genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80533858--80533902	21	2.0	21	83	8	54	35	4	0	60	1.17
80536068--80536105	20	1.9	20	89	10	60	23	13	36	26	1.91
80538736--80538875	27	5.2	28	89	5	175	35	22	23	17	1.95
80540495--80540604	26	4.2	26	96	0	193	36	23	5	34	1.78
80543789--80543966	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
80543789--80543966	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
80551805--80551982	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
80551805--80551982	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
80554275--80554681	48	8.6	48	77	12	262	28	18	28	24	1.98
80554275--80554689	46	8.8	48	76	10	279	28	18	28	24	1.98
80554459--80554636	98	1.8	99	83	3	243	28	20	27	23	1.99
80562939--80562972	14	2.4	14	90	0	50	41	2	26	29	1.70
80565500--80565554	28	1.9	29	85	3	76	12	20	45	21	1.84
80565612--80565663	20	2.6	20	90	0	86	19	28	32	19	1.96
80569985--80570031	21	2.2	21	81	7	60	21	19	38	21	1.94
80574117--80574291	55	3.2	53	81	8	210	22	24	17	35	1.95
80574092--80574299	54	3.9	54	82	6	233	23	25	16	35	1.95
80574278--80574399	47	2.6	47	86	0	181	25	25	13	35	1.93
80577400--80577461	19	3.2	19	75	20	65	27	25	0	46	1.53
80577400--80577465	21	3.2	20	73	12	55	27	24	0	48	1.51
80603861--80603885	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
80607315--80607359	11	3.9	11	85	8	63	37	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80609162--80609233	21	3.2	21	64	21	56	40	9	25	25	1.86
80609161--80609388	46	5.0	46	87	2	289	41	13	24	21	1.89
80617467--80617506	19	2.1	19	100	0	80	32	10	25	32	1.89
80620980--80621024	23	2.0	22	83	12	56	31	0	6	62	1.21
80626442--80626504	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
80626940--80626988	3	16.7	3	79	12	57	38	0	2	59	1.09
80626939--80626988	13	3.7	13	75	24	50	40	0	2	58	1.10
80626940--80626986	16	2.9	16	83	3	67	38	0	2	59	1.09
80626940--80626986	19	2.4	21	76	20	57	38	0	2	59	1.09
80628352--80628409	30	1.9	30	82	6	73	39	1	3	55	1.27
80630271--80630329	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
80633304--80633379	18	4.4	17	76	14	75	43	1	22	32	1.62
80633304--80633385	34	2.4	33	80	13	96	42	1	21	34	1.61
80640964--80641000	19	1.9	19	88	0	56	32	13	5	48	1.65
80650124--80650215	42	2.2	42	79	9	109	46	8	3	41	1.51
80650583--80650620	19	2.0	19	89	0	58	23	23	10	42	1.85
80653264--80653500	39	6.1	39	91	0	375	21	24	29	24	1.99
80655684--80655736	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
80660842--80660871	12	2.5	12	100	0	60	66	0	6	26	1.16
80666291--80666363	37	2.0	37	88	0	110	34	15	6	43	1.73
80675644--80675703	29	2.1	29	100	0	120	25	20	23	31	1.98
80683266--80683576	47	6.6	47	93	1	505	28	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80685265--80685289	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80693611--80693648	19	2.0	19	90	10	60	63	2	13	21	1.42
80696357--80696497	31	4.5	31	96	0	264	28	26	17	27	1.97
80696717--80696786	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
80697713--80697798	27	3.0	29	80	11	99	36	9	15	39	1.79
80697776--80697926	27	5.6	27	81	4	155	30	7	20	41	1.81
80697721--80697918	54	3.6	54	75	8	141	32	8	18	40	1.81
80697831--80697956	54	2.3	54	79	2	146	30	10	18	41	1.83
80697958--80698155	27	7.3	27	87	2	263	39	8	24	27	1.83
80697958--80698155	81	2.4	81	90	1	308	39	8	24	27	1.83
80698001--80698175	81	2.2	81	89	0	260	40	8	21	29	1.83
80700251--80700375	61	2.1	60	90	4	198	48	7	12	31	1.68
80702640--80702726	25	3.5	25	88	0	129	32	17	18	32	1.94
80702645--80702741	50	1.9	50	89	0	149	34	15	17	32	1.91
80702640--80702743	25	4.2	25	87	0	127	32	18	17	31	1.94
80702659--80702767	50	2.2	50	81	6	123	35	19	15	29	1.93
80705965--80706244	96	2.9	97	75	10	234	27	25	18	28	1.98
