genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101137922--101138029	45	2.4	44	83	6	128	31	24	17	26	1.97
101144087--101144262	46	3.8	46	76	12	180	21	19	28	29	1.98
101149239--101149281	19	2.2	20	87	4	61	46	4	18	30	1.69
101153308--101153392	26	3.4	25	75	14	77	60	8	5	25	1.48
101153323--101153412	26	3.6	24	73	22	62	60	6	4	28	1.42
101154585--101154614	15	2.0	15	93	0	51	0	0	23	76	0.78
101156921--101156991	30	2.3	30	82	7	79	28	7	4	60	1.42
101157324--101157382	23	2.6	23	83	0	64	30	10	3	55	1.49
101157268--101157412	3	48.3	3	69	13	84	28	8	2	60	1.39
101157872--101157901	15	2.0	15	93	0	51	33	3	0	63	1.11
101158043--101158113	28	2.6	26	80	12	65	32	5	2	59	1.35
101158067--101158128	27	2.3	28	86	5	83	29	3	6	61	1.37
101159647--101159699	27	2.0	26	82	10	63	52	7	9	30	1.61
101160023--101160080	3	19.7	3	75	16	50	60	5	3	31	1.35
101160039--101160081	15	2.9	15	100	0	86	55	4	6	32	1.47
101161529--101161567	12	3.2	12	81	0	51	20	5	10	64	1.44
101164181--101164235	23	2.4	22	79	11	56	67	3	1	27	1.17
101166236--101166828	73	8.0	72	75	14	412	32	22	16	28	1.96
101166332--101166451	64	1.9	64	92	0	204	29	20	18	32	1.96
101166457--101166824	148	2.5	146	89	1	549	31	24	17	27	1.97
101178595--101178653	22	2.7	22	86	0	82	13	8	52	25	1.68
101180940--101180982	21	2.0	21	86	0	59	25	11	11	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101186252--101186325	26	2.8	26	100	0	148	39	24	4	32	1.74
101186312--101186337	12	2.2	12	100	0	52	46	23	0	30	1.53
101186286--101186363	38	2.1	38	97	0	147	42	25	2	29	1.68
101186260--101186389	64	2.0	64	95	0	233	40	25	3	30	1.73
101186324--101186400	26	3.0	26	92	0	127	40	24	3	31	1.73
101190524--101190576	26	2.0	26	82	7	63	24	16	20	37	1.93
101192060--101192169	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
101193401--101193456	22	2.5	22	77	11	60	30	8	7	53	1.59
101196327--101196351	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
101201820--101201845	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
101202994--101203083	3	30.7	3	73	8	69	58	3	5	32	1.37
101203256--101203414	30	5.3	30	91	1	239	25	48	6	19	1.73
101203889--101203949	22	2.7	22	77	20	63	32	4	3	59	1.35
101203955--101204022	23	2.8	24	78	10	77	35	7	2	54	1.43
101204041--101204103	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
101204164--101204219	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
101216308--101216343	14	2.7	13	87	8	54	16	11	5	66	1.40
101216307--101216351	13	3.4	13	84	6	63	13	8	6	71	1.31
101216255--101216625	99	3.7	99	93	1	573	25	17	19	38	1.93
101216255--101216614	199	1.8	198	90	1	578	25	18	19	37	1.93
101216553--101217467	75	12.6	73	82	7	1058	31	16	19	32	1.94
101216553--101217491	148	6.5	148	84	5	1143	31	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101216993--101217188	73	3.0	62	72	15	196	32	16	21	29	1.95
101216915--101217187	134	2.1	132	90	1	429	32	15	20	31	1.94
101216692--101217409	355	2.0	356	95	0	1296	32	15	19	32	1.93
101217403--101217758	90	3.9	91	81	8	388	27	17	17	37	1.92
101217403--101217919	87	5.6	88	76	16	394	28	16	17	38	1.91
101217669--101217858	102	1.8	103	89	4	303	27	15	17	38	1.90
101217795--101218023	87	2.6	88	79	5	223	29	16	20	33	1.94
101218608--101218661	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
101218599--101218725	30	4.2	30	97	0	227	24	49	6	19	1.71
101219208--101219413	25	8.4	25	66	17	72	33	5	4	56	1.43
101219268--101219414	25	5.9	25	75	9	111	31	6	4	56	1.46
101219475--101219530	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
101220665--101220811	3	48.0	3	71	12	95	58	2	6	31	1.38
101220661--101220700	14	3.2	13	83	16	57	62	2	5	30	1.29
101220665--101220811	44	3.3	43	80	8	152	58	2	6	31	1.38
101221450--101221487	18	2.2	18	90	4	60	81	2	2	13	0.90
101222434--101222760	44	7.5	43	65	10	162	20	24	21	33	1.97
