genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84378819--84378866	18	2.8	17	79	14	55	10	31	0	58	1.32
84378837--84378892	27	2.1	27	86	0	76	7	30	0	62	1.22
84386520--84386570	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
84386723--84386756	16	2.1	17	88	5	52	17	0	32	50	1.47
84386814--84386953	41	3.4	41	94	1	228	19	25	22	32	1.97
84387379--84387455	40	1.9	40	84	5	102	28	3	9	58	1.47
84387788--84388130	125	2.7	124	90	4	512	41	17	10	30	1.83
84395683--84395730	21	2.2	21	77	3	51	60	12	8	18	1.57
84398271--84398315	6	7.5	6	92	0	63	0	24	48	26	1.51
84398263--84398303	18	2.3	18	86	0	55	2	21	46	29	1.64
84398271--84398317	12	3.9	12	94	0	76	0	25	48	25	1.51
84398275--84398315	18	2.3	18	95	0	73	0	24	51	24	1.49
84400738--84400853	33	3.5	33	80	4	144	26	18	18	35	1.95
84405320--84405523	101	2.0	101	98	0	390	38	9	13	37	1.78
84407886--84407932	20	2.3	20	96	3	85	27	19	10	42	1.84
84409178--84409523	174	2.0	176	94	2	617	35	15	14	34	1.88
84416589--84416756	88	1.9	87	84	3	221	27	5	14	51	1.65
84419415--84419543	46	2.8	48	80	8	142	20	19	29	30	1.97
84419742--84419769	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
84419775--84419862	39	2.2	40	87	2	124	35	22	20	21	1.96
84419775--84419892	40	3.0	40	79	8	118	30	22	20	27	1.98
84420367--84420465	49	2.0	49	96	0	180	38	2	12	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84420568--84420628	22	2.8	22	80	9	63	21	0	39	39	1.53
84426359--84426449	43	2.1	43	93	0	155	21	19	30	27	1.98
84435051--84435101	24	2.1	24	100	0	102	41	13	23	21	1.89
84437512--84437593	33	2.5	33	95	0	146	28	19	21	30	1.98
84437512--84437611	33	3.0	33	85	8	132	28	19	22	31	1.97
84448096--84448180	42	2.0	42	100	0	170	35	7	12	44	1.70
84451162--84451362	42	4.8	42	81	2	215	29	26	14	29	1.95
84451154--84451378	42	5.4	42	76	9	147	32	25	13	28	1.94
84459146--84459198	29	2.0	26	82	14	63	28	28	22	20	1.99
84472826--84472894	21	3.2	21	62	22	52	33	23	27	15	1.95
84472813--84472902	44	2.0	44	100	0	180	31	27	27	13	1.94
84485761--84485802	21	2.0	21	95	0	75	35	38	16	9	1.81
84491142--84491180	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
84491142--84491181	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
84498861--84498918	25	2.3	25	82	5	73	27	24	18	29	1.98
84498964--84499002	10	3.8	10	86	6	60	33	17	15	33	1.92
84498964--84499006	21	2.0	21	100	0	86	34	18	13	32	1.90
84499043--84499090	25	1.9	25	91	0	78	27	14	25	33	1.94
84509550--84509587	7	5.6	7	93	3	60	15	0	0	84	0.63
84509550--84509588	13	2.9	13	88	7	60	17	0	0	82	0.68
84509550--84509588	20	2.0	20	94	0	69	17	0	0	82	0.68
84511995--84512050	25	2.2	24	81	9	67	64	7	5	23	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84512092--84512118	12	2.2	12	100	0	54	62	7	0	29	1.22
84512378--84512429	14	3.6	14	73	14	52	61	0	5	32	1.20
84512347--84512409	32	1.9	33	84	9	85	60	1	4	33	1.27
84512390--84512459	34	2.1	31	82	15	79	58	0	5	35	1.22
84512402--84512446	22	2.2	19	88	11	63	57	0	4	37	1.19
84512379--84512446	21	3.3	22	82	10	72	60	0	4	35	1.17
84514018--84514538	44	11.9	44	86	3	701	28	27	14	30	1.95
84525871--84525895	13	1.9	13	100	0	50	8	32	40	20	1.81
84525936--84526071	55	2.5	55	79	0	146	13	26	30	29	1.95
84532288--84532317	14	2.1	14	100	0	60	26	6	23	43	1.78
84534368--84534489	50	2.4	51	90	5	194	36	14	22	26	1.93
84534472--84534651	31	5.8	31	89	2	254	27	18	27	27	1.98
84534677--84534799	47	2.6	48	82	3	144	30	15	25	29	1.96
84534758--84534884	42	3.0	42	84	8	145	31	14	24	29	1.95
84538479--84538505	12	2.2	12	100	0	54	22	44	14	18	1.86
84559164--84559330	43	3.9	43	77	10	148	30	26	18	24	1.98
84563651--84563724	29	2.6	29	88	0	112	18	21	29	29	1.97
84572739--84572778	21	1.9	21	85	10	55	12	22	0	65	1.26
