genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45177787--45177963	35	5.1	34	82	6	212	39	29	14	15	1.88
45177787--45177963	70	2.5	70	87	5	250	39	29	14	15	1.88
45179743--45179772	16	1.9	15	93	6	51	43	3	6	46	1.46
45183883--45183956	36	2.1	36	94	0	130	28	22	21	27	1.99
45185879--45185921	21	2.0	21	86	8	61	41	0	23	34	1.55
45186603--45186813	33	6.5	33	80	4	176	36	12	22	29	1.90
45189025--45189062	17	2.2	17	100	0	76	60	5	23	10	1.50
45194241--45194518	33	8.5	33	84	4	244	35	11	22	30	1.90
45194265--45194427	66	2.5	66	92	5	276	36	9	23	30	1.87
45194436--45194548	33	3.5	33	80	1	129	33	15	23	27	1.95
45203303--45203462	43	3.7	42	78	4	140	24	17	26	31	1.97
45208707--45208880	94	1.8	95	85	1	242	29	19	28	22	1.98
45208707--45208867	48	3.4	48	84	3	209	28	19	28	23	1.98
45208895--45209005	49	2.3	49	80	3	125	33	19	21	25	1.97
45223487--45223671	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
45223468--45223671	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
45235904--45235999	39	2.5	39	92	0	156	13	26	23	36	1.92
45243425--45243596	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
45243422--45243591	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
45247983--45248392	227	1.8	228	91	0	678	27	10	17	43	1.82
45248441--45248471	16	1.9	16	93	0	53	9	9	6	74	1.23
45252197--45252244	14	3.5	13	75	13	51	33	6	6	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45253080--45253119	21	1.9	21	85	10	55	40	2	2	55	1.27
45253740--45253791	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
45255705--45255756	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
45259633--45259699	31	2.1	32	97	2	127	55	2	8	32	1.46
45260332--45260374	14	3.1	14	96	3	79	58	6	0	34	1.25
45260482--45260516	9	3.8	9	85	7	52	17	0	0	82	0.66
45261436--45261781	48	7.2	48	92	1	557	30	26	7	35	1.84
45265540--45265630	9	9.9	9	74	15	62	36	3	14	46	1.61
45265828--45265870	14	3.4	14	84	15	58	67	0	0	32	0.91
45265828--45265880	12	4.3	12	77	11	54	64	1	0	33	1.05
45265854--45266007	48	3.2	48	68	17	138	56	3	4	35	1.36
45265935--45265960	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
45265840--45266048	96	2.2	96	92	0	339	56	3	5	34	1.38
45265875--45266023	48	3.1	47	66	18	126	55	3	6	35	1.41
45269690--45270112	206	2.0	212	91	5	687	37	9	27	25	1.88
45270857--45270926	23	3.1	23	64	2	61	32	42	2	21	1.67
45270987--45271025	15	2.7	14	84	7	51	25	41	5	28	1.77
45270980--45271033	7	7.6	7	80	12	56	25	40	3	29	1.73
45270989--45271070	29	2.8	28	74	15	76	31	35	3	29	1.75
45271191--45271241	14	3.7	14	81	5	68	50	23	0	25	1.49
45271522--45271854	41	8.1	41	84	2	409	29	19	22	28	1.98
45271522--45271848	123	2.7	124	87	1	453	29	19	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45273141--45273219	39	2.0	40	97	2	151	40	10	10	39	1.73
45280868--45280892	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
45291032--45291070	20	1.9	21	89	5	62	35	15	0	48	1.45
45291242--45291408	43	4.0	42	76	9	178	29	28	17	23	1.97
45299065--45299255	50	3.8	51	81	2	208	26	18	25	29	1.98
45303127--45303151	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
45304493--45304681	50	3.8	51	81	2	204	25	17	25	30	1.98
45308508--45308566	27	2.2	27	87	3	84	35	27	10	27	1.89
45311620--45311992	192	1.9	192	86	0	530	35	21	13	28	1.92
45313753--45313777	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
45314892--45315055	43	3.8	44	75	12	162	25	15	27	31	1.96
45323030--45323345	157	2.0	157	99	0	623	31	6	19	42	1.76
45326644--45326789	40	3.7	40	83	7	172	23	21	27	26	1.99
45326644--45326822	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	26	1.99
45343316--45343490	46	3.8	45	76	7	163	29	28	19	22	1.98
45343324--45343495	93	1.8	93	88	0	263	29	29	19	22	1.98
