genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58807438--58807603	40	4.2	40	85	2	192	29	26	19	24	1.98
58807436--58807603	80	2.1	80	84	3	214	29	26	19	25	1.98
58815370--58815575	40	5.2	40	89	0	297	29	26	19	24	1.99
58825220--58825331	46	2.4	48	77	10	124	29	15	28	26	1.96
58832717--58832887	46	3.7	45	70	17	136	27	18	29	24	1.98
58832712--58832981	46	5.8	45	70	16	135	27	18	29	25	1.98
58832721--58832975	138	1.8	141	81	7	322	28	18	28	25	1.98
58842705--58842729	12	2.1	12	100	0	50	16	28	32	24	1.96
58846330--58846382	27	2.0	27	84	0	70	26	15	18	39	1.90
58848362--58848491	43	3.0	43	73	14	115	34	26	15	23	1.94
58855133--58855183	20	2.7	18	82	14	59	37	19	0	43	1.51
59048313--59048515	27	7.6	27	83	7	243	26	15	28	30	1.96
59048313--59048489	52	3.3	52	79	10	196	26	15	28	29	1.96
59052063--59052094	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
59061113--59061788	48	14.0	48	93	3	1135	35	6	26	31	1.81
59061113--59061788	190	3.5	190	94	2	1163	35	6	26	31	1.81
59061930--59062029	37	2.7	37	87	0	128	27	22	28	23	1.99
59068006--59068162	48	3.4	48	74	8	162	27	20	22	29	1.99
59068084--59068184	48	2.1	48	86	0	139	28	19	22	28	1.98
59068343--59068451	54	2.0	54	94	0	191	40	5	19	34	1.75
59072051--59072164	23	4.8	23	75	13	81	27	21	14	35	1.93
59072076--59072165	46	2.0	46	82	8	112	25	21	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59079935--59080057	65	1.9	65	81	9	153	22	28	26	22	1.99
59088019--59088200	40	4.6	40	87	7	239	24	23	27	25	2.00
59096181--59096274	27	3.5	27	95	2	163	28	11	26	32	1.92
59102168--59102388	40	5.7	40	86	8	251	25	27	21	25	2.00
59105294--59105517	40	5.6	40	84	3	270	24	23	25	26	2.00
59105298--59105517	83	2.7	79	84	8	275	23	24	25	26	2.00
59115805--59116250	67	6.7	66	77	6	373	37	16	19	26	1.93
59115804--59116250	134	3.4	133	80	2	468	37	16	20	25	1.93
59115801--59116244	200	2.2	201	80	4	504	37	16	20	25	1.93
59116993--59117683	342	2.0	344	92	1	1154	36	11	26	25	1.90
59136583--59136954	67	5.6	67	74	11	226	39	15	20	25	1.91
59136583--59136970	134	2.9	134	73	10	362	38	15	20	25	1.92
59139184--59139395	40	5.3	40	90	3	313	24	26	22	26	2.00
59141403--59141606	43	4.8	43	78	3	198	31	25	17	25	1.97
59144303--59144544	48	5.0	48	91	0	385	36	6	24	32	1.80
59144685--59144794	37	3.0	37	91	0	175	23	18	30	27	1.97
59146067--59146145	23	3.4	23	87	0	122	40	18	3	36	1.69
59148635--59148845	95	2.2	95	90	3	327	37	21	22	17	1.94
59150689--59150730	19	2.2	20	87	8	61	40	7	4	47	1.52
59156661--59156809	71	2.1	73	84	2	194	51	4	33	10	1.58
59157269--59157302	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
59157722--59157768	21	2.2	20	82	10	58	34	40	0	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59157801--59157838	15	2.6	15	83	4	51	44	34	0	21	1.52
59157791--59157901	22	5.1	21	65	17	57	48	28	1	20	1.60
59158326--59158471	40	3.7	39	79	1	139	28	19	20	31	1.97
59158228--59158647	194	2.2	195	79	1	457	28	19	19	32	1.96
59158517--59158649	40	3.3	40	69	8	108	25	18	21	34	1.96
59173816--59173933	43	2.8	43	85	2	159	23	27	18	29	1.98
59174932--59174970	9	4.2	9	93	3	60	51	10	0	38	1.36
59179884--59179948	21	3.1	21	82	4	78	43	15	24	16	1.87
59180464--59180505	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
59190048--59190140	40	2.3	40	83	3	116	34	24	17	23	1.96
59192196--59192342	74	2.0	74	100	0	294	38	21	5	34	1.77
59194422--59194594	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
59194419--59194589	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
59200772--59200942	44	3.8	46	77	18	189	21	21	28	28	1.99
59207043--59207215	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	29	1.98
59207040--59207210	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
59221026--59221238	39	5.5	39	79	8	193	25	26	19	27	1.99
