genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86889247--86889276	14	2.1	14	100	0	60	56	0	20	23	1.42
86890143--86890192	18	2.9	18	80	19	63	40	0	0	60	0.97
86890143--86890236	15	5.9	17	73	15	60	41	0	0	58	0.98
86890156--86890230	26	3.0	24	69	18	62	45	0	0	54	0.99
86892260--86892351	27	3.4	27	86	5	107	35	22	20	20	1.96
86892278--86892351	27	2.7	27	95	0	130	33	24	20	21	1.97
86892501--86892654	27	5.7	26	79	7	98	24	20	19	35	1.95
86892514--86892654	54	2.6	53	84	3	176	24	20	18	36	1.94
86905300--86905470	43	4.0	43	76	11	165	32	25	16	26	1.96
86905320--86905432	41	2.7	43	81	9	133	31	24	15	27	1.96
86912975--86913014	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
86917608--86917644	18	2.1	18	100	0	74	45	10	21	21	1.82
86918107--86918260	43	3.6	42	76	10	143	25	18	25	30	1.98
86918107--86918242	43	3.2	42	83	4	157	27	18	23	30	1.97
86925606--86925759	43	3.6	43	79	6	188	25	17	24	32	1.97
86925590--86925728	43	3.3	43	79	8	131	24	15	24	35	1.94
86925596--86925759	85	1.9	85	85	4	224	25	17	23	33	1.96
86932832--86932856	11	2.3	11	100	0	50	24	0	16	60	1.36
86933361--86933430	29	2.4	29	92	0	113	18	18	28	34	1.95
86942436--86942471	18	2.0	18	94	0	63	22	25	38	13	1.91
86958709--86958841	63	2.1	63	95	0	239	32	20	9	37	1.85
86959194--86959250	30	1.9	30	92	0	96	31	28	8	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86961291--86961347	21	2.7	22	81	10	66	59	1	3	35	1.25
86968041--86968162	61	2.0	61	85	0	163	23	15	18	41	1.89
86972696--86972810	58	2.0	58	83	8	146	34	25	12	27	1.91
86975888--86975924	18	2.1	18	94	0	65	35	27	8	29	1.85
86988745--86988844	24	4.0	24	83	10	137	23	20	16	41	1.90
86988739--86988851	52	2.2	52	90	0	181	25	20	15	38	1.92
86991024--86991070	17	2.8	17	77	3	51	23	14	12	48	1.78
86996664--86996705	22	1.9	22	95	0	75	30	4	16	47	1.67
86997422--86997453	17	1.9	16	93	6	55	15	21	37	25	1.93
87014469--87014633	46	3.6	47	79	9	128	25	28	18	27	1.98
87014749--87014792	22	2.0	22	100	0	88	31	22	0	45	1.53
87014749--87014799	22	2.4	21	90	6	77	27	25	0	47	1.53
87016533--87016563	15	2.1	15	93	0	53	35	25	9	29	1.88
87016685--87016759	7	10.7	7	78	16	75	30	16	1	52	1.52
87022981--87023038	26	2.1	28	81	12	68	67	3	3	25	1.22
87030240--87030367	64	2.0	64	92	0	211	25	15	20	39	1.92
87036872--87037035	46	3.5	46	82	9	174	27	19	28	24	1.99
87036872--87037268	47	8.4	47	71	14	168	28	18	27	25	1.98
87039417--87039567	42	3.6	42	74	1	115	30	19	24	25	1.98
87041832--87041869	5	8.0	5	88	11	62	42	0	0	57	0.98
87041840--87041864	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
87041835--87041869	18	1.9	18	100	0	70	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87041832--87041877	23	2.0	23	91	8	76	41	0	2	56	1.11
87043294--87043355	31	2.0	31	93	0	106	32	16	22	29	1.95
87043681--87043720	21	2.0	21	85	5	55	22	0	25	52	1.47
87043934--87043976	23	2.0	21	86	9	59	13	34	30	20	1.92
87044071--87044108	19	2.0	20	84	5	51	34	0	18	47	1.49
87051987--87052123	63	2.2	63	82	2	168	28	31	8	31	1.87
87057333--87057409	38	2.0	38	87	0	109	29	24	14	31	1.94
87057294--87057452	85	1.9	85	82	3	205	32	22	14	30	1.94
87057382--87057551	47	3.6	47	84	0	214	33	20	14	32	1.92
87059814--87059853	15	2.7	15	88	0	62	55	10	17	17	1.69
87062902--87062931	14	2.1	15	93	6	53	50	20	0	30	1.49
87085705--87085766	33	1.9	32	86	3	88	51	4	0	43	1.23
87085988--87086041	21	2.6	21	81	0	72	29	31	5	33	1.80
87087695--87087812	41	2.9	41	91	1	175	32	20	26	21	1.97
87088429--87088477	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
87088767--87088815	7	6.9	7	90	4	80	24	0	30	44	1.54
87088760--87088839	36	2.2	36	82	2	99	23	1	28	46	1.60
