genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63038261--63038613	155	2.2	155	84	6	424	41	6	21	29	1.79
63041002--63041049	25	1.9	25	91	0	78	25	22	25	27	2.00
63041252--63041495	27	9.0	27	85	4	305	23	21	20	34	1.96
63041255--63041496	81	3.0	81	87	3	344	23	21	19	34	1.96
63041488--63041540	26	2.0	26	89	7	81	35	13	15	35	1.86
63041498--63041684	27	7.2	26	72	16	99	32	9	19	39	1.84
63041514--63041694	54	3.5	51	74	15	158	31	9	20	38	1.84
63041575--63041620	19	2.5	19	96	3	85	32	13	21	32	1.92
63041594--63041697	27	3.9	27	75	5	102	30	6	21	41	1.79
63041676--63042066	27	14.7	27	81	4	402	40	8	20	30	1.82
63041948--63041989	20	2.1	20	90	0	66	42	4	19	33	1.72
63041894--63042043	74	2.0	74	92	0	246	42	6	20	31	1.76
63044059--63044128	25	2.8	25	88	0	86	25	22	22	28	1.99
63044331--63044533	27	7.6	27	84	3	230	24	21	18	35	1.95
63044359--63044553	80	2.4	81	84	5	243	24	18	18	37	1.94
63044332--63044556	107	2.1	109	84	3	285	24	19	18	36	1.94
63044539--63044690	27	5.7	26	81	9	155	28	8	21	40	1.83
63044507--63044690	54	3.4	52	81	9	181	28	9	22	39	1.86
63044683--63044999	27	11.7	27	85	1	348	42	8	20	29	1.81
63044655--63044993	81	4.2	81	84	1	403	41	8	19	30	1.81
63062552--63062685	43	3.1	42	86	5	171	32	24	18	24	1.97
63062562--63062713	43	3.5	42	81	5	117	32	25	19	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63083985--63084106	47	2.6	47	93	0	199	37	14	22	25	1.92
63084085--63084281	55	3.6	54	81	6	211	36	16	25	21	1.94
63084151--63084281	53	2.4	55	79	5	142	35	16	25	22	1.95
63090212--63090333	47	2.6	47	94	0	217	36	13	25	25	1.92
63090312--63090508	55	3.6	54	82	6	238	36	17	24	20	1.94
63092262--63092297	7	5.1	7	86	0	54	47	36	0	16	1.47
63092299--63092616	27	11.8	27	86	0	357	32	19	21	26	1.97
63092309--63092628	81	4.0	81	86	0	408	32	18	21	27	1.97
63092782--63092834	27	2.0	27	92	0	88	24	24	18	32	1.97
63092988--63093078	28	2.9	33	74	15	93	24	20	25	29	1.99
63100638--63100679	21	2.0	21	81	9	50	54	0	4	40	1.21
63100814--63100856	22	2.0	21	81	4	50	60	2	2	34	1.22
63102403--63102439	18	2.1	18	100	0	74	67	0	16	16	1.23
63103748--63103869	46	2.6	47	81	7	131	27	23	13	35	1.93
63118444--63118537	40	2.3	40	80	5	109	26	14	27	30	1.95
63124632--63124800	46	3.7	46	78	13	184	24	20	24	29	1.99
63124625--63124795	93	1.8	93	91	0	279	23	21	25	28	1.99
63132142--63132314	46	3.7	46	75	13	174	23	20	24	30	1.99
63132139--63132309	93	1.8	93	89	0	270	23	21	25	29	1.99
63136137--63136228	40	2.3	40	81	5	105	31	14	25	29	1.94
63137407--63137555	67	2.2	67	98	0	289	20	24	27	28	1.99
63139177--63139255	37	2.1	37	90	0	122	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63139376--63139811	47	9.1	47	94	1	683	28	31	8	31	1.87
63146848--63146975	29	4.5	29	93	1	206	32	25	11	29	1.91
63146848--63147004	57	2.7	58	86	3	194	32	26	12	28	1.92
63152076--63152251	46	3.8	46	76	4	192	29	28	20	21	1.98
63152084--63152255	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	20	1.98
63154628--63154703	15	5.1	15	81	7	84	57	11	17	13	1.64
63154628--63154716	30	3.0	30	77	8	92	58	13	15	12	1.64
63160381--63160405	13	1.9	13	100	0	50	8	28	32	32	1.86
63162632--63162860	112	2.0	112	99	0	449	43	23	13	19	1.87
63165927--63166040	39	2.9	39	92	0	192	21	21	30	26	1.98
63165927--63166084	78	2.0	78	80	4	176	22	20	28	29	1.98
63168315--63168353	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
63184704--63184816	43	2.7	41	79	8	120	26	25	16	30	1.97
63191517--63191700	67	2.8	64	76	8	176	29	16	30	23	1.96
63200924--63201142	39	5.6	39	87	1	296	30	17	24	27	1.97
63201981--63202005	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
63204103--63204161	24	2.4	25	80	2	66	28	22	20	28	1.98
63207570--63207777	40	5.2	40	84	9	241	23	20	27	28	1.99
