genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77324813--77325018	27	7.6	27	85	3	128	34	22	7	34	1.83
77324797--77324910	54	2.1	54	80	0	129	29	22	9	37	1.86
77324824--77324954	54	2.4	54	87	0	181	28	21	9	41	1.83
77324932--77325195	81	3.3	79	82	5	287	40	21	7	29	1.82
77324946--77325178	27	8.7	26	83	5	259	42	21	7	28	1.80
77324932--77325206	54	5.1	54	76	11	171	40	22	8	29	1.82
77325321--77325409	27	3.3	27	85	4	119	34	19	26	19	1.95
77326213--77326343	52	2.6	51	91	4	205	29	21	21	27	1.98
77326213--77326343	26	5.2	26	85	2	171	29	21	21	27	1.98
77326554--77326632	31	2.5	31	93	0	140	31	18	22	26	1.97
77333018--77333106	39	2.3	39	90	0	133	29	23	20	26	1.99
77333480--77333608	54	2.4	53	85	14	185	31	1	3	63	1.21
77334515--77334539	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
77334587--77334684	49	2.0	49	94	4	171	30	18	21	29	1.97
77335494--77335544	21	2.4	21	86	0	66	33	39	19	7	1.81
77338754--77339004	126	2.0	126	88	1	378	26	17	15	39	1.90
77339051--77339138	28	3.0	29	73	5	79	43	17	0	39	1.49
77339098--77339165	34	2.0	34	85	2	93	44	17	0	38	1.49
77339174--77339226	22	2.4	22	83	0	70	37	16	1	43	1.60
77339088--77339701	107	5.7	107	90	0	960	42	18	1	37	1.61
77339282--77339441	22	7.4	22	71	10	96	43	18	0	38	1.50
77339312--77339380	34	2.0	34	83	5	86	44	15	0	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77339088--77339700	215	2.9	213	92	1	1019	41	18	1	37	1.61
77339088--77339684	322	1.9	322	90	0	971	42	18	1	37	1.60
77339422--77339486	34	1.9	34	90	3	105	41	16	1	40	1.58
77339496--77339566	22	3.1	23	86	10	92	40	18	1	39	1.59
77339528--77339594	34	2.0	33	85	2	89	41	17	1	38	1.59
77339603--77339655	22	2.4	22	83	0	70	37	15	0	47	1.45
77339668--77339730	24	2.8	22	81	9	81	44	15	1	38	1.57
77345953--77346007	21	2.7	21	78	13	69	38	3	5	52	1.42
77356729--77356820	40	2.3	40	81	12	109	31	16	25	27	1.96
77358393--77358481	40	2.2	40	84	4	108	32	13	23	30	1.93
77363398--77363709	46	7.0	46	83	6	372	38	15	24	21	1.92
77363453--77363709	84	3.0	85	83	6	302	39	15	24	20	1.91
77363409--77363665	130	2.0	130	98	0	496	37	15	25	21	1.93
77363970--77364016	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
77368488--77368517	11	2.6	12	89	10	53	46	0	53	0	1.00
77373691--77373995	150	2.0	150	92	1	513	40	6	34	18	1.76
77374012--77374128	36	3.2	36	87	2	164	32	8	30	28	1.87
77374065--77374124	18	3.3	18	65	17	52	35	5	31	28	1.79
77381725--77381766	18	2.4	17	84	7	57	45	2	14	38	1.58
77383922--77384070	43	3.4	43	82	3	165	31	26	16	26	1.96
77383956--77384070	44	2.7	43	85	5	151	33	26	16	24	1.96
77387315--77387353	18	2.2	18	90	0	60	69	0	5	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77388558--77388596	10	3.7	10	80	12	51	53	2	0	43	1.14
77388901--77388927	5	5.4	5	100	0	54	40	18	18	22	1.91
77389940--77389976	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
77390027--77390061	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
77394247--77394292	22	2.1	22	100	0	92	34	19	4	41	1.71
77395411--77395543	49	2.7	49	84	0	176	30	13	27	29	1.94
77397066--77397113	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
77398920--77399019	42	2.4	42	86	3	130	26	12	31	31	1.92
77399123--77399184	10	5.8	10	73	19	54	79	0	0	20	0.74
77399122--77399184	22	2.9	22	79	13	76	77	0	0	22	0.76
77399138--77399182	7	6.9	7	85	12	60	77	0	0	22	0.76
77399123--77399185	19	3.5	18	81	12	76	79	0	0	20	0.73
77399123--77399173	7	7.0	7	79	16	50	78	0	0	21	0.75
77402900--77402947	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
77403691--77403723	17	1.9	17	100	0	66	39	30	12	18	1.87
77408848--77408909	28	2.2	28	91	0	97	32	27	8	32	1.86
77409014--77409099	28	3.1	28	93	3	138	22	24	22	31	1.98
