genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26055429--26055681	49	5.3	49	88	4	374	28	29	8	33	1.86
26055429--26055702	96	2.9	96	86	6	378	28	29	8	33	1.87
26060760--26061735	47	20.5	47	93	1	1574	32	9	29	28	1.88
26061854--26061932	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
26063057--26063557	40	12.6	40	85	4	541	25	28	21	24	1.99
26065412--26065490	37	2.1	37	88	0	113	24	32	18	24	1.97
26065609--26066117	47	10.7	47	92	2	804	29	29	8	32	1.87
26065609--26066096	143	3.4	143	93	1	822	29	29	8	32	1.87
26069034--26069093	30	2.0	30	84	12	79	40	8	25	26	1.84
26069520--26069692	46	3.7	45	77	11	161	21	17	29	30	1.97
26071393--26071480	25	3.5	26	83	13	96	23	19	25	31	1.98
26071411--26071493	25	3.4	25	88	6	118	27	18	25	28	1.98
26071411--26071504	47	1.9	49	81	12	113	28	18	25	27	1.98
26074965--26075070	27	3.9	26	78	8	104	19	23	21	34	1.96
26074965--26075074	54	2.0	54	82	6	134	19	23	20	36	1.95
26086656--26086778	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
26086656--26086778	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
26086681--26086791	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
26088814--26088919	52	2.0	52	87	0	149	35	19	19	24	1.95
26112323--26112369	18	2.6	19	87	12	64	34	2	0	63	1.06
26112309--26112393	39	2.2	38	80	14	93	32	1	1	64	1.08
26112339--26112393	22	2.4	23	79	11	60	32	0	1	65	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26112479--26112511	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
26126060--26126150	44	2.1	44	89	0	137	32	14	23	29	1.94
26126372--26126462	44	2.1	44	91	0	146	31	12	26	29	1.92
26126415--26126596	94	2.0	91	84	5	240	31	19	21	26	1.98
26126012--26127030	312	3.3	312	89	1	1480	31	17	22	29	1.96
26126685--26126855	44	3.9	44	90	0	243	31	15	24	28	1.96
26128587--26128641	29	1.9	28	82	10	67	41	3	0	54	1.18
26128582--26128675	44	2.1	46	82	11	115	39	2	2	56	1.23
26128677--26128714	17	2.2	18	90	4	60	36	2	0	60	1.11
26128831--26128863	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
26132163--26132394	95	2.5	92	76	9	236	34	17	24	23	1.95
26135055--26135162	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
26135486--26135643	55	2.9	55	83	5	205	34	18	25	20	1.96
26138306--26138386	35	2.4	35	76	19	82	55	2	3	38	1.31
26139499--26139581	39	2.2	39	80	10	91	62	7	0	30	1.22
26146372--26146408	16	2.3	16	95	0	65	56	21	16	5	1.59
26146372--26146414	16	2.7	16	88	0	50	58	18	16	6	1.60
26146626--26146715	28	3.2	28	80	4	101	25	14	33	26	1.94
26146638--26146715	29	2.8	28	82	7	95	23	16	35	24	1.95
26150645--26150817	46	3.7	46	81	10	217	21	19	27	31	1.97
26150642--26150812	93	1.8	93	93	0	297	21	19	28	30	1.97
26151042--26151079	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26154345--26154383	8	4.9	8	87	0	60	41	23	25	10	1.86
26154603--26154719	28	4.1	27	72	19	87	26	15	30	27	1.96
26154610--26154720	57	1.9	57	83	3	143	24	16	33	26	1.96
26171206--26171251	24	2.0	23	82	4	56	41	10	21	26	1.86
26179306--26179351	18	2.6	18	89	3	67	50	4	0	45	1.21
26179327--26179373	22	2.1	22	88	7	69	46	2	0	51	1.13
26179864--26179932	10	6.9	10	83	6	95	21	10	1	66	1.29
26189607--26189760	42	3.6	42	85	3	211	29	23	15	31	1.95
26189607--26189771	85	1.9	85	81	4	199	31	23	14	30	1.94
26189902--26189947	17	2.8	17	75	15	51	50	10	2	36	1.50
26190821--26190854	17	1.9	17	88	5	50	26	0	11	61	1.30
26192119--26192263	31	4.7	31	78	11	149	28	16	28	26	1.97
26192118--26192322	58	3.4	59	79	11	179	29	16	28	25	1.96
26192221--26192352	29	4.6	29	91	2	212	31	15	28	25	1.95
26192355--26192539	33	5.6	33	85	0	228	35	9	22	32	1.87
26192491--26192568	32	2.4	33	78	10	88	37	15	26	20	1.92
26199401--26199522	42	2.9	42	81	4	138	31	21	14	32	1.93
