genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11322620--11322762	54	2.6	54	91	0	223	33	8	13	44	1.73
11330385--11330660	143	1.9	143	87	1	401	42	15	14	26	1.86
11334243--11334267	12	2.1	12	100	0	50	24	0	20	56	1.43
11334680--11334731	26	2.0	26	100	0	104	46	3	7	42	1.51
11340311--11340335	13	1.9	13	100	0	50	12	0	8	80	0.92
11340871--11340908	18	2.1	18	100	0	76	21	5	39	34	1.76
11342846--11342879	13	2.5	14	85	9	52	41	2	8	47	1.50
11344993--11345071	39	2.0	41	87	5	117	30	24	16	29	1.96
11357989--11358013	13	1.9	13	100	0	50	32	12	24	32	1.91
11358449--11358478	13	2.3	13	94	0	51	53	10	6	30	1.60
11360390--11360566	43	4.1	43	83	2	178	31	25	16	25	1.97
11360395--11360556	85	1.9	86	82	3	202	31	25	16	26	1.97
11360490--11360626	44	3.2	43	79	4	125	27	29	15	27	1.96
11360545--11360666	43	2.8	44	82	6	133	30	27	10	31	1.90
11363327--11363551	40	5.7	39	87	5	267	26	26	21	25	1.99
11363327--11363551	119	1.9	120	82	6	287	26	26	21	25	1.99
11367582--11367619	19	2.0	20	84	5	51	34	0	0	65	0.93
11367740--11367788	21	2.2	21	85	7	62	48	6	10	34	1.62
11371604--11371676	37	2.0	37	100	0	146	35	19	16	28	1.93
11373799--11373956	76	2.1	76	83	5	196	36	12	26	25	1.91
11387652--11387827	46	3.8	45	77	11	169	28	28	20	22	1.98
11387659--11387831	93	1.9	93	90	0	274	27	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11393015--11393079	32	2.0	32	100	0	130	26	21	15	36	1.93
11412290--11412421	46	2.9	46	81	5	124	34	24	21	20	1.97
11428346--11428370	11	2.3	11	100	0	50	36	8	20	36	1.82
11435451--11435479	14	2.1	14	93	6	51	44	0	20	34	1.52
11437875--11437914	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
11439023--11439065	20	2.0	21	91	8	70	18	11	51	18	1.76
11439611--11440108	44	11.0	44	74	9	318	29	21	16	32	1.95
11439884--11440018	51	2.7	51	78	8	143	34	22	14	28	1.94
11444721--11444779	21	2.8	21	94	0	100	20	25	44	10	1.83
11450469--11451006	47	11.4	47	91	0	815	32	8	30	27	1.86
11450715--11450790	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
11452564--11452650	39	2.2	39	93	0	147	24	24	25	26	2.00
11459166--11459195	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
11459555--11459594	13	3.1	13	96	0	71	20	37	27	15	1.92
11470571--11470607	17	2.1	18	90	5	58	32	10	5	51	1.60
11470977--11471014	3	12.7	3	83	10	51	65	0	5	28	1.14
11470977--11471014	15	2.5	15	87	12	60	65	0	5	28	1.14
11471101--11471149	21	2.3	20	76	10	53	67	4	12	16	1.37
11471892--11471953	25	2.6	24	82	12	74	70	4	11	12	1.30
11473642--11473697	29	1.9	29	88	0	85	28	21	23	26	1.99
11478339--11478395	20	2.7	21	75	8	62	54	0	1	43	1.10
11478895--11478965	31	2.3	32	82	4	83	43	11	12	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11479496--11479713	86	2.5	85	82	4	231	33	16	6	43	1.74
11479787--11479869	19	4.4	19	73	20	59	66	1	2	30	1.12
11479914--11479967	18	3.1	18	78	5	58	72	1	3	22	1.10
11479946--11480069	9	12.6	10	65	18	55	57	1	5	35	1.32
11479996--11480089	29	3.3	29	78	14	122	52	3	9	35	1.50
11479974--11480069	9	10.3	9	71	15	63	55	2	6	36	1.37
11480300--11480335	18	1.9	18	94	5	63	27	2	5	63	1.30
11480301--11480342	18	2.3	19	87	4	59	28	2	7	61	1.35
11480300--11480341	19	2.2	19	87	8	59	26	2	7	64	1.32
11480338--11480382	21	2.1	22	87	4	65	28	4	0	66	1.11
11480310--11480394	10	8.6	10	71	16	61	31	2	2	63	1.20
11480360--11480404	20	2.3	19	84	3	54	40	2	0	57	1.11
11484119--11484159	15	2.7	15	84	3	55	39	12	0	48	1.41
11487911--11487996	27	3.2	27	68	3	84	26	9	9	54	1.62
11487914--11487996	26	3.2	26	67	3	76	26	9	9	54	1.64
11487901--11488004	53	2.0	52	96	1	190	27	7	9	54	1.60
11492738--11492798	30	2.0	30	83	0	77	39	8	19	32	1.81
