genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63362185--63362378	79	2.4	79	83	4	239	24	26	23	24	2.00
63362975--63363058	38	2.3	38	93	6	147	32	27	13	27	1.93
63370228--63370454	40	5.7	40	79	4	224	24	25	23	26	2.00
63371050--63371136	38	2.3	38	95	0	156	32	25	14	27	1.95
63382428--63382497	34	2.1	34	100	0	140	31	5	22	40	1.78
63384435--63384545	40	2.7	41	81	2	134	36	24	13	25	1.92
63388300--63388393	40	2.3	40	96	0	170	35	25	17	22	1.95
63391893--63392087	40	4.9	40	87	3	268	25	27	21	25	1.99
63391867--63392087	119	1.9	119	83	5	295	24	26	22	26	2.00
63402315--63402472	38	4.1	38	89	3	219	29	25	22	23	1.99
63406039--63406085	24	2.0	24	84	12	62	70	0	17	12	1.17
63407594--63407798	27	7.6	27	84	4	243	28	14	28	29	1.95
63411550--63411762	46	4.5	46	77	10	175	28	18	30	23	1.98
63411689--63411817	50	2.6	48	79	9	134	26	19	30	24	1.98
63417974--63418006	17	1.9	17	100	0	66	54	15	0	30	1.41
63420477--63420510	15	2.3	15	100	0	68	17	35	20	26	1.95
63421895--63422129	27	8.7	27	85	1	238	25	19	20	34	1.96
63421897--63422129	54	4.3	54	86	2	297	24	19	21	34	1.96
63421897--63422129	81	2.9	81	85	1	306	24	19	21	34	1.96
63424904--63424956	26	2.0	27	85	10	74	49	13	11	26	1.75
63424910--63424965	26	2.2	26	81	12	62	57	8	8	25	1.58
63440774--63440907	46	2.9	46	80	5	171	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63440774--63440901	47	2.7	47	82	5	161	21	21	29	27	1.98
63443828--63443896	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
63443819--63443906	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
63446292--63446467	46	3.8	46	81	4	219	21	21	30	27	1.98
63446288--63446459	93	1.8	93	93	0	299	20	21	30	26	1.98
63449781--63450093	47	6.6	47	90	2	473	28	29	8	33	1.87
63449781--63450093	96	3.3	96	91	2	517	28	29	8	33	1.87
63449781--63450093	143	2.2	141	90	2	473	28	29	8	33	1.87
63465444--63465474	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
63466025--63466206	45	4.0	45	84	1	231	24	15	26	32	1.95
63471756--63471842	44	2.0	45	84	6	115	25	28	20	25	1.99
63477809--63477840	16	1.9	17	93	6	57	31	18	6	43	1.75
63483565--63483594	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
63483792--63484084	50	5.8	50	74	6	207	30	25	16	27	1.97
63486019--63486120	6	16.8	6	77	17	104	49	13	17	19	1.80
63485998--63486120	30	4.1	29	83	9	140	48	13	17	19	1.80
63486238--63486303	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
63486476--63486534	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
63486622--63486704	27	3.1	26	81	5	76	37	19	20	22	1.94
63486923--63487091	27	6.3	27	84	2	223	23	18	21	36	1.95
63487108--63487540	27	16.0	27	81	1	465	42	9	20	27	1.84
63487104--63487538	108	4.0	108	86	2	552	42	9	20	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63488881--63488912	15	2.1	15	100	0	64	46	6	18	28	1.73
63489461--63489496	18	2.0	18	100	0	72	33	5	22	38	1.77
63495978--63496107	47	2.8	45	77	12	138	23	29	20	26	1.99
63498627--63498933	94	3.3	94	74	10	243	27	19	28	25	1.98
63498671--63498977	47	6.5	46	70	14	132	27	19	28	24	1.99
63499233--63499307	37	2.0	37	97	0	141	25	10	17	46	1.80
63499241--63499304	21	3.3	21	64	28	59	25	10	18	45	1.82
63500231--63500372	29	4.9	29	93	0	232	30	29	14	26	1.95
63501917--63502086	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
63501917--63502086	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
63502506--63502565	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
63509448--63509622	45	3.8	49	78	15	183	28	28	21	21	1.99
63509453--63509622	93	1.8	92	96	1	313	28	29	21	21	1.98
63518888--63519392	47	10.7	47	92	3	820	32	8	29	28	1.87
63519510--63519654	37	3.9	37	92	0	236	24	18	31	26	1.98
63520915--63521266	40	8.8	40	86	2	456	26	20	26	26	1.99
