genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71486118--71486163	21	2.2	21	96	0	83	50	8	4	36	1.53
71489375--71489431	17	3.6	17	69	26	61	14	42	28	15	1.86
71489327--71489458	30	4.4	30	85	0	156	13	40	28	17	1.88
71489382--71489436	19	3.3	19	63	36	54	14	38	30	16	1.89
71495444--71495550	27	4.0	27	75	7	101	32	23	14	28	1.95
71499128--71499287	41	3.9	41	94	0	284	26	13	25	34	1.93
71500339--71500368	12	2.5	12	100	0	60	13	30	36	20	1.90
71501246--71501310	27	2.4	27	84	0	85	27	24	10	36	1.89
71501409--71501519	27	4.1	27	80	0	132	33	22	10	33	1.89
71503710--71503888	66	2.7	65	78	3	187	31	15	23	29	1.95
71506371--71506488	42	2.8	43	79	2	132	31	26	15	27	1.96
71516481--71516511	16	2.0	15	93	6	53	25	3	12	58	1.50
71519508--71519626	57	2.1	56	89	7	179	49	6	15	28	1.69
71519598--71519627	7	4.4	7	91	8	53	73	0	13	13	1.10
71519598--71519627	13	2.2	14	94	5	53	73	0	13	13	1.10
71520562--71520592	16	1.9	16	93	0	53	58	3	19	19	1.53
71521690--71521739	23	2.2	23	100	0	100	30	22	8	40	1.82
71528239--71528341	51	2.0	51	96	0	188	28	21	12	37	1.90
71528443--71528476	17	2.0	17	94	0	59	64	2	14	17	1.40
71529571--71529620	23	2.2	23	100	0	100	30	22	8	40	1.82
71530296--71530384	23	3.9	23	71	8	74	26	22	15	34	1.94
71543207--71543473	47	5.7	46	76	9	177	23	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71543204--71543476	93	2.9	94	80	7	252	24	29	17	28	1.98
71547582--71547716	49	2.7	50	80	5	166	25	20	25	28	1.99
71547579--71547709	51	2.6	50	83	4	158	25	20	25	28	1.99
71559940--71559996	28	2.0	28	100	0	114	14	21	33	31	1.92
71564134--71564259	48	2.6	48	79	2	119	23	16	26	34	1.95
71565886--71565938	22	2.5	22	78	6	56	28	13	16	41	1.86
71575584--71575659	31	2.4	31	78	6	82	60	2	0	36	1.11
71576505--71576533	14	2.1	14	100	0	58	20	13	31	34	1.92
71581438--71581956	27	19.2	27	83	3	589	39	19	8	31	1.83
71581438--71581956	81	6.4	81	86	3	652	39	19	8	31	1.83
71581438--71582017	27	21.5	27	78	8	457	39	20	8	31	1.83
71581438--71582018	54	10.8	54	80	6	518	39	20	8	31	1.83
71582001--71582143	27	5.3	27	77	4	144	33	17	20	28	1.95
71582001--71582144	54	2.6	54	80	5	164	34	17	20	28	1.95
71582530--71582594	22	3.0	22	73	8	60	21	27	21	29	1.99
71582752--71582805	27	2.0	27	82	7	65	22	22	16	38	1.93
71582978--71583093	6	18.8	6	72	15	85	17	19	14	48	1.81
71582981--71583042	25	2.5	25	86	0	79	19	20	14	45	1.85
71582978--71583081	31	3.4	31	74	15	106	17	20	15	47	1.83
71583000--71583094	37	2.6	37	82	0	118	17	20	14	47	1.83
71585072--71585394	27	12.0	27	84	2	339	37	21	9	31	1.85
71585082--71585395	81	3.9	81	85	1	389	38	21	9	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71585324--71585449	27	4.7	26	74	13	85	38	24	7	29	1.84
71585433--71585573	27	5.2	27	79	3	140	34	17	21	25	1.96
71585433--71585555	54	2.3	54	86	0	156	34	19	21	24	1.96
71585543--71585643	49	2.1	49	98	0	193	24	20	22	31	1.98
71586262--71586340	27	3.0	26	85	5	95	22	24	20	32	1.97
71586458--71586561	6	16.8	6	69	16	61	19	19	14	47	1.83
71586461--71586518	25	2.3	25	87	0	80	18	20	13	46	1.83
71588491--71588721	27	8.6	27	86	0	284	40	20	9	30	1.83
71588511--71588749	54	4.4	54	80	3	239	40	20	8	30	1.83
71588491--71588786	81	3.7	81	79	4	233	39	21	9	29	1.84
71588511--71588777	27	9.9	26	79	6	210	39	21	8	29	1.84
71588813--71588957	54	2.7	55	80	6	172	36	18	19	25	1.94
71588813--71588956	27	5.3	27	80	5	148	36	18	19	25	1.95
71589346--71589408	22	2.8	23	78	7	67	23	25	22	28	1.99
71589567--71589667	27	3.7	27	84	5	114	19	23	20	35	1.96
71589569--71589674	54	2.0	53	84	1	140	19	23	20	35	1.96
71589792--71589916	6	20.3	6	70	16	69	18	16	14	50	1.78
71589795--71589856	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
