genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24205679--24205728	19	2.6	21	75	15	54	32	20	4	44	1.70
24210945--24211119	43	4.1	43	73	7	144	29	25	18	26	1.98
24213949--24214174	40	5.7	40	88	4	271	26	27	21	24	1.99
24224009--24224274	47	5.6	48	71	11	160	28	19	28	23	1.98
24226752--24226859	26	4.2	26	90	0	171	32	7	24	36	1.83
24228482--24228622	27	5.2	27	83	8	171	17	24	23	34	1.95
24228482--24228622	54	2.6	53	92	2	219	17	24	23	34	1.95
24229683--24230193	44	11.6	44	77	3	393	33	18	19	28	1.96
24231665--24231705	18	2.2	18	91	4	64	14	14	0	70	1.16
24232997--24233061	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
24234546--24234598	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
24237916--24238001	39	2.2	39	93	0	145	27	26	23	22	1.99
24246620--24246728	56	1.9	56	88	0	164	31	27	14	26	1.95
24252600--24252718	46	2.5	46	82	5	141	29	19	26	24	1.98
24252601--24252910	49	6.5	49	71	10	173	27	20	27	25	1.99
24253224--24253397	84	2.1	84	100	0	348	32	8	20	38	1.82
24259096--24259158	30	2.1	30	87	0	90	34	12	20	31	1.90
24259803--24259984	49	3.7	49	76	7	183	26	20	28	24	1.99
24259657--24259984	142	2.3	139	80	7	340	26	19	28	25	1.99
24262802--24262845	19	2.3	19	88	0	61	4	2	31	61	1.28
24263809--24263874	28	2.3	29	87	10	93	30	9	16	43	1.79
24266458--24266496	15	2.6	14	80	11	51	51	7	0	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24266584--24266652	10	7.1	9	74	12	57	57	2	7	31	1.40
24266592--24266646	19	2.8	19	81	10	67	56	1	9	32	1.41
24266584--24266652	29	2.4	29	80	4	77	57	2	7	31	1.40
24266816--24266843	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24267979--24268017	20	2.1	19	90	9	62	61	0	0	38	0.96
24268048--24268082	7	4.9	7	86	6	52	40	0	2	57	1.14
24270088--24270163	24	3.2	24	74	9	68	39	6	2	51	1.42
24270116--24270163	22	2.1	23	85	11	64	41	6	0	52	1.27
24270114--24270167	23	2.3	24	79	17	69	42	5	0	51	1.25
24271493--24271718	49	4.8	48	73	11	153	26	26	17	29	1.98
24271633--24271760	46	2.7	48	85	6	163	22	27	20	29	1.98
24275113--24275415	55	5.6	54	82	5	353	22	25	16	35	1.95
24275113--24275405	108	2.7	108	93	0	487	22	24	16	35	1.95
24275605--24275691	44	2.0	44	84	8	115	26	26	10	36	1.88
24276225--24276282	30	1.9	30	82	3	71	31	22	12	34	1.91
24279376--24279420	24	2.0	22	82	8	54	53	2	2	42	1.25
24279435--24279551	37	3.2	36	75	17	107	54	4	1	39	1.30
24288757--24288834	39	2.0	39	100	0	156	28	28	15	28	1.96
24290131--24290257	45	2.9	44	82	8	127	25	26	22	25	2.00
24290587--24290826	43	5.6	42	88	3	329	31	32	24	12	1.92
24290819--24290902	38	2.2	38	86	0	114	34	26	17	21	1.96
24294739--24294785	22	2.1	22	84	4	58	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24302551--24302588	19	2.0	19	100	0	58	36	10	15	36	1.82
24304820--24305024	40	5.1	40	83	4	227	26	26	20	25	1.99
24332416--24332835	40	10.6	40	91	1	646	23	24	28	23	1.99
24336918--24337140	47	4.7	47	96	0	401	32	13	29	25	1.93
24337345--24337457	37	3.1	37	94	0	190	22	18	30	28	1.97
24344539--24344687	40	3.7	39	87	5	201	22	23	28	24	1.99
24344539--24344687	79	1.9	80	84	6	205	22	23	28	24	1.99
24344539--24344713	40	4.4	39	86	5	194	23	23	28	24	1.99
24344539--24344713	79	2.2	80	82	8	198	23	23	28	24	1.99
24350175--24350305	65	2.0	65	96	0	244	41	17	16	25	1.89
24350308--24350364	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
24351616--24351701	42	2.0	42	95	0	154	56	9	26	6	1.56
24352291--24352334	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
24355087--24355203	58	2.0	58	98	0	225	32	28	13	25	1.94
24355102--24355192	28	3.2	28	62	17	69	34	27	13	25	1.93
24355116--24355205	28	3.1	28	62	12	65	33	26	12	27	1.92
