genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22992432--22992456	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
23014238--23014318	38	2.1	38	97	0	153	45	17	7	29	1.75
23014496--23014538	17	2.5	17	100	0	86	53	16	13	16	1.73
23019649--23019795	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
23019692--23019822	40	3.3	40	88	2	192	29	27	19	23	1.99
23019695--23019875	80	2.3	80	83	9	210	28	27	20	23	1.99
23021568--23021609	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
23023462--23023523	25	2.5	25	86	0	88	29	22	19	29	1.98
23023512--23023563	24	2.2	24	82	6	61	26	21	23	28	1.99
23024236--23024364	64	2.0	64	100	0	258	31	18	10	39	1.85
23029713--23029779	29	2.3	29	84	0	89	28	32	16	22	1.95
23029713--23029789	29	2.7	29	83	0	82	25	33	18	22	1.96
23030585--23030632	19	2.3	21	82	10	64	56	0	27	16	1.41
23031922--23032053	27	4.9	26	81	9	149	33	22	24	19	1.97
23031922--23032056	54	2.5	53	87	3	191	33	22	24	19	1.97
23033651--23033755	26	4.0	26	91	0	174	34	25	6	33	1.82
23039905--23040063	27	5.9	27	79	10	173	34	21	23	20	1.96
23039905--23040066	54	3.0	54	89	2	229	34	21	24	19	1.96
23041657--23041764	26	4.2	26	93	0	189	35	25	8	30	1.86
23042288--23042319	9	3.8	9	84	16	50	6	0	37	56	1.25
23042288--23042319	16	2.0	16	100	0	64	6	0	37	56	1.25
23042781--23042976	100	2.0	100	91	0	320	41	10	15	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23043341--23043371	16	1.9	16	93	0	53	22	6	9	61	1.50
23044032--23044084	25	2.2	24	86	3	70	16	24	22	35	1.95
23055253--23055293	18	2.3	18	91	4	57	41	14	0	43	1.45
23058218--23058308	28	3.2	30	84	9	120	24	14	32	28	1.94
23058223--23058303	29	2.8	28	85	9	110	23	14	34	27	1.94
23061002--23061175	27	6.6	27	84	6	194	28	28	14	27	1.96
23061002--23061175	52	3.3	53	84	6	201	28	28	14	27	1.96
23077817--23077862	22	2.1	22	88	4	67	69	2	6	21	1.22
23083003--23083150	73	2.0	73	97	0	278	37	18	18	25	1.94
23088920--23089108	56	3.4	56	90	0	279	34	22	15	27	1.94
23094580--23094632	24	2.2	24	90	3	81	35	18	26	18	1.95
23097088--23097305	40	5.5	40	88	2	289	25	29	23	21	1.99
23102070--23102187	47	2.5	47	80	0	128	32	31	15	21	1.94
23108591--23108674	24	3.5	24	81	1	96	41	20	19	19	1.90
23113725--23113988	47	5.6	47	73	11	186	31	18	26	23	1.97
23115117--23115157	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
23116089--23116198	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
23117811--23117904	27	3.4	27	86	1	125	15	24	23	36	1.94
23117809--23117923	54	2.1	54	87	3	160	16	23	22	37	1.94
23123836--23123915	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
23123887--23124104	43	5.4	43	79	15	252	12	24	33	28	1.92
23124003--23124043	16	2.9	13	80	19	55	9	31	29	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23124013--23124056	16	2.8	16	100	0	88	11	31	31	25	1.91
23129981--23130152	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
23129973--23130148	46	3.8	46	80	10	205	28	28	21	21	1.98
23135511--23135685	46	3.8	45	77	7	190	28	29	20	21	1.98
23135519--23135690	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
23135516--23135705	46	4.1	46	71	15	133	28	28	20	21	1.98
23137625--23137800	43	4.1	42	89	4	248	11	22	32	32	1.91
23140720--23140771	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
23140797--23140830	16	2.1	16	100	0	68	41	35	0	23	1.55
23141432--23141601	27	6.3	27	83	0	214	25	20	19	35	1.96
23141432--23141601	54	3.1	54	89	0	259	25	20	19	35	1.96
23149323--23149382	30	2.0	30	93	0	102	23	10	26	40	1.86
23155591--23155633	21	2.1	20	86	4	59	39	4	9	46	1.57
23155771--23155851	39	2.1	39	92	0	135	27	12	19	40	1.87
23157841--23157885	10	4.5	10	91	5	56	66	2	11	20	1.33
23159477--23159539	25	2.6	23	76	14	63	71	1	3	23	1.09
23164875--23164937	30	2.1	30	100	0	126	15	9	28	46	1.78
