genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17865158--17865209	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
17865677--17865775	30	3.3	30	94	0	180	17	6	50	26	1.69
17870258--17870297	10	4.0	10	81	12	55	22	7	2	67	1.28
17881827--17881858	13	2.5	13	100	0	64	18	34	0	46	1.49
17883003--17883027	11	2.3	11	100	0	50	44	12	0	44	1.41
17884955--17885013	29	2.0	29	100	0	118	27	16	16	38	1.91
17885464--17885526	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
17885648--17885680	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
17895158--17895385	40	5.7	40	93	3	379	25	27	22	24	2.00
17903208--17903321	45	2.6	45	88	2	160	35	26	18	19	1.95
17903208--17903374	45	3.8	43	79	8	158	35	24	20	18	1.95
17903293--17903452	44	3.7	44	69	9	139	36	23	21	18	1.95
17903555--17903686	68	1.9	68	96	0	246	25	25	23	26	2.00
17904106--17904139	14	2.4	14	90	0	50	44	38	2	14	1.61
17927610--17927759	41	3.7	41	80	1	185	20	20	27	31	1.98
17934829--17934949	41	3.0	41	91	1	199	21	20	26	31	1.98
17935498--17935525	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
17935522--17935566	5	8.8	5	81	13	56	77	0	2	20	0.87
17935522--17935566	11	4.4	10	84	13	56	77	0	2	20	0.87
17935510--17935571	31	2.0	30	84	3	79	79	0	4	16	0.90
17940950--17940982	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
17945125--17945169	20	2.3	21	78	21	53	24	0	8	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17947597--17947641	20	2.2	21	84	7	58	40	13	4	42	1.64
17948668--17948808	60	2.4	59	80	9	153	27	25	19	26	1.99
17949428--17949460	16	2.1	15	94	5	57	3	18	27	51	1.60
17951668--17952041	188	2.0	188	94	0	649	35	19	14	30	1.92
17958140--17958168	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
17959759--17959838	5	17.0	5	76	14	73	56	1	2	40	1.21
17964760--17964970	105	2.0	105	98	0	404	36	11	18	34	1.86
17966541--17966721	68	2.6	69	88	5	249	23	23	27	25	2.00
17967690--17967718	15	1.9	15	100	0	58	37	6	6	48	1.57
17977297--17977331	5	6.8	5	93	6	61	60	0	0	40	0.97
17977422--17977463	22	2.0	21	86	13	59	78	0	0	21	0.75
17981350--17981391	19	2.2	19	100	0	84	42	9	33	14	1.78
17985302--17985330	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
17989206--17989237	12	2.7	12	100	0	64	0	40	28	31	1.57
17990081--17990261	41	4.5	40	80	9	172	29	27	14	27	1.96
17994179--17994278	26	3.9	25	81	3	110	38	7	21	34	1.80
17995468--17995526	29	2.0	29	100	0	118	11	20	13	54	1.70
17997245--17997305	30	2.0	30	96	0	113	47	6	26	19	1.74
17999679--17999987	46	7.0	46	86	8	408	38	14	24	22	1.92
18000244--18000290	25	2.0	25	83	8	62	55	4	12	27	1.56
18002793--18002946	28	5.5	28	91	1	229	27	12	27	33	1.92
18010715--18010898	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18010715--18010895	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
18010796--18010945	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
18015431--18015550	6	19.3	6	67	21	61	50	13	15	20	1.78
18015440--18015550	31	3.5	31	86	3	143	50	12	16	20	1.77
18015687--18015788	27	3.8	26	84	5	114	37	20	22	19	1.95
18015947--18016011	22	3.0	22	82	8	87	33	24	21	20	1.97
18016436--18016602	27	6.3	27	90	2	239	25	20	17	35	1.95
18016411--18016602	53	3.6	52	88	5	253	26	21	16	35	1.94
18016410--18016594	80	2.3	79	87	4	257	25	21	17	35	1.95
18016463--18016628	80	2.1	80	83	6	203	27	19	18	34	1.95
18016611--18016803	27	7.2	27	86	2	246	38	7	25	27	1.82
18016611--18016800	81	2.4	80	90	2	283	39	7	24	28	1.82
18016650--18016823	80	2.2	81	89	1	260	38	8	22	31	1.83
18016805--18016879	29	2.7	28	72	24	68	36	8	12	44	1.71
18016858--18017061	27	7.6	27	82	2	223	31	8	19	40	1.81
