genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8237285--8237456	46	3.7	46	74	9	152	29	18	27	25	1.98
8244920--8245182	47	5.7	47	73	10	149	29	19	27	23	1.98
8245901--8245963	29	2.2	28	83	8	81	20	28	28	22	1.98
8248578--8248612	4	9.0	4	93	6	63	48	0	0	51	1.00
8249951--8250771	408	2.0	410	91	1	1344	38	12	16	32	1.87
8258598--8258676	39	2.0	39	100	0	158	26	27	10	35	1.89
8260031--8260073	23	2.0	21	90	9	68	69	0	2	27	1.00
8260002--8260076	29	2.7	27	80	12	80	68	0	1	30	0.98
8262018--8262107	7	12.9	7	74	4	65	26	36	1	35	1.64
8262018--8262093	28	2.7	28	79	0	80	26	36	1	35	1.65
8264092--8264206	61	1.9	61	81	3	142	30	23	13	33	1.92
8270841--8270866	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
8275791--8275884	47	2.0	47	97	0	179	15	6	25	52	1.67
8278957--8279070	53	2.1	54	85	4	151	41	2	21	34	1.67
8279758--8279865	53	2.0	54	85	8	150	37	3	25	33	1.74
8280558--8280669	53	2.1	54	88	5	165	37	3	24	34	1.73
8278933--8281538	801	3.3	801	94	0	4703	34	10	20	34	1.87
8281359--8281470	53	2.1	54	86	8	158	36	3	25	34	1.73
8282252--8282336	40	2.2	38	77	8	89	36	32	12	17	1.88
8283928--8284010	21	4.0	21	91	0	121	16	42	18	22	1.89
8285873--8285927	27	2.0	27	83	13	69	32	18	18	30	1.95
8290308--8290360	26	2.0	26	82	7	63	24	16	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8291846--8291949	26	4.0	26	94	0	190	34	25	7	32	1.84
8294708--8294786	26	3.0	27	78	10	85	35	22	21	20	1.96
8299762--8299893	66	2.0	66	93	0	228	31	31	15	21	1.94
8305089--8305273	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
8305089--8305273	79	2.3	81	81	8	218	25	27	22	24	2.00
8306441--8306619	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
8317003--8317236	48	4.9	48	77	8	206	29	22	27	20	1.99
8324124--8324208	25	3.2	25	63	18	64	36	5	23	34	1.79
8324072--8324231	54	3.0	54	94	2	270	37	5	25	31	1.78
8324468--8324520	26	2.0	26	100	0	106	47	11	18	22	1.81
8324474--8324529	26	2.2	26	87	6	78	53	12	16	17	1.73
8325544--8325870	48	6.8	48	75	6	234	27	19	29	24	1.98
8329732--8329801	25	2.8	25	91	0	113	25	21	25	27	1.99
8329848--8329877	11	2.8	11	95	5	53	30	16	16	36	1.91
8337606--8337689	25	3.4	24	80	9	89	29	22	17	29	1.97
8337619--8337688	25	2.8	25	88	0	104	30	22	20	27	1.98
8337734--8337769	10	3.5	10	92	7	63	30	19	16	33	1.94
8337734--8337774	21	2.0	21	95	0	73	31	17	17	34	1.93
8345225--8345324	29	3.5	29	80	5	114	33	26	13	28	1.93
8345225--8345298	28	2.6	28	91	2	112	33	24	12	29	1.91
8356368--8356472	28	4.0	27	72	14	78	18	2	6	72	1.19
8357093--8357138	20	2.3	20	100	0	92	30	10	10	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8361358--8361587	43	5.4	43	90	1	309	32	23	20	23	1.98
8361358--8361587	85	2.7	86	85	2	302	32	23	20	23	1.98
8362463--8362500	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
8363556--8363606	25	1.9	28	84	11	72	43	21	1	33	1.64
8367669--8369390	476	3.6	470	96	1	3123	41	11	10	35	1.76
8370981--8371045	20	3.2	20	75	16	80	52	1	13	32	1.50
8373663--8373694	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
8374695--8374873	41	4.4	41	84	5	195	20	21	21	36	1.95
8374754--8374899	41	3.5	42	77	7	145	23	22	19	34	1.97
8380898--8380944	24	2.0	24	95	0	85	36	4	38	21	1.73
8382214--8382278	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
8382384--8382474	28	3.2	28	92	1	137	19	24	24	31	1.98
8382384--8382499	56	2.1	55	82	6	135	18	24	22	34	1.96
8388750--8388796	24	2.0	24	95	0	85	36	4	38	21	1.73
8390047--8390113	28	2.4	28	90	5	100	34	26	8	29	1.87
8390217--8390279	28	2.2	29	91	8	103	19	22	23	34	1.96
