genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19965692--19965965	27	10.3	27	84	2	347	35	20	20	24	1.96
19965688--19965961	53	5.1	53	85	3	318	35	19	20	24	1.96
19965692--19965965	80	3.4	81	83	2	356	35	20	20	24	1.96
19966333--19966397	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
19966562--19966628	27	2.5	27	85	2	91	20	25	17	35	1.95
19966788--19966872	6	13.8	6	71	18	59	18	17	16	47	1.84
19966765--19966863	31	3.2	31	91	1	144	17	17	15	50	1.78
19972410--19972454	20	2.2	20	96	0	81	28	15	22	33	1.95
19973164--19973254	44	2.1	44	97	0	173	31	23	21	23	1.98
19988846--19988890	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
19991300--19991353	22	2.5	21	82	8	63	37	5	9	48	1.59
19991878--19991934	22	2.6	22	94	2	98	38	8	19	33	1.82
19992864--19992897	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
19995345--19995386	21	2.0	22	85	4	59	33	30	0	35	1.58
19995549--19995710	42	3.8	43	69	11	118	32	25	16	25	1.96
20002376--20002435	25	2.4	24	76	13	59	71	3	16	8	1.24
20005449--20005498	21	2.5	20	77	6	55	22	22	18	38	1.94
20009976--20010151	46	3.8	46	79	10	205	21	20	28	29	1.98
20009973--20010143	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
20015085--20015192	56	1.9	56	98	0	207	25	19	25	28	1.99
20016303--20016354	27	1.9	27	100	0	104	34	26	17	21	1.95
20027127--20027163	17	2.2	17	95	0	65	59	10	8	21	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20030554--20030778	40	5.6	40	83	2	272	23	26	24	25	2.00
20030518--20030778	80	3.3	80	81	3	285	23	26	24	26	2.00
20039148--20039195	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
20041388--20041574	55	3.5	54	80	5	200	20	24	18	36	1.94
20041388--20041582	54	3.6	54	80	4	214	21	24	17	37	1.94
20041561--20041664	47	2.2	47	89	3	156	27	25	12	33	1.92
20041561--20041682	47	2.6	47	86	2	138	25	25	13	35	1.93
20045562--20045605	15	2.6	16	82	17	54	45	9	0	45	1.35
20048240--20048378	27	5.2	27	83	8	169	35	25	22	16	1.94
20048240--20048378	53	2.6	53	89	4	208	35	25	22	16	1.94
20048485--20048558	26	2.7	27	87	4	96	32	9	22	35	1.87
20050001--20050082	26	3.2	26	92	0	146	37	26	4	30	1.77
20055756--20055913	27	5.9	27	80	11	173	34	21	24	19	1.96
20055774--20055913	54	2.6	54	93	2	237	35	22	23	18	1.96
20057535--20057642	26	4.2	26	95	0	189	35	28	6	29	1.82
20061286--20061338	28	1.9	28	88	3	81	26	26	20	26	1.99
20072199--20072365	68	2.5	65	77	10	178	30	15	26	26	1.96
20072395--20072479	28	3.3	27	65	25	74	25	17	27	29	1.98
20072339--20072523	50	3.7	49	84	5	221	27	18	24	28	1.98
20076275--20076499	40	5.6	40	88	0	324	19	20	27	32	1.97
20083198--20083267	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
20083198--20083295	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20088117--20088379	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
20096061--20096323	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
20101096--20101248	83	1.9	80	81	10	184	27	30	22	20	1.98
20101096--20101269	41	4.2	41	77	12	178	27	30	21	20	1.98
20103213--20103393	40	4.6	39	82	4	220	26	24	22	25	2.00
20105368--20105530	40	4.1	40	84	3	222	26	27	22	23	1.99
20115810--20115902	34	2.7	34	79	1	87	30	22	23	23	1.99
20121024--20121066	7	6.1	7	86	0	59	27	44	0	27	1.55
20122749--20122814	29	2.3	29	84	5	80	42	0	25	31	1.55
20134030--20134077	24	2.0	24	100	0	96	33	20	8	37	1.83
20148763--20148938	46	3.8	45	77	11	162	22	19	28	28	1.98
20148760--20148931	93	1.8	93	88	2	265	23	20	28	27	1.99
20163357--20163480	57	2.1	59	85	5	164	45	8	16	29	1.76
20166882--20166943	26	2.4	25	81	13	63	9	8	3	79	1.05
20175355--20175438	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
20177225--20177511	137	2.1	137	96	0	520	24	18	24	32	1.97
20177787--20177814	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
