genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  71  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21766876--21767071	65	3.0	65	96	0	356	25	13	17	43	1.86
21768427--21768493	34	1.9	36	85	8	95	43	11	25	19	1.85
21769184--21769266	42	2.0	42	100	0	166	22	12	31	33	1.91
21770485--21770587	37	2.8	37	93	0	179	26	32	18	23	1.97
21770728--21771015	48	6.0	48	94	1	508	31	28	5	34	1.81
21775092--21775192	30	3.2	30	69	17	96	24	17	15	41	1.89
21775076--21775204	65	2.0	65	96	0	240	27	15	17	40	1.89
21776560--21776620	27	2.3	26	88	8	88	26	22	16	34	1.95
21776629--21776706	27	2.9	26	84	3	102	32	8	20	38	1.84
21782187--21782231	20	2.2	20	84	7	56	15	0	24	60	1.36
21786779--21786836	29	2.0	29	100	0	116	48	24	3	24	1.66
21790849--21790900	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
21790861--21791011	72	2.1	71	90	2	232	30	29	16	23	1.96
21791024--21791074	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
21790930--21791140	103	2.0	104	92	2	354	31	30	19	18	1.96
21791481--21791544	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
21791488--21791544	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
21793141--21793323	90	2.0	90	97	0	348	30	25	9	34	1.88
21805134--21805173	20	2.0	20	90	9	64	20	0	27	52	1.46
21806239--21806278	19	2.0	20	85	4	55	80	0	20	0	0.72
21807536--21807793	40	6.5	40	90	2	360	22	22	28	25	1.99
21816953--21817001	22	2.3	22	89	3	73	14	34	36	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21818131--21818245	40	2.9	40	88	6	155	27	16	26	28	1.97
21820355--21820530	46	3.8	45	78	11	187	21	21	28	28	1.98
21820351--21820522	93	1.8	93	91	2	283	21	21	29	27	1.99
21831953--21832420	131	3.6	128	81	6	465	33	19	19	27	1.96
21834746--21834775	15	2.0	15	93	0	51	40	6	16	36	1.75
21838437--21838491	16	3.4	16	92	0	92	34	7	29	29	1.84
21838473--21838566	44	2.1	46	88	4	138	31	5	25	37	1.78
21838663--21838798	58	2.4	57	86	5	184	53	3	0	41	1.23
21839961--21840005	18	2.4	18	85	10	56	17	2	6	73	1.15
21845939--21846152	47	4.6	47	73	13	140	32	16	26	24	1.96
21855691--21855825	40	3.3	41	79	7	134	31	26	13	28	1.94
21862077--21862155	37	2.1	37	88	4	115	25	29	18	26	1.98
21862274--21862427	47	3.3	47	90	0	236	27	31	9	31	1.88
21862399--21862455	28	2.0	28	100	0	114	29	28	14	28	1.95
21866020--21866453	48	9.0	48	93	0	715	36	6	26	31	1.81
21866594--21866696	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
21871969--21872248	138	2.0	138	92	0	461	41	6	5	46	1.53
21889185--21889217	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
21893752--21893874	29	4.3	29	81	2	133	23	13	32	30	1.92
21903916--21904047	44	3.0	43	79	7	122	27	18	19	34	1.96
21903949--21904515	45	12.2	45	69	13	240	28	21	17	32	1.96
21904222--21904516	44	6.6	44	75	4	189	29	22	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21904261--21904537	89	3.1	89	76	4	281	28	23	15	31	1.96
21909361--21909386	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
21910509--21910579	33	2.2	33	87	5	99	38	11	19	30	1.87
21910534--21910604	33	2.2	33	82	2	81	42	12	19	25	1.87
21910587--21910703	33	3.6	32	79	8	130	29	15	25	29	1.96
21916856--21916882	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
21917110--21917218	54	2.0	54	100	0	218	41	14	5	38	1.69
21917993--21918204	33	6.5	32	73	10	133	33	13	22	30	1.93
21918121--21918237	33	3.6	32	77	8	112	31	15	24	28	1.95
21919032--21919089	29	2.0	30	82	3	73	18	36	25	18	1.95
21923037--21923178	40	3.6	40	87	2	198	23	23	26	26	2.00
21931179--21931399	40	5.6	40	89	2	340	22	22	26	28	1.99
21931179--21931399	79	2.8	80	90	2	340	22	22	26	28	1.99
21931179--21931399	119	1.9	119	89	3	347	22	22	26	28	1.99
21937293--21937605	73	4.3	72	84	3	407	54	14	6	24	1.63