11493600--11493794	54	3.6	54	82	4	232	36	18	24	20	1.95
11493608--11493794	55	3.5	54	83	5	227	35	19	24	20	1.95
11493608--11493805	108	1.8	109	87	3	301	36	18	24	21	1.95
11497451--11497586	39	3.5	39	86	0	191	36	15	11	36	1.83
11497461--11497527	21	3.3	20	67	12	57	31	16	14	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11497447--11497594	78	1.9	78	87	0	215	37	14	11	36	1.83
11498581--11498652	33	2.2	33	85	11	96	54	6	0	38	1.28
11498711--11498767	29	2.0	29	89	6	89	52	3	0	43	1.18
11498721--11498812	37	2.6	37	78	11	93	58	5	0	35	1.21
11500229--11500280	23	2.2	23	93	3	86	42	3	28	25	1.72
11506703--11506736	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
11512173--11512231	13	4.5	13	72	8	57	38	18	6	35	1.78
11515999--11516064	31	2.1	31	100	0	132	28	9	21	40	1.83
11516415--11516450	19	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
11517866--11518019	77	2.0	77	96	0	281	33	19	16	30	1.94
11518052--11518125	21	3.5	21	67	10	53	14	21	18	44	1.86
11518071--11518132	21	3.0	21	69	9	54	14	22	20	41	1.89
11525852--11525889	17	2.2	17	90	0	58	63	0	2	34	1.09
11527508--11527554	19	2.5	19	86	6	60	40	0	6	53	1.27
11528391--11528493	52	2.0	52	96	1	190	27	16	16	39	1.90
11530802--11530859	26	2.2	25	85	11	73	18	20	8	51	1.72
11532061--11532109	12	3.8	12	84	15	55	67	0	32	0	0.91
11532059--11532108	22	2.3	22	86	10	68	68	0	32	0	0.90
11532059--11532109	14	3.3	16	81	15	63	66	0	33	0	0.92
11532221--11532254	11	3.2	10	91	8	50	29	0	8	61	1.26
11532226--11532255	11	2.8	11	95	5	53	33	0	6	60	1.23
11532600--11532645	17	2.8	16	83	6	56	71	4	8	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11532567--11532645	16	4.9	16	74	9	70	69	3	8	17	1.30
11532800--11533400	133	4.7	133	82	12	814	56	6	8	28	1.55
11532845--11533339	120	4.0	118	89	8	733	56	6	8	28	1.53
11533149--11533213	23	2.8	22	72	11	58	61	4	3	30	1.31
11538993--11539045	26	2.0	27	96	3	99	26	30	30	13	1.94
11539063--11539102	19	2.1	19	100	0	80	20	10	5	65	1.42
11539068--11539110	18	2.3	19	88	4	61	27	11	6	53	1.63
11542491--11542829	131	2.6	130	83	5	402	34	18	18	28	1.94
11546976--11547199	40	5.6	40	85	6	251	23	20	27	28	1.99
11546976--11547196	120	1.8	120	83	9	299	23	21	27	27	1.99
11550494--11550601	26	4.2	26	90	2	164	33	8	23	35	1.85
11552224--11552354	27	4.9	26	84	10	165	19	25	21	34	1.96
11552224--11552360	54	2.5	53	91	2	211	19	24	20	35	1.96
11558513--11558620	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
11560242--11560382	54	2.6	54	89	2	221	17	21	24	36	1.94
11560242--11560382	27	5.2	27	83	6	171	17	21	24	36	1.94
11568865--11568926	32	1.9	32	93	0	106	41	16	14	27	1.87
11577954--11578003	26	1.9	26	87	0	73	22	20	16	42	1.89
11580144--11580210	26	2.6	26	95	2	118	29	13	20	35	1.91
11582761--11582859	42	2.3	43	79	10	105	31	24	17	27	1.97
11592208--11592273	32	2.1	32	97	0	123	18	6	21	54	1.64
11603035--11603110	24	3.2	24	69	12	68	38	18	25	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11604662--11604751	46	2.0	46	90	0	144	44	7	21	26	1.79
11607791--11607858	29	2.4	28	78	11	75	66	1	2	29	1.15
11611582--11611632	9	5.6	9	83	2	57	35	3	0	60	1.15
11611590--11611748	3	52.7	3	67	17	80	30	5	2	61	1.32
11611859--11611893	3	11.7	3	93	0	61	37	0	0	62	0.95
11612213--11612242	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
11612197--11612253	24	2.4	24	81	0	69	31	8	1	57	1.39
11614129--11614229	17	5.9	16	68	14	60	22	20	24	31	1.98
11615228--11615265	9	4.2	9	96	0	67	47	7	10	34	1.67
11623420--11623547	28	4.6	28	86	0	184	25	12	28	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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