genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24941163--24941292	14	8.9	14	69	16	68	39	33	2	25	1.69
24941225--24941278	21	2.6	21	82	11	67	37	38	1	22	1.65
24954292--24954463	93	1.8	93	91	4	285	29	26	20	23	1.99
24954284--24954459	46	3.8	46	75	10	171	30	26	19	22	1.98
24958088--24958218	39	3.4	39	90	1	201	22	28	23	25	2.00
24962314--24962695	50	7.6	50	78	5	356	31	25	17	25	1.97
24962314--24962646	101	3.3	100	86	2	418	29	25	18	25	1.98
24962303--24962651	151	2.3	150	82	2	405	29	25	18	25	1.98
24966366--24966481	38	3.1	38	98	0	223	35	13	22	28	1.92
24968753--24968852	15	7.3	14	68	18	59	7	22	1	70	1.18
24968754--24968793	14	2.8	15	85	11	57	5	20	0	75	0.99
24968757--24968795	13	2.8	14	84	11	53	7	20	0	71	1.10
24982103--24982193	42	2.2	42	94	2	157	40	23	20	15	1.90
24984094--24984215	28	4.3	28	82	5	120	27	32	12	27	1.92
24984094--24984215	57	2.1	57	82	5	140	27	32	12	27	1.92
24984093--24984239	29	5.2	28	79	8	111	27	31	12	29	1.93
24991552--24991664	27	4.2	26	84	8	127	16	22	23	38	1.93
24991552--24991664	55	2.1	54	85	5	147	16	22	23	38	1.93
24999352--24999460	27	4.0	26	83	9	128	17	22	22	37	1.94
24999352--24999460	55	2.0	54	85	5	148	17	22	22	37	1.94
25001152--25001274	44	2.9	44	76	10	123	33	26	17	22	1.96
25002891--25002971	36	2.2	36	97	0	153	23	13	18	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25004582--25004782	42	4.7	41	82	4	204	24	19	27	27	1.99
25004584--25004786	85	2.4	84	81	5	212	25	19	27	28	1.98
25006220--25006404	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
25006201--25006404	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
25013716--25013844	37	3.3	39	85	4	145	26	28	19	25	1.99
25013716--25013895	40	4.6	39	80	7	188	25	28	20	25	1.99
25022515--25022707	42	4.5	42	78	6	156	26	20	25	26	1.99
25028443--25028497	24	2.3	23	87	9	83	49	10	5	34	1.61
25028453--25028500	24	2.0	24	100	0	96	50	8	4	37	1.52
25029905--25029987	27	3.1	27	92	0	139	36	19	20	24	1.95
25029905--25030013	27	4.0	26	82	9	112	34	21	20	23	1.96
25029905--25030022	54	2.2	54	83	6	141	36	20	19	23	1.95
25030734--25030793	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
25032475--25032604	38	3.4	38	79	4	127	40	27	17	13	1.88
25035525--25035582	26	2.2	26	87	0	80	25	25	18	29	1.98
25037704--25037947	121	2.0	121	94	1	427	38	12	17	31	1.87
25052821--25052979	39	4.1	39	89	0	228	30	24	18	26	1.98
25058156--25058192	11	3.6	11	82	17	53	75	5	8	10	1.17
25060256--25060303	6	7.8	6	82	13	62	79	2	18	0	0.84
25060256--25060308	16	3.4	16	76	12	65	79	1	18	0	0.83
25060264--25060318	25	2.2	25	83	0	65	78	3	16	1	0.98
25060925--25060958	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25064487--25064786	150	2.0	150	99	0	591	36	27	11	25	1.90
25073550--25073591	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
25076840--25077023	40	4.6	40	82	6	221	25	24	26	23	2.00
25076840--25077023	80	2.3	80	86	3	246	25	24	26	23	2.00
25079134--25079193	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
25084551--25084602	27	2.0	26	84	3	68	36	23	23	17	1.95
25085479--25085519	20	2.0	20	95	0	73	36	12	36	14	1.84
25087483--25087606	29	4.3	29	85	1	151	31	31	12	24	1.93
25091859--25091915	25	2.3	25	78	0	69	38	8	17	35	1.81
25091859--25091928	25	2.8	25	74	8	61	35	10	17	37	1.83
25096105--25096156	27	1.9	27	92	7	88	28	15	21	34	1.94
25102614--25102650	9	4.3	9	80	13	51	56	21	13	8	1.63
25102623--25102657	16	2.2	16	94	0	61	54	20	17	8	1.68
25102850--25102964	29	4.0	29	83	6	137	26	15	28	28	1.96
25107543--25107698	45	3.5	44	85	6	192	28	27	19	24	1.99
25108486--25108580	47	2.0	46	87	2	136	45	12	12	29	1.79
25110215--25110279	32	2.0	32	90	0	103	30	26	18	24	1.98
