genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58058317--58058381	20	3.2	20	72	8	60	12	30	16	40	1.86
58069786--58069827	18	2.4	18	80	11	52	45	33	0	21	1.52
58073842--58074241	47	8.5	47	92	2	651	33	8	29	28	1.87
58073842--58074241	139	2.8	140	91	2	640	33	8	29	28	1.87
58074360--58074438	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
58075220--58075262	21	2.0	21	82	8	52	11	4	6	76	1.13
58077753--58077832	29	2.8	28	81	7	99	22	12	35	30	1.91
58081594--58081671	29	2.8	28	80	7	86	24	16	32	26	1.96
58084483--58084573	27	3.4	27	77	6	103	34	19	23	23	1.97
58084714--58084778	27	2.4	27	79	5	69	20	20	24	35	1.96
58086089--58086159	27	2.6	27	82	4	81	38	21	21	19	1.94
58086559--58086639	33	2.5	33	89	0	117	25	19	22	32	1.98
58096784--58096932	46	3.2	45	79	11	142	28	18	29	24	1.98
58096827--58096932	47	2.3	49	79	15	134	28	17	29	24	1.98
58100962--58101230	40	6.7	40	96	0	502	25	21	27	26	1.99
58109060--58109208	40	3.7	40	95	0	262	27	21	26	24	1.99
58109060--58109231	40	4.3	40	91	2	258	28	21	25	24	1.99
58120461--58120671	46	4.5	45	72	15	135	29	19	28	22	1.98
58120457--58120570	47	2.5	44	79	15	115	28	19	28	24	1.98
58123044--58123267	40	5.7	40	82	5	231	25	27	21	25	1.99
58123044--58123267	79	2.8	77	80	7	245	25	27	21	25	1.99
58123199--58123276	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58130935--58131191	40	6.5	38	77	10	191	24	28	21	26	1.99
58131123--58131200	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58140313--58140431	29	4.2	29	75	6	118	31	13	28	26	1.94
58140317--58140429	58	2.0	57	82	5	138	30	14	29	25	1.95
58144235--58144406	93	1.8	93	87	2	256	28	28	20	22	1.99
58144227--58144398	46	3.8	44	75	10	166	29	28	19	22	1.98
58144278--58144421	46	3.1	46	71	14	125	29	28	19	22	1.98
58147478--58147578	29	3.5	29	77	6	98	29	15	30	23	1.96
58149928--58150107	40	4.6	40	78	10	158	23	21	27	27	1.99
58149928--58150107	80	2.3	79	83	5	213	23	21	27	27	1.99
58155009--58155165	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
58155009--58155165	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
58161305--58161488	40	4.6	40	82	8	214	24	23	26	25	2.00
58161305--58161488	80	2.3	80	85	5	239	24	23	26	25	2.00
58164499--58164560	20	3.2	20	70	9	65	41	9	19	29	1.83
58164492--58164567	38	2.0	38	92	0	125	40	9	19	30	1.83
58168096--58168271	46	3.8	46	79	12	207	20	20	30	28	1.98
58168093--58168264	93	1.8	93	94	0	308	20	20	30	27	1.98
58175630--58175805	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
58175627--58175798	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
58185622--58185802	41	4.4	41	76	9	156	25	29	22	22	1.99
58185648--58185803	81	1.9	80	83	7	199	26	29	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58185648--58185803	41	3.8	41	81	8	176	26	29	23	21	1.99
58186754--58186831	38	2.1	38	100	0	156	35	23	2	38	1.68
58194530--58194753	40	5.6	40	82	5	256	25	23	27	24	2.00
58194530--58194789	119	2.2	119	81	7	296	25	23	26	24	2.00
58194530--58194789	79	3.3	80	80	7	280	25	23	26	24	2.00
58202656--58202872	40	5.5	40	91	2	305	23	23	28	24	1.99
58206623--58206765	48	3.0	47	87	5	198	28	23	20	26	1.99
58209561--58209613	26	2.0	26	100	0	106	26	26	22	24	2.00
58211950--58212168	39	5.6	39	83	8	230	26	27	20	25	1.99
58211948--58212168	116	1.9	117	80	6	261	26	28	20	25	1.99
58224241--58224464	40	5.6	40	82	6	258	25	24	27	23	2.00
58224241--58224500	79	3.3	80	83	4	303	25	23	26	23	2.00
58224241--58224464	119	1.9	121	84	5	303	25	24	27	23	2.00
58227229--58227395	40	4.1	41	69	17	118	27	25	23	23	2.00
58233698--58233757	27	2.2	27	88	5	86	28	15	21	35	1.93
58236407--58236460	26	2.1	26	96	0	99	38	16	16	27	1.90
58246804--58246899	29	3.3	29	76	5	104	27	12	28	32	1.93