18016881--18017061	81	2.2	80	88	2	256	32	8	19	39	1.83
18018997--18019130	66	2.0	67	94	1	234	35	25	14	24	1.93
18021625--18021664	21	2.0	20	86	13	57	62	17	2	17	1.44
18022365--18022389	8	3.1	8	100	0	50	40	24	0	36	1.55
18024505--18024657	46	3.4	47	75	15	144	24	30	16	28	1.97
18025859--18025944	27	3.2	26	80	8	100	40	20	22	16	1.91
18025903--18025970	27	2.5	27	86	9	86	30	25	27	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18027574--18027626	26	2.0	26	96	0	97	35	24	9	30	1.87
18030873--18030989	34	3.4	34	81	0	135	29	19	21	29	1.98
18030862--18030958	17	5.7	17	67	9	63	30	19	21	27	1.98
18031376--18031420	15	2.9	16	80	6	56	20	8	42	28	1.82
18032334--18032428	41	2.4	39	80	3	100	34	22	14	28	1.93
18033271--18033336	34	2.1	33	83	11	84	6	18	4	71	1.24
18035803--18035909	3	35.7	3	92	3	180	0	34	0	64	1.00
18038634--18038677	22	2.0	22	86	8	63	34	0	36	29	1.58
18038962--18039005	22	2.0	22	86	8	63	31	0	38	29	1.58
18048490--18048526	18	2.0	19	94	5	67	37	5	16	40	1.71
18051771--18052026	85	3.0	85	97	0	485	57	4	3	34	1.37
18051891--18052063	20	8.5	19	69	18	84	60	2	4	32	1.30
18051804--18052070	42	6.4	41	70	16	183	59	3	4	32	1.33
18059920--18060029	43	2.6	42	81	8	132	31	16	23	28	1.96
18065533--18065798	47	5.7	48	77	12	200	24	29	18	28	1.98
18072007--18072167	43	3.8	43	79	0	162	34	23	13	28	1.93
18072087--18072166	42	1.9	42	94	0	142	35	23	13	27	1.93
18076905--18076951	23	2.1	21	88	7	67	76	2	0	21	0.89
18077047--18077133	18	4.6	17	75	20	68	63	1	2	33	1.15
18077047--18077133	19	4.6	18	75	13	77	63	1	2	33	1.15
18077049--18077147	19	5.3	18	70	15	58	59	1	2	37	1.16
18077328--18077363	11	3.2	11	92	4	54	27	0	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18077331--18077379	11	4.4	12	78	14	52	28	0	4	67	1.09
18077295--18077358	29	2.2	31	77	11	71	39	1	1	57	1.17
18077287--18077364	20	3.7	22	70	17	60	38	1	1	58	1.14
18077444--18077468	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
18078793--18078855	30	2.1	30	93	0	108	26	4	9	58	1.49
18079526--18079786	41	6.4	41	88	2	373	33	20	26	19	1.97
18080400--18080448	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
18080734--18080772	15	2.7	14	88	7	60	23	0	28	48	1.51
18080726--18080885	7	22.6	7	73	7	54	21	0	34	43	1.57
18080811--18080864	21	2.5	22	87	3	74	20	0	42	37	1.52
18080816--18080883	21	3.2	21	82	10	68	19	0	39	41	1.51
18081213--18081277	22	2.9	23	76	17	64	63	3	3	30	1.25
18081282--18081391	38	2.8	40	90	6	179	40	20	21	17	1.91
18081556--18081591	18	2.0	18	88	0	54	8	41	2	47	1.48
18085231--18085905	241	2.8	241	99	0	1314	33	18	14	33	1.91
18085904--18085943	9	4.4	9	87	0	62	47	15	0	37	1.45
18085904--18085952	18	2.7	18	90	0	71	46	18	0	34	1.49
18085904--18085961	27	2.1	27	93	0	98	46	18	1	32	1.60
18085911--18085962	9	5.8	9	84	4	52	46	23	1	28	1.63
18085920--18085962	18	2.4	18	88	0	59	46	23	2	27	1.64
18091072--18091166	46	2.1	46	93	0	163	33	5	4	56	1.41
18095806--18095831	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18096874--18096915	21	2.0	21	85	4	57	66	2	16	14	1.35
18098056--18098110	25	2.2	25	83	6	67	41	1	0	56	1.10
18100548--18100611	31	2.2	28	81	13	76	39	1	4	54	1.31
18101554--18101595	16	2.6	16	88	0	57	38	4	4	52	1.44
18108309--18108373	30	2.1	31	83	13	82	55	9	0	35	1.32
18115578--18115617	7	5.7	7	93	0	71	62	0	12	25	1.30
18115578--18115624	21	2.4	19	89	7	67	61	0	12	25	1.31
18120169--18120431	46	5.7	46	78	9	239	29	17	29	23	1.97
18120174--18120431	140	1.8	140	82	4	333	29	17	29	23	1.97
18120169--18120435	47	5.7	47	81	7	242	29	17	29	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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