genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100651909--100651971	14	4.5	14	82	7	74	61	4	12	20	1.49
100651928--100651971	13	3.3	13	84	6	61	63	6	13	15	1.49
100651954--100652203	75	3.3	74	83	7	288	36	20	18	24	1.95
100652141--100652251	54	2.1	54	89	0	168	41	16	12	29	1.85
100652335--100652385	14	3.6	14	77	12	50	64	3	11	19	1.41
100652197--100652459	106	2.5	105	84	5	320	41	17	15	25	1.89
100652365--100652609	76	3.3	75	86	4	325	34	20	16	28	1.94
100652597--100652623	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
100652515--100652698	91	2.1	87	83	8	237	37	19	16	26	1.93
100652611--100652754	71	2.0	73	87	4	211	31	21	18	27	1.97
100652596--100652934	174	1.9	176	84	9	462	38	18	17	25	1.92
100653217--100653367	72	2.0	82	81	15	168	37	19	15	27	1.92
100653236--100653510	71	3.9	72	88	7	395	31	22	16	29	1.96
100653512--100653544	13	2.4	14	90	10	59	60	6	15	18	1.54
100653441--100653771	80	4.0	83	87	10	448	36	20	16	26	1.94
100653378--100653777	160	2.5	161	85	10	518	35	20	17	26	1.95
100653787--100653956	68	2.5	68	85	10	229	34	22	16	25	1.95
100654004--100654210	70	2.8	75	80	14	223	34	20	16	28	1.94
100662553--100662600	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
100662549--100662604	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
100662549--100662600	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
100662752--100662800	25	2.0	25	91	0	80	51	6	8	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100662805--100662864	28	2.2	27	84	3	75	58	3	5	33	1.36
100662746--100662962	23	9.0	25	71	16	120	55	4	5	34	1.45
100662752--100662910	75	2.1	75	80	5	180	54	4	6	33	1.47
100663450--100663564	30	3.8	30	92	0	194	21	3	49	25	1.65
100663754--100663852	39	2.5	38	84	9	119	36	9	17	37	1.81
100665456--100665565	42	2.6	42	87	7	145	30	26	12	30	1.93
100665524--100665717	48	4.0	47	80	8	185	30	27	15	26	1.96
100665556--100665718	53	3.1	53	79	15	160	31	26	14	27	1.94
100665555--100665856	103	3.0	101	82	7	263	27	26	15	30	1.96
100665674--100665846	47	3.5	47	66	18	125	25	27	16	30	1.96
100665661--100665869	103	2.0	103	97	0	391	24	29	15	31	1.95
100667420--100667451	10	3.2	10	95	0	55	59	0	28	12	1.34
100667997--100668135	73	1.9	73	88	2	208	33	10	18	37	1.86
100672911--100673222	105	3.0	105	81	2	376	43	19	14	22	1.87
100674657--100674681	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
100675801--100675831	15	2.1	15	93	0	53	25	12	29	32	1.93
100677127--100677220	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
100679641--100679734	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
100683813--100683837	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
100696708--100696954	127	1.9	127	92	0	413	38	18	17	25	1.92
100696727--100697057	127	2.6	126	83	5	364	38	19	17	24	1.93
100699182--100699256	29	2.6	29	87	2	98	70	8	1	20	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100711789--100711829	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
100716042--100716102	24	2.6	23	79	10	70	54	1	1	42	1.20
100724719--100724752	13	2.5	13	90	4	50	29	0	20	50	1.49
100725180--100725213	16	2.1	17	88	5	52	29	14	26	29	1.95
100726180--100726210	16	1.9	16	100	0	62	41	12	12	32	1.81
100728302--100728625	46	7.0	46	89	0	479	41	14	23	20	1.89
100728709--100728758	26	2.0	26	84	7	68	34	4	22	40	1.72
100734502--100734526	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
100734623--100734686	20	3.4	20	66	16	64	45	0	6	48	1.27
100734624--100734696	36	2.0	36	100	0	146	43	0	8	47	1.33
100741599--100741710	27	4.2	26	83	7	134	37	22	24	16	1.93
100741599--100741710	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
100749112--100749223	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
100749112--100749223	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
100749322--100749372	25	2.1	24	82	10	59	27	13	21	37	1.91