8397463--8397584	61	2.0	61	85	0	163	31	25	13	30	1.93
8404768--8404810	22	2.1	20	83	12	52	62	0	0	37	0.95
8404830--8404866	19	1.9	19	88	0	56	59	2	2	35	1.26
8404830--8404921	11	8.8	10	75	16	55	63	1	2	33	1.14
8404827--8404913	32	2.7	32	78	7	88	60	1	2	35	1.17
8404879--8404925	15	3.2	16	74	22	57	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8404876--8404913	11	3.4	11	96	3	67	65	0	0	34	0.93
8405512--8405544	9	3.8	9	88	4	50	21	51	24	3	1.62
8406590--8407078	44	11.1	44	84	1	584	27	26	13	31	1.94
8419337--8419523	39	4.7	40	79	9	204	26	28	20	24	1.99
8419337--8419518	79	2.3	79	82	7	210	25	29	20	23	1.99
8427437--8427623	39	4.7	40	81	9	222	24	28	21	25	1.99
8427437--8427623	79	2.4	78	83	5	234	24	28	21	25	1.99
8438113--8438234	61	2.0	61	83	0	154	30	24	13	31	1.94
8444501--8444629	71	1.9	69	83	13	169	51	11	6	30	1.62
8445095--8445149	21	2.5	23	82	11	71	63	0	3	32	1.12
8445109--8445147	12	3.4	11	89	10	60	64	0	2	33	1.08
8445112--8445159	15	3.2	16	72	25	50	64	0	2	33	1.05
8445073--8445161	23	4.4	20	71	16	60	62	1	2	33	1.15
8446819--8447344	221	2.4	218	88	4	779	26	28	15	30	1.96
8446819--8447344	44	12.0	44	88	3	765	26	28	15	30	1.96
8457594--8457648	21	2.5	23	82	11	71	63	0	3	32	1.12
8457608--8457646	12	3.4	11	89	10	60	64	0	2	33	1.08
8457557--8457658	14	6.7	16	71	21	53	61	0	2	34	1.17
8457594--8457659	23	3.2	20	76	16	55	62	0	3	34	1.11
8472128--8472280	77	2.0	77	81	2	182	22	19	37	19	1.94
8472602--8472655	26	2.1	26	89	0	81	31	11	18	38	1.86
8473429--8473510	43	1.9	43	89	0	128	18	19	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8478294--8478495	110	1.8	111	82	3	264	25	25	16	33	1.96
8481738--8481782	16	2.9	16	81	15	58	31	17	22	28	1.97
8481896--8482033	54	2.6	54	84	0	177	35	16	23	23	1.95
8483923--8484095	46	3.8	45	74	13	154	22	20	28	28	1.98
8483918--8484088	93	1.8	93	87	0	252	22	21	28	28	1.99
8489309--8489532	40	5.6	40	87	3	297	24	22	26	26	2.00
8489313--8489532	83	2.7	80	87	5	293	24	23	26	25	2.00
8491085--8491136	25	2.0	26	88	3	79	38	19	21	21	1.94
8497214--8497325	27	4.2	26	82	8	127	39	22	21	16	1.92
8498758--8498852	24	4.0	24	92	0	163	21	43	4	31	1.71
8503559--8503856	40	7.5	40	91	1	449	27	27	21	23	1.99
8508505--8508615	27	4.2	26	85	5	132	37	22	22	17	1.94
8510045--8510145	24	4.2	24	94	0	175	19	42	3	33	1.70
8515786--8515852	32	2.1	32	91	0	107	38	8	22	29	1.85
8516892--8516937	21	2.2	20	88	3	65	52	2	13	32	1.52
8523246--8523303	21	2.7	21	83	2	71	29	13	22	34	1.93
8523246--8523301	11	5.2	11	73	4	51	30	14	21	33	1.93
8526860--8526889	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
8539378--8539469	43	2.1	43	93	0	157	30	15	17	36	1.91
8542803--8542840	17	2.2	17	95	0	67	23	26	28	21	1.99
8550314--8550489	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
8550311--8550482	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8555198--8555507	47	6.6	47	90	1	476	32	8	30	29	1.87
8555198--8555507	143	2.2	141	90	1	476	32	8	30	29	1.87
8562565--8562740	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
8562562--8562733	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
8565369--8565401	13	2.5	13	100	0	66	33	48	6	12	1.65
8569435--8569531	43	2.3	43	87	0	140	27	23	17	30	1.97
8569542--8569728	42	4.5	42	89	0	284	37	20	12	28	1.90
8569521--8569728	84	2.5	84	90	0	317	36	20	13	29	1.91
8573639--8573737	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
8578525--8578565	19	2.2	19	100	0	82	39	14	19	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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