genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   

This is table  19  of  332  ( 39766 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5514434--5514485	27	2.0	26	84	3	68	40	9	1	48	1.47
5514564--5514621	18	3.2	18	77	20	59	31	3	1	63	1.21
5523299--5523329	16	1.9	16	93	0	53	48	12	6	32	1.67
5523479--5523515	19	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
5523491--5523544	28	1.9	28	85	7	74	44	0	5	50	1.25
5524272--5524314	21	2.0	21	100	0	86	60	4	4	30	1.37
5524320--5524358	19	2.0	20	90	5	62	53	5	5	35	1.45
5527983--5528017	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
5530022--5530064	23	1.9	23	86	13	63	27	11	9	51	1.69
5539471--5539682	111	1.9	111	85	3	293	24	33	12	30	1.92
5541287--5541504	89	2.5	90	80	9	234	38	17	6	37	1.76
5541682--5541751	18	3.7	18	78	5	68	58	2	2	35	1.28
5541680--5541762	18	4.5	17	73	13	58	57	2	2	37	1.25
5541969--5542095	19	6.6	19	73	9	105	27	3	1	66	1.18
5541973--5542093	39	3.1	40	77	8	106	25	4	1	68	1.16
5541972--5542095	40	3.2	39	78	10	114	26	4	1	67	1.17
5541969--5542095	9	13.2	9	71	17	78	27	3	1	66	1.18
5542032--5542129	31	3.2	29	74	20	85	29	1	3	66	1.13
5542083--5542133	20	2.4	21	77	6	59	31	0	1	66	1.03
5542031--5542134	19	5.4	19	70	15	61	29	0	2	66	1.13
5545588--5545629	12	3.6	12	81	18	52	52	4	0	42	1.22
5548712--5548778	29	2.3	29	92	0	107	52	8	13	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5548735--5548778	14	3.0	15	80	6	63	54	6	11	27	1.61
5551811--5551839	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
5554923--5555060	40	3.5	40	83	0	177	31	11	20	36	1.88
5555226--5555378	76	2.0	76	94	0	270	35	13	19	31	1.91
5556270--5556330	17	3.6	17	72	12	54	50	0	3	45	1.17
5556369--5556475	20	5.8	18	70	22	62	51	3	2	42	1.34
5567704--5567757	24	2.2	24	75	18	58	44	0	0	55	0.99
5577179--5577323	72	2.0	72	100	0	290	24	12	33	30	1.92
5579169--5579218	25	2.0	25	96	0	91	46	12	0	42	1.41
5581058--5581090	16	2.1	16	100	0	66	30	9	12	48	1.71
5584479--5584539	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
5584714--5584755	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
5584705--5584746	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
5584971--5585038	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
5585381--5585418	19	2.0	20	89	5	60	55	2	0	42	1.14
5589227--5589287	30	2.0	30	100	0	122	36	0	0	63	0.94
5592122--5592189	35	1.9	35	87	0	100	39	10	25	25	1.87
5594915--5594965	21	2.4	21	100	0	102	23	11	35	29	1.90
5597298--5597369	35	2.1	35	91	0	117	36	12	25	26	1.91
5600729--5600846	51	2.2	53	83	7	143	16	16	23	43	1.87
5600992--5601026	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
5609282--5609333	26	2.0	26	88	0	77	30	15	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5616467--5616491	9	2.8	9	100	0	50	8	44	0	48	1.32
5625368--5625430	12	5.2	12	74	16	58	12	9	0	77	0.98
5625361--5625434	36	2.0	37	94	2	132	14	10	0	74	1.07
5635583--5635822	125	1.9	125	94	0	426	33	15	14	37	1.87
5636800--5636881	43	1.9	42	92	2	137	41	15	12	30	1.84
5643046--5643079	12	2.8	12	90	0	50	32	44	0	23	1.54
5644479--5644530	23	2.3	22	87	12	70	38	0	0	61	0.96
5645663--5645730	33	2.1	31	83	5	82	47	5	0	47	1.26
5647421--5647472	28	1.9	26	85	14	70	50	0	5	44	1.26
5653282--5653333	18	2.9	18	97	0	95	28	13	25	32	1.93
5656242--5656294	18	2.9	18	91	0	88	32	26	15	26	1.95
5657490--5657690	100	2.0	100	97	0	375	37	16	18	26	1.92
5657714--5657766	18	2.9	18	91	0	88	32	26	15	26	1.95
5658910--5658961	18	2.9	18	91	0	86	26	15	25	32	1.95
