genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29475357--29475412	25	2.3	24	87	9	78	32	3	3	60	1.31
29478844--29478876	11	3.0	11	83	16	50	18	54	0	27	1.44
29482828--29482894	33	2.0	33	97	0	125	28	16	17	37	1.92
29488718--29488773	23	2.5	22	82	5	76	35	14	23	26	1.93
29488768--29488929	73	2.2	73	97	0	306	34	16	22	26	1.95
29489228--29489304	24	3.3	23	82	5	102	33	22	23	20	1.97
29496996--29497053	30	1.9	30	85	0	80	10	25	37	25	1.88
29497839--29497872	9	3.7	9	84	7	50	11	8	5	73	1.24
29497838--29497873	10	3.7	10	85	7	56	11	8	5	75	1.19
29498959--29498996	17	2.1	19	90	9	62	78	2	15	2	0.97
29499059--29499110	22	2.5	20	80	17	61	71	3	1	23	1.13
29499228--29499310	30	2.7	30	94	1	139	16	32	30	20	1.95
29508564--29508631	27	2.5	27	90	4	102	22	19	11	47	1.81
29508663--29508788	27	4.7	27	85	3	173	40	21	7	30	1.82
29508663--29508896	27	8.6	27	77	6	152	40	19	8	31	1.82
29508663--29508812	81	1.9	81	86	8	216	42	20	8	30	1.80
29509804--29509867	25	2.6	24	90	5	92	25	26	25	23	2.00
29510021--29510112	42	2.2	42	94	3	159	30	15	20	33	1.93
29510136--29510281	31	4.7	31	93	0	240	29	15	26	29	1.96
29517520--29517606	23	3.8	22	73	11	77	34	19	24	21	1.96
29518260--29518330	32	2.2	32	94	0	124	43	19	5	30	1.74
29518263--29518314	16	3.2	16	68	10	52	40	21	3	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29518276--29518333	16	3.6	16	70	9	55	44	18	6	29	1.76
29526379--29526438	6	10.0	6	71	7	50	41	3	36	18	1.67
29526354--29526445	24	3.9	23	80	5	94	38	2	40	19	1.64
29526379--29526462	24	3.5	24	85	0	96	38	2	39	20	1.65
29530950--29531133	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	1.99
29531002--29531166	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
29533433--29533466	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
29534539--29534597	28	2.1	27	81	9	66	28	28	11	30	1.92
29534809--29534851	16	2.7	16	81	0	59	11	20	16	51	1.75
29536979--29537154	40	4.4	40	87	3	241	25	23	25	25	2.00
29536979--29537149	79	2.2	80	86	5	240	25	22	25	25	2.00
29543259--29543394	40	3.4	40	93	0	218	22	18	28	30	1.97
29543260--29543418	80	2.0	80	84	0	210	23	20	27	28	1.99
29546778--29546962	50	3.8	50	78	8	193	28	17	30	23	1.97
29552905--29552978	23	3.2	23	63	30	57	25	33	6	33	1.82
29552918--29553365	47	9.4	47	94	2	704	27	31	8	32	1.86
29553097--29553179	27	3.3	27	63	22	70	33	27	4	33	1.78
29552933--29553365	239	1.8	239	94	2	771	27	31	8	32	1.87
29556530--29556741	113	1.9	110	85	2	289	40	13	16	29	1.87
29563041--29563196	43	3.6	43	81	5	163	33	25	13	27	1.93
29590925--29591058	29	4.7	28	84	5	153	26	33	12	26	1.93
29590906--29591058	58	2.7	56	81	9	157	27	32	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29591274--29591312	16	2.4	16	78	0	51	10	20	20	48	1.78
29596724--29596756	14	2.3	15	89	5	50	57	6	15	21	1.59
29597949--29598023	26	2.9	25	84	4	96	34	24	22	18	1.96
29604502--29604651	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29604526--29604709	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29608951--29609100	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29608975--29609158	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29611749--29611814	29	2.2	30	91	2	107	33	9	22	34	1.86
29616107--29616156	22	2.3	21	86	10	66	24	32	30	14	1.94
29620445--29620474	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
29621081--29621221	43	3.3	43	73	11	137	25	18	27	28	1.98
29625324--29625432	37	2.9	37	93	0	182	25	31	20	22	1.98
29625582--29625763	48	3.8	48	91	4	294	31	26	6	35	1.82
29625582--29625762	98	1.9	97	91	4	303	30	26	6	35	1.82
29625733--29625973	47	5.1	47	91	0	365	26	28	11	33	1.91
29625826--29625901	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
