genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  93  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29788890--29788918	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
29790823--29790850	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
29805688--29805817	43	3.0	41	77	6	134	23	17	27	30	1.97
29807804--29808124	48	6.7	48	79	6	339	27	18	29	24	1.98
29807798--29808124	96	3.4	96	90	0	501	27	18	29	25	1.98
29810899--29811020	59	2.1	59	100	0	244	35	9	19	35	1.85
29813747--29813918	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
29813740--29813915	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
29824734--29824769	15	2.4	15	100	0	72	27	25	11	36	1.90
29842766--29842852	22	3.9	23	77	15	92	34	20	22	21	1.97
29842766--29842851	45	1.9	44	84	11	113	33	20	23	22	1.97
29847203--29847382	48	3.8	48	87	0	252	26	17	28	27	1.97
29847196--29847409	96	2.2	96	81	3	234	27	17	27	27	1.98
29848991--29849076	19	4.5	19	97	0	163	20	20	41	16	1.90
29850031--29850090	29	2.1	30	84	6	79	43	1	23	31	1.64
29856827--29856879	26	2.0	26	96	0	97	16	13	22	47	1.82
29886522--29886704	40	4.6	40	93	0	303	26	22	28	21	1.99
29894886--29895068	40	4.6	40	93	0	303	26	22	28	21	1.99
29905007--29905042	18	2.0	18	100	0	72	55	16	5	22	1.62
29907659--29907848	43	4.4	43	86	4	258	34	24	13	27	1.93
29910067--29910105	10	3.8	10	86	6	60	35	17	15	30	1.91
29910066--29910105	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29910201--29910247	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
29915257--29915299	17	2.5	17	96	0	77	13	30	34	20	1.92
29915634--29915672	10	3.8	10	83	6	51	33	17	15	33	1.92
29915633--29915673	21	2.0	21	95	0	73	36	17	14	31	1.90
29915719--29915788	25	2.8	24	85	8	86	27	22	21	28	1.99
29915719--29915801	25	3.4	25	79	17	70	30	20	21	27	1.98
29925814--29925944	65	2.0	65	98	0	253	24	29	16	30	1.96
29928134--29928344	40	5.3	39	86	2	208	22	20	28	27	1.99
29934870--29934983	27	4.2	27	83	5	133	34	20	24	21	1.97
29934870--29934984	55	2.1	54	84	6	153	34	20	24	20	1.96
29936145--29936199	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
29937523--29937647	56	2.2	56	88	2	189	27	27	13	32	1.94
29937639--29937701	27	2.3	27	83	0	72	25	23	9	41	1.85
29937764--29937968	31	6.5	31	89	2	304	25	28	18	27	1.98
29937973--29938073	33	3.1	33	79	9	109	27	23	12	35	1.92
29937985--29938073	33	2.7	33	84	1	117	24	22	13	39	1.90
29939766--29939840	31	2.4	31	76	14	73	54	4	0	41	1.19
29940205--29940242	19	2.1	19	85	14	53	13	13	2	71	1.26
29942459--29942533	31	2.4	31	76	14	73	54	4	0	41	1.19
29951731--29951839	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
29951985--29952266	98	2.9	98	94	2	489	31	26	6	35	1.83
29951985--29952267	48	5.8	48	90	5	453	31	26	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29952237--29952477	47	5.1	47	91	0	338	26	29	10	32	1.90
29952305--29952382	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
29952330--29952448	23	5.1	22	64	28	59	25	30	12	31	1.93
29960646--29960705	24	2.5	24	86	2	84	18	20	18	43	1.88
29960687--29960763	24	3.2	24	75	10	93	20	23	16	38	1.92
29960696--29960827	25	5.4	25	68	13	94	21	21	17	38	1.93
29960687--29960821	49	2.8	49	91	2	218	22	22	16	39	1.92
29968762--29968876	25	4.6	25	79	4	115	23	24	18	33	1.96
29968761--29968876	50	2.3	50	83	2	153	23	25	18	33	1.96
29974135--29974381	49	5.0	50	82	2	300	24	18	27	29	1.98
29974240--29974323	28	3.2	27	65	25	72	23	15	29	30	1.95
29980354--29980479	24	5.2	23	80	11	87	25	21	18	34	1.96
29980369--29980479	49	2.2	51	85	7	165	25	19	17	37	1.93
29980382--29980501	49	2.5	48	82	15	149	25	17	19	37	1.93
29980368--29980501	24	5.4	26	82	11	151	25	18	18	37	1.94