21937293--21937609	145	2.2	144	84	5	415	53	14	5	25	1.63
21938034--21938068	18	1.9	18	88	0	52	45	14	8	31	1.75
21940656--21940688	15	2.2	15	100	0	66	51	9	18	21	1.73
21944060--21944147	40	2.2	39	80	9	106	27	5	1	65	1.22
21950167--21950328	80	2.0	80	100	0	324	36	13	25	24	1.92
21951722--21951944	40	5.7	40	82	7	251	24	21	27	25	1.99
21951813--21951977	80	2.1	79	82	5	199	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21954752--21954792	21	1.9	21	85	5	55	39	0	4	56	1.21
21956678--21956712	14	2.5	14	90	0	52	60	0	5	34	1.21
21959297--21959570	104	2.6	101	82	4	298	26	22	27	24	2.00
21959297--21959659	104	3.5	103	77	9	274	26	22	27	23	1.99
21960818--21960875	10	5.7	11	82	10	63	65	3	10	20	1.38
21960818--21960875	20	2.9	19	85	10	73	65	3	10	20	1.38
21960817--21960874	30	1.9	30	86	6	82	65	3	10	20	1.38
21961564--21961762	99	2.0	101	87	2	285	32	25	14	28	1.94
21962898--21962928	15	2.1	14	94	5	53	77	0	0	22	0.77
21964316--21964389	33	2.2	33	90	0	112	24	12	25	37	1.90
21981794--21981833	21	1.9	21	85	10	55	30	0	5	65	1.14
21984514--21984566	28	1.9	28	96	3	99	22	33	20	22	1.97
21984514--21984573	27	2.2	28	90	3	95	21	36	20	21	1.95
21984522--21984575	15	3.9	14	71	24	51	24	31	22	22	1.98
21987013--21987149	39	3.5	39	95	0	247	18	23	27	29	1.98
21987130--21987169	20	2.0	20	100	0	80	20	30	20	30	1.97
21987091--21987208	59	2.0	59	100	0	236	18	25	27	28	1.98
21987013--21987288	137	2.0	139	91	2	450	19	23	27	29	1.98
21987150--21987289	39	3.5	40	93	2	214	19	23	27	29	1.98
21987052--21987248	98	2.0	99	96	1	369	18	24	27	28	1.98
21990121--21990204	42	2.0	42	100	0	168	50	19	7	23	1.72
21995899--21995983	27	3.4	27	64	26	69	25	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21995881--21996006	47	2.7	47	96	0	234	27	29	20	22	1.98
22010927--22010988	23	2.7	23	75	12	65	27	14	17	40	1.89
22011111--22011177	29	2.3	29	81	0	80	22	29	20	26	1.99
22018045--22018264	40	5.7	40	85	9	276	25	28	22	24	1.99
22018047--22018264	114	1.9	117	83	7	293	24	27	22	24	2.00
22021589--22021711	23	5.1	23	89	8	174	29	20	22	27	1.98
22021587--22021711	47	2.6	49	88	7	184	28	20	22	28	1.99
22021587--22021712	24	5.2	24	90	7	184	28	20	22	28	1.98
22021769--22021825	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22021757--22021827	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
22021762--22021816	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
22081236--22081365	24	5.4	24	94	2	208	29	22	21	26	1.99
22081236--22081358	47	2.6	47	94	1	210	29	22	20	27	1.98
22081572--22081635	31	2.1	31	84	0	83	39	15	20	25	1.92
22084372--22084411	13	3.1	13	88	0	62	15	27	37	20	1.92
22085360--22085505	37	3.9	37	93	0	238	25	32	19	21	1.97
22085668--22085900	94	2.5	94	92	0	376	27	29	10	32	1.90
22085753--22085827	22	3.3	22	63	17	53	29	28	9	33	1.88
22085668--22085900	47	5.0	47	86	0	313	27	29	10	32	1.90
22095215--22095292	39	2.0	39	97	0	147	21	12	19	46	1.83
22103710--22103927	40	5.5	40	87	1	296	23	22	27	27	1.99
22111910--22112117	40	5.2	40	90	1	312	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22113922--22114049	40	3.2	39	84	8	159	39	22	20	17	1.92
22113922--22114088	41	4.1	40	85	11	182	38	22	21	17	1.93
22113922--22114088	81	2.1	80	82	10	198	38	22	21	17	1.93
22114245--22114289	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
22114378--22114406	14	2.0	15	93	6	51	27	0	27	44	1.54
22115258--22115301	16	2.8	16	89	0	61	63	0	0	36	0.95
22119529--22119571	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
22119592--22119790	43	4.6	43	84	1	211	27	19	25	27	1.99
22119965--22120026	20	3.1	20	88	0	88	35	11	17	35	1.86
22119972--22120042	20	3.5	20	80	3	72	32	14	16	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332