genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95388995--95389090	25	3.9	25	90	1	149	39	16	22	20	1.92
95400979--95401035	30	2.0	28	90	10	89	14	22	14	49	1.79
95402582--95402622	12	3.8	11	84	15	50	51	12	26	9	1.70
95410049--95410203	44	3.3	47	66	24	121	47	12	9	30	1.74
95410037--95410277	90	2.7	90	86	0	329	46	14	9	29	1.76
95414063--95414226	87	1.9	86	84	3	222	25	15	22	35	1.94
95416094--95416160	27	2.5	27	90	0	98	16	20	19	43	1.88
95416111--95416183	27	2.7	27	85	4	94	19	21	16	42	1.89
95423960--95424067	56	1.9	55	94	1	189	37	8	12	41	1.72
95441645--95441680	18	2.0	18	100	0	72	38	16	5	38	1.72
95446917--95446954	19	1.9	19	89	5	58	36	0	0	63	0.95
95450560--95450620	28	2.2	28	85	2	79	37	18	1	42	1.60
95450567--95450621	28	2.0	27	89	3	83	38	18	1	41	1.61
95452981--95453106	54	2.3	54	95	2	227	26	21	34	17	1.95
95457579--95457646	33	2.0	34	85	2	93	58	1	0	39	1.07
95457579--95457629	22	2.3	23	76	10	61	56	1	0	41	1.10
95457579--95457630	11	4.7	11	76	9	52	55	1	0	42	1.10
95471927--95471960	17	2.0	17	88	0	50	61	5	5	26	1.42
95476403--95476571	44	3.6	46	76	11	166	27	20	29	21	1.98
95476306--95476571	47	5.7	46	74	11	164	28	20	29	21	1.98
95486834--95486875	22	1.9	22	85	9	59	30	7	7	54	1.54
95486958--95487001	15	2.8	16	82	10	63	31	0	11	56	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95486965--95487023	15	3.7	15	76	13	55	35	0	8	55	1.30
95487120--95487171	27	1.9	27	88	0	77	34	9	1	53	1.45
95490338--95490404	34	1.9	35	87	3	100	25	23	23	26	2.00
95491302--95491343	21	2.0	21	85	0	57	38	0	23	38	1.55
95492344--95492471	40	3.2	40	88	6	186	32	20	21	25	1.97
95492344--95492475	42	3.2	42	87	8	198	33	19	20	26	1.97
95499972--95500123	40	3.7	39	89	6	198	30	23	21	24	1.99
95499996--95500127	42	3.2	42	93	4	232	31	22	20	25	1.98
95511869--95511897	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
95525995--95526048	27	2.1	25	86	6	72	77	5	16	0	0.94
95527314--95527376	24	2.6	25	78	14	69	7	34	0	57	1.28
95529039--95529073	16	2.2	16	89	0	52	2	17	54	25	1.57
95531121--95531349	80	2.7	81	81	6	235	44	19	9	27	1.81
95531740--95531811	34	2.1	34	92	0	117	15	36	4	44	1.66
95535044--95535090	19	2.4	19	89	3	76	48	12	10	27	1.74
95535356--95535399	20	2.2	20	95	0	79	40	15	4	38	1.68
95535362--95535406	20	2.2	20	92	0	72	42	13	6	37	1.70
95536503--95536613	55	2.0	55	96	0	204	36	17	12	33	1.87
95536981--95537063	10	8.7	9	73	11	67	60	1	3	34	1.22
95536981--95537063	19	4.3	19	75	6	69	60	1	3	34	1.22
95536980--95537053	29	2.6	29	78	2	87	60	1	2	35	1.19
95538007--95538060	24	2.2	24	83	0	72	9	25	11	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95541627--95541742	57	2.0	57	100	0	232	37	29	6	26	1.82
95547717--95547751	15	2.4	15	90	4	54	40	2	0	57	1.14
95549656--95549955	131	2.3	131	79	5	302	35	16	18	29	1.93
95549763--95550008	131	1.9	131	87	3	361	34	16	17	31	1.92
95553217--95553256	17	2.5	15	84	11	53	62	5	0	32	1.17
95553653--95553691	18	2.1	18	85	4	51	69	5	0	25	1.09
95557782--95557832	19	2.7	19	78	6	59	27	1	1	68	1.11
95557815--95557872	29	2.0	28	83	6	71	36	1	3	58	1.25
95557838--95557918	9	8.6	9	74	15	56	37	0	2	60	1.10
95557818--95557923	20	4.9	20	68	28	58	38	0	1	58	1.15
95560443--95560578	24	5.6	24	76	13	127	21	13	31	33	1.93
95560444--95560573	48	2.7	48	80	11	149	22	13	30	33	1.93
95565909--95565962	18	3.0	18	76	7	65	46	1	9	42	1.46
95566028--95566062	13	2.6	13	90	4	52	65	2	0	31	1.07
95567179--95567357	91	2.0	91	82	5	218	35	6	16	41	1.74
95570865--95570889	12	2.1	12	100	0	50	40	8	20	32	1.81
95574868--95574902	16	2.2	16	90	10	54	42	5	25	25	1.77
95574887--95574989	44	2.4	42	81	15	106	33	4	26	35	1.78
