genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20365673--20365837	43	3.9	43	77	7	158	26	17	24	31	1.97
20365673--20365837	86	1.9	85	80	8	192	26	17	24	31	1.97
20374768--20374798	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
20374759--20374807	13	3.6	13	84	10	62	38	0	4	57	1.18
20374892--20374924	13	2.5	13	90	9	50	78	0	21	0	0.75
20375641--20375700	19	3.3	19	66	34	51	36	0	13	50	1.42
20378413--20378629	92	2.4	92	87	0	317	21	22	11	44	1.84
20378420--20378622	46	4.4	47	88	3	288	20	22	11	45	1.83
20378594--20378719	45	2.8	45	87	0	180	19	23	19	37	1.94
20378405--20378735	46	7.3	45	83	4	270	20	22	15	41	1.90
20385538--20385570	16	1.9	18	88	11	52	54	3	9	33	1.47
20387145--20387200	18	3.0	18	80	10	67	57	0	0	42	0.99
20388390--20388420	14	2.2	14	94	0	53	41	0	3	54	1.16
20389271--20389304	3	11.3	3	100	0	68	35	0	64	0	0.94
20390820--20390848	6	4.8	6	100	0	58	13	17	51	17	1.76
20393145--20393174	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
20393243--20393543	126	2.4	126	89	2	464	33	17	19	28	1.95
20396548--20397046	116	4.3	116	96	0	899	47	9	3	39	1.51
20397509--20397574	30	2.2	30	83	5	80	6	19	45	28	1.74
20399191--20399221	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
20402867--20402928	20	3.0	20	79	6	72	25	9	11	53	1.67
20407490--20407559	35	2.0	35	97	0	131	30	17	11	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20428210--20428240	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
20428278--20428315	14	2.9	13	88	7	51	76	0	21	2	0.91
20429642--20429673	13	2.5	13	94	0	55	25	0	18	56	1.42
20430163--20430209	20	2.3	20	92	0	76	19	40	29	10	1.85
20436367--20436411	18	2.4	19	85	14	58	37	0	2	60	1.09
20439639--20439693	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
20439723--20439894	76	2.2	72	76	14	164	58	4	6	31	1.42
20439844--20439973	23	5.5	24	73	9	106	55	4	6	33	1.45
20439774--20439879	25	4.0	28	68	20	77	59	4	6	29	1.43
20439766--20439973	23	8.6	25	69	14	105	56	5	6	31	1.48
20440229--20440267	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
20440430--20440483	18	3.3	18	66	28	57	20	7	50	22	1.73
20440426--20440493	30	2.3	30	97	0	127	16	5	52	25	1.65
20440741--20440801	17	3.4	17	65	12	50	31	3	13	52	1.56
20440715--20440841	37	3.4	37	86	4	168	30	4	14	49	1.64
20440778--20440838	17	3.4	17	68	12	50	32	3	13	50	1.57
20440851--20440908	9	6.4	9	85	0	80	24	13	20	41	1.89
20444894--20444948	22	2.7	20	78	10	65	45	0	1	52	1.11
20448948--20449114	46	3.6	46	91	1	255	22	23	13	40	1.89
20451825--20451900	37	2.1	36	83	11	93	53	2	2	40	1.28
20452304--20452355	19	2.8	19	88	2	70	38	3	3	53	1.37
20452304--20452358	9	5.9	9	76	6	56	36	3	3	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20461326--20461431	43	2.5	43	80	0	122	39	18	17	23	1.92
20461406--20461522	40	2.9	40	85	2	137	40	17	16	26	1.90
20461448--20461512	20	3.2	20	66	0	58	32	20	20	27	1.97
20461458--20461519	20	3.1	20	69	0	61	37	20	17	24	1.94
20464216--20464338	33	3.8	33	73	11	92	33	12	22	31	1.91
20464240--20464331	33	2.8	32	76	11	96	32	10	22	33	1.89
20465954--20466036	21	3.9	21	74	3	58	38	24	21	15	1.92
20466409--20466466	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
20467564--20467617	5	10.6	5	88	4	81	57	3	0	38	1.17
20467710--20467760	21	2.4	22	80	6	61	58	3	0	37	1.16
20467926--20467972	19	2.3	22	79	17	57	38	12	4	44	1.62
20473994--20474144	42	3.6	42	82	6	162	28	15	25	29	1.96
20478128--20478197	34	2.1	34	94	0	122	40	20	5	34	1.76
20485300--20485347	21	2.2	21	82	10	53	31	45	4	18	1.68
20487080--20487187	26	4.2	26	89	2	164	37	23	6	33	1.80
20488435--20488542	23	4.7	23	76	8	103	37	15	15	30	1.89
20493577--20493929	47	7.4	49	90	5	555	28	31	7	32	1.85
20499623--20499697	18	4.2	18	85	0	105	32	12	22	33	1.91
