genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64730657--64730828	93	1.8	93	93	0	299	22	21	27	28	1.99
64734077--64734106	15	2.0	15	100	0	60	20	0	26	53	1.46
64736193--64736272	40	2.0	40	95	0	142	36	8	16	38	1.79
64739153--64739212	30	2.0	30	93	0	102	28	18	15	38	1.91
64744889--64745216	48	6.8	48	96	0	602	34	6	28	30	1.82
64745357--64745459	37	2.8	37	95	0	179	25	20	30	24	1.99
64747556--64747721	46	3.6	46	73	15	162	29	27	19	23	1.98
64747564--64747735	93	1.8	93	90	2	274	28	27	20	23	1.99
64747607--64747750	46	3.1	46	69	14	116	30	27	19	22	1.98
64750100--64750178	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
64750297--64750472	47	3.7	47	90	1	255	28	31	8	31	1.87
64754659--64754746	43	2.0	43	100	0	176	46	6	27	19	1.75
64755763--64755929	68	2.5	66	84	4	205	29	14	22	32	1.94
64755929--64756153	68	3.2	68	85	9	289	26	16	20	36	1.93
64756069--64756242	86	2.1	81	88	10	253	28	17	18	35	1.94
64756151--64756611	71	6.2	72	76	16	417	28	18	20	32	1.96
64756017--64757261	163	7.8	159	76	16	981	28	17	19	34	1.95
64756017--64756775	158	4.8	161	85	11	1013	28	18	20	32	1.96
64756308--64756612	144	2.1	141	91	7	481	28	18	20	33	1.96
64756308--64756612	70	4.2	73	87	9	432	28	18	20	33	1.96
64756596--64756622	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
64756597--64756630	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64756610--64757235	88	7.8	77	72	16	362	29	15	18	36	1.92
64756968--64757028	30	2.0	30	90	6	97	19	9	27	42	1.83
64756379--64757232	252	3.5	240	81	9	849	29	16	18	35	1.94
64757937--64758105	30	5.8	29	83	14	215	25	49	3	21	1.65
64758580--64758623	23	1.9	23	86	9	63	34	4	0	61	1.16
64758583--64758627	20	2.2	20	84	7	56	35	4	0	60	1.17
64758658--64758710	23	2.3	23	87	12	74	33	3	0	62	1.13
64758656--64758712	25	2.4	23	82	5	69	35	3	0	61	1.13
64758655--64758714	27	2.4	27	81	10	74	36	3	0	60	1.14
64758745--64758812	23	2.9	24	82	12	79	30	5	5	57	1.46
64758745--64758791	25	2.0	24	91	8	78	34	6	6	53	1.52
64758745--64758804	25	2.6	23	84	10	61	33	6	6	53	1.53
64766076--64766247	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
64766069--64766244	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
64768093--64768189	47	2.1	47	96	0	176	46	4	8	41	1.53
64768092--64768168	23	3.3	23	69	16	68	49	3	9	37	1.53
64768113--64768216	47	2.2	44	79	14	118	51	3	7	36	1.49
64768705--64768761	20	2.8	20	73	5	53	28	19	17	35	1.94
64771988--64772058	21	3.3	21	75	7	72	12	32	26	28	1.93
64771979--64772068	43	2.1	43	85	4	119	16	34	23	25	1.95
64781719--64781777	19	3.3	19	65	26	56	42	8	6	42	1.61
64781711--64781776	34	1.9	34	100	0	132	45	7	9	37	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64781715--64781787	34	2.1	34	92	0	119	43	8	10	36	1.70
64782014--64782417	35	11.2	35	76	8	319	39	16	19	24	1.91
64782011--64782421	73	5.7	73	77	7	340	39	16	19	25	1.92
64782011--64782421	108	3.8	108	80	5	418	39	16	19	25	1.92
64782813--64782849	13	2.6	14	87	12	58	13	40	0	45	1.43
64786254--64786318	32	2.0	32	96	0	121	52	9	23	15	1.71
64786896--64786956	32	1.9	32	90	3	97	42	13	8	36	1.74
64789722--64789787	32	2.1	32	94	0	114	24	12	25	37	1.90
64790571--64790603	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
64790548--64790681	58	2.4	57	84	10	161	44	2	2	50	1.29
64798941--64798970	12	2.5	12	94	0	51	33	16	30	20	1.94
64798864--64799226	141	2.7	132	84	7	450	31	21	20	26	1.98
64798970--64799261	141	2.1	141	87	4	412	32	22	18	26	1.97
64803834--64803893	31	1.9	31	86	0	84	28	13	15	43	1.84
64804700--64804726	12	2.2	12	100	0	54	22	0	0	77	0.76
64814507--64814655	67	2.2	66	81	10	171	22	29	16	32	1.95