95575137--95575204	29	2.4	28	76	11	66	57	1	1	39	1.17
95575155--95575200	20	2.2	21	88	7	67	60	0	0	39	0.97
95575155--95575208	21	2.6	21	82	8	67	61	0	0	38	0.96
95575078--95575256	57	3.1	56	75	18	145	57	2	2	37	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95577085--95577124	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
95577339--95577378	12	3.5	11	83	10	53	70	0	30	0	0.88
95577344--95577384	19	2.2	18	91	8	64	70	0	29	0	0.87
95581730--95581837	46	2.3	46	90	0	162	46	12	13	26	1.80
95581730--95581850	23	5.3	23	77	4	127	45	12	14	28	1.80
95587424--95587472	20	2.6	18	81	12	62	32	0	2	65	1.04
95589377--95589576	100	2.0	100	98	0	382	41	18	15	26	1.89
95593776--95593837	9	6.2	9	74	18	52	40	3	0	56	1.15
95593764--95593863	10	9.6	10	69	21	55	38	2	1	59	1.16
95593781--95593860	22	3.7	21	78	18	76	42	2	0	55	1.13
95593794--95593871	23	3.4	24	70	24	69	39	2	0	57	1.12
95594493--95594579	9	9.4	9	66	14	52	32	3	1	63	1.19
95594494--95594591	18	5.3	18	68	14	58	36	3	1	59	1.20
95596363--95596394	14	2.3	14	94	0	55	65	0	3	31	1.08
95602201--95602236	13	2.8	13	100	0	72	33	0	13	52	1.41
95603676--95603768	43	2.2	43	88	3	134	50	12	6	30	1.66
95603790--95603829	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
95608408--95608500	43	2.2	44	90	3	145	51	12	6	29	1.65
95608522--95608561	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
95610859--95611114	43	6.0	43	87	3	345	26	16	27	29	1.97
95618670--95618766	40	2.5	38	75	15	108	32	35	13	18	1.90
95632486--95632570	40	2.2	40	80	4	102	34	32	12	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95636402--95636614	43	5.0	42	87	4	277	25	18	28	28	1.98
95636402--95636614	86	2.5	86	86	7	315	25	18	28	28	1.98
95654061--95654131	20	3.3	20	68	24	63	47	11	7	33	1.66
95654039--95654133	45	2.1	45	100	0	190	48	10	6	34	1.63
95654044--95654117	25	3.2	25	70	18	86	48	10	6	33	1.64
95654486--95654667	46	4.0	46	88	1	240	22	23	14	40	1.90
95654951--95655072	24	5.2	24	66	8	63	36	21	25	17	1.95
95657246--95657294	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
95659800--95659854	15	3.6	15	78	11	58	61	0	0	38	0.96
95659799--95659854	5	11.0	5	74	11	51	60	0	0	39	0.97
95665570--95665603	7	4.7	7	88	3	50	0	17	0	82	0.67
95669573--95669610	18	2.2	17	86	13	51	50	7	10	31	1.66
95677462--95677501	19	2.0	20	90	4	64	47	12	5	35	1.63
95678998--95679363	46	7.8	46	72	16	200	25	28	18	27	1.98
95679137--95679363	94	2.4	93	90	1	373	25	28	18	27	1.98
95679184--95679354	47	3.6	46	72	13	141	25	27	19	26	1.99
95685306--95685402	44	2.3	42	85	5	124	31	13	16	38	1.87
95685320--95685411	44	2.1	44	93	0	157	26	13	20	40	1.89
95685444--95685488	21	2.0	23	84	16	60	26	0	4	68	1.08
95687540--95687602	32	2.0	32	100	0	126	14	22	19	44	1.86
95693704--95693728	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95707465--95707507	22	2.0	23	86	9	63	32	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95709599--95709668	34	2.1	34	86	0	95	35	14	22	27	1.93
95716335--95716400	27	2.5	26	82	9	71	33	0	1	65	1.02
95716335--95716392	26	2.1	27	84	9	73	36	0	0	63	0.94
95730392--95730699	125	2.5	126	85	2	422	39	14	16	28	1.89
95733802--95734001	55	3.4	55	67	23	136	54	4	5	36	1.43
95733779--95734147	123	2.9	125	87	7	527	55	4	4	35	1.40
95736347--95736388	22	1.9	23	90	9	70	50	7	19	23	1.72
95736347--95736393	21	2.2	21	85	14	62	46	6	19	27	1.74
95736379--95736428	11	4.6	10	80	14	55	40	0	34	26	1.56
95736380--95736428	21	2.2	21	82	17	64	40	0	34	24	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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