genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25310833--25310919	23	3.8	23	78	13	99	32	19	22	25	1.98
25310821--25310919	46	2.2	46	88	1	146	31	20	22	26	1.98
25315271--25315338	33	2.1	33	97	0	127	36	22	10	30	1.87
25321808--25321883	36	2.1	37	82	7	93	44	5	14	35	1.68
25322230--25322283	19	2.9	19	72	22	51	18	12	1	66	1.33
25324059--25324100	19	2.2	19	86	0	57	66	4	2	26	1.23
25325658--25325690	13	2.5	13	100	0	66	30	33	24	12	1.91
25327947--25328161	40	5.4	40	91	3	335	26	28	23	21	1.99
25327908--25328161	80	3.2	80	87	5	336	26	28	22	22	1.99
25336265--25336443	40	4.5	40	89	4	263	25	30	23	20	1.99
25336265--25336443	80	2.2	80	92	0	295	25	30	23	20	1.99
25342829--25342896	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
25345314--25345541	46	5.0	46	92	1	341	39	14	23	21	1.91
25348906--25348951	20	2.4	19	89	7	74	39	8	19	32	1.82
25349001--25349142	22	6.2	23	80	11	150	30	16	21	31	1.95
25349003--25349161	23	7.0	22	78	15	139	28	16	23	30	1.96
25349072--25349161	45	2.0	46	84	8	121	27	18	23	30	1.98
25349353--25349414	31	2.0	31	90	0	97	33	16	25	24	1.95
25357952--25358140	40	4.7	40	78	14	183	26	25	22	24	2.00
25366756--25366810	28	2.0	28	86	13	78	47	1	0	50	1.11
25370168--25370196	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
25373270--25373495	49	4.8	48	72	11	153	26	26	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373410--25373537	46	2.7	48	84	6	154	21	27	21	29	1.98
25376887--25377179	55	5.4	54	80	4	340	22	24	17	35	1.95
25376887--25377179	108	2.7	108	93	0	487	22	24	17	35	1.95
25381251--25381345	39	2.5	40	84	3	106	25	30	23	21	1.99
25381279--25381355	39	2.0	39	92	0	127	27	29	20	22	1.98
25389263--25389349	39	2.2	40	89	4	133	26	27	21	24	1.99
25394713--25394906	63	3.0	64	70	16	173	51	4	3	40	1.38
25394807--25394923	37	3.2	36	75	17	107	54	4	1	39	1.30
25397376--25397440	32	2.0	32	100	0	130	40	24	15	20	1.91
25402321--25402549	40	5.8	38	90	3	305	27	27	20	24	1.99
25402310--25402549	80	3.0	78	89	4	338	27	27	21	24	1.99
25402322--25402549	120	1.9	120	87	5	336	27	27	21	24	1.99
25407390--25407469	39	2.1	39	97	0	151	28	28	15	27	1.96
25408783--25408890	45	2.4	45	82	8	116	26	25	23	24	2.00
25409220--25409460	43	5.6	43	91	2	385	30	33	23	12	1.91
25409458--25409532	38	2.0	38	86	0	105	28	25	24	22	2.00
25421183--25421220	19	2.0	19	100	0	58	36	10	15	36	1.82
25444135--25444265	65	2.0	65	93	0	226	41	18	15	25	1.89
25444268--25444324	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
25445578--25445663	42	2.0	42	95	0	154	56	9	26	6	1.56
25446253--25446296	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
25449100--25449317	45	4.9	45	92	1	350	27	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25459263--25459489	49	4.6	49	83	1	256	29	25	17	26	1.98
25459256--25459493	99	2.4	100	82	2	291	29	26	18	26	1.98
25463014--25463050	18	2.1	18	94	0	65	51	0	24	24	1.49
25463014--25463050	12	3.1	12	84	0	56	51	0	24	24	1.49
25463410--25463456	19	2.4	19	89	10	69	42	0	23	34	1.54
25469691--25469861	43	4.0	43	73	13	163	25	18	26	29	1.98
25473043--25473100	17	3.7	16	73	17	59	20	44	25	8	1.80
25473044--25473116	30	2.4	30	88	0	101	19	43	27	9	1.81
25475168--25475314	53	2.7	53	83	4	179	22	25	18	34	1.96
25475230--25475360	55	2.4	55	79	3	140	24	23	19	32	1.97
25476611--25476867	47	5.5	46	73	12	202	21	29	20	28	1.98
25476597--25476867	94	2.9	91	74	11	280	22	29	19	28	1.98
25478088--25478207	47	2.6	47	89	0	186	24	21	15	38	1.92
25478130--25478295	47	3.5	45	73	11	120	23	22	17	36	1.95
25480728--25480890	39	4.2	39	95	0	290	26	18	26	28	1.98
25480728--25480931	39	5.2	39	90	1	216	25	19	25	29	1.98
25480739--25480931	78	2.5	78	87	1	262	24	19	26	29	1.98
