genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14854756--14854796	12	3.4	12	79	0	55	39	4	0	56	1.21
14855411--14855577	41	4.1	41	88	2	246	19	21	22	36	1.95
14855672--14855769	45	2.2	45	96	1	180	15	14	24	45	1.83
14860145--14860266	58	2.1	58	80	8	133	42	9	24	23	1.83
14860349--14860419	33	2.2	33	87	5	99	40	14	22	22	1.89
14877141--14877240	40	2.5	40	85	3	130	41	3	1	55	1.22
14880540--14880580	20	2.0	21	85	4	57	60	4	0	34	1.18
14880548--14880590	20	2.2	20	87	8	61	67	0	0	32	0.91
14883543--14883582	19	2.1	19	85	4	53	40	5	0	55	1.22
14883859--14883905	13	3.3	15	77	14	55	19	2	27	51	1.58
14883887--14883968	29	2.9	28	80	12	96	17	1	39	42	1.57
14883913--14883961	15	3.3	15	73	21	50	16	0	42	40	1.48
14883943--14883990	22	2.2	22	85	7	62	22	2	33	41	1.66
14884009--14884054	14	3.4	14	71	17	51	26	2	32	39	1.68
14884149--14884215	28	2.4	29	82	7	77	16	1	34	47	1.56
14884184--14884236	21	2.6	21	90	3	81	24	0	33	41	1.55
14886085--14886133	25	2.0	25	84	8	64	16	42	18	22	1.88
14887378--14887492	36	3.2	36	64	14	101	36	3	4	55	1.37
14887374--14887530	72	2.2	72	92	1	269	34	2	4	58	1.32
14887447--14887783	106	3.1	106	92	2	541	32	5	4	57	1.44
14891768--14891852	28	3.1	27	70	23	63	31	3	8	56	1.46
14893729--14893794	31	2.1	31	94	0	114	15	7	22	54	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14893866--14894006	43	3.2	44	81	6	137	27	26	18	27	1.98
14897465--14897574	37	3.1	35	69	21	95	33	2	17	46	1.62
14897456--14897609	69	2.2	69	89	0	236	36	3	15	44	1.63
14897945--14898002	30	1.9	30	82	6	73	24	31	25	18	1.98
14901671--14901709	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14901935--14902032	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
14901937--14902025	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
14908557--14908595	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14908821--14908918	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
14908823--14908911	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
14920217--14920301	28	3.1	27	70	23	63	31	3	8	56	1.46
14922168--14922233	31	2.1	31	94	0	114	15	7	22	54	1.66
14922305--14922445	43	3.2	44	81	6	137	27	26	18	27	1.98
14925899--14926008	37	3.1	35	69	21	95	33	2	17	46	1.62
14925890--14926043	69	2.2	69	89	0	236	36	3	15	44	1.63
14926379--14926436	30	1.9	30	82	6	73	24	31	25	18	1.98
14930744--14931035	151	1.9	151	99	0	575	24	17	17	40	1.91
14932933--14932971	17	2.3	17	86	0	60	17	7	0	74	1.05
14932957--14933000	21	2.0	21	82	4	52	15	6	4	72	1.22
14942620--14942650	16	1.9	16	93	0	53	25	25	0	48	1.52
14950675--14950729	27	2.0	27	86	6	76	43	1	1	52	1.22
14952107--14952148	12	2.9	15	86	13	54	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14963531--14963689	79	2.0	79	87	2	230	44	10	13	31	1.79
14980044--14980109	27	2.5	26	82	4	71	36	19	4	39	1.72
14980887--14980919	9	3.8	9	96	4	59	45	21	0	33	1.52
14986777--14986801	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
14987489--14987517	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
14989879--14989911	3	10.7	3	93	6	57	63	0	33	3	1.10
14989932--14989971	21	1.9	21	89	0	62	25	30	17	27	1.97
14990469--14990527	31	1.9	31	92	0	100	54	22	8	15	1.68
14990791--14990842	27	1.9	27	92	0	86	1	48	21	28	1.61
14991256--14991284	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
14996347--14996481	9	15.2	9	82	7	152	31	2	20	45	1.63
14996593--14996656	19	3.3	19	72	20	69	53	6	0	40	1.26
14996582--14996657	39	1.9	39	100	0	152	53	5	0	40	1.23
14996653--14996699	23	2.1	23	88	4	69	27	14	8	48	1.73
14996821--14996867	24	2.0	24	86	0	67	44	6	17	31	1.73
14999259--14999314	27	2.0	28	82	3	69	26	19	37	16	1.92
