genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8578787--8578868	43	1.9	43	87	5	121	29	29	19	21	1.98
8585068--8585181	30	3.9	29	76	11	108	24	11	24	39	1.88
8588579--8588610	6	5.3	6	100	0	64	0	0	84	15	0.63
8590078--8590118	20	2.0	20	100	0	82	43	9	24	21	1.83
8599952--8599999	17	2.9	15	85	14	60	35	4	0	60	1.16
8600270--8600297	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
8606053--8606114	33	1.9	32	83	9	81	54	1	4	38	1.31
8608373--8608433	30	2.0	30	96	0	113	50	18	6	24	1.70
8611219--8611310	42	2.2	42	94	0	166	32	20	14	32	1.92
8611458--8611527	25	2.8	24	82	8	86	25	22	25	25	2.00
8612325--8612393	27	2.6	28	82	13	83	26	23	20	30	1.98
8612337--8612401	27	2.4	27	84	5	87	23	24	16	35	1.95
8612455--8612540	27	3.1	27	80	14	95	36	8	13	41	1.75
8612517--8612668	27	5.7	26	87	5	178	29	6	21	42	1.78
8612542--8612701	81	2.0	81	81	7	191	29	9	20	40	1.84
8612542--8612701	27	5.9	27	82	7	173	29	9	20	40	1.84
8612700--8612897	27	7.3	27	84	4	247	40	8	22	28	1.82
8612752--8612917	81	2.0	81	85	0	224	39	9	21	29	1.84
8614989--8615111	42	2.9	41	81	9	149	34	23	18	22	1.96
8619861--8619936	22	3.3	22	67	16	64	34	13	27	25	1.93
8620002--8620073	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
8620143--8620265	22	5.3	21	64	27	54	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8619840--8620268	47	9.1	47	92	0	678	33	12	27	26	1.92
8620292--8620418	46	2.8	46	92	0	200	35	8	32	23	1.85
8640029--8640065	14	2.7	14	80	19	51	70	0	16	13	1.17
8641190--8641248	24	2.5	24	83	5	66	13	30	11	44	1.80
8644951--8645173	29	7.7	29	81	3	250	38	13	25	21	1.91
8644943--8645173	87	2.6	88	87	3	333	38	13	25	22	1.91
8662422--8662592	46	3.7	45	77	15	188	30	27	19	22	1.98
8662426--8662597	93	1.8	93	92	2	292	29	27	19	22	1.98
8677184--8677267	25	3.4	24	87	8	116	27	22	22	27	1.99
8677402--8677535	42	3.2	42	98	0	259	31	14	20	33	1.93
8677559--8677766	31	6.7	31	89	0	301	26	16	26	30	1.97
8685272--8685496	114	2.0	114	91	0	369	27	18	24	30	1.98
8711464--8711583	42	2.8	43	72	8	111	37	21	14	26	1.92
8711450--8711599	43	3.5	43	74	8	144	33	22	17	26	1.96
8713382--8713594	81	2.6	80	90	1	318	37	17	19	25	1.93
8713382--8713598	27	8.0	27	84	3	278	37	17	19	25	1.94
8722512--8722970	113	4.0	113	90	0	702	18	20	24	36	1.95
8722512--8723003	38	12.9	38	89	1	664	18	20	25	35	1.95
8724786--8725038	27	9.4	27	87	1	337	35	18	20	25	1.95
8725719--8725760	21	2.0	22	85	4	59	21	26	21	30	1.98
8728756--8728927	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
8728749--8728924	46	3.8	46	77	14	200	30	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8736885--8737004	38	3.1	38	84	9	145	23	21	24	30	1.99
8736914--8737041	38	3.3	38	84	2	157	20	19	25	34	1.96
8741246--8741417	39	4.3	40	83	5	188	24	28	20	26	1.99
8875107--8875131	12	2.1	12	100	0	50	32	8	36	24	1.84
8876348--8876522	40	4.3	40	86	4	210	24	19	26	29	1.98
8876348--8876522	81	2.2	81	84	4	228	24	19	26	29	1.98
8876378--8876558	81	2.2	80	82	4	204	25	20	27	26	1.99
8880018--8880064	19	2.4	19	82	10	51	17	25	2	55	1.53
8881629--8881762	58	2.4	57	91	5	211	55	8	20	14	1.67
8882899--8883075	40	4.5	41	82	9	206	21	24	28	25	1.99
8889744--8889773	10	3.0	10	95	0	51	83	0	16	0	0.65
8889744--8889774	14	2.2	14	94	0	53	80	0	19	0	0.71
8889689--8889822	57	2.4	56	92	3	218	54	8	21	15	1.67
8890957--8891214	40	6.5	40	89	3	360	20	23	29	26	1.99
8890957--8891253	120	2.5	120	85	4	343	22	22	28	26	1.99
8892658--8892789	39	3.4	39	94	0	219	23	28	19	28	1.98
8896296--8896472	40	4.4	40	82	4	207	23	22	27	26	2.00
