genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83227831--83227911	38	2.1	38	84	4	101	37	7	9	45	1.66
83244984--83245026	12	3.8	11	77	17	52	13	0	27	58	1.37
83244983--83245026	24	1.9	22	90	9	70	13	0	27	59	1.35
83249677--83249706	14	2.1	15	93	6	53	53	6	33	6	1.53
83249729--83249753	13	1.9	13	100	0	50	48	8	32	12	1.69
83257173--83257343	93	1.8	93	88	2	263	29	28	19	22	1.98
83257164--83257339	46	3.8	46	72	16	166	30	27	19	22	1.98
83259740--83259816	30	2.6	30	77	8	84	55	14	16	12	1.69
83259740--83259807	15	4.5	15	79	3	75	57	11	17	13	1.65
83259740--83259816	15	5.1	15	73	9	59	55	14	16	12	1.69
83260970--83261059	45	2.0	45	100	0	180	35	13	4	46	1.63
83262768--83262911	46	3.1	44	70	21	107	29	28	19	22	1.98
83264684--83264713	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
83264806--83264849	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
83267561--83267697	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
83267560--83267661	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
83267773--83267813	22	1.9	21	85	5	55	14	46	12	26	1.80
83268898--83268940	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
83270037--83270076	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
83270448--83270521	37	2.0	37	100	0	148	40	18	16	24	1.90
83271149--83271230	28	2.9	28	81	0	92	34	9	23	32	1.87
83271303--83271603	39	7.7	39	91	1	460	18	21	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83275285--83275459	46	3.8	46	75	13	187	30	29	19	20	1.97
83275293--83275464	93	1.8	93	92	0	290	30	30	19	19	1.97
83282742--83282820	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
83284683--83284739	26	2.2	26	100	0	114	54	10	8	26	1.63
83291331--83291406	40	1.9	40	83	0	98	32	15	22	28	1.95
83324085--83324338	55	4.8	54	77	8	222	21	25	17	35	1.95
83331128--83331382	55	4.8	54	78	8	224	21	25	17	36	1.94
83337483--83337516	16	2.1	16	94	0	59	85	0	11	2	0.71
83339358--83339392	12	3.0	12	95	4	63	8	14	8	68	1.38
83352340--83352605	93	2.9	93	83	3	347	29	27	19	24	1.98
83355008--83355076	30	2.3	30	85	7	97	59	17	14	8	1.60
83355008--83355076	15	4.7	15	80	8	79	59	17	14	8	1.60
83359320--83359364	19	2.4	19	86	13	67	0	31	0	68	0.89
83359575--83359614	20	2.0	20	100	0	80	45	5	0	50	1.23
83360293--83360557	92	2.9	93	86	2	390	29	29	18	22	1.98
83362989--83363047	30	2.0	30	83	6	75	61	16	10	11	1.57
83362979--83363043	15	4.4	15	71	9	53	63	13	12	10	1.53
83365953--83366168	93	2.3	93	89	1	326	31	29	18	21	1.96
83366000--83366172	47	3.7	46	74	13	174	30	30	17	21	1.96
83365946--83366118	46	3.7	46	72	14	140	31	30	17	20	1.96
83367719--83367743	13	1.9	13	100	0	50	48	8	32	12	1.69
83378342--83378380	21	1.9	20	84	5	51	56	2	2	38	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83381401--83381457	30	1.9	30	88	0	87	42	8	22	26	1.83
83381613--83381688	38	2.0	38	97	0	143	30	6	13	50	1.67
83385883--83385922	13	3.0	13	83	16	55	17	0	2	80	0.83
83387729--83387801	37	2.0	37	94	0	128	39	6	4	49	1.49
83388078--83388174	39	2.6	36	82	14	108	48	3	3	45	1.33
83388954--83388994	20	2.0	21	85	4	57	53	2	0	43	1.13
83396061--83396095	18	1.9	18	88	0	52	45	11	0	42	1.40
83397913--83397955	19	2.1	21	87	8	63	27	4	4	62	1.35
83398771--83398844	10	7.9	9	73	18	62	35	1	2	60	1.19
83402277--83402567	105	2.7	107	81	2	336	38	19	9	31	1.85
83415109--83415151	21	2.0	21	95	0	77	23	23	4	48	1.69
83417365--83418097	366	2.0	366	100	0	1466	27	13	14	44	1.83
83418629--83418689	30	2.0	30	90	0	95	45	6	14	32	1.71
83421829--83421967	48	2.9	48	87	0	197	18	15	32	33	1.93
83426911--83427343	140	3.1	140	92	0	704	27	18	24	29	1.98
83427228--83427457	117	2.0	117	88	1	345	27	16	24	31	1.96
83427087--83427821	258	2.8	257	82	6	870	27	17	23	31	1.97