84581808--84581920	34	3.3	33	78	6	118	25	22	27	24	2.00
84585519--84585629	23	4.8	23	84	8	145	20	23	18	37	1.94
84585487--84585621	45	3.0	45	84	9	152	21	20	19	38	1.94
84598898--84599231	50	6.6	49	76	9	156	29	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84598992--84599236	100	2.4	101	91	1	393	29	22	20	27	1.98
84601128--84601152	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
84601628--84601696	33	2.1	33	97	0	129	28	8	15	46	1.76
84612966--84612990	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
84615007--84615126	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
84616251--84616433	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
84616252--84616435	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
84616304--84616468	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
84622899--84623018	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
84624145--84624327	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
84624146--84624329	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
84624198--84624362	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
84627103--84627159	27	2.1	28	86	3	80	28	24	17	29	1.97
84627137--84627253	34	3.4	34	79	0	135	24	24	23	27	2.00
84627137--84627269	68	2.0	67	82	4	160	27	23	21	27	1.99
84634890--84634945	19	3.2	19	68	31	61	32	16	23	28	1.96
84634816--84635201	99	3.9	99	88	1	576	27	19	20	31	1.97
84634812--84635199	33	11.8	33	86	2	519	28	19	20	30	1.97
84644177--84644202	12	2.2	12	100	0	52	42	38	0	19	1.51
84644309--84644482	98	1.8	99	86	10	247	25	28	17	28	1.98
84644493--84644663	46	3.7	47	76	7	163	21	28	19	29	1.98
84662010--84662048	17	2.3	17	90	0	60	56	12	10	20	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84674571--84674691	43	2.8	42	80	5	143	27	18	25	28	1.98
84679607--84679878	142	1.9	140	82	7	336	28	19	25	26	1.99
84682426--84682470	16	2.8	16	93	0	72	48	11	24	15	1.77
84682426--84682475	8	6.2	8	73	17	50	48	12	24	16	1.79
84682703--84682806	29	3.7	27	72	13	84	27	16	32	23	1.96
84686752--84686811	16	3.8	16	84	2	77	46	21	20	11	1.82
84687030--84687110	29	2.8	29	80	0	90	29	17	30	22	1.96
84695724--84695829	43	2.4	43	74	1	104	33	28	16	21	1.95
84702775--84702817	22	2.0	22	100	0	86	27	13	30	27	1.95
84703515--84703667	35	4.3	35	78	3	164	32	7	18	41	1.79
84717401--84717464	15	4.3	15	85	0	83	53	18	15	12	1.73
84718038--84718070	15	2.2	15	94	0	57	30	21	9	39	1.84
84721071--84721174	52	2.0	52	84	3	138	28	28	17	25	1.97
84721150--84721255	43	2.4	44	76	1	106	30	31	18	19	1.96
84725768--84725874	29	3.7	29	75	8	94	25	32	14	27	1.95
84726092--84726125	16	2.1	16	94	0	59	8	20	23	47	1.78
84731189--84731373	40	4.7	40	82	6	207	26	27	21	24	1.99
84731217--84731373	79	2.0	80	82	6	194	26	27	21	24	1.99
84731952--84731993	22	1.9	22	85	9	59	42	19	0	38	1.51
84742840--84742869	13	2.3	13	94	0	51	23	30	23	23	1.99
84751201--84751238	19	2.0	19	100	0	76	21	31	31	15	1.94
84751202--84751244	19	2.3	19	91	0	68	18	34	34	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84751411--84751488	26	2.9	26	85	12	104	41	23	7	28	1.82
84751418--84751541	26	4.7	26	79	7	90	42	21	8	27	1.81
84751535--84751581	22	2.3	21	89	10	71	34	17	21	27	1.95
84751471--84751636	27	6.4	27	72	11	105	37	18	16	27	1.93
84752075--84752141	27	2.5	27	97	0	125	23	22	25	28	1.99
84752274--84752381	27	4.0	26	79	12	94	19	23	21	36	1.95
84752276--84752381	54	2.0	53	84	1	140	19	23	20	35	1.96
84752499--84752611	6	18.3	6	67	18	54	20	19	12	47	1.81
84752502--84752590	25	3.6	25	87	0	106	20	21	12	46	1.83
84754588--84754649	26	2.3	27	83	2	72	46	19	6	27	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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