genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  314  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102943742--102943784	18	2.3	19	88	4	61	11	13	4	69	1.33
102943851--102943908	23	2.2	25	82	17	66	18	1	12	67	1.31
102947362--102947393	14	2.3	14	100	0	64	53	12	12	21	1.71
102949892--102949926	17	2.1	17	100	0	70	48	34	17	0	1.47
102950380--102950434	27	2.0	28	82	10	69	7	36	1	54	1.39
102950472--102950501	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
102953080--102953139	19	3.1	19	77	15	61	60	5	3	31	1.35
102953058--102953118	28	2.2	29	79	8	72	60	3	1	34	1.23
102956939--102957039	21	4.8	20	68	19	62	57	2	4	34	1.35
102957012--102957060	12	4.2	12	85	15	59	63	0	0	36	0.95
102957334--102957381	21	2.1	23	88	11	73	62	0	2	35	1.07
102957320--102957383	21	3.0	21	69	28	53	57	1	3	37	1.24
102972537--102972567	16	2.0	16	93	6	55	35	19	32	12	1.90
102972645--102972683	20	2.0	20	100	0	78	25	15	23	35	1.94
103009278--103009319	22	1.9	22	85	0	57	38	2	16	42	1.61
103013878--103014160	127	2.2	127	91	0	458	26	18	18	36	1.94
103018565--103018741	67	2.6	68	83	3	216	36	16	22	24	1.94
103020206--103020477	106	2.6	107	81	2	325	33	22	16	27	1.96
103021516--103021846	67	5.0	67	79	5	321	37	16	22	22	1.93
103025178--103025240	29	2.1	29	82	8	74	49	14	11	25	1.76
103026279--103026306	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
103026280--103026315	14	2.6	14	90	0	54	33	5	13	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103026455--103026490	18	2.0	18	94	0	63	41	0	16	41	1.48
103030363--103030465	44	2.4	42	80	10	127	25	17	22	34	1.95
103030437--103030518	43	1.9	42	85	2	110	25	14	24	35	1.94
103045269--103045300	4	7.8	4	96	3	55	21	0	3	75	0.95
103048582--103048638	30	1.9	30	85	7	80	22	33	29	14	1.93
103051330--103051395	30	2.2	30	83	0	78	24	13	9	53	1.69
103051649--103051688	18	2.2	18	90	0	62	7	30	7	55	1.56
103053771--103053904	71	1.9	72	90	1	216	36	6	13	43	1.70
103055837--103055896	17	3.5	16	78	14	66	36	0	5	58	1.20
103055796--103055927	69	1.9	71	84	10	184	37	1	4	56	1.29
103055814--103055946	67	2.0	67	82	8	164	37	1	4	56	1.29
103057698--103057736	20	2.0	20	100	0	78	41	15	30	12	1.85
103064966--103065013	25	1.9	25	87	8	71	6	31	0	62	1.20
103066806--103066854	5	9.6	5	82	10	55	14	0	4	81	0.83
103066806--103066854	16	3.2	16	78	16	59	14	0	4	81	0.83
103066810--103066849	21	1.9	21	94	0	71	12	0	5	82	0.82
103066805--103066855	21	2.5	21	81	15	70	15	0	3	80	0.86
103092126--103092175	23	2.2	23	82	7	57	40	6	0	54	1.25
103092549--103092602	14	3.1	19	68	29	55	20	12	7	59	1.58
103092568--103092600	15	2.2	16	89	10	52	21	15	3	60	1.48
103096965--103096994	10	3.0	10	95	0	51	23	0	6	70	1.11
103101164--103101208	4	11.2	4	95	0	54	42	24	8	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103104616--103104663	19	2.6	18	83	9	60	62	2	0	35	1.07
103104712--103104752	21	1.9	22	85	14	59	26	14	0	58	1.37
103109235--103109304	20	3.6	19	70	9	61	35	0	0	64	0.94
103109495--103109567	34	2.1	34	94	0	128	38	24	8	28	1.84
103111235--103111285	24	2.1	25	85	3	68	56	7	0	35	1.28
103111358--103111397	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
103111452--103111489	20	1.9	20	88	0	58	57	15	0	26	1.38
103113507--103113898	87	4.4	87	85	6	429	34	20	16	28	1.94
103113507--103114279	174	4.7	164	78	12	599	34	21	16	28	1.94
103113993--103114297	75	4.1	74	90	2	443	33	22	16	27	1.95
103133285--103133391	26	4.2	26	97	2	207	35	27	6	30	1.82
103133285--103133391	51	2.1	52	98	1	207	35	27	6	30	1.82
103139610--103139691	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
103142476--103142513	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
103142508--103142572	18	3.6	18	69	10	51	61	4	4	29	1.36
103142764--103142836	30	2.4	29	80	15	76	64	0	4	31	1.12
103144333--103144811	44	10.8	44	76	10	395	28	26	15	28	1.96