58246804--58246910	29	3.7	30	75	13	100	26	13	28	31	1.93
58251308--58251426	29	4.1	29	84	1	159	25	14	29	31	1.95
58255606--58255631	11	2.4	11	100	0	52	38	46	7	7	1.61
58255780--58255813	17	1.9	17	88	5	50	14	17	41	26	1.88
58255871--58255966	29	3.3	29	82	5	124	23	13	29	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58262431--58262631	18	11.2	18	77	0	168	39	16	13	30	1.87
58262432--58262633	54	3.7	53	78	6	190	40	15	13	30	1.87
58263972--58264062	24	3.7	25	73	12	82	23	21	20	34	1.97
58263972--58264135	23	6.8	25	75	12	114	22	20	21	34	1.97
58264467--58264566	48	2.1	48	94	0	173	50	22	5	23	1.68
58273656--58273696	20	2.0	20	100	0	82	39	9	14	36	1.79
58276240--58276502	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
58276279--58276537	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
58284163--58284371	40	5.2	40	88	3	269	24	20	28	26	1.99
58288755--58288874	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
58290006--58290186	40	4.6	40	77	8	156	25	20	26	27	1.99
58290039--58290209	79	2.2	78	76	10	168	27	19	25	27	1.99
58294765--58294829	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
58294935--58295024	28	3.2	27	82	7	110	21	24	22	32	1.98
58305222--58305261	18	2.1	20	86	9	57	70	10	2	17	1.27
58306402--58306451	17	2.7	18	80	20	59	4	0	16	80	0.87
58306402--58306437	16	2.2	17	90	5	56	5	0	11	83	0.80
58306975--58307016	15	2.8	15	82	13	59	14	11	16	57	1.66
58307613--58307641	15	2.0	15	93	6	51	10	13	20	55	1.68
58312069--58312244	46	3.8	46	76	12	189	21	19	28	30	1.98
58312066--58312237	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	29	1.98
58317268--58317369	38	2.7	38	84	3	125	24	21	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58317367--58317693	43	7.6	43	92	0	528	11	25	32	30	1.91
58322778--58322915	27	5.1	27	87	0	195	28	13	14	42	1.84
58328984--58329026	16	2.7	16	77	0	50	53	11	18	16	1.72
58329239--58329328	29	3.1	29	79	1	83	30	12	26	31	1.92
58332704--58332773	34	2.1	34	86	5	97	27	20	22	30	1.98
58344285--58344669	81	4.8	81	82	4	397	31	9	20	38	1.84
58344290--58344662	27	13.9	27	80	8	332	31	9	20	39	1.84
58354988--58355160	46	3.7	46	74	13	174	28	22	26	22	1.99
58355031--58355301	140	1.9	141	82	3	341	28	20	26	24	1.99
58358627--58358666	19	2.2	18	90	4	62	40	5	12	42	1.64
58362513--58362560	19	2.6	19	80	9	55	35	6	12	45	1.67
58362577--58362665	42	2.1	42	93	0	151	29	5	13	51	1.63
58370750--58371292	47	11.6	47	93	1	912	29	30	8	32	1.86
58371015--58371090	22	3.3	22	66	16	64	27	32	10	28	1.90
58371037--58371115	25	3.3	25	64	16	67	32	30	5	31	1.79
58375284--58375319	16	2.2	16	100	0	72	36	33	25	5	1.79
58375333--58375562	40	5.8	40	91	2	365	25	29	21	23	1.99
58376975--58377462	47	10.6	47	93	3	805	28	30	7	32	1.86
58376975--58377462	179	2.6	183	92	5	786	28	30	7	32	1.86
58381344--58381406	26	2.4	26	81	7	74	33	26	12	26	1.93
58386095--58386267	27	6.4	27	88	0	220	35	20	18	25	1.95
58386096--58386267	81	2.1	81	89	0	254	36	20	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58387005--58387064	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
58391787--58391860	30	2.5	30	87	8	100	17	27	28	27	1.98
58392579--58392724	40	3.7	40	78	4	152	34	15	28	22	1.94
58392593--58392789	80	2.5	80	83	1	236	35	16	27	21	1.94
58392619--58392789	40	4.3	40	81	3	202	33	16	26	22	1.95
58393106--58393453	173	2.0	173	99	0	687	36	17	20	25	1.94
58393807--58393885	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58394004--58394655	47	13.7	47	93	2	1081	29	30	8	32	1.86
58394004--58394655	190	3.4	190	93	1	1103	29	30	8	32	1.86
58394004--58394655	143	4.6	141	93	2	973	29	30	8	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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