genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14150663--14150751	45	2.0	45	100	0	178	38	6	11	43	1.67
14150663--14150735	24	3.2	24	67	25	75	36	8	8	46	1.64
14152057--14152127	23	3.2	23	67	25	71	22	23	5	47	1.72
14152048--14152143	45	2.2	45	94	5	169	26	20	5	47	1.71
14155483--14155570	31	2.9	30	75	11	81	38	5	11	44	1.64
14160988--14161027	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
14166029--14166080	26	2.0	27	84	3	70	51	0	23	25	1.48
14167150--14167197	19	2.6	19	83	3	53	70	2	25	2	1.09
14167177--14167206	14	2.1	14	93	0	51	76	0	23	0	0.78
14167865--14167919	24	2.3	24	82	14	62	32	1	25	40	1.66
14168111--14168188	37	2.1	37	83	7	95	16	21	26	34	1.95
14168558--14168594	13	2.8	13	91	4	56	27	0	21	51	1.48
14169133--14169232	26	3.8	26	93	0	173	32	7	25	36	1.83
14170818--14170930	27	4.1	27	82	2	127	17	23	23	35	1.95
14170818--14170930	55	2.1	54	85	5	147	17	23	23	35	1.95
14175772--14175878	26	4.2	25	88	5	160	34	6	23	35	1.81
14177472--14177551	27	2.9	26	82	10	81	18	22	23	35	1.96
14178574--14178631	20	2.9	20	92	0	89	17	34	34	13	1.89
14179252--14179285	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
14180022--14180069	22	2.3	22	85	7	64	47	0	0	52	1.00
14180161--14180216	24	2.3	24	84	9	69	41	0	1	57	1.09
14180168--14180276	13	8.0	13	67	24	57	40	1	2	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14180241--14180294	20	2.5	21	80	19	67	44	0	0	55	0.99
14180424--14180487	21	3.0	21	84	13	87	56	0	0	43	0.99
14180444--14180502	13	4.9	13	74	21	58	59	0	0	40	0.97
14180445--14180533	12	7.9	11	68	21	51	57	2	0	40	1.11
14180445--14180533	33	2.7	33	89	6	128	57	2	0	40	1.11
14180433--14180507	20	4.1	20	69	25	67	58	0	0	41	0.98
14180513--14180548	19	1.9	18	88	5	54	50	5	0	44	1.25
14181184--14181240	29	2.0	29	100	0	114	14	10	22	52	1.71
14182916--14182985	35	2.0	35	100	0	140	31	14	17	37	1.89
14185305--14185378	26	2.7	27	78	14	71	37	0	2	59	1.12
14185320--14185370	9	5.7	9	76	6	50	41	0	3	54	1.19
14185827--14185865	6	6.5	6	100	0	78	0	15	66	17	1.25
14189064--14189128	26	2.5	26	75	9	69	36	23	10	29	1.88
14201818--14201936	36	3.2	36	66	15	107	36	4	12	46	1.61
14201796--14201945	75	2.0	75	100	0	300	34	5	12	48	1.63
14207887--14207924	16	2.4	16	91	4	60	44	0	5	50	1.24
14208219--14208353	37	3.6	36	73	9	108	21	20	8	49	1.74
14211737--14211799	25	2.5	26	82	10	78	25	28	17	28	1.97
14217174--14217225	25	2.1	25	85	0	68	38	7	13	40	1.73
14219946--14220010	3	21.7	3	74	12	53	33	4	0	61	1.16
14219945--14219995	18	2.6	20	84	12	70	37	5	0	56	1.23
14220084--14220244	3	53.0	3	68	19	52	32	4	3	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14220089--14220244	12	13.6	11	67	22	67	32	4	3	59	1.33
14220091--14220143	26	2.0	28	85	7	74	37	1	3	56	1.28
14220083--14220161	28	3.1	25	72	24	67	37	1	5	55	1.30
14220378--14220416	15	2.5	16	83	8	53	35	2	0	61	1.10
14220408--14220499	13	7.6	13	67	22	58	36	3	5	54	1.40
14220419--14220499	23	3.4	22	77	17	74	37	3	4	54	1.40
14220763--14220844	25	3.2	25	72	11	69	37	3	3	54	1.35
14220761--14220823	25	2.6	24	80	7	74	39	3	3	53	1.33
14221032--14221080	25	2.0	25	83	0	62	36	6	4	53	1.45
14221152--14221190	17	2.4	17	87	8	55	35	2	2	58	1.25
14224744--14224817	37	2.0	37	100	0	148	48	2	27	21	1.63
14224750--14224811	21	3.2	21	65	21	62	46	3	29	20	1.66
14225298--14225352	22	2.5	22	87	3	74	27	21	3	47	1.68
14233659--14233877	75	2.9	75	93	2	357	31	16	21	31	1.95
14233810--14234027	91	2.5	88	83	8	257	28	13	21	37	1.91
14235869--14235964	23	3.9	24	74	19	83	36	1	6	56	1.32
14235875--14236032	12	13.6	11	65	24	51	32	3	3	60	1.33
14235877--14235929	26	2.0	28	85	7	74	37	1	3	56	1.28
