genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88888616--88888715	29	3.4	29	68	16	82	31	27	19	23	1.98
88888884--88889007	43	2.9	43	92	0	203	34	33	20	10	1.87
88890602--88890704	38	2.7	37	80	14	111	28	24	24	23	2.00
88890695--88890803	39	2.8	39	82	6	114	22	24	19	33	1.97
88899597--88899694	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
88899625--88899707	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
88899597--88899708	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
88903447--88903810	121	3.0	121	99	0	719	29	14	23	32	1.94
88907931--88908028	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
88907959--88908041	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
88907931--88908042	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
88912210--88912341	47	2.8	48	79	6	153	26	19	31	21	1.98
88916142--88916270	46	2.8	46	91	0	204	19	23	29	27	1.98
88926113--88926137	12	2.1	12	100	0	50	32	20	24	24	1.98
88938174--88938234	30	2.0	30	87	0	86	34	21	14	29	1.93
88943021--88943050	15	2.1	14	93	6	51	43	0	3	53	1.17
88943108--88943147	16	2.5	15	84	11	53	62	5	2	30	1.29
88953000--88953033	17	2.0	17	100	0	68	52	11	11	23	1.70
88955036--88955086	17	3.0	17	82	0	66	33	9	19	37	1.85
88955066--88955117	23	2.3	23	80	6	61	32	1	15	50	1.55
88956515--88956553	19	2.1	19	100	0	78	64	10	5	20	1.44
88957143--88957202	24	2.5	24	88	2	84	16	28	6	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88957359--88957504	76	1.9	75	83	1	184	34	21	19	24	1.96
88957681--88957711	16	1.9	16	93	0	53	61	16	0	22	1.34
88959092--88959117	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
88961735--88961776	18	2.3	19	91	4	68	19	23	0	57	1.41
88963051--88963106	24	2.4	24	85	5	71	21	25	35	17	1.95
88964106--88964172	34	2.0	34	96	0	125	26	16	13	43	1.85
88969185--88969232	9	5.3	9	76	0	51	60	10	2	27	1.41
88969185--88969236	18	2.9	18	75	11	61	59	9	3	26	1.46
88986416--88986485	27	2.6	27	88	4	97	18	0	24	57	1.41
88986734--88986795	22	2.9	22	92	4	101	16	0	35	48	1.46
88986770--88986831	29	2.2	28	85	8	81	14	0	32	53	1.41
88986730--88986897	43	3.8	43	71	22	102	16	1	32	49	1.54
88986842--88986891	20	2.5	20	86	0	64	18	2	30	50	1.58
88986862--88986921	27	2.2	27	84	0	75	20	1	31	46	1.60
88986815--88986919	47	2.2	48	85	6	142	17	2	31	48	1.61
88993190--88993378	95	2.0	95	95	0	342	29	10	19	41	1.83
88999371--88999778	46	8.9	46	89	0	557	40	14	23	22	1.90
89005167--89005225	29	2.0	29	100	0	118	50	18	13	16	1.77
89007914--89007976	25	2.5	26	86	2	92	23	17	23	34	1.96
89007917--89007977	26	2.4	25	86	2	86	21	18	24	36	1.95
89017402--89017476	31	2.4	31	90	0	123	28	24	17	30	1.97
89017500--89017591	42	2.2	42	90	3	141	35	21	13	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89017736--89017910	26	6.8	26	85	0	237	27	23	21	27	1.99
89017736--89017910	52	3.4	51	90	4	273	27	23	21	27	1.99
89018662--89018745	27	3.1	27	87	3	116	21	26	21	30	1.98
89018784--89019089	27	11.3	27	78	6	163	30	9	19	40	1.84
89018871--89019089	54	4.1	53	79	4	224	28	8	21	41	1.82
89019066--89019169	27	3.9	27	89	1	138	39	8	22	29	1.84
89019057--89019180	54	2.3	54	78	1	142	36	8	22	33	1.84
89030050--89030076	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
89036558--89036696	69	2.0	69	98	0	269	41	9	23	25	1.84
89046923--89046954	16	2.0	16	93	0	55	62	9	0	28	1.26
89051638--89051735	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
89051666--89051748	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
89051638--89051749	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
89059573--89059670	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
89059601--89059681	27	3.0	27	87	5	92	29	12	25	32	1.92
89071966--89072064	34	2.9	34	81	4	110	34	7	17	41	1.76
