genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28411205--28411398	27	7.2	27	85	0	217	26	19	18	35	1.95
28411207--28411398	81	2.4	82	86	1	262	27	19	17	35	1.95
28411405--28412223	27	30.3	27	83	3	905	41	8	21	28	1.83
28414234--28414391	6	26.8	6	76	15	161	49	13	17	20	1.79
28414509--28414574	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
28414533--28414590	27	2.1	27	81	6	64	34	25	22	17	1.96
28414893--28414976	27	3.2	26	83	8	80	38	20	20	21	1.94
28415174--28415370	27	7.3	27	82	2	135	26	19	17	36	1.94
28415174--28415369	54	3.6	54	86	0	266	26	19	17	36	1.94
28415176--28415369	81	2.4	81	84	0	244	26	19	17	36	1.94
28415374--28416111	27	27.3	27	83	4	808	40	9	21	27	1.84
28424037--28424326	50	6.0	49	76	7	241	27	19	28	24	1.98
28424051--28424276	95	2.3	98	83	5	271	27	19	28	24	1.98
28434061--28434220	28	5.7	28	79	7	146	25	29	16	28	1.97
28434089--28434241	56	2.7	56	82	7	168	27	28	15	28	1.96
28434089--28434244	28	5.6	28	80	4	120	26	29	15	28	1.96
28443760--28443936	40	4.5	39	83	7	191	24	27	24	23	2.00
28451824--28452040	40	5.5	40	84	6	255	24	28	23	23	1.99
28462378--28462443	12	5.4	12	75	10	62	48	15	16	19	1.81
28462362--28462412	24	2.1	24	85	0	66	50	7	15	25	1.71
28462603--28462704	27	3.8	26	85	5	123	36	21	22	19	1.95
28463089--28463207	27	4.4	27	81	6	98	32	9	18	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28463132--28463418	27	10.6	27	84	0	349	32	8	20	39	1.81
28463157--28463425	108	2.5	108	90	0	403	32	7	20	39	1.81
28466664--28466735	29	2.5	29	88	4	101	26	15	31	26	1.95
28474373--28474446	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
28476601--28476741	29	4.9	29	87	2	169	26	31	14	26	1.95
28479717--28479756	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
28482089--28482125	19	1.9	19	88	0	56	32	18	18	29	1.96
28484216--28484265	25	2.0	24	92	3	82	34	22	16	28	1.95
28491189--28491773	300	2.0	300	80	4	680	36	10	17	35	1.84
28494947--28495087	27	5.3	27	82	3	160	35	19	19	25	1.95
28494955--28495087	53	2.5	54	86	2	178	34	18	21	25	1.96
28495738--28495789	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28497883--28498047	43	3.7	43	74	10	111	22	14	30	32	1.94
28497956--28498055	51	2.0	51	86	4	139	23	17	27	33	1.96
28500174--28500298	57	2.2	56	89	1	187	29	25	15	29	1.96
28500174--28500274	28	3.6	29	78	9	118	27	25	15	30	1.96
28502351--28502396	23	2.0	23	86	0	65	19	4	13	63	1.46
28503062--28503125	32	2.0	32	96	0	119	23	25	17	34	1.96
28503431--28503473	17	2.4	18	84	7	61	39	0	16	44	1.48
28504355--28504432	29	2.7	29	87	0	111	23	16	26	33	1.96
28519655--28519810	56	2.8	54	83	8	174	28	32	17	21	1.96
28544889--28544927	19	2.1	18	90	4	60	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28545215--28545305	19	4.9	19	86	8	134	36	15	9	38	1.81
28545208--28545297	35	2.5	36	84	10	123	36	15	8	38	1.79
28545655--28545837	45	4.1	45	87	1	251	25	30	13	30	1.94
28545669--28545838	89	1.9	89	91	0	277	27	31	13	28	1.94
28545868--28546162	78	3.8	78	90	1	439	25	22	18	33	1.96
28546104--28546697	220	2.7	220	91	0	940	27	21	18	33	1.96
28555887--28556058	46	3.7	46	78	10	206	22	20	27	29	1.99
28555880--28556050	93	1.8	93	92	0	288	22	22	27	28	1.99
28556278--28556315	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
28557473--28557584	27	4.2	26	79	12	118	36	24	23	16	1.94
28557473--28557584	54	2.1	54	86	6	156	36	24	23	16	1.94
28558001--28558031	16	2.0	15	93	6	53	3	25	25	45	1.69
28561061--28561172	27	4.2	26	84	7	125	14	24	25	35	1.93
28561061--28561172	54	2.1	54	84	3	145	14	24	25	35	1.93
28563204--28563279	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
28563233--28563330	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