100752249--100752356	44	2.4	45	82	3	128	30	23	12	34	1.91
100761866--100761914	25	2.0	25	95	0	89	20	14	28	36	1.92
100761867--100761921	25	2.2	25	90	0	83	20	16	30	32	1.94
100763117--100763155	11	3.5	11	85	3	51	53	0	35	10	1.35
100763568--100763592	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
100763588--100763669	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
100770881--100770961	30	2.6	30	78	9	74	61	2	3	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100774296--100774320	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
100777216--100777244	14	2.1	14	100	0	58	31	6	20	41	1.79
100780160--100780191	14	2.2	15	94	5	57	56	12	12	18	1.67
100792594--100792913	48	6.9	48	71	12	263	26	18	25	29	1.98
100792746--100792891	43	3.3	43	66	16	125	26	18	25	29	1.98
100792682--100792913	91	2.5	91	98	0	446	26	17	25	30	1.97
100794871--100795011	72	2.0	72	95	0	255	31	26	13	28	1.94
100795539--100795564	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
100796179--100796260	3	28.3	3	80	7	98	0	32	0	67	0.91
100803836--100803949	59	1.9	59	91	1	185	39	19	17	23	1.92
100808016--100808047	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
100808577--100808620	6	7.2	6	81	2	52	77	0	20	2	0.88
100812507--100812554	21	2.3	21	88	0	69	16	29	29	25	1.97
100812608--100812647	8	5.0	8	93	0	71	25	22	25	27	2.00
100815988--100816082	48	2.0	48	89	0	145	21	13	32	32	1.92
100829423--100829479	18	3.3	18	68	26	52	50	3	3	42	1.36
100829424--100829485	33	1.9	33	90	9	101	50	3	4	41	1.40
100831908--100831945	19	2.0	20	89	5	60	60	0	0	39	0.97
100836464--100836538	28	2.7	26	75	17	71	60	2	4	33	1.30
100837454--100837496	16	2.7	16	85	0	59	76	2	4	16	1.05
100838178--100838476	45	6.8	45	72	10	208	29	24	14	32	1.94
100838199--100838476	83	3.2	88	83	7	352	29	23	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100838244--100838486	128	1.9	127	83	4	310	30	24	14	30	1.94
100838409--100838563	45	3.5	45	89	6	226	28	23	15	32	1.95
100838199--100838541	172	2.0	172	81	5	408	29	24	14	32	1.94
100838576--100839276	178	3.9	178	83	2	811	28	24	16	30	1.96
100840169--100840213	24	1.9	23	90	4	72	62	13	0	24	1.31
100842378--100842407	14	2.1	14	100	0	60	13	0	13	73	1.10
100843506--100843553	15	3.2	15	90	0	78	8	22	18	50	1.74
100850448--100850520	36	2.1	36	97	2	139	31	13	8	46	1.73
100852280--100852371	44	2.1	44	85	4	123	20	19	25	34	1.96
100862531--100862634	31	3.4	31	83	0	136	22	9	18	50	1.75
100865036--100865074	17	2.3	16	82	8	51	43	0	0	56	0.99
100865282--100865372	23	4.0	23	78	2	94	29	17	27	25	1.97
100867747--100867792	20	2.3	20	92	0	74	65	0	15	19	1.28
100867937--100867975	10	3.9	10	80	12	53	69	2	7	20	1.26
100868672--100868721	25	2.0	24	85	11	66	40	6	10	44	1.63
100875467--100875545	28	2.8	28	88	0	122	34	12	25	27	1.92
100875530--100875571	21	2.0	21	100	0	84	42	9	14	33	1.78
100879596--100879682	26	3.3	26	95	0	147	36	21	9	32	1.85
100886659--100886766	26	4.2	26	91	2	155	36	23	7	33	1.83
100886659--100886766	52	2.1	52	91	0	171	36	23	7	33	1.83
100892867--100892906	14	2.9	14	84	0	53	62	12	2	22	1.42
100892998--100893084	28	3.0	28	71	22	72	25	6	2	65	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100893722--100893775	23	2.3	23	83	3	63	42	1	0	55	1.10
100894900--100894958	31	1.9	31	82	6	75	37	10	6	45	1.65
100895802--100895843	8	5.5	8	88	11	70	78	0	0	21	0.75
100895803--100895843	15	2.7	15	100	0	82	80	0	0	19	0.71
100903906--100903947	19	2.2	19	83	8	50	4	30	2	61	1.29
100904946--100905037	40	2.4	39	85	3	114	14	13	36	35	1.84
100907163--100907208	15	2.8	17	77	16	51	43	0	0	56	0.99
100907159--100907198	15	2.7	15	88	3	64	42	0	0	57	0.98
100907761--100907811	23	2.2	23	82	6	59	15	23	31	29	1.95
100909127--100909171	22	2.0	22	83	8	56	57	0	2	40	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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