genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62686998--62687084	29	3.1	29	86	3	115	29	28	12	28	1.93
62688066--62688091	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
62697204--62697329	46	2.7	46	95	0	216	21	20	26	30	1.98
62704723--62704848	46	2.7	46	93	0	216	20	19	27	31	1.97
62709722--62709851	50	2.6	49	88	1	188	31	26	16	25	1.96
62709722--62709905	101	1.8	99	83	4	244	29	26	18	26	1.98
62712512--62712576	15	4.4	15	77	9	71	61	15	13	9	1.56
62712512--62712580	30	2.3	30	80	7	88	59	18	13	8	1.59
62715572--62715761	50	3.8	49	81	4	202	30	25	17	26	1.98
62715586--62715769	101	1.8	99	83	4	244	30	26	17	25	1.98
62719241--62719305	28	2.3	29	86	2	87	43	1	26	29	1.64
62727789--62728020	27	8.6	27	86	4	243	31	27	14	26	1.95
62727789--62728020	54	4.3	54	84	4	297	31	27	14	26	1.95
62756500--62756712	80	2.7	76	79	8	207	34	21	15	28	1.94
62756502--62757281	287	2.7	281	80	13	797	34	20	15	29	1.94
62757044--62757392	76	4.6	77	72	13	249	33	20	14	32	1.92
62765686--62765732	20	2.3	20	89	7	69	36	10	21	31	1.88
62765782--62765930	25	5.8	26	91	1	223	27	21	22	28	1.99
62771441--62771487	20	2.3	20	89	7	69	36	12	19	31	1.89
62771534--62771630	26	3.8	26	95	1	162	25	21	24	27	1.99
62771534--62771630	51	1.9	51	91	4	160	25	21	24	27	1.99
62794492--62794554	33	1.9	32	87	3	90	36	17	23	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62801840--62801874	16	2.2	16	100	0	70	31	22	20	25	1.98
62825019--62825082	33	2.0	33	84	9	87	29	26	18	25	1.98
62829732--62829829	27	3.5	28	84	2	117	27	12	27	32	1.92
62834013--62834231	40	5.5	40	87	2	305	18	21	28	31	1.97
62834005--62834231	120	1.9	120	87	1	339	18	21	27	32	1.97
62834798--62834870	36	2.0	36	100	0	146	21	5	19	53	1.65
62837626--62837819	49	4.0	49	79	7	214	28	26	19	25	1.98
62837642--62837820	47	3.7	47	79	6	171	28	27	18	25	1.98
62837642--62837820	98	1.8	96	86	2	259	28	27	18	25	1.98
62841340--62841395	28	2.0	29	85	3	78	46	1	26	25	1.63
62841762--62841808	24	2.0	24	84	12	62	70	0	17	12	1.17
62842530--62842564	2	17.5	2	93	0	52	48	5	0	45	1.26
62843319--62843523	27	7.6	27	84	4	243	28	14	28	29	1.95
62873151--62873269	59	2.0	59	96	3	222	18	14	30	36	1.90
62882825--62882971	43	3.4	43	78	5	154	30	14	23	30	1.95
62883398--62883744	171	2.0	179	94	5	629	25	7	31	35	1.84
62884587--62884626	21	2.0	20	90	5	62	20	20	40	20	1.92
62884979--62885025	20	2.3	20	89	7	69	36	10	21	31	1.88
62885075--62885198	26	4.8	26	86	4	162	26	20	21	30	1.98
62890626--62890675	25	2.0	25	88	0	73	28	22	22	28	1.99
62890711--62890757	20	2.3	20	89	7	69	36	12	19	31	1.89
62890807--62890903	26	3.8	26	95	1	162	25	21	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62890807--62890903	51	1.9	51	91	4	160	25	21	24	27	1.99
62904995--62905076	39	2.1	39	97	0	155	24	31	24	19	1.98
62910612--62910771	39	4.1	39	95	0	293	24	30	24	20	1.99
62916795--62916979	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
62916795--62916979	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
62918854--62918904	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
62926188--62926248	31	1.9	32	86	3	88	36	18	24	21	1.95
62926193--62926330	67	2.0	67	84	5	177	31	21	26	20	1.97
62939342--62939564	40	5.6	39	85	5	261	21	22	28	26	1.99
62939342--62939564	80	2.8	80	90	0	329	21	22	28	26	1.99
62939342--62939598	120	2.2	119	84	6	326	22	22	28	25	1.99
62947602--62947777	46	3.8	45	77	10	185	21	21	28	28	1.98
62947599--62947769	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.99
62950688--62950763	15	5.3	15	78	12	79	10	18	14	56	1.66
62952666--62952841	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
62952663--62952833	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
