genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109233746

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91768364--91768400	14	2.7	14	91	4	58	48	0	0	51	1.00
91771398--91771452	2	27.5	2	96	0	101	52	0	47	0	1.00
91774940--91774987	17	2.9	16	81	9	51	31	2	8	58	1.39
91775004--91775063	30	2.0	30	93	0	102	46	3	10	40	1.54
91783646--91783713	34	2.0	35	85	2	93	42	14	8	33	1.77
91784687--91784813	42	3.0	42	79	2	139	15	22	18	43	1.88
91784708--91784767	21	2.9	21	70	9	59	11	23	21	43	1.85
91785823--91785864	21	2.0	21	90	0	66	59	4	11	23	1.51
91786749--91786817	25	2.8	25	78	8	86	28	24	18	27	1.98
91789835--91790038	102	2.0	102	94	0	354	31	27	14	25	1.95
91793918--91794001	42	2.0	42	97	0	159	47	10	19	22	1.80
91809813--91809980	48	3.5	48	83	7	168	25	16	32	25	1.96
91809670--91810033	46	7.7	48	74	12	213	26	18	29	25	1.98
91814043--91814169	47	2.7	48	77	16	149	22	18	29	29	1.98
91817135--91817184	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
91819581--91819756	46	3.8	46	78	4	183	22	20	27	28	1.99
91819577--91819748	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	27	1.99
91821161--91821234	21	3.5	21	75	0	85	16	18	14	50	1.79
91821146--91821251	42	2.5	42	85	0	149	16	19	16	47	1.83
91821133--91821270	42	3.3	42	81	2	116	15	18	18	47	1.83
91824501--91824568	30	2.3	30	84	5	84	22	32	27	17	1.96
91838518--91838590	23	3.2	23	75	7	67	21	24	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91845229--91845285	24	2.3	24	90	3	87	35	26	17	21	1.95
91848511--91849106	90	6.6	90	88	0	838	52	13	7	25	1.67
91854196--91854241	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
91858414--91858467	29	2.0	28	86	13	78	57	1	0	40	1.09
91863131--91863187	22	2.6	22	85	0	78	21	0	28	50	1.48
91865660--91865699	21	1.9	21	85	10	55	42	10	12	35	1.76
91871513--91871907	49	7.9	49	79	6	409	29	27	17	25	1.97
91871519--91871908	150	2.6	150	96	0	701	30	27	17	25	1.97
91876904--91877146	49	4.9	49	80	5	292	29	25	18	26	1.98
91882545--91882645	33	3.1	32	78	7	87	31	10	22	34	1.89
91884901--91884945	18	2.5	18	92	0	72	6	15	2	75	1.11
91886517--91886560	21	2.1	21	87	8	63	40	11	11	36	1.77
91890282--91890311	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
91891062--91891119	29	1.9	31	82	6	75	46	5	0	48	1.24
91891817--91891848	7	4.6	7	100	0	64	0	12	0	87	0.54
91893344--91893463	21	5.8	21	75	4	100	44	17	15	23	1.86
91893310--91893463	84	1.8	83	87	4	229	45	17	16	20	1.85
91893281--91893460	42	4.3	42	76	7	154	45	17	17	20	1.86
91896124--91896161	19	2.0	20	85	15	53	15	7	0	76	1.01
91896513--91896572	30	2.0	30	100	0	120	40	13	6	40	1.71
91897933--91898215	142	2.0	141	90	0	440	42	14	19	24	1.88
91905686--91906795	228	4.9	228	88	0	1407	29	22	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91909058--91909114	18	3.3	18	71	22	50	63	0	10	26	1.27
91910004--91910032	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
91910424--91910522	49	1.9	52	86	8	141	52	8	8	31	1.60
91916293--91916324	17	1.9	16	93	6	55	28	0	0	71	0.86
91924517--91924633	58	2.0	58	100	0	234	43	15	18	22	1.87
91926322--91926380	30	2.0	30	100	0	118	42	20	13	23	1.88
91926896--91926941	22	2.1	22	84	8	58	50	13	0	36	1.41
91929691--91929731	7	5.9	7	88	0	55	2	26	4	65	1.25
91939338--91939376	19	2.1	19	95	0	69	33	17	10	38	1.84
91942273--91942301	14	2.0	15	93	6	51	79	0	0	20	0.74
91946382--91946419	17	2.2	17	86	9	51	15	5	5	73	1.19
91946569--91946602	7	4.7	7	96	3	59	26	0	0	73	0.83
91951163--91951226	33	1.9	33	81	12	78	62	4	14	18	1.48
91953160--91953244	40	2.1	40	89	4	127	37	3	3	55	1.34
91953162--91953228	22	3.2	22	66	23	54	37	4	1	56	1.29
91961609--91961639	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