20499622--20499691	36	1.9	36	94	0	122	31	10	22	35	1.87
20523350--20523384	17	1.9	19	88	11	56	57	8	28	5	1.52
20526042--20526097	22	2.5	23	80	8	71	14	28	25	32	1.94
20533698--20533822	28	4.5	28	96	1	225	31	28	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20537561--20537639	39	2.0	41	85	5	108	34	22	15	27	1.94
20541323--20541356	15	2.3	15	90	10	52	32	2	8	55	1.45
20541428--20541587	45	3.6	45	85	3	207	38	18	18	25	1.92
20541583--20541714	46	2.9	44	78	10	115	46	12	19	20	1.82
20541605--20541716	46	2.5	45	86	7	147	47	12	20	19	1.82
20544293--20544330	16	2.4	16	82	4	51	55	5	7	31	1.51
20547257--20547282	13	2.0	13	100	0	52	38	23	0	38	1.55
20547769--20547868	31	3.2	31	88	0	101	48	13	18	21	1.81
20547760--20547879	6	19.3	6	68	19	68	49	13	16	20	1.79
20547800--20547879	31	2.5	31	93	2	133	51	12	15	21	1.75
20548016--20548117	27	3.8	26	85	5	114	37	20	22	19	1.95
20548276--20548340	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
20548767--20549123	27	13.3	27	85	2	346	27	18	19	34	1.95
20549128--20549324	80	2.4	81	88	2	281	39	7	23	28	1.82
20549128--20549324	27	7.3	27	84	3	236	39	7	23	28	1.82
20549171--20549344	80	2.2	80	86	5	251	39	8	20	31	1.82
20549305--20549583	27	10.3	25	77	11	189	31	9	19	39	1.84
20549306--20549583	54	5.1	54	82	4	283	31	9	19	39	1.84
20549402--20549583	27	6.7	27	82	1	240	31	9	19	39	1.84
20551023--20551225	50	4.1	48	76	7	176	40	16	10	32	1.83
20551023--20551225	100	2.1	98	83	3	255	40	16	10	32	1.83
20558096--20558517	47	9.1	47	90	4	633	32	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20558102--20558466	134	2.6	137	91	5	592	32	7	29	30	1.85
20558636--20558715	38	2.1	38	86	6	110	26	18	28	26	1.98
20568720--20568744	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
20569997--20570174	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20569998--20570153	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20569994--20570174	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20578125--20578302	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20578126--20578281	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20578122--20578302	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20589103--20589139	19	1.9	19	94	0	65	16	5	0	78	0.93
20593997--20594059	22	2.9	22	92	2	110	19	28	42	9	1.82
20597572--20597601	8	3.8	8	95	0	51	50	26	0	23	1.50
20597829--20597869	11	3.8	11	84	12	50	70	0	29	0	0.87
20605937--20606021	43	2.0	43	95	0	152	12	12	24	49	1.76
20605952--20606019	24	3.0	24	60	27	58	14	13	25	47	1.80
20606809--20606836	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
20607864--20607937	28	2.6	28	93	0	121	27	36	14	21	1.93
20607966--20608069	40	2.6	40	83	3	111	32	23	18	25	1.97
20611439--20611534	25	3.8	25	81	4	113	26	19	28	26	1.99
20614823--20615016	99	2.0	99	96	0	361	34	17	15	32	1.91
20615361--20615431	33	2.2	33	94	0	124	28	28	18	25	1.98
20621218--20621242	13	1.9	13	100	0	50	28	48	16	8	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20623305--20623359	29	1.9	28	85	3	74	14	16	29	40	1.88
20625038--20625086	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
20641889--20642084	40	4.9	40	93	1	315	21	22	27	28	1.99
20649806--20650001	40	4.9	40	92	3	299	22	20	27	29	1.99
20654057--20654143	40	2.2	40	91	4	140	27	16	22	33	1.95
20654070--20654163	40	2.4	39	85	10	120	24	17	25	32	1.96
20656238--20656279	22	1.9	22	90	0	66	4	14	14	66	1.40
20657192--20657242	26	2.0	26	96	0	93	25	23	7	43	1.81
20657193--20657248	26	2.2	26	90	0	85	26	25	7	41	1.81
20657482--20657569	41	2.1	41	93	0	149	31	28	12	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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