genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73010708--73010880	46	3.7	46	75	13	174	23	21	26	29	1.99
73010705--73010875	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	28	1.99
73013826--73013868	15	2.9	15	80	16	54	11	16	13	58	1.64
73016267--73016439	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
73016264--73016434	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
73024491--73024516	12	2.2	12	100	0	52	34	34	0	30	1.58
73033353--73033527	46	3.8	45	75	7	136	26	29	22	21	1.99
73033360--73033532	93	1.9	93	86	0	247	26	29	22	21	1.99
73044341--73044509	43	4.0	43	76	6	173	31	24	14	28	1.95
73044982--73045046	29	2.3	29	83	2	78	29	24	3	43	1.69
73045063--73045112	21	2.4	21	83	3	57	44	20	2	34	1.63
73058330--73058552	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
73058330--73058552	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
73058382--73058575	79	2.5	78	84	9	209	26	21	27	24	1.99
73063572--73063676	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
73065575--73065679	38	2.8	38	81	5	115	30	19	23	26	1.98
73065707--73065982	40	6.9	40	92	0	453	20	23	30	26	1.98
73066145--73066200	25	2.2	25	75	6	60	33	10	28	26	1.90
73070387--73070491	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
73078838--73078916	38	2.1	39	92	2	133	17	24	25	32	1.97
73094864--73095009	48	3.0	48	91	0	238	30	23	8	37	1.84
73107024--73107102	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73107221--73107547	47	6.7	47	90	4	449	29	29	8	32	1.87
73107276--73107527	51	5.1	51	94	3	444	30	28	8	32	1.86
73107221--73107547	100	3.4	98	90	4	493	29	29	8	32	1.87
73116402--73116608	40	5.2	40	83	4	224	25	28	23	22	1.99
73120088--73120131	23	1.9	23	95	0	79	36	18	6	38	1.77
73124271--73124379	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
73124526--73124660	48	2.8	48	95	0	243	29	28	8	34	1.86
73124676--73124751	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
73124630--73124823	47	4.1	47	91	0	298	26	29	11	32	1.91
73124590--73124823	94	2.5	93	86	4	301	26	29	11	33	1.91
73124745--73124824	25	3.3	25	65	16	60	30	28	8	32	1.87
73128590--73128641	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
73128817--73129287	40	11.8	40	91	0	701	26	27	21	24	1.99
73129127--73129193	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
73129207--73129273	23	3.2	23	60	24	56	23	28	23	23	2.00
73130536--73130644	37	2.9	37	94	0	182	26	29	19	24	1.98
73130791--73130925	48	2.8	48	93	0	234	30	28	7	34	1.84
73130895--73131088	47	4.1	47	91	0	280	26	29	11	32	1.91
73130941--73131016	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
73131010--73131089	25	3.3	25	65	16	60	30	28	8	32	1.87
73139589--73139645	27	2.1	27	100	0	114	24	10	3	61	1.44
73142696--73142816	43	2.8	43	86	6	149	23	13	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73143921--73144162	96	2.5	98	83	3	301	26	16	28	28	1.97
73145266--73145306	21	2.0	21	90	4	66	9	41	26	21	1.84
73157989--73158074	24	3.5	24	77	3	82	27	16	26	29	1.97
73163725--73163801	24	3.2	23	73	15	75	35	14	24	25	1.93
73180851--73181026	46	3.8	46	77	10	178	20	21	30	28	1.98
73180848--73181019	93	1.8	93	89	0	272	20	21	30	27	1.98
73193888--73193932	22	2.0	22	83	8	56	28	0	8	62	1.25
73199065--73199204	67	2.0	67	84	5	181	31	22	27	18	1.97
73210316--73211264	47	19.9	47	91	2	1520	33	8	29	28	1.87
73210316--73211264	143	6.7	143	93	1	1541	33	8	29	28	1.87
73210316--73211264	190	5.0	190	93	2	1618	33	8	29	28	1.87
73211383--73211461	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
73217200--73217269	27	2.5	28	95	2	124	31	28	12	27	1.93
73221703--73221745	22	1.9	23	90	4	70	23	48	2	25	1.62
73227583--73227681	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
73235563--73235635	29	2.6	29	84	6	96	27	30	16	26	1.97