23178251--23178309	16	3.7	16	83	0	73	50	20	18	10	1.75
23178523--23178607	29	3.0	29	89	1	118	30	15	28	25	1.96
23180672--23180724	16	3.3	16	83	0	79	52	22	18	5	1.66
23180943--23181061	29	4.1	29	96	1	213	29	13	28	28	1.94
23184841--23184879	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23185317--23185431	55	2.1	56	82	8	137	34	21	24	19	1.96
23185344--23185431	28	3.1	27	85	4	104	32	22	23	20	1.98
23185344--23185431	27	3.1	27	82	8	106	32	22	23	20	1.98
23185537--23185598	28	2.2	28	94	0	106	30	8	29	32	1.86
23186667--23186699	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
23189429--23189453	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
23192703--23192741	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
23193193--23193272	27	2.9	27	88	5	115	32	21	25	21	1.98
23193388--23193452	28	2.3	28	84	10	96	30	7	27	33	1.85
23194519--23194551	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
23202553--23202602	18	2.8	18	84	3	66	48	6	18	28	1.71
23202723--23202761	20	2.0	20	100	0	78	41	10	7	41	1.68
23202825--23202888	23	2.8	24	79	9	71	25	15	18	40	1.90
23210531--23210648	23	5.0	23	75	11	87	20	21	20	38	1.94
23210552--23210648	46	2.1	46	84	1	122	19	20	19	40	1.92
23215512--23215648	46	3.0	46	82	0	166	24	31	9	34	1.88
23215656--23215838	47	3.9	47	87	4	253	25	30	11	32	1.91
23215662--23215838	94	1.9	94	92	0	300	25	29	11	33	1.91
23215818--23215857	19	2.1	19	90	0	62	30	27	7	35	1.84
23215771--23215904	66	2.0	66	94	0	232	26	27	11	34	1.91
23215837--23215926	47	1.9	47	93	0	153	26	27	11	34	1.90
23219834--23219924	28	3.2	28	73	11	78	30	27	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23219942--23220176	40	5.9	40	93	1	393	26	25	22	25	2.00
23221662--23221792	46	2.8	46	81	0	145	25	32	9	32	1.89
23221800--23221982	47	3.9	47	87	5	246	25	30	11	32	1.91
23221806--23221982	94	1.9	94	91	2	293	25	29	11	33	1.91
23221962--23222001	19	2.1	19	90	0	62	30	27	7	35	1.84
23221915--23222048	66	2.0	66	92	2	225	26	27	11	34	1.91
23221981--23222070	47	1.9	47	93	0	153	26	27	11	34	1.90
23226014--23226056	17	2.7	15	80	16	50	48	9	9	32	1.67
23226021--23226069	18	2.8	18	84	3	64	46	8	14	30	1.73
23225960--23226215	142	1.8	142	93	1	451	46	7	14	31	1.71
23226163--23226210	18	2.7	18	93	3	80	52	4	14	29	1.60
23226434--23226490	22	2.6	23	78	15	66	29	17	17	35	1.93
23228592--23228633	22	2.0	22	90	4	68	21	14	26	38	1.91
23236593--23236815	104	2.2	103	93	2	376	31	31	19	17	1.95
23237144--23237207	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
23237151--23237207	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
23244163--23244386	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
23244715--23244778	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
23244722--23244778	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
23246998--23247038	22	1.9	21	95	5	73	43	0	31	24	1.54
23247906--23248043	48	2.9	48	84	0	177	26	21	23	28	1.99
23252618--23252886	136	2.0	136	95	0	484	31	14	24	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23262662--23262883	47	4.7	46	76	8	171	22	28	22	27	1.99
23262710--23262880	94	1.8	93	89	1	270	23	28	20	28	1.99
23262579--23262883	140	2.2	138	82	9	343	22	28	20	27	1.99
23269995--23270085	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
23269995--23270092	35	2.7	37	87	12	150	37	10	15	36	1.81
23278961--23279224	78	3.4	78	91	2	424	31	18	25	24	1.98
23279194--23279372	45	4.0	45	88	1	261	31	13	30	24	1.94
23279194--23279361	89	1.9	89	91	0	273	29	13	31	25	1.94
23281109--23281419	47	6.7	45	74	16	228	22	28	20	28	1.99
23281055--23281420	94	3.9	93	79	10	381	22	29	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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