80717094--80717191	22	4.4	22	74	16	94	17	28	19	34	1.94
80724344--80724561	48	4.6	48	80	2	226	24	16	30	28	1.97
80728705--80728762	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
80734066--80734125	22	2.7	22	84	2	66	21	25	16	36	1.94
80734069--80734177	45	2.4	46	80	8	125	20	28	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80734069--80734177	23	4.8	23	74	15	93	20	28	19	32	1.97
80736344--80736865	27	19.3	27	86	2	672	27	21	9	41	1.83
80736862--80737021	27	5.9	27	81	5	137	40	21	6	30	1.80
80736867--80737044	81	2.2	81	82	6	209	41	20	7	30	1.80
80736894--80737074	27	6.7	27	83	6	199	40	21	7	30	1.81
80737065--80737172	53	2.0	54	90	1	173	36	20	20	23	1.95
80737065--80737196	27	5.0	27	88	2	178	35	19	20	24	1.96
80737597--80737735	6	23.0	6	71	12	106	18	16	14	50	1.78
80737597--80737736	30	4.6	30	84	7	167	18	16	14	50	1.78
80739447--80739497	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
80739313--80739574	102	2.6	102	90	4	406	30	30	20	19	1.97
80739900--80739963	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
80739907--80739963	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
80746791--80747058	105	2.6	105	93	3	459	30	30	20	19	1.97
80747386--80747449	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
80747393--80747449	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
80750213--80750265	6	8.8	6	83	8	72	18	26	0	54	1.44
80750211--80750258	24	2.0	24	100	0	96	20	25	0	54	1.45
80751193--80751245	16	3.2	17	81	7	65	43	0	0	56	0.99
80751838--80751871	16	2.1	17	88	5	52	38	0	29	32	1.58
80752063--80752114	21	2.4	22	77	9	61	13	25	28	32	1.93
80757486--80757519	16	2.1	17	88	5	52	41	0	26	32	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80761647--80761853	53	3.8	54	80	1	227	20	23	18	37	1.94
80766748--80766778	15	2.1	15	100	0	62	32	29	12	25	1.93
80770260--80770298	19	2.1	19	85	9	53	61	2	0	35	1.10
80771146--80771237	46	2.0	46	97	0	175	32	13	22	31	1.92
80771252--80771347	42	2.4	39	81	10	97	47	5	2	44	1.37
80775012--80775082	35	2.1	34	97	2	133	36	23	2	36	1.70
80785012--80785036	7	3.6	7	100	0	50	12	12	16	60	1.60
80792069--80792167	33	3.0	33	86	0	144	21	9	37	32	1.85
80798058--80798089	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
80802516--80802547	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
80802625--80802673	23	2.1	23	100	0	98	34	14	12	38	1.83
80809067--80809114	17	2.6	18	87	9	62	45	8	10	35	1.68
80810063--80810103	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
80810066--80810105	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
80810123--80810181	9	6.6	9	80	0	64	27	11	18	42	1.85
80810124--80810172	18	2.7	18	87	0	80	28	14	18	38	1.90
80811562--80811596	17	2.1	17	94	0	61	48	20	2	28	1.63
80818275--80818377	51	2.0	51	96	0	188	32	24	24	19	1.98
80819583--80819679	40	2.4	40	84	0	131	31	23	18	25	1.97
80820909--80821823	460	2.0	459	90	1	1429	28	23	15	32	1.95
80826614--80826647	13	2.7	13	90	4	52	23	29	11	35	1.90
80827363--80827609	123	2.0	123	99	0	485	32	12	14	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80827924--80828039	58	2.0	58	91	6	191	33	14	19	31	1.92
80833407--80833516	26	4.2	26	96	0	175	36	23	5	34	1.78
80836979--80837010	17	1.9	17	93	6	57	34	6	0	59	1.23
80837426--80837466	21	2.0	21	90	4	66	58	21	2	17	1.50
80838371--80838425	21	2.5	22	79	2	58	16	30	0	52	1.44
80843283--80843340	4	14.5	4	100	0	116	24	0	25	50	1.50
80844545--80844639	49	1.9	49	91	0	154	29	27	16	26	1.97
80857212--80857337	63	2.0	63	98	0	243	25	11	21	41	1.87
80861992--80862074	42	2.0	42	92	0	139	37	27	7	27	1.83
80874144--80874209	28	2.5	26	85	7	80	27	4	0	68	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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