genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73681921--73681987	20	3.3	20	89	4	100	34	19	11	34	1.88
73689597--73689660	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
73689887--73689959	26	2.8	26	97	0	137	24	23	24	27	2.00
73690010--73690064	20	2.8	20	91	0	83	32	20	14	32	1.92
73690004--73690074	20	3.6	19	80	10	81	33	19	12	33	1.90
73693903--73693976	35	2.1	35	92	5	123	33	13	17	35	1.89
73695008--73695122	31	3.7	30	73	20	94	40	2	4	52	1.35
73695009--73695153	61	2.4	61	85	11	206	44	2	4	49	1.33
73698021--73698077	28	2.0	29	82	3	71	43	3	21	31	1.69
73698022--73698086	28	2.3	28	81	2	67	44	3	21	30	1.67
73702159--73702262	29	3.5	30	77	10	99	50	12	12	24	1.74
73702366--73702441	39	1.9	39	91	0	125	39	26	9	25	1.85
73713266--73713298	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
73716061--73716093	12	2.6	13	85	9	50	54	0	0	45	0.99
73719048--73719198	75	2.0	75	98	0	293	42	15	10	31	1.81
73726887--73727159	140	2.0	140	96	0	510	33	14	24	27	1.94
73729339--73729367	13	2.2	13	100	0	58	24	37	6	31	1.82
73729384--73729484	50	2.0	50	98	0	193	35	18	15	29	1.93
73729465--73729588	37	3.3	37	79	2	131	37	15	16	29	1.90
73736625--73736676	22	2.2	24	83	6	63	44	0	0	55	0.99
73740020--73740057	7	5.9	7	82	17	55	55	0	0	44	0.99
73740018--73740051	9	3.8	9	85	14	52	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73746580--73746610	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
73747820--73747872	16	3.4	16	75	15	56	47	16	26	9	1.77
73750877--73750912	16	2.2	16	100	0	72	27	11	36	25	1.90
73750830--73750961	65	2.1	64	95	2	239	31	9	30	28	1.88
73750733--73750896	47	3.4	47	97	1	301	31	8	30	29	1.87
73750734--73751027	159	1.8	159	97	0	561	32	8	29	29	1.86
73750783--73751008	112	2.0	110	97	1	425	31	8	30	29	1.88
73750893--73751078	47	3.9	47	88	1	264	33	8	30	27	1.87
73750741--73751079	159	2.1	159	90	2	511	32	8	30	29	1.86
73751197--73751275	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
73752716--73752762	19	2.5	19	86	3	60	31	14	34	19	1.92
73752843--73752942	29	3.5	27	76	14	94	26	15	33	26	1.95
73759632--73759701	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
73759577--73759728	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
73759578--73759733	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
73767610--73767675	33	2.0	33	90	0	105	36	16	15	31	1.90
73769742--73769802	5	12.4	5	81	13	56	0	27	0	72	0.85
73769739--73769804	33	2.0	34	93	3	116	0	30	0	69	0.88
73769739--73769804	9	7.9	9	76	19	63	0	30	0	69	0.88
73769739--73769803	4	15.8	4	73	23	55	0	29	0	70	0.87
73772195--73772267	36	2.0	36	100	0	146	30	5	21	42	1.76
73776520--73776644	48	2.6	48	83	2	135	26	28	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73783788--73783840	25	2.1	25	96	0	97	28	1	22	47	1.62
73787208--73787311	27	3.9	27	87	7	140	36	22	22	19	1.95
73793061--73793138	39	2.0	39	97	0	147	26	25	16	30	1.97
73807449--73807590	43	3.3	42	73	13	128	28	29	17	24	1.97
73808947--73809124	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73808968--73809123	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73817072--73817249	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73817093--73817248	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73829529--73829713	40	4.7	40	79	7	191	23	21	28	27	1.99
73829530--73829711	79	2.3	81	82	7	221	24	21	28	26	1.99
73829566--73829746	79	2.3	78	78	12	199	26	18	27	27	1.98
73833711--73833770	30	2.0	30	96	0	111	41	11	3	43	1.57
73833724--73833771	15	3.3	14	72	11	51	43	10	2	43	1.50
73837240--73837301	30	2.1	29	96	3	115	27	8	9	54	1.61
73837450--73837629	48	3.8	48	86	0	270	26	17	28	27	1.97
73837451--73837708	48	5.5	47	78	8	235	27	17	27	27	1.98