62955752--62955830	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
62955743--62955829	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
62957733--62957908	46	3.8	45	77	10	185	21	21	28	28	1.98
62957730--62957900	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.99
62959577--62959752	46	3.8	46	75	5	176	21	19	28	30	1.98
62959574--62959744	93	1.8	93	88	2	263	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62967642--62967826	79	2.3	82	81	7	211	24	27	23	25	2.00
62967623--62967826	40	5.1	40	78	8	211	24	26	23	25	2.00
62984449--62984600	67	2.3	65	80	7	166	28	17	31	21	1.96
62991189--62991296	37	2.9	37	94	0	180	25	30	21	22	1.98
62991415--62992535	47	23.6	47	93	1	1819	28	29	9	33	1.88
63001399--63001484	43	2.0	43	100	0	172	18	9	39	32	1.83
63002644--63002716	38	1.9	38	88	0	110	34	24	17	23	1.96
63008662--63008783	42	2.8	41	77	10	120	33	26	17	22	1.96
63008636--63008805	86	2.0	85	82	3	207	34	24	17	24	1.96
63008759--63008886	66	1.9	66	90	0	202	39	23	15	21	1.92
63010362--63010489	39	3.0	44	78	12	151	32	27	17	21	1.96
63014122--63014229	25	4.3	25	84	2	119	27	25	19	27	1.99
63014135--63014229	50	1.9	50	87	8	140	28	24	22	25	1.99
63015660--63015822	87	1.9	87	96	0	299	29	28	21	20	1.98
63015710--63015776	20	3.3	20	72	12	73	29	28	20	20	1.98
63015655--63015821	46	3.7	46	88	7	263	29	27	21	20	1.98
63015657--63015840	46	4.1	44	80	9	176	29	28	21	21	1.98
63016242--63016301	30	2.0	30	86	0	84	28	25	10	36	1.88
63021244--63021447	30	6.8	30	92	1	329	25	48	3	23	1.68
63021309--63021362	29	2.0	24	83	16	63	22	48	1	27	1.61
63021244--63021447	89	2.3	90	93	1	365	25	48	3	23	1.68
63021952--63022147	25	7.8	25	68	12	82	34	6	3	55	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63022012--63022147	25	5.5	25	74	11	102	33	7	2	56	1.42
63022086--63022148	23	2.7	23	85	11	76	34	7	4	52	1.52
63022269--63022349	16	4.8	16	76	23	69	30	2	1	65	1.13
63022298--63022349	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
63023095--63023128	15	2.3	15	89	0	50	20	0	8	70	1.13
63030649--63030818	71	2.4	70	83	3	200	28	14	22	34	1.93
63030828--63031177	148	2.3	147	83	6	425	31	14	20	34	1.92
63030842--63031182	76	4.5	76	85	5	442	31	14	20	32	1.93
63030842--63031390	210	2.5	208	81	9	568	32	14	20	32	1.93
63031205--63031471	75	3.5	77	85	4	351	31	14	20	32	1.93
63030922--63031711	289	2.8	284	90	4	1182	30	15	20	34	1.93
63031494--63031677	76	2.5	73	86	2	242	30	16	21	32	1.95
63031694--63031744	14	3.6	14	82	7	59	19	11	3	64	1.41
63032490--63032693	30	6.8	30	93	1	338	25	48	3	23	1.66
63032555--63032608	29	2.0	24	83	16	63	22	48	1	27	1.61
63032490--63032693	89	2.3	90	94	1	374	25	48	3	23	1.66
63033182--63033311	23	5.5	23	65	22	65	33	4	3	58	1.34
63033247--63033395	25	5.9	25	71	11	99	33	8	3	55	1.46
63033257--63033366	27	4.2	27	75	7	102	33	6	2	57	1.38
63033333--63033393	24	2.7	22	89	5	86	34	8	4	52	1.53
63036314--63036482	93	1.8	93	93	0	293	28	28	20	22	1.98
63036309--63036481	46	3.7	46	77	13	192	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63036904--63036963	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
63037872--63038059	27	7.0	27	85	0	232	25	19	18	36	1.95
63038050--63038257	54	3.9	54	79	4	188	30	7	19	41	1.80
63038053--63038257	27	7.6	27	79	6	150	30	7	19	42	1.79
63038050--63038256	81	2.6	81	82	9	235	30	7	19	41	1.80
63038261--63038613	27	13.3	27	83	6	373	41	6	21	29	1.79
63038181--63038284	54	1.9	54	82	0	127	28	5	23	42	1.77
63038468--63038509	20	2.1	20	95	0	75	42	7	19	30	1.78
63038441--63038536	47	2.0	47	87	0	138	41	4	20	33	1.72
63038514--63038633	54	2.2	54	83	2	143	37	6	22	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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