83427345--83427603	141	1.8	139	85	3	367	28	16	22	32	1.96
83427475--83427709	126	1.9	126	87	1	346	27	17	22	33	1.96
83427832--83427892	7	8.6	7	78	8	52	18	0	26	55	1.42
83427840--83427892	21	2.5	21	84	0	61	18	0	26	54	1.44
83427854--83427900	14	3.4	14	81	0	58	25	0	27	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83427846--83427900	28	2.0	28	85	7	76	23	0	27	49	1.51
83435519--83435545	13	2.1	13	100	0	54	33	0	14	51	1.43
83437163--83437195	17	1.9	17	100	0	66	12	15	18	54	1.71
83437183--83437217	18	1.9	18	94	0	61	11	14	11	62	1.54
83440795--83440819	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
83440881--83441063	75	2.5	73	81	4	217	26	11	17	44	1.83
83441249--83441343	47	2.0	47	100	0	190	27	24	12	35	1.91
83441302--83441972	108	6.1	109	76	6	432	26	20	14	38	1.91
83441445--83442016	38	15.4	38	76	8	436	27	21	14	37	1.92
83441302--83442013	73	9.7	74	75	9	491	25	21	15	37	1.92
83441302--83442013	35	19.5	35	74	10	441	25	21	15	37	1.92
83442890--83442954	35	1.9	33	87	6	94	53	3	1	41	1.25
83457774--83457814	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
83465618--83465660	20	2.2	20	100	0	86	34	0	30	34	1.58
83470560--83470876	49	6.6	49	80	8	244	23	30	20	25	1.99
83470553--83470875	98	3.4	92	77	10	287	23	30	20	25	1.99
83472391--83472468	36	2.1	37	86	6	106	25	29	19	25	1.98
83472586--83473023	47	9.3	47	95	0	750	28	29	8	32	1.88
83479945--83480087	39	3.6	39	85	5	196	38	20	24	16	1.92
83480118--83480162	20	2.2	20	84	0	54	37	13	22	26	1.91
83480838--83480930	46	2.0	46	91	0	150	20	18	18	43	1.89
83485572--83485598	6	4.5	6	100	0	54	29	0	18	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83488824--83488930	42	2.5	42	84	3	135	36	14	21	28	1.92
83490450--83490629	47	3.8	46	76	13	154	26	17	30	26	1.97
83490458--83490628	94	1.8	94	88	2	263	27	17	29	25	1.97
83493705--83493743	10	3.5	11	86	13	53	43	2	10	43	1.52
83494076--83494244	81	2.1	80	83	6	209	38	18	10	32	1.85
83494719--83494743	11	2.3	11	100	0	50	12	8	8	72	1.29
83495479--83495637	44	3.7	43	75	10	155	22	16	27	32	1.96
83495849--83495874	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
83499467--83499504	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83501673--83501707	11	3.3	10	88	11	52	85	2	0	11	0.69
83512067--83512091	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
83515098--83515320	92	2.3	96	81	7	240	25	30	17	26	1.97
83515053--83515320	48	5.6	48	77	8	278	25	30	17	26	1.97
83515057--83515318	142	1.8	144	84	4	363	25	30	17	26	1.98
83515053--83515371	48	6.7	48	77	10	262	24	30	18	27	1.98
83520762--83520821	30	2.0	30	96	0	111	20	15	10	55	1.68
83522691--83522717	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
83522903--83522943	19	2.2	19	86	0	55	24	2	7	65	1.30
83524997--83525027	13	2.4	13	100	0	62	35	12	19	32	1.90
83527493--83527533	17	2.5	17	88	4	66	39	4	21	34	1.75
83527493--83527549	16	3.5	16	83	9	71	38	3	22	35	1.72
83527522--83527554	16	2.1	16	100	0	66	39	0	24	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83528146--83528215	25	3.1	25	63	26	64	30	5	20	44	1.74
83528126--83528215	43	2.1	43	93	0	153	28	4	20	46	1.69
83528141--83528232	43	2.1	43	82	4	105	27	5	22	44	1.75
83534173--83534340	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
83534196--83534340	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
83542190--83542357	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
83542213--83542357	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
83545105--83545276	92	1.9	92	93	2	301	32	15	17	34	1.91
83547399--83547492	29	3.2	30	87	3	111	54	5	9	30	1.55
83547406--83547492	30	2.9	30	89	1	122	54	4	10	31	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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