73247494--73248063	27	21.6	26	76	9	392	39	20	9	31	1.84
73247500--73248063	53	10.7	53	77	9	401	39	20	9	31	1.84
73247494--73247971	133	3.6	131	78	6	475	39	19	9	31	1.83
73247988--73248076	27	3.3	27	88	3	117	39	16	14	29	1.89
73253592--73253618	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
73254090--73254215	28	4.5	28	95	1	209	26	12	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73262027--73262111	40	2.1	40	82	4	100	32	28	16	22	1.95
73265568--73265645	27	2.9	26	83	7	102	23	20	21	34	1.97
73265684--73266005	27	11.9	28	76	11	158	31	9	18	39	1.83
73265690--73266005	54	5.8	54	74	9	214	31	8	19	40	1.81
73265775--73266005	81	2.9	81	76	3	225	30	8	19	41	1.81
73265988--73266058	27	2.7	27	84	2	81	30	22	19	26	1.98
73275750--73275888	48	2.9	48	89	3	210	30	23	15	30	1.95
73281887--73281935	21	2.2	23	85	7	66	42	26	0	30	1.55
73285106--73285140	18	1.9	18	100	0	70	11	28	0	60	1.32
73287624--73287817	61	3.2	61	71	11	191	43	2	5	48	1.38
73287582--73287848	120	2.2	120	93	0	453	43	1	4	49	1.34
73287792--73287826	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
73287990--73288080	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
73288061--73288129	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
73288061--73288129	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
73288195--73288299	40	2.6	40	76	5	97	33	26	14	25	1.94
73293326--73293435	27	4.1	27	81	5	125	36	21	22	19	1.95
73293326--73293435	54	2.1	53	87	1	157	36	21	22	19	1.95
73293854--73293883	16	1.9	15	93	6	51	3	26	23	46	1.68
73293955--73293996	17	2.4	18	80	4	50	38	28	0	33	1.58
73294876--73294963	12	7.3	12	67	10	54	23	39	4	31	1.75
73294869--73294969	24	4.2	24	89	5	159	20	41	3	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73300402--73300577	40	4.4	40	82	6	216	25	28	22	24	1.99
73307661--73307836	40	4.4	40	80	6	198	25	27	21	25	1.99
73310956--73311067	27	4.2	27	86	5	147	35	22	24	17	1.95
73310956--73311067	54	2.1	53	91	1	179	35	22	24	17	1.95
73311583--73311624	17	2.4	18	80	4	50	38	28	0	33	1.58
73312497--73312591	24	4.0	24	92	0	145	21	38	4	35	1.73
73322073--73322139	34	2.0	34	96	0	125	28	17	14	38	1.90
73324085--73324243	43	3.7	43	72	10	128	26	18	23	31	1.98
73325483--73325622	24	5.9	24	69	15	85	32	27	13	27	1.94
73325578--73325859	94	3.0	94	97	0	519	39	19	10	30	1.86
73326942--73327265	48	6.8	48	90	0	477	32	26	6	35	1.81
73326942--73327265	144	2.2	144	94	0	558	32	26	6	35	1.81
73333452--73333500	22	2.2	21	79	10	53	42	0	4	53	1.20
73333463--73333505	10	4.1	10	82	11	50	37	0	4	58	1.19
73333461--73333505	22	2.0	22	91	0	72	37	0	4	57	1.19
73335777--73336134	27	13.3	27	89	0	502	34	19	20	24	1.96
73336273--73336351	27	2.9	26	83	3	86	24	21	17	36	1.94
73336538--73336630	33	2.8	33	85	0	123	29	22	23	24	1.99
73336543--73336645	33	3.1	32	83	5	116	29	22	22	26	1.99
73336588--73336661	33	2.2	33	82	0	85	31	22	21	24	1.99
73336660--73336713	28	1.9	28	100	0	108	16	29	29	24	1.97
73339627--73339671	20	2.2	20	100	0	90	28	0	20	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73339621--73339668	20	2.8	16	75	24	53	29	0	20	50	1.49
73343034--73343201	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
73343057--73343201	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
73344389--73344464	38	2.0	38	97	0	143	30	25	13	31	1.93
73349106--73349231	46	2.7	46	87	2	173	32	26	18	23	1.97
73349653--73349712	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
73355787--73355844	6	9.5	6	80	10	64	46	17	17	18	1.84
73355763--73355854	31	3.0	31	91	0	139	46	13	19	20	1.83
73356004--73356105	27	3.8	26	80	5	96	36	20	23	19	1.95
73356589--73356839	27	9.3	27	89	0	340	24	20	19	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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