Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  165  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54561384--54561435
26
2.0
26
81
7
61
38
13
0
48
1.43
54575726--54575911
40
4.7
40
86
5
225
26
27
21
24
1.99
54579307--54579464
43
3.7
43
74
7
142
24
16
27
31
1.96
54581403--54581482
38
2.1
38
81
9
92
35
28
16
20
1.94
54584647--54584691
20
2.2
20
88
0
63
48
2
13
35
1.54
54591455--54591526
33
2.2
33
85
2
92
22
29
33
15
1.94
54595424--54595564
40
3.5
40
89
5
214
28
28
19
23
1.98
54602803--54602983
40
4.5
40
83
4
195
29
25
19
25
1.99
54602924--54602999
40
1.9
40
97
0
143
26
23
21
28
1.99
54604606--54604726
43
2.9
42
75
7
129
23
19
24
32
1.97
54604609--54604726
41
2.8
41
78
8
114
24
18
24
32
1.97
54612330--54612374
22
2.0
22
82
0
54
11
33
24
31
1.90
54614892--54615008
43
2.8
41
81
5
117
23
19
24
31
1.98
54620321--54620435
37
3.1
37
89
0
176
26
32
20
21
1.98
54620598--54621018
47
9.0
47
90
1
637
25
29
12
31
1.93
54620615--54621019
141
2.9
141
95
1
722
26
29
12
31
1.92
54620750--54620878
25
5.4
25
62
23
80
27
29
10
31
1.91
54625069--54625408
40
8.5
40
86
0
437
26
26
20
26
1.99
54625069--54625398
80
4.1
79
91
1
489
26
26
20
26
1.99
54626689--54626796
37
2.9
37
88
0
162
27
32
17
22
1.96
54626959--54627379
47
9.0
47
90
1
637
26
29
12
31
1.92
54626951--54627380
141
3.0
141
93
2
729
26
29
12
31
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54631928--54631966
19
2.1
19
85
9
53
33
5
10
51
1.58
54631991--54632029
15
2.6
14
84
11
51
28
2
0
69
1.02
54636283--54636316
11
3.0
11
91
4
50
0
26
0
73
0.83
54636409--54636447
19
2.1
19
85
9
53
33
5
10
51
1.58
54636472--54636510
15
2.6
14
84
11
51
28
2
0
69
1.02
54636584--54636621
18
2.1
18
100
0
76
31
31
0
36
1.58
54648334--54648393
28
2.2
26
88
5
84
35
5
13
46
1.65
54649901--54649998
42
2.3
42
91
3
153
27
28
14
29
1.95
54649969--54650092
47
2.7
46
84
2
158
29
27
16
27
1.97
54650099--54650125
7
3.9
7
100
0
54
14
25
14
44
1.84
54650132--54650303
31
5.5
31
87
5
224
27
26
18
27
1.98
54650124--54650303
93
1.9
93
86
6
258
27
26
18
27
1.98
54650279--54650402
50
2.5
51
90
4
189
26
21
16
35
1.94
54652313--54652490
39
4.5
39
84
1
221
30
17
23
28
1.97
54655366--54655424
29
2.0
29
84
12
77
45
1
32
20
1.61
54659699--54660001
40
7.6
40
92
0
455
21
22
28
27
1.99
54662278--54662358
25
3.2
25
68
5
65
32
18
25
23
1.97
54662450--54662524
26
2.9
26
78
11
73
40
24
21
14
1.90
54670044--54670075
16
2.0
16
100
0
64
43
12
25
18
1.85
54675269--54675403
43
3.1
42
80
9
130
25
30
19
24
1.98
54675270--54675454
88
2.1
86
84
5
230
27
29
19
23
1.98
54675283--54675486
44
4.7
44
81
9
206
27
27
20
24
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54676152--54676292
46
3.0
47
90
3
214
46
14
11
28
1.79
54682799--54682823
12
2.1
12
100
0
50
16
32
16
36
1.90
54682816--54683034
45
5.0
44
82
5
248
26
28
19
25
1.99
54682816--54683034
88
2.5
88
85
5
282
26
28
19
25
1.99
54683813--54683998
46
4.0
46
88
1
266
45
12
12
29
1.80
54691426--54691571
65
2.2
65
79
4
161
34
22
19
23
1.96
54694223--54694398
46
3.8
46
77
10
196
22
19
28
29
1.98
54700460--54700516
20
2.8
19
74
12
51
52
8
3
35
1.50
54713912--54714027
43
2.7
43
77
6
137
31
15
23
29
1.95
54714596--54714649
26
2.1
26
100
0
108
35
11
29
24
1.90
54717383--54717540
68
2.3
68
80
11
178
19
29
16
34
1.94
54718360--54718410
25
2.0
25
92
0
84
39
13
21
25
1.90
54720048--54720103
27
2.0
27
89
6
85
55
7
0
37
1.27
54725287--54725325
17
2.3
17
86
0
51
53
0
10
35
1.35
54733748--54733918
50
3.4
52
80
6
192
30
22
18
28
1.97
54737210--54737421
40
5.3
40
80
2
248