29989498--29989551	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
29989552--29989697	27	5.4	27	86	0	193	23	18	20	37	1.94
30001162--30001273	46	2.5	44	82	7	127	30	16	25	26	1.97
30001247--30001422	99	1.8	96	85	6	246	27	18	28	26	1.98
30001295--30001426	47	2.8	47	81	8	151	27	18	28	25	1.98
30001252--30001425	49	3.6	47	76	11	165	27	18	28	26	1.98
30003608--30003649	14	2.7	15	89	10	59	54	14	0	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30006282--30006351	35	2.0	35	94	0	122	32	18	15	32	1.93
30018047--30018083	17	2.1	18	90	5	58	67	0	0	32	0.91
30018207--30018280	36	2.1	36	100	0	148	41	13	5	39	1.67
30023123--30023172	21	2.3	22	83	13	68	42	0	0	58	0.98
30025129--30025514	196	2.0	196	86	3	544	31	22	12	33	1.92
30025914--30026011	30	3.3	30	73	4	90	27	25	16	30	1.96
30028576--30028643	21	3.2	20	81	8	73	73	4	19	2	1.13
30028576--30028643	5	13.0	5	75	18	52	73	4	19	2	1.13
30028691--30028721	12	2.6	12	94	0	53	45	9	16	29	1.79
30028724--30028805	30	2.7	30	81	5	94	63	1	21	13	1.36
30033079--30033250	49	3.5	48	76	5	159	27	20	27	24	1.99
30046336--30046383	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
30046332--30046383	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
30046331--30046387	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
30046537--30046585	25	2.0	25	87	0	71	51	4	8	36	1.51
30046616--30046677	25	2.5	25	83	0	79	64	0	3	32	1.09
30046618--30046668	14	3.9	13	73	17	52	64	0	3	31	1.11
30046551--30046689	27	5.3	27	70	11	85	56	2	7	32	1.43
30047247--30047330	30	2.8	30	75	10	82	21	4	44	29	1.73
30047286--30047405	30	4.0	30	94	0	204	20	3	49	27	1.64
30048088--30048271	101	1.8	101	81	4	228	42	19	14	23	1.87
30048174--30048222	13	3.6	13	80	5	53	63	6	8	22	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30048280--30048311	14	2.3	14	100	0	64	62	6	12	18	1.50
30048141--30048489	192	1.8	188	90	2	563	38	18	16	26	1.91
30048403--30048694	75	3.8	74	79	7	282	31	20	19	28	1.97
30060370--30060417	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
30060366--30060417	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
30060365--30060421	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
30060571--30060619	25	2.0	25	87	0	71	51	4	8	36	1.51
30060655--30060788	25	5.6	25	68	15	86	56	2	5	35	1.34
30061275--30061439	30	5.5	31	85	2	180	22	3	46	27	1.68
30066539--30066696	38	3.9	38	77	13	172	29	15	24	29	1.96
30066483--30066689	85	2.4	85	95	0	369	30	15	23	30	1.95
30068426--30068473	21	2.3	20	79	10	53	47	2	2	47	1.25
30070837--30071060	40	5.6	40	86	4	299	24	23	26	25	2.00
30070841--30071060	83	2.7	80	87	6	286	24	23	26	25	2.00
30078401--30078439	12	3.1	12	86	13	60	0	2	10	87	0.65
30084770--30085113	41	8.4	42	78	8	316	37	18	16	27	1.93
30084771--30085113	82	4.2	82	82	8	394	37	18	16	27	1.93
30084766--30085073	123	2.5	123	80	6	354	37	17	17	27	1.93
30085624--30085663	21	1.9	21	85	10	55	10	0	35	55	1.34
30085703--30085762	15	3.9	15	76	10	68	21	0	36	41	1.54
30085698--30085766	22	3.1	22	80	12	72	21	0	36	42	1.53
30085701--30085763	8	8.4	7	78	15	56	20	0	36	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30086811--30086857	19	2.7	17	75	15	51	34	27	0	38	1.57
30086809--30086857	17	2.8	17	74	14	55	34	26	0	38	1.57
30087279--30087305	8	3.4	8	100	0	54	33	0	11	55	1.35
30089207--30089281	25	3.0	25	90	0	105	10	40	18	30	1.85
30090525--30090828	9	34.1	9	67	16	116	46	14	2	36	1.59
30090522--30090825	16	19.2	16	72	12	146	47	13	2	36	1.59
30090527--30090830	62	4.8	63	80	6	332	46	14	2	36	1.59
30090670--30090794	46	2.7	46	92	2	214	47	14	2	36	1.57
30099712--30099843	70	1.9	70	88	0	201	29	10	20	39	1.86
30100616--30100786	43	4.0	43	84	1	218	26	21	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332