genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17261058--17261114	30	1.9	30	82	7	71	22	33	26	17	1.96
17263857--17263915	27	2.2	26	85	5	82	33	22	22	22	1.97
17264154--17264227	27	2.8	26	83	4	76	37	21	18	21	1.94
17264455--17265162	27	26.3	27	84	5	776	25	19	18	36	1.94
17264456--17265162	54	13.1	54	87	3	874	25	19	18	36	1.94
17264455--17265162	81	8.8	81	87	0	972	25	19	18	36	1.94
17265147--17265271	27	4.7	27	76	5	110	28	10	20	40	1.85
17265156--17265218	26	2.4	27	83	2	74	31	12	15	39	1.85
17268808--17268872	24	2.7	24	73	4	69	1	43	0	55	1.09
17269318--17269484	83	2.0	83	95	0	298	22	12	10	53	1.69
17279334--17279398	32	2.0	32	100	0	130	43	18	3	35	1.66
17280173--17280208	18	2.0	19	89	10	58	30	41	11	16	1.83
17280850--17280903	18	3.1	18	83	5	74	44	12	20	22	1.85
17281225--17281323	27	3.7	27	83	4	110	40	22	13	24	1.89
17284380--17284434	18	3.1	18	84	5	76	47	14	18	20	1.83
17284789--17284865	27	2.9	27	86	0	109	36	20	15	27	1.93
17288763--17288787	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
17293262--17293296	14	2.5	14	100	0	70	14	25	31	28	1.95
17298131--17298362	48	4.8	48	76	8	229	23	30	18	27	1.98
17298131--17298353	96	2.3	94	82	9	254	23	30	19	27	1.98
17307604--17307642	11	3.4	11	92	7	60	33	10	15	41	1.81
17308997--17309387	151	2.6	151	90	0	602	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17309251--17309334	28	3.2	28	64	25	74	23	17	30	27	1.97
17308997--17309379	101	3.8	100	76	4	288	27	17	25	29	1.98
17309006--17309390	50	7.7	50	74	4	299	28	17	24	29	1.98
17312886--17312929	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
17317236--17317420	80	2.3	79	82	7	212	44	20	4	30	1.72
17317165--17317476	27	11.6	27	75	8	199	43	19	5	31	1.74
17317740--17317861	41	3.0	41	85	2	156	25	22	26	25	2.00
17318004--17318089	25	3.4	25	80	1	109	16	16	26	40	1.89
17332461--17332522	23	2.7	22	90	5	88	37	1	11	50	1.48
17333648--17333677	11	2.9	10	90	9	51	20	0	10	70	1.16
17333921--17334034	56	2.0	56	96	0	210	27	16	18	37	1.92
17336382--17336427	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
17344804--17344840	19	1.9	19	94	0	65	24	8	0	67	1.17
17344837--17344879	20	2.2	20	83	8	52	11	9	0	79	0.95
17348416--17348525	42	2.6	42	78	5	107	34	20	18	27	1.95
17353334--17353372	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
17355347--17355612	103	2.6	104	93	2	455	30	30	21	18	1.97
17355937--17356000	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17355944--17356000	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17362826--17363092	104	2.6	104	92	1	437	30	31	20	18	1.96
17363422--17363485	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17363429--17363485	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17369145--17369484	47	7.6	47	78	11	374	30	13	23	32	1.93
17369184--17369352	85	2.0	85	92	0	284	28	14	24	31	1.94
17369145--17369484	132	2.6	132	92	1	565	30	13	23	32	1.93
17369324--17369524	85	2.4	85	93	0	348	29	13	24	31	1.93
17369145--17369529	132	3.0	127	88	4	474	29	14	23	32	1.94
17376093--17376132	21	1.9	21	89	0	62	45	10	15	30	1.78
17378102--17378268	49	3.6	46	76	10	160	24	28	20	26	1.99
17378102--17378272	93	1.8	92	86	3	245	24	28	21	26	1.99
17386040--17386081	21	2.0	21	100	0	84	61	19	9	9	1.53
17386762--17386923	45	3.7	44	86	6	197	25	29	22	22	1.99
17395708--17395914	67	3.1	67	77	11	189	21	28	17	31	1.97
17398715--17398824	43	2.6	43	79	5	116	34	27	13	24	1.93
17401228--17401275	19	2.5	19	96	0	87	52	14	4	29	1.60
17406915--17407103	50	3.7	50	81	2	180	25	16	26	31	1.97
17407073--17407196	50	2.5	50	83	9	146	25	13	30	29	1.94
17407027--17407196	51	3.4	50	82	6	148	25	16	28	29	1.97
