genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82977618--82977652	18	1.9	18	94	0	61	48	8	5	37	1.58
82978090--82978156	34	2.0	34	96	0	125	44	8	8	37	1.67
82978201--82978264	13	4.9	13	75	11	60	37	20	4	37	1.74
82981244--82981295	27	1.9	27	100	0	104	32	25	7	34	1.84
82982035--82982075	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
82985109--82985234	63	2.0	63	96	0	234	35	19	10	34	1.86
82985295--82985351	28	2.0	28	100	0	114	61	0	7	31	1.23
82988294--82988398	56	1.9	56	80	9	126	35	19	24	20	1.96
82988319--82988398	27	2.9	27	84	5	97	33	20	23	22	1.97
82988319--82988408	27	3.2	27	79	7	92	34	22	22	21	1.97
82988514--82988580	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
82995519--82995598	27	2.9	27	86	5	106	33	20	25	21	1.97
82995714--82995806	28	3.3	28	95	0	159	29	7	26	36	1.84
82996058--82996088	8	3.9	8	95	0	53	6	25	25	41	1.79
82996893--82996936	5	8.8	5	80	9	54	79	0	20	0	0.73
82996893--82996936	20	2.2	20	91	0	70	79	0	20	0	0.73
83008825--83008912	30	2.9	30	91	0	140	32	12	23	30	1.92
83009285--83009561	47	5.9	48	76	9	182	28	17	29	23	1.97
83009294--83009537	93	2.6	93	86	3	321	29	17	28	24	1.97
83016976--83017290	47	6.7	47	71	12	200	27	17	29	25	1.98
83016976--83017290	93	3.3	92	80	5	301	27	17	29	25	1.98
83022889--83023015	27	4.7	27	81	0	137	36	15	18	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83023006--83023095	27	3.3	27	78	3	83	23	13	17	45	1.84
83029177--83029213	18	2.1	18	100	0	74	54	10	10	24	1.67
83029563--83029696	27	5.0	28	77	7	116	38	16	16	29	1.90
83030657--83032526	937	2.0	936	88	1	2800	40	21	18	19	1.92
83036920--83036949	15	1.9	16	93	6	53	43	23	0	33	1.54
83044534--83044640	42	2.5	43	87	1	153	26	18	25	29	1.98
83051381--83051405	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
83052521--83052635	43	2.7	43	81	6	137	24	19	26	30	1.98
83066562--83066587	13	2.0	13	100	0	52	7	30	7	53	1.57
83068573--83068679	53	2.0	53	94	0	187	22	7	15	54	1.66
83073952--83074075	27	4.6	27	81	6	133	40	18	8	33	1.80
83074056--83074140	27	3.1	28	75	14	97	24	18	9	47	1.78
83074136--83074278	27	5.3	26	73	12	110	38	22	10	28	1.87
83074134--83074275	54	2.7	53	76	10	146	38	22	10	28	1.87
83074143--83074298	81	1.9	81	84	5	208	41	20	10	28	1.85
83074176--83074299	27	4.6	27	83	6	144	42	22	7	27	1.80
83074176--83074377	54	3.7	54	77	6	183	41	19	8	30	1.81
83074277--83074354	29	2.8	28	75	19	81	44	16	6	32	1.73
83074277--83074362	27	3.1	27	73	17	86	40	16	8	34	1.78
83074404--83074481	27	2.9	27	75	11	70	38	19	20	21	1.94
83075105--83075152	25	1.9	25	86	0	69	31	18	16	33	1.94
83075180--83075213	16	2.3	15	90	10	52	38	8	17	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83075195--83075250	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
83075195--83075250	20	2.8	20	94	0	94	37	12	19	30	1.89
83075300--83075422	52	2.4	51	97	2	230	26	23	23	26	2.00
83075300--83075422	26	4.8	26	92	1	196	26	23	23	26	2.00
83075569--83075654	42	2.0	42	95	0	154	26	11	19	41	1.86
83077429--83077804	27	13.9	27	76	6	181	37	19	9	33	1.84
83077754--83077830	29	2.7	29	77	16	81	45	14	6	33	1.70
83077754--83077839	27	3.1	26	73	20	68	40	13	8	37	1.75
83077892--83077957	27	2.4	27	80	5	80	34	18	24	22	1.96
83078581--83078628	25	1.9	25	100	0	96	27	20	20	31	1.98
83078656--83078689	16	2.3	15	90	10	52	38	8	17	35	1.81
83078671--83078726	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
83078671--83078726	20	2.8	20	94	0	94	37	12	19	30	1.89
83078776--83078898	52	2.4	51	97	2	230	26	23	23	26	2.00
83078776--83078898	26	4.8	26	92	1	196	26	23	23	26	2.00
83079045--83079134	42	2.1	42	95	0	162	25	12	22	40	1.88
83081999--83082061	31	2.0	31	96	0	117	26	15	23	33	1.95