103144359--103144874	176	2.9	175	83	5	607	29	25	15	29	1.96
103144584--103144903	87	3.7	85	73	14	260	30	24	15	29	1.95
103146998--103147225	46	5.0	47	91	2	313	21	23	14	40	1.90
103158449--103158537	39	2.3	39	94	0	151	38	22	24	14	1.92
103158455--103158519	21	3.2	21	72	12	64	41	20	24	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103161077--103161152	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
103164227--103164267	20	2.0	20	86	9	57	43	2	4	48	1.37
103164333--103164367	18	1.9	18	100	0	70	77	0	22	0	0.78
103165333--103165845	259	2.0	258	97	0	972	39	8	20	31	1.82
103166712--103167033	46	7.0	46	88	4	452	41	13	22	22	1.88
103166712--103166984	90	3.0	90	91	3	440	41	13	21	23	1.88
103166714--103167033	90	3.5	90	87	4	347	41	13	22	22	1.88
103170722--103170791	35	2.0	35	97	0	131	20	32	11	35	1.88
103175697--103175748	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
103175665--103175931	105	2.6	103	91	3	437	29	30	20	18	1.97
103182676--103182942	105	2.6	105	92	2	441	29	30	20	18	1.97
103185654--103185687	16	2.1	16	100	0	68	52	11	0	35	1.38
103185658--103185693	16	2.2	16	90	0	54	55	8	0	36	1.30
103186093--103186165	30	2.4	29	80	15	76	64	0	4	31	1.12
103188705--103188749	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
103189083--103189131	24	2.0	24	100	0	98	28	0	28	42	1.56
103190643--103190755	45	2.5	46	95	1	210	42	15	24	16	1.88
103192945--103193001	30	1.9	30	82	7	71	22	33	28	15	1.95
103194278--103194334	19	2.8	21	71	7	55	71	7	5	15	1.25
103194390--103194415	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
103196752--103196782	15	2.1	14	94	5	53	6	45	0	48	1.28
103207954--103207985	14	2.4	14	94	5	57	0	9	0	90	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103208804--103208848	14	3.1	15	77	6	56	33	0	0	66	0.92
103214721--103214753	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
103224844--103225020	50	3.5	50	92	0	291	35	16	23	25	1.95
103224996--103225113	31	3.8	31	90	0	191	26	18	27	27	1.98
103225135--103225360	49	4.7	49	90	5	295	27	14	27	30	1.95
103227191--103227234	21	2.2	20	87	4	61	6	20	6	65	1.39
103227242--103227318	5	15.4	5	100	0	154	59	0	0	40	0.97
103231892--103231978	21	4.0	23	73	10	74	37	22	20	18	1.94
103232349--103232406	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
103233677--103233703	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
103235200--103235231	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
103235230--103235309	3	27.0	3	83	7	101	30	3	2	63	1.25
103238625--103238683	30	2.0	30	93	0	100	25	1	13	59	1.44
103239310--103239367	31	1.9	30	85	3	80	44	15	8	31	1.76
103245080--103245138	10	5.9	10	84	7	84	20	10	1	67	1.28
103248130--103248168	18	2.1	18	85	9	51	33	5	5	56	1.43
103248135--103248180	17	2.7	18	83	6	60	34	2	4	58	1.30
103252284--103252360	39	2.0	39	100	0	154	49	7	10	32	1.66
103252440--103252491	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
103252472--103252581	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
103252616--103252648	16	2.1	16	100	0	66	30	6	15	48	1.69
103252722--103252763	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103252731--103252772	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
103252938--103252998	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
103252945--103253085	47	3.1	45	67	19	112	48	3	2	45	1.31
103252904--103253120	91	2.4	89	84	6	290	46	4	3	45	1.39
103252938--103253080	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
103256210--103256307	36	2.7	36	76	6	92	58	11	24	6	1.55
103256223--103256307	36	2.3	36	80	6	100	58	11	22	7	1.57
103259926--103259959	18	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
103260476--103260544	34	2.0	34	100	0	138	26	14	20	39	1.91
103261173--103261346	52	3.3	54	86	2	223	24	15	28	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332