45347049--45347080	16	2.0	16	93	0	55	25	3	12	59	1.48
45348069--45348128	27	2.2	28	87	3	86	36	25	20	18	1.94
45355176--45355215	19	2.1	19	90	0	62	45	12	7	35	1.70
45366682--45367001	46	6.8	46	74	10	199	27	19	28	24	1.98
45367988--45368048	28	2.2	28	85	5	79	21	16	40	21	1.91
45374306--45374525	46	4.8	45	77	10	189	28	20	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45385646--45385738	45	2.1	45	85	0	123	26	9	12	50	1.71
45388360--45388464	43	2.5	42	83	10	126	26	19	24	29	1.98
45389192--45389232	20	1.9	22	85	14	59	26	2	26	43	1.67
45392893--45393000	37	2.9	37	91	1	171	24	17	31	26	1.97
45394289--45394700	40	10.3	40	94	0	689	25	19	27	27	1.98
45394732--45394886	28	5.5	28	75	9	125	21	18	27	31	1.97
45394728--45394895	57	2.9	57	88	0	237	23	17	27	30	1.97
45394760--45394860	29	3.5	29	78	8	107	23	16	29	29	1.97
45397682--45397781	37	2.8	37	89	4	152	23	19	32	26	1.97
45408978--45409029	19	2.8	17	78	16	59	11	19	3	65	1.40
45408978--45409036	19	3.1	18	75	18	57	11	18	3	66	1.38
45412791--45412944	42	3.7	41	77	8	148	28	24	15	31	1.96
45414197--45414347	42	3.6	42	90	2	225	21	17	25	35	1.95
45420300--45420364	32	2.0	32	100	0	130	38	18	21	21	1.93
45422041--45422190	41	3.6	42	83	7	191	20	18	26	35	1.95
45423197--45423222	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
45429307--45429466	42	3.8	42	77	4	153	30	24	15	30	1.95
45429314--45429467	84	1.8	84	83	2	202	29	24	15	31	1.96
45430080--45430118	19	2.1	19	100	0	78	43	10	15	30	1.80
45441634--45441673	16	2.5	16	95	0	71	40	22	30	7	1.81
45441885--45442031	29	5.1	29	81	4	122	30	12	28	27	1.93
45441897--45442031	58	2.4	57	83	6	157	29	14	28	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45446817--45446849	17	2.1	17	88	11	52	45	36	0	18	1.49
45452162--45452193	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
45452406--45452941	50	10.7	50	72	7	368	32	24	16	26	1.96
45452406--45452935	101	5.3	100	75	5	413	32	24	16	26	1.96
45452398--45452941	151	3.6	151	89	1	847	31	24	16	26	1.96
45453290--45453336	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
45456613--45456674	28	2.2	28	85	0	79	35	22	16	25	1.94
45456876--45456902	12	2.2	12	100	0	54	59	7	7	25	1.51
45461145--45461169	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
45464476--45464670	68	2.9	64	78	7	158	31	16	28	24	1.96
45467153--45467259	35	3.1	35	87	0	106	30	11	22	35	1.89
45467165--45467340	35	5.1	35	85	3	221	29	13	22	35	1.92
45469171--45469197	11	2.5	11	100	0	54	11	7	29	51	1.64
45469184--45469277	40	2.3	40	80	5	100	32	13	21	31	1.92
45469210--45469285	40	1.9	40	83	0	98	36	15	19	27	1.93
45469834--45469884	24	2.1	25	92	3	86	43	0	13	43	1.44
45469838--45469893	25	2.2	25	84	6	69	41	0	12	46	1.42
45469894--45469948	14	3.9	14	82	0	65	25	0	30	43	1.55
45470014--45470067	21	2.5	22	78	3	65	22	0	40	37	1.54
45470014--45470124	14	7.6	14	70	9	53	23	1	38	36	1.66
45470102--45470170	7	9.7	7	76	9	59	20	0	36	43	1.52
45470490--45470767	135	2.0	137	84	5	362	36	12	21	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45470631--45470874	81	3.0	81	82	6	321	35	10	23	31	1.88
45471843--45471911	35	2.0	35	100	0	138	26	18	26	28	1.98
45475084--45475349	9	30.1	9	71	10	106	46	16	1	35	1.55
45475094--45475255	33	5.1	33	72	10	147	49	14	1	34	1.54
45475084--45475331	94	2.6	94	89	3	367	46	16	1	35	1.55
45475068--45475332	43	6.0	44	73	14	219	46	15	1	36	1.54
45480906--45480981	21	3.6	21	83	0	98	30	14	48	6	1.69
45481224--45481289	31	2.1	31	88	0	96	16	10	19	53	1.72
45489890--45490039	41	3.6	41	76	11	155	23	22	27	27	1.99
45489870--45490039	41	4.2	40	71	20	145	22	22	27	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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