83105505--83105748	51	4.8	51	90	1	346	30	23	15	30	1.95
83105778--83105848	28	2.5	28	90	0	115	29	25	11	33	1.91
83108399--83108531	47	2.8	48	79	6	153	21	15	27	36	1.93
83113741--83113847	26	4.2	26	93	1	189	30	6	26	36	1.82
83115445--83115603	27	5.9	27	83	10	184	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83115442--83115603	54	3.0	54	91	2	247	19	24	21	34	1.96
83115445--83115603	81	2.0	80	85	6	214	19	24	21	34	1.96
83117024--83117059	18	1.9	19	88	5	56	66	8	2	22	1.31
83119416--83119670	43	6.0	43	85	1	217	31	27	15	25	1.96
83119434--83119701	86	3.1	86	85	1	351	31	28	14	25	1.95
83123569--83123686	41	2.9	41	76	2	121	27	21	12	38	1.90
83123788--83123846	7	8.0	7	83	7	55	42	0	3	54	1.17
83123803--83123848	23	2.0	23	86	0	65	34	0	4	60	1.16
83123800--83123847	8	6.2	8	87	4	55	35	0	4	60	1.16
83123788--83123847	15	4.0	15	76	8	59	41	0	3	55	1.16
83124307--83124352	21	2.2	21	88	0	65	43	32	4	19	1.71
83124538--83124579	21	2.0	21	90	0	66	47	33	0	19	1.49
83124649--83124751	53	1.9	53	98	0	197	39	16	8	34	1.80
83124869--83124980	40	2.8	40	83	2	154	30	21	21	26	1.98
83126680--83126749	27	2.5	28	84	9	81	35	22	22	18	1.95
83126680--83126769	28	3.2	28	77	13	96	33	23	23	20	1.97
83126877--83126940	28	2.3	28	91	0	101	31	9	28	31	1.88
83128008--83128040	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
83130408--83130440	16	2.1	16	100	0	66	36	27	18	18	1.94
83132224--83132268	23	2.0	23	100	0	90	31	22	15	31	1.95
83132726--83132947	50	4.6	49	78	12	185	24	29	18	27	1.98
83142014--83142095	32	2.5	31	82	7	92	15	35	28	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83144838--83144996	42	3.8	42	88	4	225	34	25	18	21	1.96
83144834--83144996	83	2.0	83	90	4	258	34	25	18	20	1.96
83148422--83148465	23	1.9	23	90	0	70	18	31	25	25	1.97
83148614--83148666	26	2.1	25	82	10	63	43	22	13	20	1.86
83148659--83148729	27	2.7	26	76	10	63	36	16	23	22	1.94
83148885--83148965	27	3.0	27	81	0	99	27	20	18	33	1.96
83149686--83149745	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
83150437--83150490	27	2.0	27	86	10	76	35	18	24	22	1.96
83150437--83150490	26	2.0	26	86	10	74	35	18	24	22	1.96
83151379--83151506	27	4.7	27	92	1	179	27	19	16	36	1.93
83155425--83155514	27	3.3	27	85	3	128	35	17	21	25	1.95
83155425--83155525	27	3.8	26	84	12	125	35	19	19	24	1.95
83155425--83155543	54	2.2	54	83	5	152	35	18	20	26	1.95
83156288--83156347	27	2.3	27	82	2	68	21	23	18	36	1.95
83163880--83164032	43	3.6	43	80	7	184	25	16	27	30	1.97
83186642--83186827	27	6.9	27	85	2	239	30	23	8	38	1.84
83186652--83186827	54	3.3	54	90	1	264	28	24	7	38	1.84
83186630--83186827	81	2.4	80	88	1	279	29	24	8	38	1.84
83186861--83187036	27	6.5	27	81	7	207	42	22	8	27	1.82
83186817--83187011	54	3.6	52	79	10	180	38	22	11	27	1.88
83186867--83187093	54	4.2	53	78	10	174	42	20	8	28	1.81
83186966--83187095	56	2.4	55	84	2	154	43	20	6	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83186992--83187099	27	3.9	27	73	13	85	42	19	7	30	1.78
83187140--83187213	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
83187153--83187217	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
83194252--83194358	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
83194295--83194425	40	3.3	39	84	4	172	29	27	19	23	1.98
83194298--83194471	80	2.2	80	81	10	196	28	27	19	25	1.99
83202124--83202270	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
83202170--83202350	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
83202167--83202350	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
83209193--83209235	5	8.6	5	87	10	61	76	0	0	23	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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