87088759--87088932	7	24.6	7	76	6	73	20	0	35	43	1.57
87088824--87088896	21	3.5	21	84	3	85	16	0	43	39	1.48
87089054--87089106	14	3.7	14	80	5	61	41	3	15	39	1.65
87089252--87089309	14	4.0	15	77	18	61	50	0	0	50	1.00
87089246--87089305	13	4.3	13	74	15	57	46	1	0	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87089251--87089309	29	2.0	30	90	3	93	49	0	0	50	1.00
87089668--87089731	22	2.9	23	77	15	71	64	3	3	29	1.24
87089736--87089844	38	2.8	40	90	5	177	40	19	22	18	1.92
87092359--87092542	43	4.3	43	90	1	271	27	27	21	23	1.99
87093938--87094098	75	2.1	76	85	6	229	45	11	15	27	1.80
87094077--87094340	138	1.9	138	85	1	359	41	8	5	44	1.58
87097704--87097741	18	2.1	18	90	0	58	15	31	39	13	1.86
87105312--87105416	40	2.7	40	90	1	176	20	19	25	35	1.95
87111768--87111829	25	2.4	25	91	2	106	33	3	29	33	1.74
87112144--87112498	47	7.6	46	70	11	170	28	20	28	22	1.98
87112147--87112507	94	3.9	94	76	10	375	28	19	28	22	1.98
87112144--87112507	141	2.6	140	75	8	366	28	20	28	22	1.98
87118073--87118109	19	2.0	19	89	5	58	48	0	0	51	1.00
87119855--87119964	43	2.6	43	74	8	116	22	22	20	34	1.97
87125944--87126059	9	12.3	9	75	12	108	31	0	21	45	1.58
87125946--87126057	56	2.0	57	87	1	163	30	0	22	46	1.58
87125977--87126053	39	2.0	38	94	2	136	32	0	20	46	1.51
87126885--87126934	23	2.2	23	96	0	91	34	14	16	36	1.88
87129405--87129449	22	2.0	23	82	4	56	48	2	31	17	1.59
87129744--87129903	75	2.2	73	80	13	170	31	15	18	35	1.92
87130141--87130181	3	14.0	3	92	5	66	29	2	0	68	1.03
87130431--87130472	12	3.8	11	82	17	52	45	11	0	42	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87130702--87130744	21	2.0	21	86	8	61	32	2	20	44	1.65
87133063--87133116	27	2.0	27	100	0	108	22	18	22	37	1.95
87136826--87136864	20	1.9	21	84	5	53	25	5	23	46	1.73
87137703--87137737	16	2.2	16	100	0	70	34	5	11	48	1.63
87138632--87138791	26	6.2	26	89	0	257	34	6	22	36	1.79
87138632--87138791	52	3.1	52	96	0	284	34	6	22	36	1.79
87140376--87140516	27	5.2	26	84	6	174	17	25	24	33	1.96
87140376--87140516	54	2.6	53	92	2	228	17	25	24	33	1.96
87144492--87144547	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
87146134--87146272	27	5.1	27	80	6	149	16	23	23	36	1.94
87146134--87146256	54	2.3	54	84	0	183	15	25	23	35	1.94
87146134--87146272	54	2.6	53	80	4	179	16	23	23	36	1.94
87146258--87146313	21	2.3	27	65	34	70	25	21	17	35	1.95
87146266--87146315	21	2.4	21	100	0	100	22	24	20	34	1.97
87156218--87156484	133	2.0	133	97	0	507	37	12	19	30	1.89
87158529--87158579	25	2.0	25	92	0	84	50	17	1	29	1.57
87160805--87160857	13	3.6	15	78	16	58	28	0	1	69	0.99
87161045--87161124	23	3.5	22	74	16	74	38	7	1	52	1.38
87161035--87161131	46	2.1	45	88	7	142	38	6	1	54	1.32
87161486--87161539	28	1.9	28	85	7	74	53	1	5	38	1.35
87163328--87163372	18	2.5	18	85	0	54	44	6	11	37	1.66
87179367--87179530	81	2.0	83	87	3	242	50	6	18	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87184128--87184289	46	3.5	47	82	9	167	29	19	27	23	1.98
87184179--87184308	46	2.9	44	85	8	140	30	20	26	22	1.98
87186644--87186725	40	2.0	40	92	0	137	31	29	9	29	1.89
87198117--87198346	48	4.9	48	73	7	211	28	24	20	26	1.99
87198136--87198346	91	2.3	93	82	8	243	28	23	20	27	1.99
87217625--87217713	42	2.1	42	91	0	142	21	26	22	29	1.99
87225890--87226031	71	2.0	71	94	0	248	35	19	10	35	1.86
87231896--87231951	28	2.0	28	89	0	85	32	26	8	32	1.87
87231939--87232052	40	2.8	40	86	0	147	31	24	19	24	1.98
87248463--87248513	24	2.0	25	85	7	68	50	0	21	27	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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