29631959--29632078	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
29633207--29633429	40	5.6	39	85	5	263	24	21	28	25	1.99
29639892--29640065	55	3.1	56	96	2	325	45	9	22	22	1.80
29641193--29641417	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
29641193--29641450	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
29644560--29644670	29	3.9	29	80	10	120	28	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29644560--29644670	58	1.9	57	85	1	150	28	29	15	26	1.96
29644956--29645021	21	3.2	21	64	20	57	42	21	6	30	1.77
29644949--29645030	41	2.0	41	97	0	155	41	23	4	30	1.75
29644966--29645032	21	3.2	21	64	19	59	41	22	4	31	1.73
29657068--29657120	21	2.5	20	84	6	61	58	3	5	32	1.39
29668152--29668303	74	2.1	74	94	0	268	34	21	21	23	1.97
29679305--29679343	18	2.2	18	100	0	78	48	10	25	15	1.76
29679334--29679372	19	2.1	19	100	0	78	43	10	30	15	1.80
29684100--29684153	25	2.2	25	82	0	63	33	16	29	20	1.95
29684112--29684170	25	2.4	25	85	0	82	28	16	33	20	1.95
29687141--29687227	44	2.0	44	100	0	174	32	16	12	39	1.86
29697349--29697407	23	2.6	22	80	15	75	25	25	16	32	1.97
29697360--29697434	23	3.0	25	78	5	64	28	24	17	30	1.97
29699335--29699460	29	4.4	29	84	2	155	27	34	12	25	1.92
29699676--29699710	16	2.2	16	89	0	52	11	17	17	54	1.71
29699680--29699718	16	2.4	16	82	0	51	10	20	20	48	1.78
29701206--29701388	50	3.7	49	77	10	185	27	26	18	26	1.98
29701206--29701392	101	1.9	98	85	8	261	27	27	18	26	1.98
29702007--29702037	16	1.9	16	100	0	62	19	19	9	51	1.74
29708442--29708473	13	2.5	13	100	0	64	18	43	25	12	1.85
29710178--29710315	57	2.4	58	80	6	156	26	31	13	28	1.93
29710178--29710351	29	6.1	28	73	12	140	25	32	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29714272--29714399	56	2.3	56	91	2	204	27	12	25	35	1.92
29714349--29714442	43	2.2	43	100	0	188	27	14	26	30	1.95
29714271--29714680	168	2.5	159	89	5	596	27	12	25	35	1.91
29714392--29714694	56	5.4	56	91	0	480	27	12	25	34	1.92
29719846--29719928	31	2.7	30	83	7	114	30	24	14	31	1.94
29720148--29720216	25	2.8	25	95	0	120	24	21	26	27	1.99
29721144--29721229	27	3.1	27	73	17	86	36	9	15	39	1.79
29721207--29721330	27	4.6	27	80	6	135	29	6	22	41	1.78
29721208--29721360	81	1.9	81	81	8	186	30	8	20	41	1.82
29721350--29721436	26	3.3	26	82	6	104	43	11	17	27	1.83
29721362--29721444	27	3.1	26	81	11	89	45	10	16	26	1.80
29723590--29723645	24	2.4	24	81	3	69	30	21	28	19	1.98
29723679--29723740	24	2.5	24	84	2	79	46	20	12	19	1.83
29724658--29724759	50	2.0	50	94	0	177	54	17	7	19	1.67
29726516--29726605	25	3.6	25	83	3	83	34	18	25	21	1.96
29739489--29739514	11	2.4	11	100	0	52	42	0	19	38	1.51
29741188--29741252	26	2.6	25	80	2	76	27	18	1	52	1.54
29741217--29741249	12	2.6	13	90	9	59	36	15	0	48	1.45
29742121--29742186	34	1.9	34	84	6	89	25	22	25	25	2.00
29742133--29742197	34	1.9	34	84	6	87	26	21	27	24	1.99
29743580--29743783	27	7.6	27	87	4	250	30	28	14	26	1.95
29751503--29751705	27	7.6	27	86	5	241	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29767126--29767227	41	2.6	37	73	7	87	33	27	16	22	1.96
29768739--29768773	18	1.9	18	88	0	52	45	2	0	51	1.16
29775419--29775448	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
29775506--29775555	23	2.1	25	85	7	68	48	6	14	32	1.67
29777646--29777688	21	2.0	21	100	0	86	44	4	13	37	1.65
29777732--29777762	15	2.1	15	100	0	62	38	9	6	45	1.63
29777982--29778042	19	3.3	17	72	17	50	32	3	1	62	1.21
29784337--29784642	47	6.5	48	75	14	187	29	18	28	23	1.98
29784375--29784646	47	5.8	46	79	12	227	29	19	28	23	1.98
29785746--29785808	30	2.1	30	90	0	99	60	14	1	23	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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