14235869--14235954	28	3.4	25	73	21	72	36	1	4	58	1.27
14235917--14235961	24	2.0	24	86	8	67	35	0	6	57	1.25
14235994--14236032	17	2.2	18	86	13	55	25	5	0	69	1.09
14236167--14236205	15	2.5	16	83	8	53	35	2	0	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14236197--14236288	13	7.6	13	67	22	58	36	3	5	54	1.40
14236208--14236288	23	3.4	22	77	17	74	37	3	4	54	1.40
14236548--14236613	11	5.6	11	73	10	51	40	3	3	53	1.32
14236548--14236611	22	2.8	23	78	7	76	40	3	3	53	1.33
14236811--14236868	26	2.3	26	84	3	82	34	6	3	55	1.44
14237942--14237977	13	2.8	13	91	4	56	5	58	0	36	1.22
14240480--14240519	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
14240537--14240606	34	2.1	34	100	0	140	37	14	14	34	1.86
14241589--14241615	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
14241975--14242025	21	2.4	21	81	15	61	23	5	9	60	1.50
14242140--14242182	22	2.0	22	85	0	59	27	9	9	53	1.63
14243355--14243509	24	6.6	24	68	25	59	30	5	5	58	1.44
14244706--14244754	24	2.0	25	84	11	66	44	6	18	30	1.74
14259700--14259780	37	2.2	37	88	2	117	48	7	20	23	1.75
14264107--14264222	13	9.2	13	70	23	88	37	47	0	14	1.45
14264107--14264213	22	4.9	22	75	6	110	37	47	0	14	1.45
14264111--14264235	35	3.7	34	83	11	159	37	48	0	13	1.43
14264632--14264699	12	6.0	12	72	17	56	30	4	1	63	1.23
14267511--14267554	19	2.3	19	88	7	63	29	22	9	38	1.85
14276910--14277085	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
14276907--14277078	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
14278384--14279260	132	6.6	132	94	0	1506	31	18	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14278384--14279303	44	20.9	43	74	10	199	31	18	24	25	1.97
14279564--14279642	22	3.6	22	72	6	79	37	45	0	16	1.48
14279609--14279688	13	6.5	13	80	13	98	40	46	0	13	1.44
14279622--14279696	35	2.1	35	90	4	116	40	48	0	12	1.40
14280107--14280174	12	6.0	12	72	17	56	30	4	1	63	1.23
14283133--14283278	81	1.9	76	85	9	204	45	6	5	43	1.52
14283633--14283675	18	2.6	15	80	20	50	58	0	0	41	0.98
14283636--14283674	16	2.2	19	86	13	57	64	0	0	35	0.94
14290686--14290732	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
14294988--14295140	42	3.5	42	78	11	162	33	20	13	32	1.91
14295015--14295259	49	4.9	49	70	19	162	33	21	11	34	1.88
14298519--14298563	11	3.9	11	80	11	54	35	0	0	64	0.94
14298514--14298569	24	2.3	24	87	3	76	37	0	1	60	1.07
14300640--14300866	46	4.9	45	85	6	278	43	12	22	20	1.86
14300640--14300866	92	2.5	92	88	2	323	43	12	22	20	1.86
14302825--14302915	47	1.9	47	86	0	128	37	19	6	36	1.78
14305052--14305114	29	2.2	29	85	5	83	34	19	19	26	1.95
14305546--14305579	16	2.1	17	88	5	52	44	5	2	47	1.42
14311895--14311935	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
14316993--14317071	30	2.7	28	75	11	68	48	0	2	49	1.14
14317015--14317078	20	3.1	21	73	13	62	46	0	1	51	1.10
14317154--14317190	16	2.2	17	90	4	58	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14323862--14323914	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
14326542--14326597	22	2.5	22	100	0	112	42	19	26	10	1.84
14326586--14326642	29	1.9	29	92	3	96	43	15	19	21	1.87
14327726--14327769	21	2.1	21	86	0	61	6	15	6	70	1.31
14327776--14327869	7	13.3	7	71	17	52	48	1	1	48	1.15
14327777--14327829	20	2.7	19	80	5	61	49	0	0	50	1.00
14332950--14333014	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
14337627--14337651	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14339811--14339875	30	2.2	30	86	10	89	40	18	6	35	1.76
14339988--14340083	47	2.1	46	82	5	113	38	22	5	33	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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