genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21288276--21288351	7	11.6	7	75	17	65	63	1	1	34	1.11
21288607--21288665	31	1.9	31	86	3	84	57	1	11	28	1.44
21290258--21290705	176	2.5	174	83	5	547	27	19	19	33	1.96
21292771--21292993	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
21300005--21300173	39	4.3	40	88	1	216	26	28	21	24	1.99
21300003--21300226	79	2.8	79	81	4	236	26	28	20	24	1.99
21300003--21300226	40	5.7	40	84	5	204	26	28	20	24	1.99
21311410--21311583	40	4.4	40	87	3	219	22	24	28	24	1.99
21315969--21316039	14	5.1	14	71	19	58	64	2	1	30	1.16
21315976--21316077	12	8.1	12	73	17	66	63	2	1	31	1.20
21315969--21316052	17	5.1	15	73	23	53	64	3	1	30	1.18
21319630--21319705	38	2.0	38	100	0	152	42	13	15	28	1.85
21323547--21323595	24	2.0	24	84	7	64	53	0	12	34	1.39
21334309--21334344	12	3.2	12	84	15	58	72	0	11	16	1.12
21334360--21334419	27	2.2	27	79	5	68	71	10	1	16	1.21
21340879--21341033	76	2.0	76	100	0	310	29	19	12	38	1.89
21342267--21342322	22	2.5	23	91	5	89	58	5	19	16	1.56
21342268--21342334	22	3.0	21	81	12	64	59	5	17	16	1.56
21344988--21345034	12	4.0	12	76	15	53	46	23	10	19	1.80
21346276--21346458	43	4.3	42	83	2	213	31	30	15	23	1.95
21351882--21351953	35	2.1	35	97	0	135	22	20	5	51	1.68
21352766--21352888	47	2.6	46	76	14	126	30	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21352860--21352978	46	2.6	45	85	9	152	27	18	29	24	1.98
21367394--21367471	23	3.3	23	80	12	79	24	25	19	30	1.98
21367429--21367482	23	2.3	23	81	6	65	25	24	18	31	1.97
21367622--21367662	20	2.0	20	95	0	73	39	0	17	43	1.49
21367626--21367672	20	2.3	20	85	0	58	29	4	19	46	1.68
21368546--21368630	43	1.9	44	90	4	136	24	35	21	18	1.96
21371134--21371173	21	1.9	21	85	10	55	35	20	7	37	1.81
21373204--21373254	22	2.3	23	83	12	72	54	1	9	33	1.44
21377297--21377377	21	4.0	20	72	4	72	53	12	12	22	1.71
21377295--21377426	45	3.1	41	80	7	122	52	12	11	24	1.71
21377349--21377517	45	3.8	45	87	3	211	57	11	8	22	1.61
21377353--21377492	21	6.4	20	70	16	64	55	13	8	22	1.65
21378479--21378575	50	1.9	50	82	0	122	20	18	30	29	1.97
21380154--21380205	24	2.0	27	85	14	74	34	5	13	46	1.67
21406348--21406564	113	1.9	113	95	0	391	40	13	16	29	1.87
21407234--21407389	81	1.9	81	97	0	294	30	17	10	41	1.83
21414542--21414594	26	2.0	26	96	0	97	43	20	13	22	1.86
21419844--21420101	40	6.5	40	93	0	419	25	29	23	22	1.99
21422333--21422390	30	2.0	29	93	3	98	36	24	12	27	1.91
21433448--21433506	29	2.0	29	86	3	82	49	11	6	32	1.66
21439437--21439562	49	2.6	49	81	5	139	23	26	19	29	1.99
21448189--21448376	42	4.4	42	82	1	241	18	37	21	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21449093--21449272	49	3.7	48	76	9	161	24	31	20	23	1.98
21449246--21449363	48	2.6	45	86	8	150	25	31	16	26	1.97
21454531--21454560	11	2.7	11	100	0	60	56	26	0	16	1.40
21464445--21464483	6	6.3	6	82	5	51	15	20	2	61	1.45
21464469--21464586	58	2.0	59	85	6	161	28	18	5	46	1.72
21467325--21467378	27	2.0	27	88	0	81	31	29	9	29	1.88
21470499--21470547	24	2.0	24	100	0	98	12	46	20	20	1.82
21484939--21485022	39	2.2	39	91	0	132	22	35	5	35	1.79
21485151--21485182	15	2.1	15	100	0	64	37	25	18	18	1.94
21493827--21493934	26	4.2	26	93	0	180	33	7	23	36	1.83
21498929--21499023	48	2.0	49	85	6	131	30	35	14	18	1.91
21499027--21499065	13	3.0	13	92	0	69	17	30	35	15	1.91
21505092--21505346	40	6.4	40	89	2	354	26	28	21	23	1.99
21513595--21513783	43	4.4	43	87	2	281	26	33	17	21	1.96
21518157--21518187	7	4.4	7	95	0	53	22	0	0	77	0.77
21518160--21518212	8	6.4	8	79	16	54	30	0	1	67	1.01
21518657--21518747	21	4.3	21	70	2	65	45	27	2	25	1.65
