genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38673603--38673825	119	1.9	120	83	8	294	26	26	21	25	1.99
38673603--38673827	40	5.7	40	82	10	239	26	26	21	25	2.00
38675828--38675898	35	2.0	35	91	0	115	42	14	2	40	1.60
38678723--38678797	37	2.0	37	87	5	107	26	30	20	22	1.98
38678918--38679917	47	20.9	47	94	2	1642	29	29	8	32	1.87
38678918--38679917	96	10.5	94	94	2	1660	29	29	8	32	1.87
38688036--38688100	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
38688032--38688100	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
38690106--38690132	6	4.5	6	100	0	54	33	0	18	48	1.49
38692162--38692438	39	7.1	39	89	0	403	23	26	25	24	2.00
38692170--38692438	117	2.3	117	91	0	448	23	27	26	23	2.00
38696924--38697119	50	3.9	50	81	1	205	25	18	28	27	1.98
38702023--38702123	28	3.6	28	91	2	157	33	22	12	30	1.92
38702021--38702149	57	2.3	57	83	2	170	32	25	13	28	1.93
38702022--38702149	28	4.5	28	83	6	141	32	25	13	28	1.93
38706637--38706768	42	3.1	42	73	14	117	28	26	18	26	1.98
38706725--38706826	48	2.1	48	81	3	116	26	30	19	23	1.98
38711527--38711592	27	2.4	27	82	9	89	36	18	22	22	1.95
38722904--38722936	17	1.9	17	93	0	57	51	12	12	24	1.73
38731502--38731729	40	5.7	40	85	0	269	19	21	27	32	1.97
38731502--38731729	80	2.9	80	87	0	305	19	21	27	32	1.97
38739817--38739864	24	2.0	24	100	0	96	12	0	29	58	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38740989--38741336	47	7.4	47	97	0	624	31	8	31	29	1.87
38741455--38741533	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
38743639--38743866	40	5.7	40	88	0	305	19	20	27	32	1.97
38762197--38762369	46	3.8	44	74	15	163	21	19	28	30	1.98
38762192--38762362	93	1.8	93	88	2	263	21	20	28	29	1.98
38766493--38766524	16	2.0	16	100	0	64	31	31	18	18	1.95
38777432--38777505	36	2.0	37	94	2	132	37	6	25	29	1.82
38777434--38777497	12	5.3	12	73	0	56	35	6	26	31	1.81
38779176--38779245	35	2.0	35	97	0	131	55	0	35	8	1.30
38783654--38783688	17	1.9	19	88	11	56	51	5	0	42	1.25
38798806--38798872	30	2.2	30	91	0	107	22	29	25	22	1.99
38804170--38804422	68	3.8	65	76	10	205	23	28	16	30	1.97
38809513--38809573	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
38811184--38811225	15	2.8	15	78	7	50	52	19	11	16	1.74
38812758--38812909	50	3.0	51	83	1	198	28	26	18	25	1.98
38812769--38812908	51	2.8	50	85	1	190	29	27	18	24	1.98
38814319--38814456	43	3.0	44	82	9	152	23	18	28	28	1.98
38819026--38819070	23	2.0	23	100	0	90	51	17	0	31	1.46
38819763--38819859	47	2.0	51	86	8	139	36	18	21	23	1.95
38819745--38819840	24	4.0	24	72	8	88	33	20	21	23	1.97
38819747--38819853	24	4.3	25	71	13	80	31	20	22	25	1.98
38826511--38826577	28	2.4	28	84	0	89	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38826916--38826943	14	2.0	14	100	0	56	50	14	14	21	1.78
38826892--38826973	41	2.0	41	95	0	146	42	20	10	25	1.85
38826930--38827191	27	9.7	26	82	5	222	38	20	11	29	1.88
38826930--38827127	80	2.4	81	81	6	222	38	19	11	30	1.87
38827091--38827208	27	4.4	27	83	2	103	38	16	15	30	1.89
38833862--38834116	55	4.8	53	78	10	236	36	17	24	21	1.95
38833862--38834069	55	3.8	53	81	7	240	34	17	25	23	1.96
38833872--38834069	108	1.8	110	89	4	312	33	17	25	23	1.96
38841575--38841830	55	4.8	54	76	11	212	37	16	23	22	1.94
38841584--38841783	108	1.8	110	88	4	307	35	16	24	23	1.95
38845253--38845303	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
38845343--38845429	27	3.3	27	91	1	131	21	22	19	35	1.96
38852744--38852795	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
38852838--38852897	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
38860954--38861022	24	2.8	24	82	4	84	30	15	26	27	1.96
38863450--38863602	42	3.6	42	83	4	175	30	16	22	30	1.96
38868177--38868208	12	2.7	12	95	0	55	31	25	34	9	1.87
