genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26642001--26642156	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
26649461--26649623	40	4.1	40	90	4	233	23	23	27	25	2.00
26649461--26649623	79	2.0	80	87	5	233	23	23	27	25	2.00
26657531--26657748	40	5.5	40	90	2	307	23	22	27	26	2.00
26670439--26670616	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26670440--26670595	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26670436--26670616	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26672593--26672662	29	2.3	30	79	13	81	70	1	7	21	1.20
26672768--26672798	15	2.1	15	100	0	62	25	32	19	22	1.97
26674452--26674485	18	1.9	18	88	5	52	38	0	55	5	1.24
26690359--26690444	42	2.0	42	100	0	172	32	16	18	32	1.93
26691889--26691938	26	1.9	26	91	0	82	30	10	18	42	1.82
26700717--26700756	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
26702012--26702174	44	3.4	49	71	10	142	27	27	17	26	1.98
26707232--26707401	46	3.7	46	74	12	159	30	25	20	24	1.99
26707280--26707415	47	3.0	43	74	14	114	29	26	20	23	1.99
26718416--26718472	16	3.5	17	77	20	59	19	1	19	59	1.46
26720637--26720762	55	2.3	55	85	9	159	29	28	15	26	1.96
26720637--26720762	28	4.6	27	84	11	157	29	28	15	26	1.96
26720674--26720789	59	2.0	59	81	10	139	30	27	16	25	1.97
26727021--26727072	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
26728373--26728555	40	4.6	40	91	4	228	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26728372--26728562	79	2.4	80	83	5	235	24	21	27	27	1.99
26736463--26736653	40	4.8	40	87	2	206	23	20	27	27	1.99
26736467--26736674	80	2.6	79	76	3	195	23	20	27	28	1.99
26740962--26741185	40	5.6	40	84	6	274	26	25	23	25	2.00
26740962--26741185	83	2.8	79	84	5	279	26	25	23	25	2.00
26752968--26753198	49	4.7	49	77	4	248	28	25	18	26	1.98
26754901--26755028	66	1.9	65	84	6	168	32	17	29	20	1.95
26757317--26757341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
26759558--26759677	46	2.6	46	95	0	213	20	21	29	29	1.98
26759886--26759917	10	3.2	10	95	0	55	56	0	18	25	1.42
26763942--26764172	49	4.7	49	76	6	241	30	26	17	25	1.97
26763942--26764172	100	2.3	99	78	7	245	30	26	17	25	1.97
26772111--26772139	12	2.3	13	94	5	51	68	20	6	3	1.27
26772969--26773021	27	2.0	26	81	3	61	47	5	0	47	1.26
26776065--26776193	47	2.7	47	81	10	156	27	17	29	24	1.98
26776162--26776279	45	2.7	44	78	14	118	29	19	29	21	1.97
26781149--26781473	48	6.8	48	92	0	506	34	6	27	31	1.82
26781149--26781473	144	2.3	144	95	0	578	34	6	27	31	1.82
26784434--26784581	46	3.2	47	69	18	123	30	27	18	22	1.98
26799915--26799979	32	2.0	32	96	0	121	29	18	20	32	1.96
26810872--26810942	35	2.0	35	88	0	106	38	9	25	26	1.87
26814232--26814302	35	2.0	35	88	0	106	38	9	25	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26814451--26814543	46	2.0	46	100	0	186	25	16	15	43	1.86
26821456--26821526	28	2.5	29	88	2	99	29	15	25	29	1.96
26825121--26825167	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
26826296--26826350	25	2.2	25	83	6	67	27	29	10	32	1.91
26826469--26826610	43	3.3	43	84	2	178	33	30	22	13	1.92
26826599--26826759	40	4.0	40	95	0	259	27	29	22	20	1.98
26830573--26830619	21	2.3	20	86	10	69	48	21	2	27	1.61
26834645--26834728	40	2.1	41	88	2	125	46	11	7	34	1.68
26835622--26835671	21	2.3	23	80	13	61	48	14	4	34	1.62
26836972--26837083	43	2.6	44	79	8	115	31	24	18	25	1.98
26843186--26843225	21	1.9	21	84	0	53	50	15	5	30	1.65
26844576--26844745	43	4.0	42	81	6	189	35	26	14	22	1.93
26844576--26844745	86	2.0	85	82	7	211	35	26	14	22	1.93
26844593--26844745	44	3.6	41	80	10	164	35	26	15	22	1.93
26853583--26853632	25	2.0	25	88	7	75	38	2	0	60	1.09
26856472--26856512	21	2.0	21	90	0	64	31	0	7	60	1.24