14999684--14999716	17	1.9	17	93	0	57	27	18	12	42	1.85
15000755--15000804	7	7.1	7	81	0	64	28	42	0	30	1.56
15000735--15000804	21	3.3	21	84	6	70	32	37	0	30	1.58
15000755--15000825	21	3.4	21	82	3	72	29	39	0	30	1.57
15000799--15000841	22	2.0	22	82	13	54	34	32	0	32	1.58
15001269--15001412	71	2.0	73	85	9	197	29	20	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15001269--15001429	74	2.2	71	82	10	175	30	21	21	27	1.98
15008986--15009029	3	14.3	3	95	4	79	65	0	2	31	1.05
15009093--15009136	13	3.6	13	76	17	58	36	9	0	54	1.32
15009093--15009142	23	2.2	23	96	3	93	34	8	0	58	1.28
15009712--15009738	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
15010198--15010228	6	5.0	6	92	7	53	32	3	0	64	1.09
15014691--15014766	37	2.1	37	84	0	98	18	9	26	46	1.79
15019567--15019591	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
15019655--15019682	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
15020829--15020888	9	6.7	9	75	7	50	46	20	5	28	1.71
15021535--15021617	10	8.6	10	73	12	57	67	0	2	30	1.03
15021544--15021665	19	6.3	19	70	17	63	63	1	2	31	1.17
15021552--15021665	29	3.8	30	69	20	87	63	1	2	32	1.19
15021553--15021696	9	15.0	9	69	21	64	63	1	3	31	1.20
15021925--15022033	9	11.4	9	67	18	60	32	3	2	61	1.28
15021925--15022012	39	2.3	39	80	11	101	31	3	3	61	1.29
15021971--15022033	28	2.2	28	83	13	76	34	1	1	61	1.15
15026364--15026527	61	2.7	61	75	1	159	35	4	17	42	1.70
15030287--15030334	22	2.3	22	82	7	55	54	2	0	43	1.12
15033174--15033215	17	2.4	18	88	4	59	40	2	0	57	1.12
15033553--15033604	24	2.2	24	85	0	68	30	9	3	55	1.50
15034399--15034433	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15036696--15036740	23	1.9	24	86	4	65	24	15	8	51	1.72
15046420--15046737	96	3.1	101	78	13	323	42	19	10	27	1.84
15046764--15046941	94	1.9	94	83	4	234	43	20	12	23	1.86
15050156--15050199	23	1.9	23	85	0	61	38	13	0	47	1.43
15050458--15050486	15	1.9	15	100	0	58	51	0	6	41	1.28
15057556--15057767	49	4.6	46	79	9	150	30	25	13	30	1.94
15057595--15057720	49	2.6	48	87	3	175	30	26	14	28	1.95
15057599--15057767	47	3.6	46	82	3	167	30	26	14	28	1.95
15057840--15057948	50	2.2	51	91	3	184	25	22	15	36	1.93
15060962--15061008	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
15063970--15063999	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15064248--15064298	25	2.0	25	88	0	75	70	0	0	29	0.87
15064325--15064385	19	3.2	19	73	15	54	57	3	3	36	1.31
15065009--15065064	20	2.8	20	75	20	55	42	1	1	53	1.21
15066033--15066108	40	1.9	40	94	0	134	18	34	7	39	1.80
15066012--15066120	40	3.1	34	76	17	116	14	36	6	42	1.72
15069511--15069544	14	2.4	14	100	0	68	55	5	0	38	1.24
15069566--15069608	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
15079096--15079135	21	1.9	21	89	0	62	30	7	0	62	1.23
15079669--15079707	6	6.5	6	81	0	51	69	10	0	20	1.17
15079658--15079703	24	1.9	24	86	0	65	67	6	2	23	1.25
15082803--15082836	16	2.1	17	88	5	52	67	5	2	23	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15091883--15091942	30	2.0	30	100	0	120	40	10	13	36	1.78
15094571--15094623	5	10.6	5	100	0	106	39	0	0	60	0.97
15095404--15095484	40	2.0	40	82	0	99	35	8	16	39	1.79
15095696--15095802	45	2.4	45	82	1	142	22	17	17	42	1.89
15101843--15101883	11	3.6	11	84	15	57	41	0	0	58	0.98
15102525--15102583	23	2.6	23	82	10	68	44	16	3	35	1.65
15111050--15111132	21	3.9	21	77	3	67	37	25	21	15	1.93
15111505--15111562	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
15112831--15112867	5	7.2	5	96	3	65	56	0	0	43	0.99
15112889--15112917	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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