73837451--73837671	96	2.3	95	84	4	275	28	18	27	26	1.98
73852166--73852343	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73852167--73852322	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
73852163--73852343	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73860326--73860503	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73860327--73860482	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73860323--73860503	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73863573--73863710	57	2.4	57	90	0	213	29	20	17	32	1.95
73873467--73873515	19	2.5	20	80	6	55	51	0	14	34	1.43
73874051--73874250	57	3.5	57	86	5	244	31	18	18	32	1.95
73875115--73875347	113	2.1	113	92	1	387	27	20	27	24	1.99
73875946--73876015	35	2.0	35	85	2	95	30	12	20	37	1.90
73878894--73878939	20	2.3	20	81	7	58	10	34	17	36	1.85
73880301--73880357	27	2.1	27	83	6	71	38	24	21	15	1.92
73880446--73880564	58	2.1	58	88	0	175	31	28	17	21	1.96
73880655--73880711	27	2.1	27	96	0	105	35	22	22	19	1.96
73880924--73881038	54	2.1	54	80	0	122	27	15	21	34	1.94
73880963--73881248	27	10.2	27	79	10	252	25	18	19	36	1.95
73880963--73881137	91	1.9	91	90	0	278	25	18	21	34	1.96
73881295--73881661	27	13.7	26	80	6	321	31	8	19	39	1.83
73881233--73881661	81	5.3	81	81	3	472	31	8	20	38	1.83
73881297--73881657	54	6.7	54	83	3	410	32	8	19	39	1.82
73883299--73883448	41	3.7	41	84	1	212	28	28	22	21	1.99
73885097--73885157	27	2.3	27	81	13	81	24	6	24	44	1.77
73886309--73886347	20	2.0	20	89	0	60	48	0	25	25	1.51
73892571--73892615	25	1.9	22	86	13	63	37	28	13	20	1.90
73894289--73894329	5	8.6	5	86	13	52	0	24	0	75	0.80
73894294--73894329	9	4.0	9	86	13	56	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73894289--73894326	18	2.1	19	95	5	69	0	23	0	76	0.79
73895927--73896029	53	1.9	53	94	0	179	33	18	20	27	1.96
73903954--73904024	36	2.0	36	91	0	115	26	22	32	18	1.97
73904026--73904174	20	7.4	20	84	0	190	15	18	24	40	1.90
73904022--73904197	80	2.2	80	89	0	262	14	19	24	40	1.90
73904026--73904200	20	8.8	20	81	0	188	14	20	25	40	1.89
73904022--73904200	40	4.5	40	82	0	214	14	20	24	40	1.90
73904191--73904272	26	3.1	25	81	11	69	23	20	18	37	1.94
73904210--73904279	26	2.7	26	82	4	79	24	21	17	37	1.94
73915342--73915479	40	3.5	40	93	3	217	23	23	28	23	1.99
73916968--73917131	42	3.9	42	80	4	186	26	25	16	31	1.97
73920785--73921011	48	4.7	47	77	5	213	27	17	26	28	1.97
73920783--73921012	96	2.4	95	82	4	257	27	17	26	28	1.98
73928555--73928836	48	5.9	48	76	7	277	29	18	26	26	1.98
73939694--73940051	47	7.6	47	92	1	572	28	29	8	33	1.86
73942072--73942250	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
73943819--73943985	43	3.9	43	77	9	153	31	23	16	29	1.96
73947885--73948044	42	3.8	42	80	4	169	29	25	13	31	1.93
73952101--73952130	12	2.5	12	94	0	51	13	40	16	30	1.87
73966033--73966082	25	2.0	25	96	0	91	46	4	18	32	1.67
73969715--73969970	40	6.5	40	86	5	335	25	27	21	25	1.99
73969715--73969970	119	2.2	119	88	6	369	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73979253--73979390	40	3.5	40	81	8	165	41	26	16	15	1.89
73979371--73979411	21	2.0	21	90	0	64	46	19	17	17	1.85
73984364--73984520	43	3.7	42	84	10	185	22	19	27	31	1.97
73988310--73988366	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
74009414--74009505	27	3.4	27	82	5	114	29	22	6	41	1.79
74009537--74009613	27	2.9	27	80	7	93	40	22	7	29	1.82
74009537--74009633	27	3.6	26	78	10	81	43	22	7	26	1.79
74009643--74009698	27	2.1	26	83	9	69	37	12	12	37	1.81
74009752--74009811	26	2.3	27	80	8	70	36	16	25	21	1.94
74010619--74010688	25	2.8	25	84	0	86	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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