63207566--63207787	80	2.8	80	87	7	310	24	20	27	27	1.99
63215344--63215561	40	5.5	40	87	2	298	23	22	27	26	2.00
63220332--63220465	49	2.7	49	81	6	164	22	28	20	28	1.99
63220528--63220652	47	2.7	46	81	7	153	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63220336--63220653	140	2.2	141	79	10	337	24	27	19	28	1.98
63223537--63223574	16	2.3	16	86	13	51	34	5	13	47	1.65
63234484--63234662	49	3.7	48	77	5	173	24	28	19	27	1.98
63234675--63234800	46	2.7	46	83	3	144	22	30	20	26	1.98
63236833--63236931	29	3.4	29	82	0	126	34	11	28	26	1.90
63238601--63238775	47	3.7	47	99	0	341	26	32	17	22	1.97
63238561--63238783	94	2.4	90	89	5	338	27	31	17	23	1.96
63245208--63245325	54	2.2	56	83	4	143	31	27	16	23	1.97
63246076--63246202	49	2.6	50	85	8	156	23	28	19	28	1.98
63246720--63246750	16	1.9	16	93	0	53	29	9	12	48	1.73
63249687--63249783	42	2.3	42	87	7	135	32	13	20	32	1.91
63252804--63252924	45	2.7	45	86	5	158	22	15	28	33	1.95
63257729--63257996	46	5.6	49	78	10	245	25	30	17	26	1.97
63257783--63258048	94	2.8	92	79	13	251	24	30	17	26	1.97
63257784--63258042	140	1.8	140	86	5	371	24	30	17	27	1.97
63260423--63260541	49	2.4	49	81	2	150	28	19	26	25	1.99
63263123--63263156	17	1.9	18	88	5	52	23	0	14	61	1.33
63263768--63263795	14	2.0	14	100	0	56	28	28	28	14	1.95
63263782--63263945	45	3.6	45	86	1	222	23	15	27	32	1.95
63266981--63267099	43	2.8	42	75	7	114	25	16	24	33	1.96
63272175--63272324	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
63272199--63272382	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63275195--63275256	28	2.3	27	83	5	81	38	14	19	27	1.90
63275300--63275442	46	3.1	46	72	20	136	29	30	18	22	1.97
63288067--63288166	43	2.4	41	79	11	114	24	19	26	31	1.98
63306340--63306403	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
63306596--63306716	24	5.0	24	89	8	174	27	20	20	31	1.98
63306769--63306849	19	4.2	20	90	3	130	33	20	9	35	1.86
63306771--63306847	39	2.0	39	92	5	129	35	22	7	35	1.83
63306773--63306847	5	15.6	5	72	18	61	36	22	6	34	1.81
63306886--63306933	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63314679--63314823	24	6.0	24	89	7	213	28	20	20	31	1.97
63314880--63314956	9	7.9	9	73	21	66	37	20	6	35	1.79
63314876--63314958	20	4.2	20	87	0	130	34	19	9	36	1.84
63314995--63315042	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63317033--63317222	27	7.0	27	75	5	161	37	17	14	30	1.90
63325207--63325231	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
63325705--63325882	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63325706--63325861	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63325702--63325882	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63332912--63333089	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63332913--63333068	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63332909--63333089	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63337215--63337416	54	3.8	54	82	2	192	38	18	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63337215--63337430	81	2.7	80	81	2	225	37	18	16	27	1.93
63337217--63337428	27	7.9	27	79	4	169	36	18	16	27	1.93
63341483--63341654	27	6.4	27	84	1	202	35	15	20	27	1.94
63341483--63341655	81	2.1	81	84	5	224	35	16	20	27	1.94
63347008--63347158	27	5.6	27	84	5	180	25	15	29	29	1.96
63347007--63347158	55	2.8	55	85	5	186	25	16	28	28	1.97
63347008--63347158	82	1.8	82	84	2	205	25	15	29	29	1.96
63354967--63355025	27	2.2	27	84	6	75	32	15	25	27	1.95
63355030--63355125	27	3.5	27	88	1	129	25	14	30	30	1.95
63362181--63362378	40	5.0	41	81	7	230	24	26	23	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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