28563240--28563330	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
28567179--28567230	26	2.0	27	84	3	70	21	5	3	69	1.26
28572564--28572949	50	7.7	50	77	2	371	25	17	26	30	1.97
28572518--28572800	101	2.8	102	80	4	297	26	17	25	31	1.97
28572564--28572954	151	2.6	151	89	0	586	25	17	26	30	1.97
28572720--28572900	101	1.8	101	83	1	247	27	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28576189--28576385	27	7.3	27	84	3	236	26	22	17	34	1.96
28576189--28576385	54	3.7	54	86	2	263	26	22	17	34	1.96
28576188--28576385	80	2.5	81	81	5	240	26	22	17	33	1.96
28576188--28576385	107	1.9	107	86	2	290	26	22	17	33	1.96
28582780--28582833	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
28582834--28583033	54	3.7	53	88	2	265	27	21	17	34	1.95
28582834--28583022	27	7.0	27	80	7	213	26	21	17	34	1.96
28582833--28583022	81	2.3	80	82	5	247	26	21	17	34	1.95
28583337--28584011	336	2.0	336	97	0	1260	30	32	11	25	1.91
28586473--28586604	25	5.3	25	76	3	122	25	14	23	36	1.93
28586466--28586620	50	3.1	50	89	0	220	26	14	21	36	1.93
28587482--28587521	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
28589010--28589053	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
28594368--28594499	40	3.3	39	77	7	124	33	21	25	19	1.97
28594434--28594487	20	2.7	20	75	16	58	31	18	29	20	1.96
28599101--28599267	46	3.7	46	81	8	189	24	18	12	44	1.84
28599101--28599531	45	9.7	45	81	8	343	24	20	16	39	1.92
28599079--28599464	133	2.9	133	79	7	354	24	19	15	40	1.90
28599248--28599531	84	3.3	84	82	8	354	23	21	18	36	1.94
28599237--28599523	129	2.2	131	84	5	357	24	20	18	36	1.95
28602918--28602955	15	2.4	16	86	4	51	68	15	13	2	1.32
28606114--28606192	31	2.4	33	82	14	92	41	1	10	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28606170--28606278	32	3.6	30	68	18	75	38	2	11	46	1.55
28628084--28628120	13	2.8	13	95	0	65	16	43	35	5	1.71
28629487--28629521	10	3.5	10	92	0	61	17	14	0	68	1.21
28631590--28631742	29	5.4	28	90	2	207	29	11	25	33	1.91
28631590--28631742	57	2.7	58	88	4	213	29	11	25	33	1.91
28639614--28639766	29	5.4	28	90	2	207	29	11	25	33	1.91
28639614--28639766	57	2.7	58	88	4	213	29	11	25	33	1.91
28644567--28644625	31	1.9	30	83	13	75	35	11	6	45	1.67
28653638--28653675	12	3.2	12	96	3	69	44	23	7	23	1.79
28658964--28659002	21	1.9	21	94	5	71	25	30	33	10	1.89
28660097--28660316	47	4.7	47	78	10	202	23	29	18	28	1.98
28660097--28660321	93	2.4	95	80	9	248	23	29	18	28	1.98
28660195--28660366	46	3.7	44	80	13	168	23	26	19	30	1.98
28660097--28660362	140	1.9	141	81	9	330	23	28	18	29	1.98
28661708--28661775	23	2.9	23	73	2	64	41	10	13	35	1.78
28662615--28662640	8	3.2	8	100	0	52	11	30	11	46	1.76
28670103--28670238	68	2.0	68	89	2	211	32	17	17	32	1.94
28672128--28672181	25	2.0	28	82	10	69	33	5	20	40	1.76
28672267--28672586	48	6.7	48	73	11	226	30	19	26	23	1.98
28672311--28672587	96	2.9	94	80	9	294	29	19	27	23	1.98
28672278--28672539	144	1.8	144	86	6	379	30	19	26	24	1.98
28672270--28672586	144	2.2	144	81	6	358	30	19	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28690045--28690082	20	1.9	19	89	5	58	52	0	13	34	1.40
28705349--28705600	126	2.0	126	96	0	468	32	18	9	40	1.82
28716015--28716057	22	2.0	22	90	4	70	60	2	0	37	1.10
28716108--28716156	25	2.0	24	84	4	62	46	6	0	46	1.27
28718402--28718489	44	2.0	44	100	0	176	36	18	6	38	1.77
28731315--28731496	40	4.6	40	92	2	278	26	26	23	23	2.00
28738875--28739026	40	3.8	40	94	0	268	26	26	23	23	2.00
28747487--28747542	17	3.4	17	76	16	55	42	17	16	23	1.88
28747971--28748110	59	2.4	59	81	7	144	29	16	22	32	1.95
28752997--28753041	22	2.1	22	87	4	65	64	2	0	33	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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