64826067--64826247	40	4.6	40	80	11	187	28	27	20	23	1.99
64826070--64826247	77	2.3	79	82	10	206	27	28	20	23	1.99
64827791--64828017	39	5.8	39	81	5	289	44	18	3	33	1.68
64827791--64828017	78	2.9	78	88	2	332	44	18	3	33	1.68
64828728--64828753	13	2.0	13	100	0	52	46	30	15	7	1.74
64830068--64830109	18	2.3	18	91	0	66	50	11	16	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64830441--64830548	27	4.0	27	80	5	121	41	17	15	25	1.89
64830430--64830539	54	2.0	54	85	3	150	41	18	15	24	1.89
64830679--64830712	17	1.9	17	88	5	50	14	38	29	17	1.90
64833822--64833862	16	2.6	16	92	0	73	51	24	17	7	1.70
64834079--64834155	29	2.7	29	79	2	102	28	11	25	33	1.91
64836814--64836884	35	2.0	35	100	0	142	42	14	9	33	1.78
64837908--64838130	45	5.0	45	92	1	351	26	27	21	23	1.99
64840362--64840484	27	4.6	26	81	6	120	36	20	16	26	1.93
64840365--64840484	54	2.2	54	82	2	134	35	20	16	27	1.94
64844895--64845614	241	3.0	241	94	0	1239	32	25	12	30	1.92
64850576--64850622	20	2.3	20	85	0	58	34	12	4	48	1.61
64853920--64853957	17	2.2	17	95	0	67	18	15	7	57	1.62
64856884--64857032	43	3.5	44	77	3	124	30	14	22	32	1.94
64859575--64859752	52	3.5	50	83	4	214	27	15	28	28	1.96
64862367--64862475	28	3.9	28	79	7	96	27	31	13	27	1.94
64864923--64865030	27	3.9	27	81	10	121	37	22	21	18	1.94
64865460--64865494	16	2.2	16	89	0	52	11	22	17	48	1.79
64872784--64872897	27	4.2	26	85	8	138	36	21	23	17	1.94
64872784--64872897	55	2.1	54	86	4	158	36	21	23	17	1.94
64877189--64877521	39	8.5	39	76	1	308	43	16	5	34	1.71
64877215--64877523	78	4.0	78	91	2	469	44	17	5	33	1.71
64884270--64884308	19	2.0	20	85	5	53	48	20	2	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64892492--64892568	35	2.4	29	75	22	91	42	14	10	32	1.79
64892502--64892572	35	2.0	35	100	0	142	42	14	11	32	1.81
64909619--64910100	33	14.4	33	67	14	135	28	24	15	30	1.96
64909571--64910102	101	5.3	101	92	0	825	28	25	15	30	1.96
64909738--64910100	68	5.4	68	69	9	208	29	25	15	30	1.96
64913373--64913437	29	2.2	29	83	5	76	52	10	10	26	1.69
64913391--64913459	29	2.3	29	85	5	84	46	14	17	21	1.84
64916006--64916089	43	2.0	43	87	0	123	22	17	30	28	1.97
64929380--64929555	46	3.8	46	73	15	155	22	20	27	30	1.98
64929377--64929548	93	1.8	93	91	0	281	22	20	27	29	1.99
64931337--64931607	135	2.0	135	100	0	542	25	14	24	35	1.93
64939521--64939569	24	2.0	24	96	0	89	20	18	24	36	1.94
64940270--64940303	17	2.0	17	88	0	50	47	2	0	50	1.16
64940369--64940399	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
64940382--64940439	20	3.0	20	80	12	59	48	0	0	51	1.00
64941868--64941999	26	5.1	26	74	7	106	34	24	16	24	1.95
64942109--64942175	34	2.0	34	93	0	116	47	14	10	26	1.77
64947661--64947707	22	2.1	21	84	11	58	23	23	36	17	1.95
64951226--64951353	43	3.0	42	83	6	143	25	29	20	25	1.99
64953115--64953358	43	5.7	42	74	9	167	28	25	19	26	1.99
64953160--64953358	85	2.3	84	90	3	317	28	27	19	24	1.99
64955679--64955747	36	1.9	36	96	0	129	34	21	0	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64962966--64963132	46	3.6	46	85	6	196	23	29	19	28	1.98
64973992--64974141	41	3.7	41	84	1	203	20	22	28	29	1.98
64980709--64980797	37	2.4	38	84	1	126	25	20	28	25	1.99
64980730--64980839	37	3.0	37	79	11	102	23	19	28	29	1.98
64990990--64991139	41	3.7	41	85	1	221	20	23	28	28	1.99
65000285--65000329	24	1.9	23	86	4	63	42	15	20	22	1.89
65012807--65012993	6	30.8	6	75	16	172	48	13	17	20	1.81
65012807--65012993	30	6.4	30	83	11	253	48	13	17	20	1.81
65012807--65012993	85	2.2	85	97	0	347	48	13	17	20	1.81
65013111--65013184	27	2.8	27	74	13	73	37	21	22	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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