89074682--89074799	40	3.1	38	73	12	107	24	22	22	30	1.99
89074647--89074926	76	3.7	76	82	0	310	25	22	19	32	1.97
89077059--89077181	45	2.8	44	82	10	121	22	28	23	25	1.99
89077506--89077690	43	4.3	43	92	1	293	29	34	23	12	1.92
89082082--89082323	48	5.0	48	96	0	430	34	6	28	30	1.82
89082464--89082603	37	3.8	37	95	0	244	25	19	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89083716--89083903	41	4.5	43	82	6	215	32	26	17	23	1.97
89083716--89083903	84	2.2	84	92	0	304	32	26	17	23	1.97
89087623--89087675	26	2.1	25	82	3	61	18	1	3	75	1.05
89092188--89092396	104	2.0	104	99	0	409	34	20	7	37	1.80
89095694--89095732	21	2.0	21	90	10	64	48	12	12	25	1.77
89100932--89100992	28	2.2	28	78	0	68	21	19	32	26	1.97
89102591--89102644	21	2.6	21	76	5	56	40	11	0	48	1.39
89102922--89102963	19	2.2	19	100	0	84	9	35	40	14	1.78
89103254--89103317	31	2.1	31	88	2	94	23	1	14	60	1.42
89114235--89114270	18	1.9	19	88	5	56	61	13	5	19	1.52
89123605--89123726	48	2.6	47	81	7	140	25	15	28	30	1.96
89124291--89124392	49	2.1	49	81	0	114	30	26	16	26	1.97
89124818--89124885	33	2.1	33	88	0	100	33	13	32	20	1.91
89128475--89128523	18	2.8	17	84	3	62	75	4	4	16	1.11
89134104--89134133	6	5.0	6	91	0	51	20	16	46	16	1.84
89134838--89134890	22	2.5	20	72	6	52	56	0	5	37	1.23
89136009--89136121	60	1.9	60	81	3	138	46	13	16	23	1.82
89137857--89137933	34	2.3	34	95	2	138	18	10	12	58	1.62
89138546--89138744	63	3.2	63	78	4	222	25	18	29	27	1.98
89142897--89142940	13	3.4	13	81	9	54	77	0	4	18	0.94
89149586--89149612	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
89151453--89151529	40	1.9	40	89	5	120	14	16	33	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89156484--89156526	5	8.6	5	100	0	86	41	37	0	20	1.53
89156484--89156543	15	4.5	13	87	10	61	41	35	0	23	1.55
89169386--89169460	35	2.1	35	100	0	150	16	17	8	58	1.60
89173243--89173340	44	2.2	44	82	8	119	30	22	18	28	1.97
89173464--89173690	44	5.2	44	64	6	154	21	25	21	31	1.98
89173382--89173723	88	3.9	88	90	0	522	22	25	21	30	1.98
89173568--89173711	44	3.3	44	67	14	125	20	28	22	29	1.98
89181707--89181746	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86
89185270--89185309	18	2.2	19	86	4	55	27	0	10	62	1.27
89191127--89191166	21	2.0	20	90	5	62	32	2	0	65	1.06
89193902--89193965	31	2.1	31	100	0	128	31	45	0	23	1.53
89198480--89198537	31	1.9	30	92	3	98	22	13	5	58	1.55
89199241--89199302	29	2.1	30	84	3	81	14	11	1	72	1.19
89199705--89199767	29	2.1	29	82	5	72	50	7	12	28	1.68
89200951--89201218	115	2.3	115	83	3	331	41	12	5	41	1.65
89203691--89203724	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
89204898--89205009	24	4.7	24	80	4	120	24	12	29	33	1.92
89204899--89205010	48	2.3	48	84	0	134	24	12	30	33	1.92
89205407--89205538	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
89205694--89205884	39	4.9	39	86	1	256	19	24	27	28	1.99
89205692--89205884	79	2.5	78	85	1	260	20	23	27	28	1.99
89205692--89205916	39	5.7	39	86	2	245	20	23	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89205694--89205916	118	1.9	118	84	0	302	20	23	26	29	1.99
89205692--89205925	79	3.0	78	81	4	254	19	22	27	30	1.98
89209073--89209960	451	2.0	452	92	0	1483	25	21	12	40	1.88
89217913--89217951	16	2.4	16	83	8	53	69	0	7	23	1.14
89217965--89218009	24	1.9	23	86	4	63	64	4	15	15	1.44
89218033--89218113	41	2.0	41	92	0	135	55	4	7	32	1.49
89219337--89219389	19	2.8	19	75	11	56	9	3	11	75	1.16
89230725--89230749	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
89232974--89233023	27	1.9	25	84	8	64	48	8	2	42	1.44
89234523--89234556	7	4.9	7	88	0	50	44	11	0	44	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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