101222472--101222803	43	7.7	43	66	12	196	21	23	20	34	1.96
101222424--101222892	87	5.4	87	88	2	640	21	24	20	33	1.97
101230920--101230953	9	3.8	9	88	0	50	52	8	14	23	1.69
101231050--101231196	72	2.0	72	100	0	294	22	27	20	29	1.98
101234847--101234960	3	38.7	3	71	6	72	57	3	5	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101235019--101235060	22	1.9	22	85	0	57	61	7	4	26	1.42
101235236--101235424	3	63.0	3	74	15	144	61	3	4	30	1.32
101236053--101236091	5	7.4	5	83	11	51	79	2	0	17	0.84
101237540--101237582	12	3.6	12	100	0	86	44	9	13	32	1.76
101237978--101238010	6	5.8	6	92	7	52	81	0	0	18	0.68
101238087--101238175	3	31.0	3	71	17	55	64	3	4	28	1.29
101238109--101238177	28	2.5	28	82	17	92	65	2	5	26	1.29
101239064--101239157	47	2.0	47	100	0	188	34	14	12	38	1.85
101240099--101240130	14	2.4	14	90	10	50	62	0	0	37	0.95
101244427--101244456	12	2.5	12	94	0	51	13	23	20	43	1.86
101244969--101245176	91	2.3	91	86	2	274	45	4	3	46	1.41
101245206--101245237	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
101245192--101245488	119	2.5	120	89	4	474	42	2	5	50	1.35
101245252--101245437	61	3.1	59	67	16	166	40	2	7	49	1.45
101245432--101245466	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
101245420--101245688	147	1.9	143	92	4	459	46	2	3	47	1.32
101245579--101245613	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
101245769--101245863	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
101245844--101245895	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
101247832--101248144	127	2.5	127	88	1	466	24	15	19	40	1.90
101256727--101256877	53	2.8	53	86	4	196	26	15	27	30	1.96
101271411--101271481	36	2.0	36	82	0	88	22	8	7	61	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101281254--101281316	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
101283572--101283600	14	2.1	14	93	6	51	0	10	0	89	0.48
101286168--101286265	46	2.1	46	98	0	187	20	26	9	43	1.81
101286282--101286448	81	2.1	81	100	0	334	20	16	17	45	1.85
101286686--101286973	144	2.0	144	99	0	567	30	12	19	36	1.89
101289575--101289626	23	2.3	23	100	0	104	11	0	38	50	1.39
101290126--101290180	27	2.0	27	100	0	110	18	18	21	41	1.90
101302545--101302586	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
101302749--101302850	27	3.8	26	78	10	82	34	4	2	57	1.35
101303237--101303332	27	3.6	26	77	17	72	32	3	3	61	1.27
101303261--101303328	27	2.5	27	85	7	84	29	1	4	64	1.21
101308975--101309097	52	2.3	52	81	4	140	26	26	17	28	1.98
101316046--101316183	52	2.6	54	82	3	165	30	27	15	26	1.96
101329299--101329323	7	3.6	7	100	0	50	72	12	16	0	1.13
101331102--101331136	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
101330996--101331303	157	2.0	157	96	0	562	44	3	4	47	1.40
101331239--101331556	120	2.7	120	99	0	627	50	6	0	42	1.32
101331219--101331539	55	5.5	55	68	21	206	51	5	0	42	1.31
101340343--101340396	19	2.6	21	77	17	58	31	0	12	55	1.38
101348297--101348376	36	2.2	36	91	2	126	43	10	27	18	1.82
101349686--101349751	3	22.0	3	100	0	132	33	0	66	0	0.92
101349882--101349912	3	10.0	3	93	6	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101350489--101350564	12	5.7	13	71	19	50	71	2	3	22	1.16
101350489--101350564	30	2.8	25	75	17	71	71	2	3	22	1.16
101350488--101350554	30	2.2	30	83	0	89	68	2	4	23	1.22
101350639--101350709	30	2.6	25	75	23	72	69	2	2	25	1.16
101350790--101350865	30	2.8	25	75	17	71	68	2	3	25	1.20
101350334--101351005	150	4.4	155	88	6	892	59	7	5	26	1.47
101350411--101351603	600	2.0	593	91	3	1941	58	7	5	27	1.48
101350334--101351614	154	8.5	154	88	6	1849	59	7	5	27	1.47
101351508--101351612	55	1.9	54	82	1	129	62	6	1	28	1.31
101354522--101354567	25	1.9	23	82	8	56	63	15	4	17	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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