genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27150115--27150212	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
27154957--27154996	21	2.0	20	85	5	53	77	0	0	22	0.77
27154967--27154998	17	1.9	17	93	6	57	75	0	0	25	0.81
27168705--27168878	47	3.6	47	75	9	165	22	30	19	27	1.98
27168803--27169061	46	5.5	47	73	13	187	22	30	18	28	1.98
27195912--27195995	43	2.0	43	81	9	100	27	19	26	27	1.99
27201143--27201203	30	2.0	30	87	0	86	39	6	19	34	1.78
27208334--27208382	23	2.1	23	100	0	98	20	14	26	38	1.91
27210479--27210538	27	2.3	26	82	2	66	35	16	23	25	1.95
27211300--27211471	81	2.1	81	90	2	265	25	18	18	38	1.93
27211272--27211471	27	7.4	27	86	0	229	25	19	18	37	1.93
27224685--27224839	28	5.5	28	89	3	204	33	25	12	29	1.92
27224685--27224840	57	2.8	57	89	4	219	33	25	12	28	1.92
27229443--27229595	39	3.9	39	91	1	202	27	26	19	26	1.99
27229415--27229593	78	2.3	78	79	3	173	27	26	19	25	1.99
27237638--27237812	39	4.5	39	86	2	212	27	28	19	24	1.99
27241898--27242145	49	5.0	50	82	4	304	26	18	25	29	1.98
27242005--27242088	28	3.2	28	64	25	74	23	16	28	30	1.96
27247118--27247275	78	2.0	79	97	1	300	25	15	28	30	1.96
27247219--27247444	99	2.3	99	83	4	278	25	19	25	29	1.98
27247218--27247444	50	4.6	49	79	3	251	25	18	25	29	1.98
27276820--27277004	33	5.6	33	80	3	221	31	20	10	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27277009--27277102	29	3.2	29	82	5	118	26	28	11	32	1.92
27277080--27277285	31	6.7	31	85	4	249	26	26	18	28	1.98
27277080--27277285	62	3.4	62	87	5	294	26	26	18	28	1.98
27279832--27279873	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
27282053--27282221	46	3.7	46	74	13	168	29	28	20	21	1.98
27282060--27282231	93	1.8	93	86	7	251	28	29	20	21	1.98
27287540--27287715	46	3.8	46	79	7	203	28	28	21	21	1.98
27291603--27291811	31	6.8	32	82	8	247	28	26	16	28	1.97
27291603--27291811	93	2.2	93	85	6	273	28	26	16	28	1.97
27298530--27299034	47	10.6	47	92	2	794	29	29	8	33	1.86
27298530--27299034	96	5.3	94	94	1	794	29	29	8	33	1.86
27310326--27310355	12	2.5	12	100	0	60	53	16	16	13	1.73
27312704--27312867	40	4.1	40	83	6	190	23	23	27	25	2.00
27312704--27312856	79	1.9	80	84	6	204	24	22	27	25	2.00
27322308--27322439	62	2.1	63	80	5	142	37	20	9	33	1.84
27324589--27324659	29	2.4	29	79	4	81	35	28	12	23	1.92
27324635--27324695	29	2.1	28	85	8	79	29	26	14	29	1.95
27324913--27324949	16	2.3	16	90	0	56	5	24	18	51	1.67
27329155--27329215	29	2.1	28	87	3	86	27	27	11	32	1.91
27336655--27336794	29	4.9	29	84	2	158	27	30	15	27	1.96
27341795--27341833	5	7.6	5	88	5	60	66	0	15	17	1.25
27341777--27341849	26	2.7	26	83	8	94	71	2	12	13	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27341795--27341839	21	2.1	21	84	8	56	68	0	15	15	1.21
27369422--27369592	93	1.8	93	91	2	281	21	20	29	29	1.98
27369426--27369597	46	3.7	45	76	14	172	21	20	28	29	1.98
27371273--27371426	42	3.6	42	87	3	211	31	24	13	30	1.93
27377714--27377863	42	3.6	41	85	3	210	29	22	16	31	1.96
27386193--27386231	16	2.4	17	86	4	53	43	0	17	38	1.50
27387206--27387265	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
27390897--27391013	57	2.1	57	85	3	155	28	29	13	29	1.94
27390897--27391013	29	4.1	29	88	2	157	28	29	13	29	1.94
27391213--27391248	8	4.5	8	89	0	54	13	22	19	44	1.86
27409851--27409898	11	4.0	11	80	19	60	37	10	8	43	1.69
27414111--27414195	39	2.2	36	76	17	89	31	1	1	65	1.07
27414092--27414171	18	4.6	18	73	19	64	30	3	0	66	1.09
27414141--27414195	22	2.4	23	79	11	60	30	0	1	67	1.01
27414255--27414299	21	2.1	21	87	0	63	28	4	0	66	1.11
27416815--27417036	40	5.4	41	80	4	218	23	26	24	25	2.00
27511129--27511181	23	2.3	22	84	9	70	45	18	22	13	1.84
