7	1.66
75708148--75708238	45	2.0	45	100	0	182	30	15	21	31	1.94
75712975--75713044	23	3.0	23	77	8	79	38	12	14	34	1.84
75713084--75713117	11	3.1	11	91	0	50	73	20	0	5	1.04
75713848--75713880	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
75714190--75714216	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
75722613--75722802	38	4.9	38	89	1	254	17	20	26	35	1.94
75730343--75730450	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
75731712--75731863	38	3.9	38	87	1	214	19	21	25	34	1.96
75733905--75734056	78	1.9	78	90	2	243	30	22	15	30	1.95
75734021--75734158	40	3.5	40	87	0	195	36	21	12	29	1.90
75735800--75735840	7	5.9	7	81	18	50	70	0	0	29	0.87
75735800--75735832	10	3.2	10	95	4	57	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75736633--75736666	13	2.6	13	95	0	59	29	35	26	8	1.87
75737651--75737880	49	4.7	50	75	3	225	22	27	19	30	1.98
75737662--75737877	98	2.2	98	88	0	315	22	26	18	31	1.97
75739971--75740012	18	2.3	18	83	0	57	50	11	4	33	1.60
75739982--75740020	18	2.2	18	90	0	60	48	20	7	23	1.75
75740153--75740194	18	2.3	19	84	12	52	69	0	4	26	1.08
75745263--75745322	6	8.9	7	80	14	56	41	0	0	58	0.98
75746184--75746218	11	3.2	11	91	0	61	85	0	14	0	0.59
75748230--75748362	47	2.8	47	91	0	212	41	21	10	26	1.85
75756114--75756221	43	2.5	43	87	0	126	28	14	22	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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