26201476--26201557	38	2.2	38	82	4	94	32	15	18	32	1.92
26204892--26204942	25	2.0	25	96	0	93	39	13	15	31	1.87
26210506--26210575	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
26210506--26210603	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
26215222--26215266	21	2.1	21	100	0	90	44	4	20	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26215837--26215889	20	2.7	20	100	0	106	18	33	32	15	1.92
26217585--26217621	19	1.9	19	88	0	56	51	27	5	16	1.66
26217591--26217629	19	2.1	19	85	0	51	56	25	5	12	1.57
26218731--26218760	12	2.5	12	94	0	51	6	43	26	23	1.78
26225870--26225916	20	2.4	21	79	13	55	53	0	2	44	1.12
26229906--26229945	20	2.0	21	85	9	57	45	5	15	35	1.68
26233495--26233526	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
26233698--26233771	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
26241269--26242035	47	16.3	47	92	0	1273	34	8	28	28	1.87
26241509--26241584	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
26244301--26244346	22	2.1	22	84	4	58	45	0	8	45	1.34
26245464--26245638	42	4.2	42	86	5	230	37	26	16	19	1.93
26246044--26246094	21	2.5	20	78	9	57	3	11	3	80	0.98
26250239--26250285	22	2.1	23	92	4	78	51	2	23	23	1.59
26251322--26251382	29	2.1	28	87	3	86	29	14	26	29	1.95
26251334--26251440	29	3.7	29	83	5	119	28	17	27	26	1.98
26268969--26269002	4	8.5	4	86	0	50	44	0	32	23	1.54
26269439--26269470	15	2.2	14	94	5	55	0	28	12	59	1.34
26277185--26277228	19	2.3	19	92	0	70	38	15	29	15	1.89
26279218--26279296	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
26285602--26285645	21	2.1	21	100	0	88	40	0	27	31	1.56
26286668--26286751	29	2.9	29	87	1	116	17	20	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26293792--26294051	27	9.6	27	86	0	304	39	20	9	31	1.84
26293799--26294054	54	4.7	54	89	0	350	38	20	10	31	1.86
26293792--26294054	81	3.2	81	86	2	359	38	19	9	31	1.85
26294036--26294231	27	7.3	27	86	2	268	32	18	22	26	1.97
26293851--26294232	54	7.1	52	81	7	202	35	19	16	28	1.94
26293978--26294232	81	3.1	81	80	3	255	34	18	19	27	1.95
26295800--26296235	48	9.0	48	95	1	746	35	6	26	30	1.82
26296377--26296478	37	2.8	37	92	4	170	23	19	32	24	1.98
26297674--26297738	27	2.4	27	79	5	69	20	21	23	35	1.96
26297905--26297988	6	13.7	6	72	14	64	19	17	15	47	1.83
26297889--26297988	31	3.2	31	88	0	119	18	17	14	51	1.77
26301434--26301531	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
26301462--26301544	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
26301434--26301545	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
26303424--26303710	27	10.6	27	88	0	376	40	20	8	30	1.83
26303695--26303890	27	7.3	27	90	0	293	34	20	20	24	1.97
26303614--26303891	54	5.1	55	77	10	198	35	20	17	26	1.94
26304237--26304296	22	2.7	22	76	5	59	20	25	26	28	1.99
26304684--26304805	6	19.8	6	69	17	72	21	18	13	46	1.83
26304661--26304763	31	3.3	31	88	1	134	21	16	12	49	1.78
26304724--26304791	25	2.7	25	93	0	109	22	19	11	47	1.81
26304691--26304796	31	3.7	28	77	14	101	20	17	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26306914--26307057	43	3.4	42	80	11	134	34	22	16	25	1.95
26306896--26307057	43	3.8	42	75	14	127	33	24	17	24	1.97
26310511--26310535	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
26311514--26311798	70	4.1	70	94	0	489	31	13	16	38	1.88
26312193--26312417	48	4.7	47	79	5	227	28	20	27	23	1.99
26312180--26312417	96	2.5	95	86	1	305	27	19	27	24	1.99
26316395--26316438	22	2.0	22	82	4	54	47	11	0	40	1.39
26316513--26316571	25	2.5	24	75	22	61	52	6	0	40	1.28
26316412--26316708	151	2.0	151	85	2	400	42	9	5	42	1.60
26321425--26321469	20	2.2	20	92	0	72	22	22	0	55	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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