20181267--20181350	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
20185088--20185271	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
20185088--20185271	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
20185527--20185813	137	2.1	137	98	0	547	24	18	24	32	1.97
20192649--20192675	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20194338--20194519	56	3.2	56	88	1	267	33	23	14	28	1.94
20197603--20197735	46	3.0	43	86	6	158	27	16	30	25	1.97
20197797--20197916	49	2.4	49	82	5	127	29	16	29	25	1.97
20197659--20197975	142	2.2	141	77	11	310	26	17	29	26	1.97
20202716--20202755	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
20206492--20206683	56	3.4	56	91	0	312	33	23	15	27	1.95
20206635--20206732	43	2.3	43	92	0	160	32	25	14	27	1.94
20209546--20209747	40	5.1	40	89	4	277	23	23	27	25	2.00
20232026--20232073	23	2.1	23	100	0	96	22	12	33	31	1.91
20247829--20248012	6	30.5	6	77	15	175	48	14	17	18	1.81
20247829--20248012	30	6.3	30	85	10	256	48	14	17	18	1.81
20248132--20248205	27	2.8	27	78	10	80	36	18	24	20	1.95
20248370--20248428	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
20248470--20248552	27	3.1	26	83	10	96	36	20	21	21	1.96
20248723--20248918	27	7.3	27	86	0	248	26	19	18	35	1.95
20248923--20249224	27	11.2	27	83	5	369	39	9	22	27	1.86
20248928--20249224	54	5.5	54	89	4	438	39	9	22	27	1.86
20255394--20255442	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
20257350--20257477	42	3.0	42	76	8	125	25	18	25	30	1.98
20258065--20258136	36	2.0	36	94	0	126	41	0	11	47	1.39
20258081--20258141	18	3.4	18	70	17	54	44	0	14	40	1.46
20260023--20260079	25	2.3	25	90	6	89	36	3	38	21	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20261479--20261543	27	2.4	27	87	5	87	16	24	21	36	1.94
20261479--20261589	54	2.1	53	81	5	125	17	23	20	38	1.93
20267897--20267947	25	2.0	26	96	3	95	35	5	39	19	1.76
20267895--20267954	25	2.4	23	84	15	84	40	6	36	16	1.75
20269350--20269455	27	4.0	27	85	1	124	16	23	20	38	1.93
20273680--20273835	78	2.0	78	98	0	303	27	12	22	37	1.91
20280145--20280238	38	2.5	38	82	3	109	24	21	26	27	1.99
20280242--20280654	43	9.6	43	92	0	682	11	24	32	31	1.91
20283345--20283519	46	3.8	46	77	13	189	20	21	29	28	1.98
20288129--20288336	40	5.3	40	90	3	289	22	21	28	27	1.99
20288129--20288336	79	2.6	78	87	6	294	22	21	28	27	1.99
20295993--20296255	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
20296032--20296290	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
20311160--20311255	49	2.0	49	95	0	174	30	26	22	20	1.99
20313941--20314132	43	4.5	43	90	0	287	32	32	25	9	1.88
20314125--20314248	38	3.2	38	83	2	140	26	27	21	24	1.99
20324068--20324191	41	3.0	41	90	4	198	35	11	17	35	1.86
20324987--20325069	41	2.0	41	95	0	148	42	15	20	21	1.89
20331867--20331918	16	3.2	16	88	0	77	30	0	34	34	1.58
20331898--20332008	45	2.6	43	80	12	133	35	5	27	31	1.80
20332134--20332175	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
20332143--20332184	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20332163--20332356	61	3.2	61	69	13	193	48	6	1	43	1.37
20332132--20332389	120	2.1	120	96	0	471	48	5	1	43	1.38
20332249--20332295	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
20348439--20348498	20	3.0	20	81	18	72	53	8	0	38	1.31
20349416--20349458	19	2.1	21	87	8	63	41	0	2	55	1.12
20353978--20354074	48	2.0	48	95	0	176	20	15	23	40	1.91
20355321--20355368	13	3.7	13	85	0	69	35	22	6	35	1.80
20356351--20356375	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
20363043--20363080	19	2.0	19	85	10	51	36	2	13	47	1.56
20365671--20365753	44	1.9	43	90	2	130	24	16	26	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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