26856636--26856676	22	1.9	22	90	5	66	43	0	2	53	1.13
26864932--26865212	40	7.0	40	95	0	474	23	22	28	25	1.99
26873321--26873545	48	4.8	48	72	11	178	26	20	25	27	1.99
26876752--26876857	27	3.9	27	80	15	103	34	20	24	19	1.96
26876745--26876857	55	2.1	54	83	8	140	35	21	23	19	1.96
26883427--26883479	26	2.0	26	96	0	97	18	20	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26890768--26890870	44	2.4	42	80	13	120	26	18	24	31	1.98
26893000--26893070	32	2.2	32	82	0	79	30	16	19	32	1.95
26893620--26893717	27	3.6	27	85	0	142	27	20	19	32	1.97
26893702--26893994	27	11.0	26	76	8	216	32	9	17	40	1.81
26893702--26893995	54	5.5	53	79	7	247	31	9	17	40	1.82
26893702--26893994	81	3.6	78	76	9	277	32	9	17	40	1.81
26903731--26903817	44	2.0	44	95	0	156	35	6	24	33	1.82
26906703--26906874	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
26906727--26906910	67	2.8	64	77	8	194	28	17	30	22	1.97
26912470--26912556	45	1.9	45	97	0	165	37	25	11	25	1.89
26922751--26923254	254	2.0	253	83	2	645	27	24	27	19	1.99
26924616--26924653	19	2.0	20	89	5	60	18	2	2	76	1.02
26947415--26947586	46	3.7	46	81	16	219	22	19	29	29	1.98
26947408--26947579	93	1.8	93	94	0	308	22	20	28	27	1.99
26950015--26950173	43	3.7	42	80	9	178	24	18	24	32	1.97
26953217--26953283	33	2.0	33	94	0	116	19	29	26	23	1.98
26956216--26956248	17	1.9	17	88	11	50	39	12	21	27	1.88
26971843--26971885	22	2.0	21	81	4	50	37	6	13	41	1.72
26972576--26972759	40	4.6	41	81	10	213	23	21	28	26	1.99
26978135--26978337	43	4.5	43	83	9	244	11	25	31	31	1.91
26978226--26978326	51	2.0	51	90	0	157	10	26	32	29	1.90
26980807--26980854	22	2.2	22	88	0	69	12	29	29	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27020580--27020737	68	2.3	69	82	7	187	35	15	28	20	1.93
27033233--27033271	20	2.0	20	90	10	62	17	33	23	25	1.96
27037219--27037346	48	2.6	48	80	4	123	21	14	27	37	1.91
27047465--27047545	42	1.9	42	82	0	99	14	41	25	17	1.88
27051983--27052041	30	2.0	30	86	0	82	30	13	27	28	1.94
27052426--27052548	46	2.6	46	86	7	160	26	20	29	23	1.99
27053701--27053741	22	1.9	21	90	5	64	12	43	24	19	1.85
27063185--27063405	40	5.6	40	91	2	349	23	23	25	27	2.00
27063185--27063405	79	2.8	80	93	3	367	23	23	25	27	2.00
27071738--27072077	40	8.5	40	89	0	513	23	21	25	29	1.99
27080008--27080347	40	8.5	40	91	0	522	22	22	25	29	1.99
27083116--27083153	21	1.9	19	85	15	51	26	31	18	23	1.97
27084293--27084323	15	2.1	15	93	0	53	54	6	9	29	1.57
27085515--27085590	27	2.8	26	92	5	125	28	13	17	40	1.87
27090351--27090812	48	9.8	48	89	3	677	35	6	26	31	1.83
27090351--27090812	233	2.0	236	92	3	768	35	6	26	31	1.83
27092885--27093033	43	3.5	42	81	2	154	29	14	24	32	1.94
27092885--27093051	43	3.9	42	81	3	138	28	14	24	31	1.95
27097126--27097175	26	1.9	26	88	8	75	30	18	10	42	1.82
27100819--27100968	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
27100843--27101026	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
27103467--27103652	41	4.6	41	85	6	236	24	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27103469--27103622	81	1.9	82	89	6	242	24	24	25	26	2.00
27109574--27109645	28	2.5	29	86	2	101	30	29	15	25	1.96
27111643--27111727	41	2.1	41	100	0	170	40	2	18	38	1.64
27124715--27124835	43	2.8	41	74	9	109	23	18	23	33	1.96
27124746--27124826	42	1.9	43	85	7	112	22	18	25	33	1.97
27134675--27134855	40	4.6	40	87	5	244	25	27	23	23	2.00
27134675--27134855	79	2.3	80	88	6	262	25	27	23	23	2.00
27138492--27138529	13	3.0	13	84	7	51	81	0	0	18	0.69
27142292--27142361	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
27142292--27142389	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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