8896296--8896472	80	2.2	80	85	8	245	23	22	27	26	2.00
8904625--8904801	40	4.4	40	84	4	216	23	23	27	25	2.00
8904625--8904801	80	2.2	80	88	5	252	23	23	27	25	2.00
8905763--8905793	14	2.2	14	100	0	62	45	29	6	19	1.75
8914194--8914362	39	4.4	38	87	2	230	24	24	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8914197--8914362	77	2.2	76	86	2	224	25	24	19	31	1.98
8916903--8916938	19	1.9	19	88	5	56	19	19	41	19	1.90
8917005--8917119	29	4.0	29	82	2	126	26	14	31	27	1.95
8918361--8918403	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
8918911--8919038	46	2.7	48	73	17	133	29	12	21	36	1.90
8930797--8930896	40	2.5	40	80	0	110	20	33	20	27	1.97
8933138--8933348	26	8.4	26	71	15	133	18	19	21	39	1.92
8933266--8933348	23	3.4	23	85	11	112	13	20	24	42	1.87
8935311--8935356	22	2.1	22	84	8	58	41	2	6	50	1.40
8936905--8937006	50	2.0	50	98	0	195	27	18	17	36	1.94
8937633--8937780	27	5.5	27	76	7	149	30	25	14	29	1.95
8953364--8953397	11	3.0	11	87	8	50	17	26	0	55	1.42
8953364--8953415	17	3.1	17	81	13	54	21	23	0	55	1.43
8954623--8954665	21	2.0	21	95	0	77	55	11	9	23	1.64
8954867--8954957	45	2.0	45	97	0	173	30	14	30	24	1.94
8957383--8957819	50	8.7	50	74	6	319	31	25	16	27	1.96
8957385--8957811	151	2.8	151	85	2	545	31	25	15	26	1.96
8957583--8957817	101	2.3	101	82	2	285	33	26	15	24	1.95
8971009--8971123	29	4.0	29	82	6	128	27	15	27	28	1.96
8974400--8974515	31	3.8	31	90	1	171	24	24	17	34	1.96
8974733--8974828	26	3.8	25	93	2	140	25	22	26	26	2.00
8979667--8979809	28	5.0	28	85	6	155	27	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8979680--8979809	29	4.6	29	86	6	151	26	16	27	29	1.97
8979682--8979809	57	2.2	56	83	8	152	26	17	27	28	1.97
8994507--8994578	31	2.3	30	80	19	78	45	6	16	30	1.74
8995748--8995789	21	2.0	20	82	13	50	28	2	9	59	1.41
9003250--9003288	20	1.9	21	89	5	62	28	2	23	46	1.65
9009165--9009212	18	2.6	18	86	3	69	31	14	16	37	1.89
9010369--9010413	23	2.0	22	86	4	63	31	0	20	48	1.49
9016658--9016758	43	2.3	43	85	6	134	27	15	20	35	1.94
9021117--9021161	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
9027963--9028072	42	2.6	43	77	11	118	30	16	22	30	1.96
9036799--9036856	26	2.3	25	79	8	64	34	5	0	60	1.19
9037098--9037125	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
9042846--9042892	13	3.5	13	80	11	58	21	8	14	55	1.66
9042837--9042896	28	2.1	28	90	0	93	30	10	15	45	1.78
9047711--9047760	22	2.3	22	79	6	57	34	0	14	52	1.42
9053887--9054066	68	2.8	63	78	10	166	25	28	16	29	1.97
9057193--9057260	27	2.5	27	92	0	118	14	41	20	23	1.89
9059800--9060012	46	4.5	47	78	10	163	22	29	19	29	1.98
9065770--9065969	27	7.4	27	86	2	267	35	18	21	26	1.95
9076222--9076494	46	5.7	49	77	8	235	24	29	19	26	1.98
9077876--9077982	33	3.2	33	79	0	133	38	32	12	16	1.86
9092236--9092314	40	2.0	40	94	0	140	43	8	24	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9094355--9094412	30	1.9	30	85	0	80	12	27	37	22	1.89
9100486--9100542	30	1.9	29	85	3	78	33	8	26	31	1.87
9102281--9102501	40	5.6	40	83	4	270	27	25	22	24	2.00
9110408--9110630	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
9110488--9110665	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
9121272--9121308	18	2.2	18	85	9	51	40	13	2	43	1.58
9132022--9132198	40	4.6	39	80	10	186	24	22	25	26	2.00
9132022--9132198	80	2.3	76	85	8	225	24	22	25	26	2.00
9132424--9132465	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
9135129--9135349	40	5.6	40	78	7	193	24	27	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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