21518905--21518934	14	2.1	14	93	0	51	33	43	0	23	1.54
21518905--21518980	36	2.1	36	87	0	107	38	38	2	21	1.67
21519047--21519085	14	2.8	14	84	0	51	43	28	2	25	1.68
21519499--21519646	40	3.7	40	82	8	142	25	21	21	31	1.98
21519634--21519662	12	2.4	12	100	0	58	48	31	13	6	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21530448--21530640	43	4.5	43	86	1	237	33	25	15	25	1.95
21532655--21532732	38	2.1	38	100	0	156	41	20	23	15	1.90
21533754--21533845	36	2.6	36	91	0	139	39	11	9	39	1.75
21548749--21548880	55	2.4	55	80	0	156	21	25	27	25	1.99
21552390--21552558	47	3.7	45	83	9	200	22	20	28	28	1.99
21552439--21552558	47	2.6	47	93	3	201	22	20	28	28	1.99
21559977--21560106	46	2.8	45	78	14	158	22	20	27	30	1.98
21572085--21572212	28	4.5	28	87	2	148	29	12	25	32	1.92
21572111--21572212	28	3.6	28	92	2	168	30	11	24	33	1.91
21591852--21591976	39	3.2	39	81	0	151	29	4	20	44	1.72
21594221--21594279	17	3.4	17	77	9	73	54	15	1	28	1.51
21594238--21594295	19	3.2	19	75	9	75	51	13	3	31	1.58
21594220--21594295	36	2.1	36	100	0	152	53	13	2	30	1.53
21594229--21594288	17	3.4	17	77	8	75	51	13	1	33	1.51
21599864--21599925	27	2.3	27	82	0	70	20	27	16	35	1.94
21604737--21604765	13	2.2	13	100	0	58	27	44	27	0	1.54
21606799--21606852	27	2.0	27	85	0	72	38	14	3	42	1.64
21609389--21609561	47	3.7	46	73	19	139	31	18	27	22	1.97
21609432--21609566	44	2.9	47	72	15	138	30	17	29	22	1.97
21616635--21616672	19	2.1	18	90	5	58	50	5	5	39	1.48
21619348--21619395	24	2.0	24	100	0	96	33	4	20	41	1.72
21626895--21626923	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21631679--21631705	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
21639133--21639272	26	5.2	26	89	10	217	32	7	25	35	1.83
21639133--21639250	58	2.0	58	96	0	218	33	6	24	34	1.82
21642463--21642505	12	3.6	12	93	0	77	9	23	51	16	1.73
21647381--21647462	26	3.2	26	98	0	155	30	6	26	36	1.81
21651496--21651552	29	2.0	29	86	6	80	40	1	3	54	1.28
21654167--21654197	15	2.1	15	100	0	62	51	0	12	35	1.40
21657191--21657223	16	2.1	16	100	0	66	30	6	18	45	1.73
21657486--21657729	40	6.1	40	82	5	307	28	27	20	22	1.99
21657486--21657729	80	3.1	80	91	2	386	28	27	20	22	1.99
21660346--21660485	42	3.3	43	78	8	153	29	24	15	31	1.95
21674089--21674808	310	2.4	308	78	5	703	34	10	8	46	1.70
21675895--21675938	21	2.1	21	100	0	88	27	31	13	27	1.94
21677188--21677365	39	4.6	39	92	0	284	37	21	26	14	1.92
21677507--21677560	27	2.0	27	100	0	108	29	18	11	40	1.85
21679715--21679789	30	2.5	30	97	0	141	40	2	2	54	1.28
21686754--21686902	42	3.5	42	75	11	124	25	18	25	30	1.98
21686754--21686910	43	3.7	42	72	13	106	25	17	26	30	1.97
21697485--21697614	43	3.0	43	76	10	122	30	27	17	24	1.97
21700845--21700989	43	3.4	43	81	12	156	33	26	18	22	1.97
21715281--21715453	3	59.0	3	70	12	92	65	4	4	26	1.30
21715372--21715462	43	2.2	40	78	16	107	71	1	5	21	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21717357--21717528	40	4.3	40	80	7	190	23	20	27	28	1.99
21717357--21717528	80	2.2	80	83	9	226	23	20	27	28	1.99
21723747--21723832	42	2.0	42	100	0	172	23	20	9	46	1.79
21723806--21724059	127	2.0	128	98	0	492	22	19	20	37	1.94
21725387--21725433	23	2.0	23	83	0	58	72	4	2	21	1.12
21731996--21732037	17	2.4	18	80	4	50	38	0	4	57	1.20
21732906--21732991	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
21732933--21732993	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
21734323--21734419	45	2.2	45	82	0	113	23	12	18	45	1.83
21766893--21767058	30	5.2	30	65	27	83	24	15	17	43	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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