71589815--71589907	37	2.5	37	89	0	141	18	16	13	51	1.76
71592411--71592476	32	2.1	32	100	0	132	31	15	13	39	1.86
71593128--71593261	54	2.5	54	89	3	207	29	23	20	26	1.99
71596119--71596253	54	2.5	53	91	3	216	28	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71603270--71603329	27	2.3	26	88	2	84	36	20	21	21	1.95
71603291--71603354	33	2.0	32	87	3	92	39	20	20	20	1.93
71604074--71604138	27	2.4	27	87	5	87	26	24	16	32	1.96
71608399--71608425	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
71612838--71612880	22	2.0	23	86	9	63	39	6	27	25	1.81
71630120--71630271	60	2.5	59	81	11	159	28	26	19	25	1.98
71630620--71630706	44	2.0	44	97	0	165	29	17	16	36	1.91
71633833--71633911	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71641168--71641265	47	2.1	47	100	0	196	22	15	31	30	1.95
71649347--71649508	43	3.8	42	71	14	125	34	25	17	22	1.96
71654675--71654847	40	4.4	39	89	5	242	23	23	27	24	2.00
71654633--71654847	80	2.7	80	86	6	269	23	22	27	25	2.00
71662744--71662921	40	4.5	40	86	6	213	23	22	29	25	1.99
71669363--71669510	43	3.4	43	78	8	149	25	16	26	32	1.96
71670240--71670282	11	4.1	10	80	11	50	16	2	27	53	1.55
71671997--71672070	28	2.6	28	87	4	105	32	25	13	28	1.94
71679985--71680083	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
71686958--71687140	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
71686959--71687142	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
71687011--71687175	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
71691509--71691666	43	3.7	42	79	7	158	24	18	27	30	1.98
71691811--71691845	18	1.9	18	88	11	54	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71692374--71692448	38	2.0	38	94	2	134	30	14	22	32	1.94
71697231--71697526	148	2.0	148	97	0	556	39	17	11	31	1.86
71700607--71700658	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
71700588--71700725	67	2.1	67	90	0	213	18	28	22	29	1.98
71700673--71700734	27	2.3	26	81	8	70	20	22	22	33	1.97
71702263--71702478	40	5.4	40	81	5	242	24	26	23	25	2.00
71717610--71717743	48	2.8	48	85	2	171	29	17	26	26	1.98
71725285--71725345	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71727803--71728023	39	5.6	39	85	7	256	24	27	22	25	2.00
71727803--71728023	77	2.8	79	82	9	256	24	27	22	25	2.00
71735757--71736018	39	6.7	40	87	7	319	24	26	22	26	2.00
71739809--71740032	47	4.8	47	75	4	168	28	19	29	22	1.98
71739811--71739984	94	1.9	94	85	2	242	27	19	29	22	1.98
71745995--71746172	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
71745996--71746151	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
71745992--71746172	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
71746077--71746183	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
71768333--71768467	69	2.0	69	93	0	234	25	15	18	40	1.90
71770338--71770482	40	3.6	40	82	4	166	22	25	24	26	2.00
71779179--71779363	79	2.3	81	82	7	218	24	23	27	24	2.00
71779180--71779363	40	4.6	39	80	9	194	24	23	27	24	2.00
71779232--71779396	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71780712--71781156	47	9.3	47	92	2	692	33	8	28	29	1.86
71780712--71781145	145	3.0	145	92	2	728	32	8	29	29	1.87
71780712--71781156	98	4.7	96	90	4	695	33	8	28	29	1.86
71793335--71793386	27	1.9	27	84	7	70	28	15	17	38	1.90
71802525--71802564	16	2.5	17	80	19	50	60	22	0	17	1.37
71803337--71803472	56	2.4	56	85	0	200	33	25	12	28	1.92
71805873--71805929	28	2.1	27	83	9	71	49	3	21	26	1.65
71807692--71807731	20	2.0	20	100	0	80	45	0	10	45	1.37
71809896--71809938	16	2.7	16	88	0	59	51	16	20	11	1.75
71810157--71810260	29	3.7	26	72	18	75	28	14	30	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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