91962090--91962147	29	1.9	30	86	13	84	51	8	3	36	1.49
91972993--91973018	12	2.2	12	100	0	52	23	34	7	34	1.83
91982992--91983027	18	2.0	18	100	0	72	16	22	5	55	1.62
91986298--91986550	47	5.4	47	91	0	391	29	31	7	31	1.86
91990195--91990241	23	2.0	24	83	8	60	51	2	4	42	1.33
91996255--91996288	16	2.1	15	89	10	50	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92010065--92010096	13	2.5	13	100	0	64	0	15	46	37	1.46
92013345--92013382	16	2.4	16	95	4	69	23	5	23	47	1.72
92015143--92015174	6	5.5	6	96	3	57	50	0	15	34	1.45
92017209--92017262	18	3.1	18	94	2	92	11	27	42	18	1.84
92027099--92027238	39	3.6	39	89	0	208	12	25	25	37	1.90
92027117--92027181	21	3.2	21	68	12	64	9	24	24	41	1.84
92029300--92029405	53	2.0	53	98	0	203	14	22	19	43	1.87
92034374--92034477	34	3.1	33	73	14	79	38	0	1	58	1.16
92034794--92034826	15	2.2	15	94	0	57	18	18	9	54	1.69
92038495--92038535	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
92038727--92038759	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
92039418--92039500	31	2.6	31	84	3	94	60	19	4	15	1.53
92045315--92045362	9	5.3	9	87	0	69	29	2	22	45	1.64
92045364--92045827	241	1.9	241	95	0	847	33	14	18	34	1.91
92045869--92045928	24	2.5	24	97	0	111	45	10	18	26	1.81
92045869--92045939	24	3.0	24	91	4	99	45	8	18	28	1.78
92045987--92046120	64	2.1	64	95	0	241	47	4	11	37	1.60
92047980--92048060	39	2.0	40	95	2	146	51	14	11	22	1.73
92049317--92049358	16	2.5	17	78	14	52	45	0	33	21	1.52
92049320--92049356	18	2.1	17	90	5	56	51	0	27	21	1.48
92050305--92050336	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
92051712--92051848	41	3.3	41	74	11	129	38	16	17	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92056888--92057105	46	4.6	47	77	11	189	26	16	29	27	1.97
92061250--92061311	25	2.5	26	81	5	74	43	12	11	32	1.79
92061265--92061319	25	2.2	25	84	12	69	41	12	12	32	1.81
92062544--92062969	59	7.3	58	90	4	619	46	6	3	43	1.46
92062904--92062944	19	2.2	19	86	8	57	41	0	4	53	1.22
92067834--92067866	17	2.0	17	88	5	50	42	30	12	15	1.83
92067796--92067957	47	3.4	48	84	5	197	34	27	12	25	1.92
92071750--92071936	47	4.0	46	79	5	180	32	29	14	23	1.95
92072436--92073067	317	2.0	317	99	0	1246	32	19	7	40	1.79
92079122--92079169	21	2.3	21	96	3	89	58	0	27	14	1.37
92085517--92085635	43	2.8	42	82	3	148	33	23	16	26	1.96
92088593--92088655	22	3.0	21	79	6	58	50	3	6	39	1.44
92089938--92089981	17	2.6	17	96	0	79	36	34	11	18	1.86
92091019--92091053	17	2.1	17	94	0	61	34	17	14	34	1.90
92094438--92094489	15	3.5	14	78	5	50	46	0	3	50	1.20
92095626--92095654	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
92101797--92101880	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
92102904--92102940	18	2.1	18	100	0	74	35	0	27	37	1.57
92103514--92103602	27	3.3	27	85	1	115	16	22	24	35	1.95
92103512--92103626	54	2.1	54	84	6	144	16	22	23	37	1.94
92105276--92105416	71	2.0	71	87	0	201	22	19	23	34	1.96
92106119--92106169	21	2.5	20	80	3	66	68	1	0	29	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92110981--92111011	5	6.4	5	92	7	55	80	0	0	19	0.71
92110976--92111010	9	3.9	9	89	10	54	80	0	0	20	0.72
92110981--92111011	14	2.1	15	94	5	55	80	0	0	19	0.71
92113013--92113071	27	2.2	27	93	0	100	32	3	22	42	1.70
92117050--92117373	106	3.1	106	88	3	474	39	11	12	37	1.78
92118725--92118760	10	3.5	10	88	7	54	22	2	0	75	0.94
92124870--92124894	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
92131591--92131630	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
92132665--92132703	14	2.8	14	96	0	69	23	7	10	58	1.56
92138741--92138770	13	2.4	13	94	5	53	13	3	0	83	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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