63520915--63521266	80	4.4	80	89	0	508	26	20	26	26	1.99
63525113--63525572	47	9.7	47	95	1	787	32	8	30	28	1.87
63525691--63525834	37	3.9	37	90	0	227	25	18	30	25	1.98
63530004--63530041	17	2.2	17	95	0	67	21	7	10	60	1.54
63533557--63533689	50	2.7	49	78	10	137	21	30	19	27	1.98
63533669--63533778	46	2.4	45	82	10	118	28	30	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63533715--63533877	46	3.5	45	74	12	127	25	27	19	28	1.98
63535286--63535421	48	2.8	48	84	6	134	27	22	22	27	1.99
63538194--63538379	40	4.7	40	86	5	225	25	22	26	25	2.00
63540896--63540978	41	2.0	41	100	0	166	42	24	4	28	1.75
63541562--63541640	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
63541759--63542154	47	8.4	47	93	0	639	28	29	8	33	1.87
63545695--63545916	40	5.6	40	83	6	247	24	27	22	26	2.00
63545682--63545916	119	2.0	120	82	5	289	24	27	22	25	2.00
63546224--63546302	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
63546284--63546386	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
63547153--63547186	17	2.0	17	100	0	68	17	29	23	29	1.97
63548266--63548344	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
63548463--63548860	47	8.4	47	93	1	643	28	29	8	32	1.87
63548463--63548860	95	4.2	94	92	1	643	28	29	8	32	1.87
63553456--63553611	40	3.9	40	82	5	183	26	17	25	29	1.98
63553717--63553746	15	2.0	15	100	0	60	26	13	26	33	1.93
63556667--63556850	78	2.3	81	83	6	234	24	21	27	26	1.99
63556667--63556850	40	4.7	40	85	6	225	24	21	27	26	1.99
63556720--63556873	78	2.0	77	84	6	202	25	20	27	26	1.99
63556976--63557005	15	2.0	15	100	0	60	26	20	26	26	1.99
63559923--63560103	77	2.3	79	82	6	217	24	20	28	25	1.99
63559922--63560103	40	4.6	39	83	8	210	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63559975--63560136	79	2.1	76	83	5	200	26	19	27	26	1.99
63559974--63560136	39	4.2	39	82	9	183	26	19	27	26	1.99
63564359--63564411	27	1.9	27	84	3	70	41	13	11	33	1.80
63564368--63564466	27	3.7	27	83	5	103	40	18	11	30	1.85
63564368--63564474	54	2.0	54	81	7	128	38	19	11	30	1.87
63564463--63564594	27	4.9	27	87	0	165	31	23	6	38	1.81
63564396--63564738	27	12.7	27	79	5	102	37	20	8	33	1.83
63564571--63564710	54	2.6	54	86	2	156	38	20	8	32	1.83
63564585--63564751	54	3.1	54	82	6	151	41	19	7	31	1.80
63564586--63564739	81	1.9	81	85	5	213	40	19	8	31	1.81
63564841--63564914	27	2.7	27	78	12	80	37	21	20	20	1.94
63566076--63566123	25	1.9	25	86	0	69	35	22	12	29	1.91
63566236--63566402	24	7.0	24	90	3	248	29	23	20	26	1.99
63582121--63582157	18	2.1	18	89	0	56	40	24	8	27	1.83
63608365--63608393	12	2.4	12	100	0	58	6	13	31	48	1.69
63609334--63609436	14	7.2	14	76	16	81	15	0	39	43	1.53
63609362--63609451	29	3.1	29	85	3	110	15	1	41	42	1.54
63609392--63609466	22	3.5	22	78	8	82	18	1	38	41	1.59
63609820--63609892	28	2.7	29	77	8	73	19	4	30	46	1.68
63609861--63609913	21	2.6	21	90	3	81	22	1	33	41	1.65
63609477--63609971	202	2.4	203	91	3	784	25	2	27	43	1.68
63609881--63609950	28	2.4	29	79	11	81	25	1	30	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63613142--63613171	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
63614614--63614905	9	33.3	9	68	20	90	45	14	3	36	1.60
63614645--63614750	30	3.4	30	76	14	124	43	16	2	37	1.62
63614619--63614925	64	4.7	64	75	15	295	45	14	3	36	1.61
63614695--63614905	46	4.6	46	84	5	286	45	14	3	36	1.63
63614765--63614895	42	3.0	42	79	8	154	47	12	3	36	1.59
63614719--63614895	88	2.0	88	93	0	300	46	12	3	36	1.61
63614827--63614920	16	5.9	16	73	9	75	46	15	3	34	1.62
63614827--63614924	9	11.0	9	71	18	62	45	16	3	34	1.63
63621300--63621334	17	2.0	18	88	5	54	14	31	0	54	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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