59221026--59221200	76	2.2	78	82	7	203	25	26	19	28	1.99
59223907--59223986	36	2.3	34	83	10	92	55	2	5	37	1.35
59224285--59224334	21	2.3	21	86	3	64	38	2	34	26	1.68
59224294--59224335	21	2.0	21	90	0	66	40	2	30	26	1.69
59228570--59228761	98	2.0	96	83	12	241	31	22	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59230984--59231206	40	5.7	39	85	8	283	24	22	27	25	2.00
59230984--59231239	79	3.3	78	81	7	216	25	21	27	25	1.99
59238962--59239186	40	5.6	39	84	5	247	24	21	27	26	1.99
59238962--59239219	80	3.2	80	81	7	215	25	20	27	25	1.99
59241102--59241132	8	3.8	8	95	4	53	51	25	0	22	1.48
59241599--59241654	22	2.6	22	80	5	53	48	0	1	50	1.11
59241735--59241791	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
59243293--59243318	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
59245266--59245388	43	2.9	42	80	3	149	30	14	25	30	1.95
59251553--59251680	40	3.2	39	84	6	168	30	28	18	22	1.98
59251514--59251680	80	2.1	81	81	7	191	29	28	19	23	1.98
59251553--59251726	80	2.2	80	83	12	207	29	27	18	24	1.98
59255873--59256003	47	2.8	46	83	7	174	21	28	22	28	1.99
59256122--59256154	17	1.9	17	93	0	57	42	15	9	33	1.78
59259227--59259400	46	3.7	46	77	8	199	30	29	19	20	1.97
59268825--59268938	43	2.7	42	82	8	149	29	16	22	30	1.96
59280772--59280812	21	2.0	21	85	9	57	24	26	24	24	2.00
59288082--59288121	21	1.9	21	85	10	55	27	22	20	30	1.98
59292388--59292534	43	3.4	42	80	8	138	34	27	15	22	1.95
59294823--59294904	26	3.2	26	91	0	137	32	8	23	35	1.85
59302297--59302468	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
59302290--59302465	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59308983--59309158	46	3.8	46	74	14	173	21	18	28	30	1.97
59319245--59319362	42	2.8	42	82	8	141	31	24	17	26	1.97
59322184--59322241	30	2.0	29	93	3	98	31	24	17	27	1.97
59325158--59325236	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59325354--59325670	47	6.7	47	97	1	571	30	29	8	30	1.88
59325505--59325585	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
59325483--59325610	25	5.4	24	62	11	75	32	27	6	33	1.82
59329188--59329528	40	8.5	40	84	3	384	24	27	22	24	2.00
59329834--59329912	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
59329894--59330039	43	3.4	43	100	0	292	26	35	15	22	1.94
59331905--59331983	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
59332101--59332464	47	7.7	47	98	0	692	29	30	8	31	1.87
59336381--59336603	117	1.9	119	81	10	278	26	21	26	26	1.99
59336381--59336603	40	5.7	40	85	6	269	26	21	26	26	1.99
59341988--59342402	47	8.7	47	92	2	652	32	9	29	28	1.88
59341988--59342402	96	4.4	96	94	1	660	32	9	29	28	1.88
59342521--59342673	37	4.1	37	94	0	261	21	19	33	25	1.97
59344250--59344347	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
59344278--59344360	27	3.0	27	85	5	87	31	12	24	32	1.91
59346034--59346209	27	6.6	27	83	3	194	30	28	14	26	1.95
59346055--59346208	81	1.9	80	88	4	229	29	29	14	25	1.95
59353111--59353259	25	5.6	27	75	17	116	23	15	30	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59353244--59353296	26	2.0	27	85	10	74	32	13	24	30	1.93
59355305--59355496	104	1.9	103	91	5	316	28	30	20	19	1.97
59355440--59355492	27	2.0	27	92	3	90	28	35	22	13	1.92
59362486--59362537	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
59362409--59362672	103	2.6	104	93	3	437	18	20	30	30	1.97
59379648--59379816	46	3.7	46	75	10	173	23	20	26	30	1.98
59379645--59379815	93	1.8	93	93	0	297	23	20	26	29	1.99
59389318--59389393	38	2.0	38	100	0	152	28	13	23	34	1.92
59390276--59390315	18	2.1	20	86	9	57	17	27	35	20	1.95
59400828--59400962	27	4.9	27	89	3	164	29	11	25	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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