25485147--25485213	34	2.0	34	88	5	100	31	22	17	28	1.97
25485149--25485222	34	2.2	34	80	4	87	35	22	14	27	1.94
25488603--25488744	39	3.6	39	89	0	221	25	20	28	26	1.99
25494045--25494103	28	2.1	28	87	0	82	42	8	10	38	1.69
25494066--25494157	14	6.6	14	76	5	78	40	6	16	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25494045--25494157	42	2.7	42	76	0	118	41	7	14	36	1.75
25494066--25494205	70	2.0	70	85	0	190	37	8	18	35	1.82
25494109--25494204	14	6.9	14	74	0	57	36	10	20	32	1.87
25494697--25494732	13	2.8	13	91	0	54	25	16	33	25	1.96
25495589--25495650	31	2.0	31	100	0	124	35	6	25	32	1.82
25496456--25496558	27	3.9	27	79	1	91	39	16	20	23	1.92
25497964--25498023	27	2.2	27	84	0	75	40	23	20	16	1.91
25498164--25498543	27	14.4	27	79	6	386	23	22	19	33	1.97
25498247--25498282	18	2.0	18	88	0	54	22	22	22	33	1.97
25498193--25498340	72	2.1	72	88	0	215	22	21	21	33	1.97
25498291--25498543	134	1.9	134	89	1	391	23	23	19	33	1.97
25498772--25498814	17	2.5	17	96	0	77	23	32	25	18	1.97
25515110--25515158	25	2.0	25	95	0	89	26	22	22	28	1.99
25519636--25519730	40	2.4	38	81	6	118	35	37	10	15	1.82
25536646--25536862	40	5.5	40	85	6	273	25	21	26	26	2.00
25539666--25539717	27	1.9	27	92	0	86	28	32	23	15	1.95
25539676--25539824	70	2.1	70	88	4	221	30	29	16	23	1.96
25539745--25539965	103	2.2	103	92	2	365	31	32	18	18	1.94
25539837--25539887	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
25540294--25540357	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
25540301--25540357	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
25547434--25547647	40	5.4	40	81	6	231	26	19	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25557188--25557337	60	2.5	60	83	4	167	40	16	4	39	1.69
25581583--25581795	45	4.6	45	85	2	246	24	30	17	26	1.97
25581583--25581808	90	2.5	92	83	4	285	25	30	17	26	1.97
25592666--25592811	48	3.0	48	87	2	213	36	8	25	29	1.85
25592952--25593022	37	1.9	37	94	0	124	22	19	32	25	1.98
25596555--25596846	48	6.0	48	76	7	270	27	27	18	26	1.98
25596612--25596847	96	2.5	96	88	4	325	28	28	17	25	1.97
25599561--25599591	16	1.9	16	100	0	62	25	16	6	51	1.68
25599672--25599738	22	3.0	22	78	8	73	28	20	16	34	1.95
25610484--25610700	40	5.5	40	83	6	246	24	28	23	23	2.00
25614345--25614436	27	3.4	27	86	0	121	28	22	8	40	1.84
25614468--25614667	27	7.4	27	76	7	192	40	22	8	29	1.83
25614468--25614667	81	2.5	81	83	7	244	40	22	8	29	1.83
25614468--25614667	54	3.7	54	80	6	217	40	22	8	29	1.83
25614611--25614728	27	4.3	27	69	14	73	39	21	7	31	1.81
25614719--25614853	27	5.0	27	86	3	191	34	17	22	25	1.96
25618170--25618240	30	2.6	27	82	10	81	26	29	15	28	1.96
25625664--25625814	76	2.0	76	100	0	302	40	18	10	30	1.84
25626052--25626184	40	3.3	39	91	4	196	27	27	19	25	1.99
25626019--25626190	80	2.2	79	84	7	224	27	26	18	27	1.98
25630856--25631037	50	3.7	49	79	5	197	30	11	19	37	1.88
25632862--25633002	27	5.2	27	88	0	183	28	19	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25632986--25633599	27	22.7	27	78	8	329	31	8	20	39	1.83
25633041--25633599	54	10.3	53	78	7	441	30	9	20	39	1.83
25633041--25633607	162	3.5	162	89	4	829	30	9	20	39	1.84
25639094--25639147	28	1.9	28	100	0	108	48	14	22	14	1.81
25641612--25641650	20	2.0	20	84	0	51	43	12	2	41	1.56
25643773--25643823	26	2.0	26	88	0	75	41	13	7	37	1.74
25651103--25651171	6	11.3	6	73	14	61	49	13	18	18	1.79
25651129--25651221	25	3.7	25	86	0	123	46	12	20	20	1.83
25652053--25652193	27	5.2	27	85	0	183	26	20	16	36	1.94
25652053--25652186	54	2.5	54	90	0	205	25	21	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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