25110585--25110651	27	2.5	27	82	0	80	28	14	16	40	1.88
25125232--25125271	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
25127054--25127320	48	5.6	48	77	0	255	26	19	29	23	1.98
25127055--25127290	96	2.5	96	90	1	366	26	19	30	24	1.98
25152451--25152480	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25152692--25152973	50	5.6	50	79	4	291	31	26	17	24	1.97
25152678--25152924	101	2.5	99	83	4	318	28	26	19	25	1.99
25155252--25155290	13	2.8	13	84	7	51	56	2	2	38	1.27
25162511--25162581	28	2.5	28	83	0	97	28	11	28	32	1.91
25166390--25166442	27	2.0	26	85	3	70	16	26	20	35	1.94
25167298--25167592	42	6.8	41	76	13	195	29	16	25	29	1.96
25167322--25167461	48	2.9	48	89	2	210	30	16	23	30	1.96
25171200--25171282	28	3.0	28	76	0	76	31	10	25	32	1.90
25179711--25179866	38	3.9	38	71	15	134	28	16	25	29	1.96
25179709--25179894	84	2.2	84	76	12	193	30	14	25	29	1.95
25196334--25196373	21	1.9	21	100	0	80	70	7	2	20	1.24
25196482--25196526	22	2.0	22	91	0	72	15	4	13	66	1.39
25196492--25196594	36	3.0	33	78	9	98	24	3	7	64	1.38
25200386--25200426	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
25202853--25202877	13	1.9	13	100	0	50	28	24	8	40	1.83
25206640--25206680	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
25208578--25208626	23	2.1	23	100	0	98	32	8	16	42	1.77
25213236--25213280	17	2.7	16	83	16	56	24	37	24	13	1.91
25219521--25219565	20	2.2	20	80	11	56	37	24	31	6	1.81
25219903--25219956	27	2.0	27	100	0	108	37	14	3	44	1.63
25224639--25224774	65	2.1	66	82	10	174	50	16	5	28	1.66
25228164--25228286	42	2.9	42	84	4	133	30	24	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235297--25235571	125	2.2	125	88	0	406	27	21	26	24	1.99
25240278--25240424	24	6.2	24	87	1	215	29	19	21	29	1.97
25240278--25240424	71	2.1	72	89	1	224	29	19	21	29	1.97
25240278--25240425	48	3.1	48	91	1	244	29	18	22	29	1.98
25240474--25240539	20	3.3	20	93	0	114	31	21	12	34	1.90
25240474--25240528	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
25249789--25249887	37	2.6	38	80	4	94	27	20	23	29	1.99
25249864--25249966	43	2.5	42	77	3	109	18	24	29	28	1.98
25257887--25257920	13	2.6	13	95	0	59	0	17	47	35	1.48
25265202--25265386	40	4.7	40	85	6	225	24	22	27	25	2.00
25265202--25265382	79	2.3	81	83	4	226	24	23	27	24	2.00
25265255--25265419	79	2.1	79	84	4	208	26	21	27	25	1.99
25265202--25265419	119	1.8	119	80	7	264	25	22	27	25	2.00
25267100--25267350	40	6.4	40	89	7	372	20	22	30	26	1.98
25269731--25269775	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
25273404--25273525	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
25273370--25273892	47	11.0	47	93	2	768	27	29	9	33	1.89
25275684--25275803	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
25276381--25276414	13	2.6	14	90	9	54	29	8	0	61	1.26
25276381--25276414	7	5.1	7	89	10	54	29	8	0	61	1.26
25276368--25276414	20	2.4	19	89	3	67	25	8	2	63	1.34
25276469--25276555	44	2.0	44	95	0	156	27	9	14	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25278453--25278529	38	2.0	38	89	0	118	33	27	10	28	1.90
25278493--25278628	48	2.9	48	83	5	186	30	22	15	32	1.95
25284141--25284233	42	2.2	43	80	5	109	32	19	20	27	1.97
25284141--25284251	43	2.6	42	76	9	109	29	21	22	26	1.99
25286024--25286204	68	2.8	66	79	9	192	30	16	27	25	1.97
25305559--25306060	47	10.6	47	92	1	797	32	8	29	29	1.87
25305559--25306060	96	5.3	96	91	3	804	32	8	29	29	1.87
25305559--25306060	143	3.5	143	93	1	828	32	8	29	29	1.87
25309105--25309174	32	2.2	32	94	0	122	42	22	11	22	1.85
25310792--25310919	46	2.8	48	83	8	135	34	18	21	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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