27511390--27511504	29	4.0	28	82	2	122	26	16	30	26	1.97
27511403--27511513	57	1.9	58	85	5	154	25	17	31	26	1.97
27525809--27526010	40	5.1	40	89	4	277	23	24	26	25	2.00
27527553--27527628	21	3.5	20	68	16	53	22	14	26	36	1.92
27527557--27527643	45	1.9	45	95	0	156	22	13	25	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27537767--27537803	19	1.9	19	88	0	56	10	24	24	40	1.87
27541501--27541602	29	3.5	28	87	2	132	31	28	13	26	1.94
27549420--27549521	29	3.5	29	89	2	143	30	28	14	26	1.95
27559555--27559725	66	2.6	67	80	9	192	33	16	28	22	1.95
27572065--27572098	9	3.7	9	88	4	50	17	2	0	79	0.86
27572086--27572144	27	2.2	26	82	11	66	20	8	0	71	1.12
27584280--27584326	23	2.0	23	88	8	69	68	0	14	17	1.22
27584475--27584546	36	2.0	36	86	0	99	9	29	4	56	1.50
27586895--27586969	32	2.4	31	95	4	134	48	18	14	18	1.82
27588799--27588964	48	3.5	48	89	0	251	25	18	28	27	1.98
27588802--27588981	96	1.9	96	89	0	279	26	18	27	27	1.98
27592703--27592793	43	2.1	43	93	2	157	26	31	18	23	1.97
27592703--27592821	43	2.8	43	84	6	127	28	31	17	21	1.96
27604427--27604480	20	2.7	20	72	18	58	66	3	1	27	1.19
27604524--27604574	27	1.9	27	88	4	77	47	0	0	52	1.00
27605168--27605276	47	2.3	49	80	3	114	31	1	3	63	1.22
27605402--27605441	19	2.1	19	100	0	80	67	5	10	17	1.37
27605726--27605754	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
27615090--27615195	54	1.9	54	96	1	194	45	6	8	39	1.61
27619556--27619587	16	2.0	16	93	0	55	40	0	18	40	1.51
27619889--27620024	49	2.7	49	81	4	148	26	19	25	27	1.99
27623024--27623077	15	3.7	15	75	20	51	7	12	18	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27625804--27625866	24	2.6	22	76	16	54	60	3	4	31	1.33
27626803--27627461	87	7.6	86	81	9	609	37	20	14	27	1.91
27627093--27627122	15	2.0	15	93	0	51	56	10	13	20	1.65
27626803--27627461	177	3.8	171	82	8	700	37	20	14	27	1.91
27627184--27627218	14	2.5	14	95	0	61	62	0	11	25	1.28
27628237--27628314	40	1.9	41	89	2	122	11	20	14	53	1.71
27630270--27630307	10	3.9	10	82	6	51	57	5	0	36	1.21
27630271--27630307	19	1.9	19	88	0	56	56	5	0	37	1.22
27632608--27632775	50	3.4	49	82	8	178	25	16	27	29	1.97
27641498--27641557	29	2.1	29	87	6	86	25	35	26	13	1.93
27642278--27642395	45	2.6	44	80	14	134	24	27	17	29	1.97
27665726--27665896	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
27665721--27665893	46	3.7	46	76	13	192	28	27	21	21	1.99
27667161--27667603	48	9.2	48	94	0	760	31	26	5	36	1.80
27670084--27670143	30	2.0	30	86	0	84	31	25	5	38	1.77
27679383--27679501	59	2.0	59	98	0	229	42	20	7	30	1.79
27684725--27684794	33	2.1	33	94	0	122	27	14	18	40	1.89
27686569--27686746	59	3.0	59	99	0	347	42	20	7	30	1.79
27689715--27689997	18	15.3	18	70	10	124	37	14	12	36	1.84
27689794--27689997	54	3.8	54	74	10	168	37	15	12	35	1.85
27690164--27690397	89	2.6	90	86	1	317	40	18	20	20	1.92
27690161--27690397	45	5.3	45	90	1	323	40	18	19	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27692822--27693077	47	5.4	47	96	1	476	31	7	30	30	1.86
27693195--27693273	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
27694712--27694747	5	7.0	5	93	6	63	41	19	0	38	1.52
27696113--27696147	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
27696113--27696159	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
27696113--27696155	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
27700563--27700753	18	10.6	18	72	12	133	37	17	10	34	1.85
27700564--27700765	72	2.8	71	79	5	210	37	16	10	34	1.84
27700933--27701172	45	5.3	45	91	0	345	39	20	20	20	1.93
27701581--27701622	5	8.2	5	89	5	57	38	23	0	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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