38872832--38872891	22	2.7	23	89	5	95	41	15	23	20	1.89
38892927--38893029	43	2.4	43	80	3	109	27	26	18	28	1.98
38896236--38896278	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
38896441--38896563	64	1.9	66	84	5	169	29	16	30	23	1.96
38900956--38900996	22	1.9	22	90	5	66	19	29	39	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38909471--38909642	46	3.7	46	77	16	201	29	28	20	21	1.98
38909476--38909646	93	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
38915266--38915344	39	2.0	39	100	0	158	22	29	10	37	1.87
38917104--38917276	46	3.7	46	77	13	192	28	27	21	21	1.99
38917109--38917279	93	1.8	93	92	0	288	28	28	22	21	1.99
38920734--38920849	43	2.7	42	76	6	117	33	20	15	30	1.94
38927074--38927153	40	2.0	40	97	0	151	27	23	7	41	1.81
38936461--38936617	68	2.4	64	79	9	165	27	26	15	29	1.96
38939090--38939210	43	2.8	43	79	4	138	33	23	14	28	1.94
38945108--38945159	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
38944926--38945191	105	2.6	104	89	5	414	19	19	30	30	1.97
38947163--38947229	22	3.2	22	63	16	61	40	14	11	32	1.83
38947149--38947231	40	2.1	40	100	0	166	37	14	9	38	1.79
38952790--38952917	28	4.5	28	87	2	166	32	25	12	29	1.92
38952790--38952916	29	4.4	29	86	4	161	33	25	12	29	1.92
38952789--38952916	57	2.2	57	87	2	186	32	25	12	28	1.92
38957090--38957168	37	2.1	37	83	0	95	26	30	16	26	1.97
38957287--38957703	47	8.7	47	92	2	647	29	29	8	32	1.86
38957287--38957703	96	4.4	96	93	2	632	29	29	8	32	1.86
38961849--38962000	42	3.5	43	80	8	141	28	26	19	25	1.99
38971479--38971698	90	2.4	90	81	4	248	27	25	19	27	1.99
38973909--38974048	51	2.7	51	81	4	149	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38973954--38974190	51	4.6	51	80	1	170	31	26	16	25	1.97
38974055--38974189	52	2.7	50	84	2	171	35	26	14	23	1.93
38979488--38979711	39	5.7	40	84	7	246	24	22	28	25	2.00
38979488--38979711	79	2.8	80	83	6	267	24	22	28	25	2.00
38979488--38979711	40	5.7	40	85	5	260	24	22	28	25	2.00
38979541--38979744	79	2.6	79	83	5	209	25	21	27	25	1.99
38982622--38982660	15	2.4	16	87	8	53	28	0	2	69	1.02
38982614--38982664	25	2.0	25	84	3	66	29	0	1	68	1.00
38984571--38984638	21	2.9	24	73	20	63	52	0	1	45	1.09
38984584--38984637	23	2.3	24	81	12	69	55	0	0	44	0.99
38986225--38986262	16	2.2	18	86	13	53	26	13	0	60	1.33
38995381--38995506	55	2.3	55	83	2	155	19	26	25	29	1.98
39001904--39002064	40	4.0	40	84	6	200	36	16	26	21	1.94
39001913--39002064	80	1.9	80	88	0	232	36	16	25	21	1.94
39012783--39013000	40	5.5	40	88	2	289	22	22	29	25	1.99
39018056--39018279	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
39018198--39018349	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
39025510--39025560	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
39025432--39025654	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
39025573--39025724	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
39040230--39040400	43	4.0	43	84	3	229	33	24	14	27	1.94
39040668--39040710	21	2.0	21	100	0	86	44	9	4	41	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39043970--39044010	18	2.3	18	83	8	57	17	41	24	17	1.89
39051981--39052135	43	3.6	43	85	1	204	31	24	16	27	1.96
39054971--39055182	40	5.3	39	82	5	255	27	28	20	23	1.99
39054971--39055182	80	2.7	80	90	0	336	27	28	20	23	1.99
39058805--39058886	42	2.0	42	82	4	103	24	28	26	20	1.99
39065108--39065229	48	2.5	48	93	0	199	28	30	17	23	1.97
39065109--39065284	48	3.9	42	81	8	147	28	29	17	24	1.97
39068594--39068690	37	2.6	37	86	0	122	30	27	14	26	1.95
39070860--39070895	18	2.0	18	100	0	72	16	16	33	33	1.92
39070862--39070901	18	2.4	17	91	8	64	20	12	32	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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