17411417--17411572	43	3.7	42	78	10	147	31	25	17	25	1.97
17411417--17411572	85	1.8	85	82	8	201	31	25	17	25	1.97
17429995--17430021	13	2.1	13	100	0	54	51	37	0	11	1.37
17432722--17432775	27	2.1	27	86	6	76	14	14	22	48	1.81
17433079--17433145	29	2.3	29	86	0	98	29	32	14	22	1.94
17433079--17433155	29	2.7	29	85	0	91	27	33	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17433387--17433425	8	4.9	8	87	0	51	17	25	17	38	1.92
17433379--17433425	16	2.9	16	78	12	60	17	25	17	40	1.90
17434976--17435116	56	2.5	57	88	2	203	26	16	30	26	1.97
17434976--17435116	28	5.0	28	81	7	160	26	16	30	26	1.97
17435792--17435825	11	3.1	11	95	0	59	32	0	11	55	1.36
17437795--17437914	40	3.0	40	78	7	109	26	18	25	29	1.98
17438058--17438096	20	2.0	20	85	10	53	23	5	10	61	1.48
17438430--17438505	15	5.0	15	87	3	80	15	1	42	40	1.56
17438444--17438503	8	7.9	8	87	7	72	15	1	45	38	1.56
17438425--17438503	8	10.6	7	82	8	68	17	1	39	41	1.58
17438523--17438564	7	5.9	7	88	5	66	26	2	30	40	1.69
17438625--17438714	37	2.4	36	78	5	99	21	1	37	40	1.61
17438692--17438733	21	2.0	21	90	0	66	23	2	30	42	1.67
17441162--17441297	72	1.9	68	82	11	168	43	1	5	50	1.33
17441738--17442028	9	33.7	9	71	15	138	47	14	2	36	1.57
17441737--17442028	48	6.3	48	69	18	201	46	14	2	36	1.57
17441750--17441931	30	5.8	30	71	17	145	47	13	2	35	1.58
17441738--17442028	64	4.5	64	80	10	326	47	14	2	36	1.57
17441727--17441994	112	2.4	111	81	12	316	47	13	2	36	1.56
17441807--17441888	16	5.1	16	71	14	53	50	15	1	32	1.53
17441807--17442013	112	1.9	110	90	6	337	46	14	2	35	1.58
17443784--17443809	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17447873--17447937	31	2.1	31	91	0	103	18	7	20	53	1.68
17448010--17448117	42	2.6	42	85	1	155	27	31	19	21	1.97
17450099--17450297	29	7.0	29	80	2	215	27	15	30	27	1.96
17450095--17450297	57	3.5	57	86	0	280	27	14	29	28	1.95
17450102--17450269	86	2.0	86	81	2	203	26	15	29	28	1.96
17451027--17451094	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
17458951--17458977	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
17462368--17462592	47	4.7	47	77	9	229	25	12	27	35	1.91
17462363--17462563	100	2.0	100	98	0	384	27	10	26	35	1.89
17469735--17469794	19	3.3	19	64	17	54	35	20	20	25	1.96
17469734--17469805	36	2.0	36	100	0	144	33	19	22	25	1.97
17470415--17470541	55	2.3	55	79	5	132	28	24	28	18	1.98
17479503--17479527	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
17483237--17483262	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
17484416--17484445	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
17485300--17485326	13	2.1	13	100	0	54	40	14	29	14	1.86
17487193--17487365	46	3.7	46	76	10	181	23	19	27	29	1.98
17487190--17487360	93	1.8	93	88	0	261	22	19	28	28	1.98
17491746--17491784	11	3.5	11	85	3	51	53	0	2	43	1.14
17492956--17492995	20	2.0	20	85	5	53	40	0	15	45	1.46
17505802--17505916	29	4.0	29	83	6	137	28	29	14	26	1.95
17505793--17505903	58	1.9	58	87	1	161	27	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17507266--17507298	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
17513511--17513571	29	2.1	28	84	3	77	27	29	16	26	1.97
17513781--17513826	16	2.9	16	90	0	65	15	23	15	45	1.84
17514813--17514853	20	2.0	20	100	0	82	36	9	0	53	1.34
17514953--17514994	16	2.6	16	92	3	66	16	4	26	52	1.63
17532679--17532736	27	2.1	28	96	3	109	18	27	0	53	1.45
17533189--17533236	19	2.6	17	78	18	51	47	4	2	45	1.33
17533661--17533746	43	2.0	43	84	13	115	27	30	18	23	1.98
17542347--17542530	38	4.8	38	86	3	127	16	13	25	44	1.84
17542331--17542530	76	2.6	76	80	3	222	16	12	26	45	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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