77410182--77410215	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
77416699--77416763	28	2.3	28	89	0	94	33	27	7	30	1.85
77416869--77416959	28	3.2	28	92	4	139	21	23	23	31	1.98
77416869--77416970	28	3.6	28	89	1	132	22	24	21	31	1.98
77416869--77416984	56	2.1	55	80	9	128	20	23	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77420715--77420775	32	1.9	32	86	0	86	45	13	11	29	1.78
77422255--77422298	4	11.0	4	100	0	88	25	0	25	50	1.50
77423392--77423441	24	2.1	24	96	0	91	34	0	20	46	1.51
77441775--77442379	323	1.9	323	92	0	1032	39	17	13	29	1.88
77451911--77452012	37	2.8	38	82	8	122	38	15	7	38	1.77
77452358--77452499	40	3.6	38	72	10	108	28	23	18	29	1.98
77452876--77452967	33	2.7	34	81	6	89	27	25	15	32	1.95
77453866--77453891	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
77453828--77453903	33	2.3	34	77	20	81	55	3	1	39	1.27
77455429--77455470	19	2.2	19	100	0	84	26	11	19	42	1.85
77462439--77462582	56	2.5	57	86	2	200	31	19	8	40	1.81
77462570--77462595	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
77469595--77469646	16	3.1	16	81	10	68	30	1	25	42	1.66
77469620--77469730	39	2.9	39	94	1	188	32	2	20	44	1.66
77473648--77473831	67	2.8	64	76	7	183	30	17	29	22	1.97
77489879--77489920	22	1.9	22	95	0	75	30	11	30	26	1.92
77495061--77495113	18	2.9	18	82	0	61	37	13	11	37	1.80
77495251--77495359	48	2.3	48	90	3	166	36	28	17	17	1.93
77495853--77495891	16	2.5	15	84	8	51	0	30	7	61	1.24
77499907--77499970	13	4.8	14	78	5	53	45	1	18	34	1.59
77499894--77499966	27	2.7	27	76	6	67	41	1	20	36	1.61
77499884--77499972	40	2.2	40	88	6	135	43	1	20	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77506050--77506109	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
77508607--77508787	40	4.6	40	88	2	258	24	22	26	25	2.00
77510646--77510684	20	2.0	20	100	0	78	28	15	25	30	1.96
77516768--77516946	39	4.6	40	88	4	258	24	23	26	25	2.00
77516768--77516946	79	2.3	79	88	4	256	24	23	26	25	2.00
77519325--77519367	19	2.4	17	76	7	50	58	2	0	39	1.11
77522593--77522644	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
77527042--77527093	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
77529492--77529556	29	2.2	29	83	5	78	56	0	3	40	1.15
77529717--77529766	17	2.9	18	74	11	52	34	0	0	66	0.92
77529748--77529804	20	2.7	21	75	8	71	24	1	1	71	1.04
77530311--77530420	54	2.0	54	100	0	220	43	10	5	40	1.63
77532327--77532511	49	3.7	49	78	2	217	28	25	18	27	1.98
77532332--77532511	100	1.8	100	93	0	315	28	25	18	26	1.98
77538069--77538218	37	4.1	37	94	0	246	27	30	18	23	1.98
77538423--77538605	47	3.9	47	88	2	271	26	28	12	33	1.92
77554600--77554672	38	1.9	38	83	5	94	28	28	23	19	1.98
77554840--77554907	17	3.9	18	83	9	70	35	22	1	41	1.63
77554830--77554911	34	2.4	33	78	13	96	34	20	1	43	1.60
77554859--77554907	11	4.4	11	78	14	55	38	22	0	38	1.54
77556017--77556054	17	2.2	18	81	13	53	0	15	5	78	0.91
77556023--77556059	17	2.2	17	90	0	56	2	16	2	78	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77556080--77556118	3	13.0	3	84	10	53	61	2	0	35	1.10
77556246--77556287	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
77561355--77561393	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
77568782--77568820	21	1.9	20	84	5	51	43	20	0	35	1.52
77584363--77584433	4	17.8	4	72	16	51	2	19	2	74	1.07
77584371--77584433	26	2.6	24	85	7	83	3	20	3	73	1.12
77584378--77584437	23	2.7	22	76	14	70	5	18	3	73	1.16
77590952--77590985	17	2.0	17	88	0	50	32	14	2	50	1.58
77590979--77591052	37	2.0	37	82	10	89	22	10	5	60	1.50
77593762--77594504	47	15.6	47	92	2	1189	33	8	29	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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