genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35056700--35056748	22	2.3	21	86	10	64	20	16	8	55	1.66
35058536--35058582	18	2.6	18	86	0	58	21	23	8	46	1.78
35059112--35059142	9	3.4	9	90	0	53	35	0	0	64	0.94
35062354--35062846	126	3.9	125	92	1	774	26	17	16	39	1.90
35062174--35062846	250	2.7	250	88	3	976	27	18	15	38	1.91
35062874--35063495	159	4.0	158	84	6	887	43	20	1	34	1.63
35063128--35063185	24	2.5	22	80	11	62	51	29	1	17	1.55
35063288--35063330	16	2.8	16	83	13	54	53	25	0	20	1.46
35063190--35063493	144	2.1	141	89	3	466	43	19	1	34	1.62
35063454--35063519	24	2.8	24	95	0	114	54	30	0	15	1.41
35064014--35064047	17	1.9	18	88	5	52	8	2	8	79	1.03
35068273--35068297	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
35075341--35075374	15	2.4	14	90	5	50	55	2	0	41	1.15
35075562--35075628	26	2.5	27	95	2	118	32	5	17	43	1.74
35077522--35077569	18	2.6	18	81	15	53	52	2	4	41	1.32
35083630--35083688	30	1.9	31	86	3	84	42	0	35	22	1.54
35086263--35086322	29	2.0	31	84	15	81	30	6	6	56	1.51
35087857--35087954	43	2.2	46	87	8	141	46	16	8	28	1.75
35089615--35089702	44	2.0	44	100	0	176	36	11	15	36	1.84
35092721--35092936	46	4.6	46	75	8	186	22	25	21	30	1.99
35092721--35092936	94	2.3	94	82	5	240	22	25	21	30	1.99
35096046--35096227	40	4.6	40	93	2	305	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35099582--35099758	90	2.0	90	82	2	221	24	22	15	36	1.94
35099554--35099803	90	2.8	90	76	4	209	26	22	15	36	1.94
35103004--35103053	21	2.5	19	78	9	55	34	8	0	58	1.28
35106813--35106857	23	2.0	23	82	4	56	42	4	0	53	1.21
35113816--35113894	42	1.9	40	85	10	106	21	24	39	15	1.91
35118060--35118148	41	2.2	41	91	0	142	16	17	29	35	1.93
35118135--35118223	38	2.3	38	79	7	92	22	19	24	33	1.97
35120134--35120394	47	5.6	48	77	9	211	28	19	29	22	1.98
35121240--35121327	42	2.1	42	95	0	158	14	23	42	19	1.88
35122236--35122302	32	2.1	32	100	0	134	23	14	20	40	1.90
35122370--35122584	102	2.1	102	91	0	340	26	27	10	34	1.90
35125234--35125295	30	2.0	31	82	17	76	50	3	0	46	1.17
35127949--35127978	14	2.1	14	100	0	60	33	13	0	53	1.40
35134316--35134380	26	2.5	25	82	2	67	33	9	4	52	1.54
35151284--35151395	40	2.8	40	87	5	147	24	28	21	25	1.99
35151303--35151448	40	3.6	41	81	9	176	25	28	22	23	2.00
35153167--35153789	44	14.0	44	65	14	192	29	17	26	27	1.97
35153147--35153906	178	4.3	179	83	5	925	28	16	26	27	1.97
35153147--35153909	356	2.1	354	88	4	1108	28	16	26	27	1.97
35167293--35167354	30	2.1	30	100	0	124	51	9	22	16	1.73
35177957--35178052	35	2.6	36	82	8	106	19	15	8	56	1.65
35184899--35184938	8	5.1	8	87	6	55	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35186526--35186577	26	2.0	26	85	3	70	61	1	0	36	1.07
35192585--35192660	37	2.1	37	100	0	152	42	21	5	31	1.75
35207875--35207910	18	1.9	19	88	5	56	47	2	19	30	1.64
35212191--35212256	23	2.8	24	75	15	64	16	22	21	39	1.92
35212214--35212277	25	2.7	23	72	9	56	20	25	20	34	1.96
35214339--35214372	17	1.9	18	88	5	52	17	2	0	79	0.86
35229971--35229996	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
35236150--35236190	9	4.4	10	88	11	61	87	0	12	0	0.53
35236150--35236183	11	3.3	11	92	8	54	88	0	11	0	0.52
35237268--35237392	61	2.0	60	89	7	187	32	17	12	36	1.88
35237537--35238025	205	2.4	205	91	0	789	30	19	21	29	1.97
35238035--35238886	44	19.4	45	73	10	390	31	18	24	26	1.97
35238050--35238886	132	6.4	132	94	0	1410	30	18	24	26	1.98
35239141--35239293	13	12.6	13	71	23	97	37	47	0	14	1.49
35239141--35239269	22	5.9	22	67	24	76	37	47	0	14	1.45
35239141--35239289	31	4.8	31	77	13	146	37	47	0	14	1.49
35239150--35239206	9	5.9	9	78	15	60	36	49	0	14	1.43