25
20
27
27
1.99
54737214--54737430
80
2.7
79
90
3
319
24
20
27
26
1.99
54742720--54742792
15
5.0
15
73
15
55
61
0
2
35
1.10
54742816--54742854
19
2.1
19
85
9
53
48
7
5
38
1.54
54742908--54742945
20
1.9
19
85
15
51
73
0
18
7
1.06
54742908--54742949
15
2.7
16
77
7
50
71
0
21
7
1.09
54743539--54743613
39
1.9
39
94
0
132
36
8
18
37
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54744289--54744332
18
2.4
18
84
0
61
31
13
15
38
1.87
54745620--54745656
15
2.5
15
100
0
74
16
13
16
54
1.72
54746305--54746353
24
2.0
24
96
0
89
28
22
8
40
1.82
54747557--54747583
12
2.2
12
100
0
54
77
0
0
22
0.76
54755949--54755985
8
4.6
8
86
0
56
13
8
32
45
1.73
54771708--54771740
15
2.1
16
88
5
50
63
3
0
33
1.10
54776396--54776555
39
4.1
39
87
0
230
27
29
21
21
1.99
54780150--54780533
47
8.4
47
80
11
440
32
8
30
28
1.87
54780150--54780533
94
4.2
94
88
7
574
32
8
30
28
1.87
54780235--54780305
36
2.0
36
97
0
133
36
5
26
30
1.80
54780150--54780533
130
2.8
135
90
4
580
32
8
30
28
1.87
54780654--54780732
37
2.1
37
88
4
115
25
18
30
25
1.98
54782604--54782706
43
2.4
43
100
0
206
22
15
35
26
1.94
54782688--54782761
29
2.6
29
89
4
105
25
16
32
25
1.96
54783072--54783424
79
4.5
79
83
5
360
24
22
27
24
2.00
54783072--54783424
40
8.9
40
83
4
378
24
22
27
24
2.00
54783152--54783419
119
2.3
119
88
1
385
24
23
26
25
2.00
54783152--54783424
79
3.4
80
89
1
379
24
22
27
25
2.00
54786953--54787334
47
8.4
47
79
12
422
31
8
30
29
1.87
54787038--54787108
36
2.0
36
97
0
133
36
5
26
30
1.80
54786987--54787334
83
3.9
85
88
6
389
31
8
30
29
1.86
54786953--54787334
130
2.8
134
90
4
576
31
8
30
29
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54787074--54787334
139
1.9
140
90
0
416
31
8
31
28
1.87
54787074--54787334
92
2.8
94
89
2
400
31
8
31
28
1.87
54787453--54787531
37
2.1
37
88
4
115
25
18
30
25
1.98
54791207--54791282
30
2.5
30
80
4
91
26
23
10
39
1.87
54791267--54791428
30
5.4
30
78
7
134
20
26
14
38
1.91
54791416--54791486
30
2.4
30
92
2
117
25
28
12
33
1.92
54791878--54791917
11
3.6
11
79
0
53
20
15
7
57
1.61
54791955--54792017
30
2.1
30
90
0
99
25
4
14
55
1.58
54793377--54793538
9
17.6
10
67
22
72
32
1
2
63
1.18
54793416--54793538
10
13.6
9
71
16
78
31
0
2
65
1.12
54793401--54793539
72
1.9
73
85
8
196
32
0
2
64
1.10
54793503--54793542
22
1.9
20
90
10
62
22
2
5
70
1.19
54793794--54793818
13
1.9
13
100
0
50
32
0
20
48
1.50
54796862--54796922
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
54798010--54798054
19
2.4
18
82
10
54
24
6
0
68
1.13
54799251--54799380
24
5.3
23
71
14
100
63
1
4
30
1.24
54799260--54799397
24
5.5
26
71
11
81
60
2
5
31
1.30
54799315--54799411
49
1.9
49
83
4
122
61
4
5
28
1.36
54800787--54800829
22
2.0
21
81
4
50
72
2
6
18
1.19
54802961--54803053
40
2.3
39
85
3
114
27
19
23
29
1.98
54803835--54803878
16
2.8
16
86
3
54
43
31
2
22
1.66
54803984--54804037
22
2.5
22
88
8
76
50
24
0
25
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54804493--54804621
42
3.1
42
90
0
186
20
2
34
42
1.65
54804547--54804612
14
4.7
14
71
14
55
19
3
33
43
1.66
54804517--54804621
21
5.0
21
70
13
81
20
1
34
42
1.63
54804965--54805165
84
2.4
84
90
0
303
34
16
20
28
1.94
54805522--54805554
16
2.1
16
94
0
57
15
12
15
57
1.65
54808421--54808450
13
2.3
13
100
0
60
53
10
0
36
1.35
54808452--54808533
9
9.1
9
77
5
67
43
19
3
32
1.68
54808434--54808524
45
2.0
45
86
0
128
46
17
3
32
1.65
54813502--54813530
14
2.1
14
93
6
51
34
0
10
55
1.34
54813939--54813993
21
2.6
21
85
0
83
29
18
50
1
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332