5663239--5663300	30	2.1	30	100	0	124	43	6	17	32	1.75
5666107--5666190	18	4.6	18	80	10	89	29	14	21	34	1.93
5666214--5666414	100	2.0	100	95	0	357	25	17	17	38	1.92
5667631--5667683	18	2.9	18	91	0	88	26	15	26	32	1.95
5668184--5668236	18	2.9	18	85	0	79	32	24	15	28	1.95
5675739--5675788	25	2.0	25	100	0	100	56	4	12	28	1.54
5676830--5676888	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
5677218--5677308	38	2.4	39	85	5	114	21	5	24	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5679322--5679437	36	3.3	36	73	9	112	31	25	21	22	1.98
5679322--5679477	70	2.2	70	87	1	215	28	25	22	23	1.99
5694029--5694166	59	2.3	60	80	8	147	26	15	13	44	1.83
5694609--5694769	31	5.3	31	73	11	125	45	13	16	24	1.83
5700755--5700807	21	2.5	21	82	14	65	47	1	1	49	1.23
5701053--5701101	13	3.8	13	80	0	62	36	18	6	38	1.76
5706904--5706931	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
5709202--5709295	47	2.0	47	100	0	188	31	4	17	46	1.67
5709315--5709445	63	2.0	64	84	5	167	51	3	7	36	1.48
5713235--5713278	19	2.2	19	84	12	52	36	0	2	61	1.09
5715206--5715248	22	2.0	22	86	4	61	48	0	0	51	1.00
5720024--5720071	25	2.0	25	83	4	62	18	25	16	39	1.91
5730654--5730679	13	2.0	13	100	0	52	84	0	7	7	0.77
5734314--5734666	122	2.7	129	82	10	454	35	13	6	44	1.70
5735668--5735743	27	2.8	27	87	0	107	19	15	28	35	1.93
5735824--5735860	17	2.1	18	90	5	58	78	0	21	0	0.75
5735923--5735968	25	1.9	23	86	8	65	13	0	19	67	1.23
5735923--5735980	25	2.4	24	82	8	64	17	0	17	65	1.27
5737856--5737904	18	2.7	18	83	0	62	46	12	8	32	1.71
5737916--5737974	18	3.3	18	87	0	82	32	16	18	32	1.94
5738082--5738120	18	2.2	18	90	0	60	48	10	17	23	1.78
5742641--5742669	9	3.0	10	90	10	51	41	10	0	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5744220--5744504	45	6.3	45	83	3	349	40	19	19	20	1.92
5744232--5744504	135	2.0	135	89	0	420	40	19	19	20	1.92
5745744--5745782	19	2.2	19	86	9	55	10	15	0	74	1.07
5748356--5748398	21	2.0	21	86	0	59	37	23	0	39	1.55
5748356--5748398	5	8.2	5	85	10	50	37	23	0	39	1.55
5748356--5748398	11	4.1	10	82	8	50	37	23	0	39	1.55
5748341--5748390	16	3.2	16	75	8	50	36	20	0	44	1.52
5748764--5748801	17	2.2	18	85	4	51	39	10	0	50	1.37
5753462--5753656	42	4.7	40	73	11	160	64	5	8	21	1.42
5753420--5753656	124	1.9	125	96	0	440	64	5	9	20	1.42
5756558--5756602	23	2.0	23	100	0	90	37	8	17	35	1.81
5758417--5758565	22	6.6	23	69	19	68	57	4	6	32	1.44
5758725--5758835	12	9.4	11	72	16	55	59	3	3	33	1.32
5758753--5758791	17	2.4	17	87	8	55	58	2	2	35	1.25
5758785--5758832	21	2.3	21	83	16	57	58	4	2	35	1.29
5758972--5759009	14	2.6	14	84	16	51	55	5	5	34	1.45
5758972--5759078	31	3.7	28	72	16	76	57	1	6	33	1.35
5759093--5759164	28	2.9	24	72	22	67	56	0	4	38	1.18
5759054--5759140	36	2.3	35	80	9	93	56	2	5	35	1.36
5759100--5759169	23	2.8	25	78	14	81	55	0	4	40	1.19
5759446--5759526	23	3.4	24	75	17	80	54	4	3	37	1.40
5759443--5759556	58	2.0	57	88	8	169	53	5	4	36	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5759446--5759537	13	7.6	13	66	22	58	54	5	3	36	1.40
5759521--5759612	22	4.2	22	73	6	89	57	3	5	33	1.38
5759489--5759558	35	2.0	36	91	8	117	52	5	5	35	1.49
5759495--5759573	35	2.3	35	79	10	94	54	3	6	35	1.44
5759556--5759639	39	2.2	40	78	10	93	61	2	3	32	1.25
5759595--5759632	15	2.5	15	86	0	58	65	0	0	34	0.93
5759774--5759827	24	2.3	24	78	18	60	64	1	9	24	1.32
5759825--5759869	24	2.0	24	86	8	67	57	4	2	35	1.31
5759832--5759917	28	3.4	25	72	24	65	56	4	2	36	1.33
5759843--5759882	20	2.0	21	85	14	57	57	5	0	37	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332