35239212--35239293	35	2.3	35	87	8	130	37	48	1	12	1.48
35239168--35239287	48	2.6	44	81	10	150	38	47	0	13	1.49
35239662--35239703	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
35241727--35241766	19	2.2	17	86	8	53	55	5	15	25	1.60
35241998--35242079	33	2.3	39	81	12	95	51	0	12	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35242064--35242103	19	2.1	19	85	0	53	70	2	2	25	1.13
35242488--35242556	13	5.7	12	74	19	63	13	0	47	39	1.42
35242475--35242614	22	6.4	22	74	18	103	15	0	47	37	1.46
35242537--35242615	31	2.5	31	91	0	122	18	0	44	36	1.51
35244101--35244156	27	2.1	27	86	6	78	58	0	7	33	1.25
35245086--35245161	38	2.0	38	82	14	95	30	5	2	61	1.31
35252722--35252854	55	2.4	55	84	2	160	29	28	20	21	1.98
35261901--35261945	12	3.7	12	85	8	56	13	24	0	62	1.31
35261880--35261945	12	5.6	11	74	13	53	13	22	0	63	1.29
35264266--35264301	4	9.0	4	100	0	72	75	0	0	25	0.81
35267619--35267646	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
35272217--35272255	20	1.9	21	84	5	53	35	0	30	33	1.58
35275955--35276035	32	2.7	30	76	12	76	58	2	1	38	1.20
35278769--35278828	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
35278783--35278845	28	2.2	28	94	0	108	28	26	11	33	1.91
35281585--35281744	52	3.1	52	81	4	196	25	15	27	31	1.96
35282026--35282111	42	2.0	42	93	0	145	25	16	19	38	1.92
35289011--35289224	52	4.3	51	78	13	205	24	15	28	31	1.95
35289961--35290018	20	2.9	20	78	0	71	22	32	29	15	1.95
35290598--35290638	22	1.9	22	95	5	75	19	19	9	51	1.74
35305254--35305521	47	5.7	46	80	8	258	28	18	29	23	1.98
35305255--35305516	140	1.9	140	85	4	368	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35312886--35313016	47	2.8	47	87	5	169	28	19	29	22	1.98
35319306--35319488	38	4.8	38	86	6	239	21	22	25	30	1.99
35319481--35319609	43	3.0	43	91	0	222	12	25	31	30	1.92
35321197--35321474	94	3.0	94	95	0	493	29	10	20	39	1.85
35328968--35329343	94	4.0	94	95	0	662	30	11	18	39	1.86
35331120--35331154	10	3.5	10	100	0	70	37	0	31	31	1.58
35335732--35335870	38	3.7	37	86	4	172	22	22	23	31	1.98
35335732--35335870	75	1.9	75	84	6	192	22	22	23	31	1.98
35335868--35335992	43	2.9	43	91	0	205	13	25	32	28	1.94
35336587--35336617	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
35341088--35341209	43	2.9	43	80	3	113	19	15	30	34	1.93
35342774--35342822	19	2.5	20	87	9	75	30	18	40	10	1.84
35359025--35359226	42	4.7	43	83	2	228	25	17	24	32	1.97
35365116--35365288	46	3.7	46	77	10	199	23	20	26	30	1.98
35365113--35365283	93	1.8	93	93	0	297	22	20	27	29	1.99
35371200--35371238	19	2.1	19	100	0	78	20	10	38	30	1.86
35378798--35378954	43	3.7	43	84	2	190	24	19	26	29	1.98
35380920--35381121	40	5.1	40	83	4	239	34	17	29	17	1.94
35380966--35381103	20	6.9	20	68	11	86	34	18	31	15	1.92
35384641--35384823	40	4.6	40	81	6	212	24	27	22	25	2.00
35384641--35384823	79	2.3	81	82	7	214	24	27	22	25	2.00
35390053--35390095	22	2.0	22	86	4	61	39	34	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35392231--35392314	28	3.0	28	83	1	96	29	14	32	23	1.94
35392609--35392891	27	10.6	27	81	6	310	38	20	10	30	1.86
35392609--35392891	81	3.5	81	86	3	362	38	20	10	30	1.86
35392765--35392934	27	6.3	27	84	2	139	38	17	12	31	1.87
35393395--35393420	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
35396751--35396791	21	2.0	21	100	0	82	29	17	14	39	1.89
35398487--35398765	48	5.8	47	71	12	183	30	19	23	26	1.98
35398497--35398768	144	1.9	144	80	3	323	30	19	23	26	1.98
35398482--35398765	96	2.9	96	80	6	331	30	19	23	26	1.98
35398499--35398795	48	6.2	47	73	8	161	29	19	23	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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