genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78031706--78031769	31	2.1	31	100	0	128	32	6	21	39	1.79
78033455--78033524	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
78033455--78033552	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
78035869--78036046	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
78035869--78036046	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
78035890--78036045	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
78040623--78040692	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
78040623--78040720	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
78042768--78042938	93	1.8	93	84	0	234	21	17	28	32	1.96
78057298--78057372	34	2.2	33	83	6	96	22	22	26	28	1.99
78075168--78075355	48	3.9	48	96	1	349	38	20	6	33	1.80
78075168--78075355	97	1.9	96	96	1	349	38	20	6	33	1.80
78075524--78075706	48	3.9	48	66	15	139	29	24	19	26	1.98
78081204--78081288	43	2.0	43	88	0	125	23	18	30	27	1.98
78084621--78084763	43	3.3	43	96	0	259	26	21	25	25	2.00
78092295--78092442	43	3.4	43	91	2	235	23	20	28	27	1.99
78092295--78092458	85	1.9	86	87	6	244	23	21	28	26	1.99
78094405--78094511	42	2.5	42	83	3	126	31	22	14	31	1.93
78103676--78103714	19	2.1	19	90	0	60	38	12	12	35	1.82
78103981--78104080	43	2.3	43	82	3	112	33	12	22	33	1.90
78120480--78120514	18	1.9	18	94	0	61	57	8	14	20	1.63
78120682--78120789	27	4.0	26	84	5	108	37	20	22	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78121379--78121976	27	22.2	27	86	1	734	25	19	18	37	1.94
78121962--78122485	27	19.7	26	69	18	269	30	9	20	38	1.85
78121999--78122487	53	9.2	53	80	7	483	30	10	20	39	1.85
78121999--78122493	80	6.2	79	79	7	432	30	10	20	38	1.85
78121983--78122487	107	4.8	104	82	6	491	30	9	20	38	1.85
78126169--78126226	29	2.0	29	93	0	98	34	6	31	27	1.83
78135045--78135190	37	3.9	37	88	0	202	26	31	17	23	1.97
78135355--78135409	28	2.0	28	88	0	83	25	27	16	30	1.96
78135383--78135518	47	2.9	47	93	1	220	25	30	11	32	1.92
78137507--78137640	57	2.3	59	91	7	220	14	21	8	54	1.68
78138501--78138530	12	2.5	12	100	0	60	40	13	16	30	1.87
78159953--78159982	14	2.1	14	93	0	51	0	23	0	76	0.78
78164147--78164259	43	2.6	42	83	5	147	30	22	16	30	1.96
78165072--78165100	12	2.3	13	94	5	51	20	6	13	58	1.58
78175139--78175343	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
78175140--78175343	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
78183252--78183456	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
78183253--78183456	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
78187125--78187337	94	2.3	90	83	7	252	25	17	30	25	1.97
78187125--78187337	46	4.6	46	78	8	195	25	17	30	25	1.97
78187302--78187390	46	1.9	47	86	2	126	28	19	26	25	1.99
78196837--78196879	18	2.4	17	81	11	50	27	2	18	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78204412--78204454	18	2.4	17	81	11	50	27	2	18	51	1.59
78221000--78221028	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
78223932--78224039	54	2.0	54	96	0	198	42	20	12	24	1.87
78224860--78224914	3	18.0	3	79	3	56	61	0	3	34	1.13
78225480--78225554	36	2.1	36	92	0	123	61	12	10	16	1.57
78225926--78225975	20	2.5	20	86	0	64	8	24	22	46	1.78
78227241--78227291	26	2.0	26	84	0	66	41	1	5	50	1.37
78227290--78227330	14	2.9	14	88	3	64	41	0	0	58	0.98
78227354--78227487	15	8.6	15	67	26	50	28	5	1	64	1.23
78227363--78227404	18	2.3	18	95	0	75	23	9	0	66	1.21
78227352--78227463	36	3.3	32	78	16	95	29	5	0	64	1.22
78227301--78227511	22	9.3	23	68	24	87	29	4	2	62	1.30
78227384--78227467	12	6.8	12	75	17	64	30	4	1	63	1.23
78227463--78227530	26	2.5	27	80	15	70	27	1	7	63	1.30
78228663--78228880	46	4.7	46	74	17	150	26	30	17	25	1.97
78231688--78231748	29	2.1	29	96	0	113	31	18	8	42	1.79