24355152--24355410	44	5.9	44	92	2	362	25	30	20	24	1.99
24360082--24360267	55	3.4	54	80	7	198	24	24	17	34	1.96
24361514--24361774	47	5.6	45	75	13	208	21	30	20	27	1.98
24361510--24361774	94	2.8	92	77	11	297	21	30	20	27	1.98
24362997--24363116	47	2.6	47	84	0	168	23	20	15	40	1.91
24366280--24366357	34	2.3	34	88	4	113	30	21	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24371474--24371532	28	2.1	28	87	0	82	40	6	11	40	1.68
24371496--24371633	14	9.9	14	76	3	98	37	8	18	34	1.82
24371474--24371598	42	3.0	42	75	4	117	40	8	15	36	1.76
24371502--24371633	56	2.4	56	80	0	138	37	9	18	34	1.83
24373020--24373081	31	2.0	31	90	0	97	38	6	20	33	1.79
24373896--24373951	27	2.1	27	89	0	85	41	17	21	19	1.91
24375183--24375236	28	1.9	28	84	0	72	27	27	24	20	1.99
24381579--24381746	40	4.2	40	81	8	198	26	23	25	25	2.00
24381563--24381746	80	2.3	80	83	3	219	26	23	25	24	2.00
24383253--24383312	27	2.2	27	84	0	75	40	23	20	16	1.91
24383453--24383832	27	14.4	27	79	6	350	24	22	19	33	1.97
24383453--24383832	54	7.2	54	83	6	404	24	22	19	33	1.97
24383536--24383571	18	2.0	18	88	0	54	22	22	22	33	1.97
24383482--24383786	80	4.0	72	79	7	223	23	22	21	33	1.98
24383554--24383832	134	2.1	135	86	2	382	24	22	19	34	1.97
24385096--24385122	12	2.2	12	100	0	54	74	0	25	0	0.83
24427934--24427985	26	2.0	26	88	0	77	11	15	40	32	1.83
24439507--24439569	17	3.7	17	78	0	54	31	26	22	19	1.97
24441722--24441775	27	2.0	26	85	3	72	24	20	20	35	1.96
24449733--24449784	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
24449823--24449882	27	2.3	26	82	5	68	23	23	20	33	1.97
24469441--24469665	40	5.6	40	82	3	254	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24469447--24469635	83	2.3	80	85	2	243	23	22	27	26	1.99
24477812--24478036	40	5.6	40	84	3	281	23	22	28	26	1.99
24477818--24478036	83	2.7	80	85	5	273	23	22	28	25	1.99
24480981--24481023	19	2.2	19	83	8	50	18	30	0	51	1.47
24481670--24481784	29	4.0	29	82	6	128	27	15	28	27	1.96
24484185--24484220	14	2.6	14	95	0	63	30	16	36	16	1.91
24484713--24484743	16	1.9	16	93	0	53	51	32	6	9	1.60
24485366--24485408	19	2.2	19	83	8	50	16	27	2	53	1.55
24486048--24486147	29	3.5	29	81	1	112	29	15	27	29	1.96
24486061--24486170	58	1.9	57	83	5	141	27	15	29	28	1.96
24487036--24487074	15	2.6	15	87	0	51	30	2	5	61	1.31
24488679--24488774	40	2.5	38	81	6	120	38	38	9	13	1.77
24496093--24496179	43	2.0	43	97	0	165	37	18	10	33	1.85
24515073--24515131	28	2.1	28	84	6	75	23	28	5	42	1.75
24523294--24523406	59	1.9	60	87	1	165	38	13	4	43	1.64
24524348--24524515	40	4.2	40	83	3	214	23	21	27	27	1.99
24524363--24524524	80	2.0	79	88	5	238	23	20	27	28	1.99
24524752--24524793	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
24542113--24542162	25	2.0	25	84	4	64	40	12	10	38	1.76
24547324--24547390	22	3.0	22	80	8	73	26	28	29	14	1.96
24550822--24550896	6	12.7	6	83	6	91	77	0	4	18	0.92
24550822--24550896	29	2.5	30	87	6	100	77	0	4	18	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24555317--24555438	47	2.6	47	94	0	217	29	31	17	22	1.96
24557881--24557958	15	5.3	15	76	11	72	55	15	17	11	1.69
24557882--24557958	29	2.6	29	78	10	84	55	15	16	11	1.68
24557907--24557948	14	2.9	14	92	3	66	54	14	19	11	1.70
24572602--24572689	44	2.0	44	82	4	106	30	26	19	23	1.98
24574238--24574329	27	3.4	27	83	0	112	31	22	5	40	1.77
24574328--24574511	27	6.8	27	75	9	99	38	21	11	28	1.89
24574319--24574560	81	3.0	79	81	6	238	38	20	11	28	1.88
24574361--24574560	27	7.4	27	75	6	138	40	20	10	29	1.85
24574319--24574557	54	4.4	53	75	9	180	38	20	11	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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