78235432--78235522	46	2.0	46	84	0	119	26	31	7	34	1.85
78235536--78235937	47	8.6	47	91	0	588	25	27	11	35	1.91
78235502--78235968	141	3.3	141	87	0	594	26	28	11	34	1.90
78240359--78240528	46	3.7	46	80	10	163	24	30	19	25	1.98
78243757--78243796	15	2.7	15	96	0	71	15	12	17	55	1.70
78245352--78245583	49	4.7	49	83	3	293	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78245352--78245583	100	2.3	99	87	2	331	29	27	18	24	1.98
78249625--78249799	46	3.8	46	77	10	194	29	28	21	21	1.99
78249632--78249803	93	1.8	93	92	0	290	28	27	21	22	1.99
78252652--78252820	48	3.6	47	74	3	169	28	18	26	26	1.98
78252843--78252964	49	2.5	49	86	6	158	27	21	30	21	1.98
78254114--78254153	21	2.0	20	85	14	55	12	37	25	25	1.91
78265167--78265214	16	3.0	16	82	11	62	27	0	16	56	1.41
78274062--78274100	21	1.9	20	84	5	51	33	0	17	48	1.48
78295956--78296123	80	2.1	80	86	2	230	25	25	16	32	1.96
78295956--78296159	40	5.1	40	78	2	187	25	25	16	33	1.96
78296511--78296558	22	2.1	24	81	14	57	14	4	27	54	1.59
78296928--78297045	42	2.8	42	97	0	218	22	22	33	22	1.98
78306987--78307033	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
78311421--78311466	18	2.6	17	82	3	56	50	4	10	34	1.57
78312992--78313022	13	2.4	13	94	0	53	61	0	3	35	1.12
78314742--78314781	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
78320774--78320811	20	1.9	20	88	0	58	21	36	21	21	1.95
78329095--78329292	40	4.9	40	88	4	258	26	28	22	22	1.99
78329117--78329292	80	2.2	80	92	0	289	25	29	22	22	1.99
78331291--78331331	11	3.9	11	84	12	59	78	0	4	17	0.93
78331253--78331328	6	14.4	5	74	15	57	76	1	5	17	1.04
78331268--78331328	20	3.1	20	79	9	72	77	1	4	16	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78336694--78336719	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
78341735--78341863	46	2.8	46	91	2	197	30	27	20	20	1.98
78347496--78347624	46	2.8	46	78	5	145	27	17	30	24	1.97
78347688--78347856	49	3.5	49	81	4	173	27	20	27	24	1.99
78347765--78348025	136	1.9	136	89	0	405	24	20	26	29	1.99
78349135--78349173	21	1.9	20	84	5	51	10	33	30	25	1.89
78350718--78350832	27	4.3	27	85	0	158	27	20	18	33	1.95
78350818--78350968	54	2.8	53	89	5	223	29	9	19	41	1.82
78350816--78351046	27	8.7	27	78	6	186	29	10	20	38	1.87
78350925--78351046	26	4.6	26	79	12	133	28	12	21	37	1.89
78350925--78351043	53	2.2	53	83	5	143	29	12	21	36	1.91
78355139--78355362	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
78355139--78355362	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
78363167--78363391	40	5.7	40	82	5	260	24	21	27	25	1.99
78363222--78363414	80	2.4	78	85	5	237	25	20	27	25	1.99
78368292--78368413	49	2.5	49	85	5	158	28	22	26	22	1.99
78372025--78372093	35	2.0	35	94	0	120	39	17	11	31	1.85
78374270--78374433	46	3.5	45	76	11	161	30	18	27	23	1.98
78374272--78374487	94	2.3	94	83	4	265	29	19	26	24	1.99
78374307--78374625	48	6.7	49	72	10	162	28	19	28	24	1.98
78384778--78385099	40	8.1	40	89	1	448	25	20	26	27	1.99
78385261--78385311	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78401297--78401462	48	3.6	46	83	7	212	27	20	28	23	1.99
78401482--78401591	49	2.2	49	79	6	116	30	20	25	22	1.98
78417355--78417528	46	3.8	45	79	7	190	24	29	18	27	1.98
78417355--78417528	94	1.9	92	82	9	219	24	29	18	27	1.98
78421836--78421959	46	2.7	45	83	7	153	24	27	18	29	1.98
78423659--78423707	24	2.0	24	92	7	82	32	10	28	28	1.90
78437289--78437338	24	2.1	24	92	0	82	34	0	4	62	1.14
78440263--78440372	55	2.0	55	82	3	132	40	13	5	40	1.68
78455469--78455521	23	2.2	24	86	6	81	26	7	39	26	1.83
78459694--78459812	62	1.9	62	100	0	238	27	6	22	42	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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